More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_3905 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_3905  50S ribosomal protein L3  100 
 
 		 223 aa  448  1e-125  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20870  LSU ribosomal protein L3P  69.3 
 
 		 219 aa  313  9.999999999999999e-85  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.235842  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2687  50S ribosomal protein L3  68.52 
 
 		 216 aa  312  2.9999999999999996e-84  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.740328 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2975  50S ribosomal protein L3  68.06 
 
 		 216 aa  311  5.999999999999999e-84  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.454423  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29740  LSU ribosomal protein L3P  70.14 
 
 		 219 aa  309  2e-83  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.378005 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23810  LSU ribosomal protein L3P  69.19 
 
 		 226 aa  308  4e-83  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0582  50S ribosomal protein L3  69.52 
 
 		 235 aa  306  2.0000000000000002e-82  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3758  50S ribosomal protein L3  69.16 
 
 		 219 aa  306  2.0000000000000002e-82  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.33789  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17160  50S ribosomal protein L3  66.36 
 
 		 216 aa  305  3e-82  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.283771  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6049  50S ribosomal protein L3  68.42 
 
 		 236 aa  305  4.0000000000000004e-82  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.185718  normal  0.220559 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2659  50S ribosomal protein L3  69.81 
 
 		 219 aa  305  4.0000000000000004e-82  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3435  50S ribosomal protein L3  68.72 
 
 		 218 aa  304  6e-82  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0587  ribosomal protein L3  69.01 
 
 		 219 aa  303  1.0000000000000001e-81  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.295272  normal  0.46094 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0627  ribosomal protein L3  68.4 
 
 		 217 aa  301  5.000000000000001e-81  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0688  ribosomal protein L3  65.89 
 
 		 219 aa  300  1e-80  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.409644 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6614  ribosomal protein L3  68.25 
 
 		 216 aa  298  4e-80  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4321  ribosomal protein L3  64.49 
 
 		 216 aa  297  9e-80  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0931  ribosomal protein L3  66.19 
 
 		 215 aa  296  1e-79  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.15696  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3143  ribosomal protein L3  67.63 
 
 		 220 aa  296  1e-79  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0896196  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03980  LSU ribosomal protein L3P  68.4 
 
 		 213 aa  296  2e-79  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4507  50S ribosomal protein L3  67.31 
 
 		 221 aa  293  2e-78  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.787031  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1013  50S ribosomal protein L3  67.14 
 
 		 217 aa  291  4e-78  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1040  50S ribosomal protein L3  67.14 
 
 		 217 aa  291  4e-78  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1030  50S ribosomal protein L3  67.14 
 
 		 217 aa  291  4e-78  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.676061 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1123  ribosomal protein L3  68.25 
 
 		 220 aa  291  6e-78  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1305  50S ribosomal protein L3  67.62 
 
 		 218 aa  291  8e-78  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.207115  normal  0.106977 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2646  50S ribosomal protein L3  65.24 
 
 		 216 aa  286  1e-76  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0306  50S ribosomal protein L3P  65.09 
 
 		 222 aa  286  1e-76  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00207169 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1086  LSU ribosomal protein L3P  64.15 
 
 		 217 aa  286  2e-76  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.10406 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5049  50S ribosomal protein L3  66.82 
 
 		 218 aa  285  5e-76  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.399218 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5124  50S ribosomal protein L3  63.81 
 
 		 216 aa  281  4.0000000000000003e-75  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0562  50S ribosomal protein L3  64.15 
 
 		 218 aa  281  5.000000000000001e-75  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4315  50S ribosomal protein L3  63.64 
 
 		 219 aa  278  7e-74  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00341518 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10715  50S ribosomal protein L3  65.24 
 
 		 217 aa  276  1e-73  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.249834 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1707  50S ribosomal protein L3  62.68 
 
 		 213 aa  276  2e-73  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00287886  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3923  50S ribosomal protein L3  63.16 
 
 		 219 aa  276  2e-73  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0255  50S ribosomal protein L3  60.75 
 
 		 216 aa  274  1.0000000000000001e-72  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1185  50S ribosomal protein L3  62.84 
 
 		 220 aa  272  4.0000000000000004e-72  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.108943 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10020  LSU ribosomal protein L3P  51.94 
 
