More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_4688 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_4688  thioredoxin  100 
 
 
108 aa  223  5e-58  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.376387  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4504  thioredoxin  66.67 
 
 
108 aa  157  3e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00999375 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9043  thioredoxin  63.89 
 
 
108 aa  156  1e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.566731 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9377  thioredoxin  67.29 
 
 
107 aa  155  2e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3579  thioredoxin  63.55 
 
 
107 aa  149  8e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.248424  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2149  thioredoxin  61.11 
 
 
108 aa  148  2e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4860  thioredoxin  57.94 
 
 
107 aa  147  6e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.110096  normal  0.0835458 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5085  thioredoxin  60.38 
 
 
108 aa  146  8e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7329  thioredoxin  60.38 
 
 
108 aa  145  2e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.231985  normal  0.658106 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4537  thioredoxin  57.55 
 
 
108 aa  137  3e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3369  thioredoxin  59.22 
 
 
106 aa  136  9e-32  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0365156  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4213  thioredoxin  57.01 
 
 
109 aa  135  1e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5098  thioredoxin  57.43 
 
 
107 aa  135  1e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.590945  hitchhiker  2.65159e-07 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4580  thioredoxin  55.45 
 
 
107 aa  135  3e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.90902  hitchhiker  0.00134414 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2548  thioredoxin  54.63 
 
 
109 aa  134  3e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.543523  normal  0.158534 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5402  thioredoxin  57.84 
 
 
107 aa  134  5e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4084  thioredoxin  59.41 
 
 
112 aa  134  5e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39680  thioredoxin  54.21 
 
 
108 aa  132  1e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.333633 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7087  thioredoxin  52.83 
 
 
108 aa  131  3e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6430  thioredoxin  56.57 
 
 
106 aa  130  6e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3109  thioredoxin  55.14 
 
 
107 aa  130  7e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.168274  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3433  thioredoxin  58.95 
 
 
104 aa  129  1e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.513588  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9142  thioredoxin  55.45 
 
 
106 aa  129  1e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09121  thioredoxin  56.07 
 
 
107 aa  129  1e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.427619 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0091  thioredoxin 1, redox factor  52.88 
 
 
106 aa  127  5e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.846581  normal  0.939622 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0201  thioredoxin  52.38 
 
 
106 aa  127  6e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4854  thioredoxin  53.33 
 
 
112 aa  126  8e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0630  thioredoxin  51.92 
 
 
107 aa  126  8e-29  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  7.62931e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0357  thioredoxin  53.33 
 
 
108 aa  126  1e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_599  thioredoxin  51.92 
 
 
107 aa  125  1e-28  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  1.30429e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0630  thioredoxin  52.88 
 
 
106 aa  125  1e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.367457 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0057  thioredoxin  58.76 
 
 
109 aa  125  2e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26950  thioredoxin  51.85 
 
 
108 aa  125  2e-28  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.766392  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0076  thioredoxin  54.46 
 
 
106 aa  124  3e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0551582  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1945  thioredoxin  53.27 
 
 
124 aa  124  4e-28  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37950  thioredoxin  53.47 
 
 
113 aa  124  5e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0720  thioredoxin  53.27 
 
 
107 aa  123  7e-28  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11291  Thiol-disulfide isomerase and thioredoxin  53.27 
 
 
148 aa  123  8e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.554772 
 
 
-
 
NC_002936  DET0661  thioredoxin  50 
 
 
107 aa  123  1e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0695  thioredoxin  50 
 
 
107 aa  123  1e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0402  thioredoxin  53.54 
 
 
107 aa  123  1e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0895025 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1199  thioredoxin  56.7 
 
 
107 aa  122  1e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  5.34537e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4854  thioredoxin  54 
 
 
111 aa  123  1e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.188061  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0059  thioredoxin  55.91 
 
 
106 aa  122  2e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2067  thioredoxin  51.52 
 
 
107 aa  122  2e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1908  thioredoxin  52.53 
 
 
106 aa  122  2e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00177252  normal  0.288463 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13949  thioredoxin trxC  54.46 
 
 
116 aa  121  3e-27  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1188  thioredoxin 1 (redox factor) protein  54.64 
 
 
108 aa  121  4e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.945237  normal  0.545287 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2134  thioredoxin  53.61 
 
 
108 aa  121  4e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0459983  normal  0.478782 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1853  thioredoxin  53.61 
 
