98 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_4719 on replicon NC_008697
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008697  Noca_4719  peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 		 1079 aa  2150    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1548  peptidoglycan-binding LysM  34.24 
 
 		 1051 aa  428  1e-118  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.637066  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2229  peptidoglycan-binding LysM  30.93 
 
 		 1086 aa  344  5.999999999999999e-93  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0678  transcriptional regulator, SARP family  29.22 
 
 		 1066 aa  209  3e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2755  Peptidoglycan-binding LysM  31.44 
 
 		 1147 aa  203  1.9999999999999998e-50  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00369257  normal  0.0269725 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8210  hypothetical protein  27.02 
 
 		 1090 aa  127  8.000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1313  hypothetical protein  30.6 
 
 		 969 aa  110  1e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.489713 
 
 
-
 
NC_013531  Xcel_3426  Peptidoglycan-binding LysM  26.72 
 
 		 1091 aa  101  8e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4651  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  32.18 
 
 		 1124 aa  99.4  4e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.839576 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4135  hypothetical protein  33.88 
 
 		 1002 aa  95.5  5e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0409  peptidoglycan-binding LysM  29.88 
 
 		 1385 aa  77.4  0.000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.617719 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6300  hypothetical protein  28.73 
 
 		 1655 aa  74.3  0.00000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.633429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0233  peptidoglycan-binding LysM  32.79 
 
 		 242 aa  72.4  0.00000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3125  integral membrane protein  32.27 
 
 		 628 aa  70.5  0.0000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.435846  hitchhiker  0.000875177 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0694  hypothetical protein  31.64 
 
 		 564 aa  70.5  0.0000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.234419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2587  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  28.98 
 
 		 992 aa  66.2  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.437987  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6887  transcriptional regulator, SARP family  31.15 
 
 		 935 aa  65.9  0.000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.691511  normal  0.899507 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8593  Peptidoglycan-binding LysM  28.69 
 
 		 356 aa  64.3  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.902374  normal  0.799796 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4039  transcriptional regulator, SARP family  30.53 
 
 		 1041 aa  63.9  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.039203  normal  0.0409603 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1730  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  31.98 
 
 		 988 aa  61.6  0.00000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0938978  normal  0.0949526 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2489  peptidoglycan-binding LysM  56 
 
 		 219 aa  61.2  0.0000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8747  Peptidoglycan-binding LysM  48.21 
 
 		 994 aa  60.1  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.358141 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1790  LysM domain/BON superfamily protein  50.85 
 
 		 156 aa  58.5  0.0000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1818  LysM domain/BON superfamily protein  50.85 
 
 		 156 aa  58.9  0.0000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1393  LysM domain/BON superfamily protein  47.54 
 
 		 156 aa  57.4  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6198  LysM domain/BON superfamily protein  52 
 
 		 156 aa  57  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0206564  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1881  LysM domain/BON superfamily protein  52 
 
 		 156 aa  57  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.168616  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1755  NLP/P60 protein  33.33 
 
 		 255 aa  56.6  0.000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2006  Peptidoglycan-binding LysM  50 
 
 		 154 aa  56.2  0.000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.899391  normal  0.48043 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1904  LysM domain/BON superfamily protein  52 
 
 		 156 aa  56.2  0.000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000169778 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0453  LysM domain/BON superfamily protein  49.06 
 
 		 158 aa  55.1  0.000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2166  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  31.13 
 
 		 954 aa  53.9  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.16902  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5181  LysM domain/BON superfamily protein  50 
 
 		 156 aa  53.5  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.556952  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4246  Peptidoglycan-binding LysM  51.02 
 
 		 217 aa  52  0.00006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.995524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3686  Peptidoglycan-binding LysM  43.1 
 
 		 97 aa  52  0.00007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4691  hypothetical protein  65 
 
 		 1309 aa  52  0.00007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0479337  normal  0.155639 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1755  peptidoglycan-binding LysM  48 
 
 		 195 aa  51.2  0.00009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.273127 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2273  Peptidoglycan-binding LysM  31.09 
 
 		 546 aa  50.8  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000673972  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1891  Lytic transglycosylase catalytic  46.3 
 
 		 304 aa  50.1  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1254  hypothetical protein  46.15 
 
 		 311 aa  50.4  0.0002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.100866 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2328  Transglycosylase domain protein  50 
 
 		 256 aa  50.4  0.0002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00483486  hitchhiker  0.000113604 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1406  cation transport ATPase  42.59 
 
 		 1082 aa  50.4  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.52322  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2267  LysM domain/BON superfamily protein  47.06 
 
 		 161 aa  49.7  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0461572  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0302  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  48 
 
 		 155 aa  50.1  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1944  LysM domain/BON superfamily protein  47.06 
 
 		 161 aa  50.1  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.123188  normal  0.0308749 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2004  LysM domain/BON superfamily protein  40.68 
 
 		 161 aa  49.7  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20580  LysM domain-containing protein  45.61 
 
 		 293 aa  49.7  0.0003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.192276  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0523  LysM domain/BON superfamily protein  43.4 
 
 		 168 aa  48.5  0.0006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000072506  hitchhiker  0.00844539 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0518  LysM domain/BON superfamily protein  43.4 
 