 
108 aa  120  5e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0570457  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0044  thioredoxin  53.61 
 
 
108 aa  120  5e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0410527  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1125  thioredoxin  53.61 
 
 
108 aa  120  5e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2246  thioredoxin  53.61 
 
 
108 aa  120  5e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4115  thioredoxin  49.53 
 
 
107 aa  120  5e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2208  thioredoxin  53.61 
 
 
108 aa  120  5e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0155117  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1364  thioredoxin  53.61 
 
 
108 aa  120  5e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.283304  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4155  thioredoxin  49.53 
 
 
107 aa  120  5e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.853934 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0388  thioredoxin  51.49 
 
 
106 aa  120  5e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.155079  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0127  thioredoxin  54.64 
 
 
108 aa  120  7e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  6.55412e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0139  thioredoxin  56.38 
 
 
106 aa  120  8e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1830  thioredoxin  49.53 
 
 
107 aa  120  9e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.260875 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2374  thioredoxin 1  50.48 
 
 
146 aa  119  1e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1323  thioredoxin  50.5 
 
 
107 aa  119  1e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.131811  hitchhiker  0.00367785 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15251  thioredoxin  50.47 
 
 
107 aa  119  1e-26  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1307  thioredoxin  52.88 
 
 
108 aa  119  1e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0691  thioredoxin  50.47 
 
 
107 aa  119  1e-26  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11511  thioredoxin  49.53 
 
 
107 aa  119  1e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1138  thioredoxin  53.47 
 
 
106 aa  119  1e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.898127  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1739  thioredoxin  52.58 
 
 
108 aa  118  2e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.146348  normal  0.112507 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1852  thioredoxin  52.58 
 
 
108 aa  118  2e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0771172  normal  0.135016 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2117  thioredoxin  52.58 
 
 
108 aa  118  2e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.124376  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1766  thioredoxin  52.58 
 
 
108 aa  118  2e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.37558  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6068  thioredoxin  52.38 
 
 
110 aa  119  2e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.150927 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1445  thioredoxin  52.58 
 
 
108 aa  118  2e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0251303  normal  0.275114 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1828  thioredoxin  52.58 
 
 
108 aa  118  2e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0156587  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1032  thioredoxin  53.61 
 
 
108 aa  119  2e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0280338  normal  0.216175 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1124  thioredoxin  53.61 
 
 
108 aa  119  2e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0722597  normal  0.17575 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5129  thioredoxin  52.58 
 
 
108 aa  118  2e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025918  normal  0.808925 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6251  thioredoxin  52.58 
 
 
108 aa  118  2e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.040042  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_23390  thioredoxin  51.96 
 
 
107 aa  118  3e-26  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0858  thioredoxin  49.5 
 
 
106 aa  118  3e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.782394  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2793  thioredoxin  48.6 
 
 
107 aa  118  3e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.526009  normal  0.619101 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2218  thioredoxin  49.52 
 
 
146 aa  118  3e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.312249  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0051  thioredoxin  53.76 
 
 
106 aa  117  4e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.155345 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5243  thioredoxin  54.17 
 
 
109 aa  117  4e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0460  thioredoxin  51.92 
 
 
108 aa  117  4e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.810082  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0639  thioredoxin  52.88 
 
 
108 aa  117  4e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11671  thioredoxin  48.6 
 
 
107 aa  117  5e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11661  thioredoxin  48.6 
 
 
107 aa  117  5e-26  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.113798  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0448  thioredoxin  50.48 
 
 
108 aa  117  5e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3067  thioredoxin  57.3 
 
 
109 aa  117  5e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.788534  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1072  thioredoxin  48.6 
 
 
107 aa  117  5e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.888152  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3658  thioredoxin  45.28 
 
 
110 aa  117  5e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00522541  normal  0.779583 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3312  thioredoxin  47.66 
 
 
109 aa  117  6e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.124332  normal  0.074373 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0810  thioredoxin  47.66 
 
 
107 aa  116  8e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.195011 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2654  thioredoxin  49.53 
 
 
107 aa  116  8e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3216  thioredoxin  51.43 
 
 
108 aa  116  8e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.604019  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5839  thioredoxin  49.53 
 
 
109 aa  116  9e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2340  thioredoxin  51.92 
 
 
108 aa  116  9e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0697906  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0338  thioredoxin  50.96 
 
 
108 aa  116  1e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>