 		 168 aa  48.5  0.0007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000100124  decreased coverage  0.00200043 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4948  Peptidoglycan-binding LysM  46.3 
 
 		 153 aa  48.5  0.0008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1018  Peptidoglycan-binding LysM  41.82 
 
 		 149 aa  47.4  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1041  LysM domain/BON superfamily protein  41.82 
 
 		 149 aa  47.4  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1367  SARP family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 963 aa  47.8  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2836  LysM domain/BON superfamily protein  44 
 
 		 148 aa  47.8  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00380861 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3805  hypothetical protein  42.31 
 
 		 229 aa  47.8  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0179227  normal  0.710342 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0459  LysM domain/BON superfamily protein  40.35 
 
 		 168 aa  47.8  0.001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3586  peptidoglycan-binding LysM  30.89 
 
 		 352 aa  48.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0589826  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3226  peptidoglycan-binding LysM  27.5 
 
 		 230 aa  47.4  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.201779 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5404  LysM domain protein  42.37 
 
 		 146 aa  47.8  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2148  LysM domain/BON superfamily protein  45.1 
 
 		 160 aa  47.8  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00099645  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02485  hypothetical protein  41.82 
 
 		 149 aa  47.4  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02521  hypothetical protein  41.82 
 
 		 149 aa  47.4  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02210  hypothetical protein  40.35 
 
 		 166 aa  46.6  0.002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3907  LysM domain/BON superfamily protein  41.82 
 
 		 149 aa  47.4  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.979345  normal  0.391605 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1297  transport-associated protein  42.11 
 
 		 156 aa  46.6  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.451371  normal  0.073309 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0991  peptidoglycan-binding LysM  48 
 
 		 339 aa  47.4  0.002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0156975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2195  peptidoglycan-binding LysM  36.25 
 
 		 238 aa  47.4  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000396131  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2800  LysM domain/BON superfamily protein  41.82 
 
 		 149 aa  47.4  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2945  LysM domain/BON superfamily protein  41.82 
 
 		 149 aa  47.4  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1766  hypothetical protein  44.07 
 
 		 531 aa  47.4  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.905557  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1930  peptidoglycan-binding LysM  46.67 
 
 		 503 aa  46.6  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0490055 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3216  LysM domain/BON superfamily protein  41.82 
 
 		 149 aa  47.4  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2695  peptidoglycan-binding protein  52.08 
 
 		 440 aa  47  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2785  LysM domain/BON superfamily protein  44 
 
 		 149 aa  46.2  0.003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.267708 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2152  Peptidoglycan-binding LysM  39.24 
 
 		 334 aa  46.6  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2667  LysM domain/BON superfamily protein  39.29 
 
 		 158 aa  46.6  0.003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000146101  normal  0.333538 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1352  peptidoglycan-binding LysM  52.08 
 
 		 440 aa  46.6  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.47776  normal  0.0441198 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2649  hypothetical protein  41.51 
 
 		 345 aa  46.2  0.003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4943  LysM domain/BON superfamily protein  31.78 
 
 		 146 aa  45.8  0.004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1358  peptidoglycan-binding LysM  44.83 
 
 		 230 aa  46.2  0.004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000598649  hitchhiker  5.9516e-20 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2519  hypothetical protein  41.51 
 
 		 345 aa  46.2  0.004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0662  putative cell wall turnover protein  41.51 
 
 		 185 aa  45.8  0.005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5282  Peptidoglycan-binding LysM  42 
 
 		 552 aa  45.4  0.006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.772795 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1039  LysM domain-containing protein  48.15 
 
 		 243 aa  45.4  0.006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000199986  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2091  hypothetical protein  48.15 
 
 		 167 aa  45.1  0.007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.314887  normal  0.895772 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0549  Peptidoglycan-binding LysM  41.07 
 
 		 162 aa  45.1  0.008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0448  LysM domain-containing protein  42.86 
 
 		 404 aa  45.1  0.008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0441  LysM domain-containing protein  42.86 
 
 		 404 aa  44.7  0.009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.21565  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0533  peptidoglycan-binding LysM  41.07 
 
 		 162 aa  44.7  0.009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.235675  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2634  peptidoglycan-binding LysM  27.56 
 
 		 302 aa  44.7  0.009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.258799 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2044  LysM domain/BON superfamily protein  33.9 
 
 		 143 aa  44.7  0.01  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08680  LysM domain-containing protein  40.26 
 
 		 248 aa  44.7  0.01  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.738223 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1112  peptidoglycan-binding LysM  46 
 
 		 322 aa  44.7  0.01  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2992  LysM domain/BON superfamily protein  42 
 
 		 149 aa  44.7  0.01  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.021376 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2975  LysM domain/BON superfamily protein  42 
 
 		 149 aa  44.7  0.01  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.870465  normal  0.0673181 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2940  LysM domain/BON superfamily protein  42 
 
 		 149 aa  44.7  0.01  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.137331 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3097  LysM domain/BON superfamily protein  42 
 
 		 149 aa  44.7  0.01  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.507543  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2908  LysM domain/BON superfamily protein  42 
 
 		 149 aa  44.7  0.01  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>