 		 206 aa  222  3e-57  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.000000402835  hitchhiker  0.00000000318342 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3667  50S ribosomal protein L3  54.81 
 
 		 211 aa  221  4.9999999999999996e-57  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000330884  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2907  50S ribosomal protein L3  55.61 
 
 		 212 aa  221  7e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0110  50S ribosomal protein L3  55.5 
 
 		 210 aa  219  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000528056  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0110  50S ribosomal protein L3  55.5 
 
 		 210 aa  219  1.9999999999999999e-56  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000986131  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0106  50S ribosomal protein L3  55.5 
 
 		 210 aa  219  1.9999999999999999e-56  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  2.6707699999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0104  50S ribosomal protein L3  55.5 
 
 		 210 aa  219  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000168091  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0110  50S ribosomal protein L3  55.5 
 
 		 210 aa  219  1.9999999999999999e-56  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000246604  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0962  ribosomal protein L3  54.37 
 
 		 206 aa  220  1.9999999999999999e-56  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000608869  hitchhiker  0.0000000000269964 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0122  50S ribosomal protein L3  55.5 
 
 		 210 aa  219  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.0599700000000001e-61 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0131  50S ribosomal protein L3  55.5 
 
 		 210 aa  219  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000141135  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1524  50S ribosomal protein L3  53.33 
 
 		 209 aa  219  1.9999999999999999e-56  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.593746  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0141  50S ribosomal protein L3  55.5 
 
 		 210 aa  219  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000551418  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0105  50S ribosomal protein L3  55.5 
 
 		 210 aa  219  3e-56  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000775669  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5195  50S ribosomal protein L3  55.5 
 
 		 210 aa  219  3e-56  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000842867  unclonable  2.19314e-25 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4915  50S ribosomal protein L3  53.81 
 
 		 212 aa  218  5e-56  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0274485  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0111  50S ribosomal protein L3  52.63 
 
 		 211 aa  216  2e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000151121  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1184  ribosomal protein L3  52.2 
 
 		 209 aa  216  2.9999999999999998e-55  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000270125  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0104  50S ribosomal protein L3  53.59 
 
 		 210 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000119433  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3024  50S ribosomal protein L3  50.96 
 
 		 210 aa  214  9.999999999999999e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.371217  hitchhiker  0.00790921 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3703  50S ribosomal protein L3  53.66 
 
 		 212 aa  213  9.999999999999999e-55  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0405  50S ribosomal protein L3P  53.37 
 
 		 214 aa  213  1.9999999999999998e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  unclonable  0.0000000000324929  normal  0.15101 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1161  ribosomal protein L3  52.71 
 
 		 206 aa  213  1.9999999999999998e-54  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000266904  hitchhiker  0.000000567921 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1867  50S ribosomal protein L3  54.81 
 
 		 207 aa  213  2.9999999999999995e-54  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0222976  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0715  ribosomal protein L3  52.43 
 
 		 204 aa  212  2.9999999999999995e-54  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0320  50S ribosomal protein L3  51.2 
 
 		 209 aa  212  3.9999999999999995e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0285067  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2714  50S ribosomal protein L3  50.48 
 
 		 209 aa  211  9e-54  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000231855  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0691  50S ribosomal protein L3  52.43 
 
 		 211 aa  211  1e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00208666  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2232  50S ribosomal protein L3  51.96 
 
 		 213 aa  210  1e-53  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.422626 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2399  50S ribosomal protein L3  50 
 
 		 209 aa  210  1e-53  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000000824684  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0867  50S ribosomal protein L3  51.44 
 
 		 210 aa  209  2e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000729631  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2460  50S ribosomal protein L3  50.72 
 
 		 209 aa  209  2e-53  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0891685 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16240  LSU ribosomal protein L3P  55.34 
 
 		 206 aa  209  4e-53  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0560879  hitchhiker  0.00000737829 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4026  50S ribosomal protein L3  51.43 
 
 		 210 aa  209  4e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000729954 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2711  50S ribosomal protein L3  53.11 
 
 		 211 aa  208  5e-53  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000399657  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01170  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 		 211 aa  208  6e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000794381  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2318  50S ribosomal protein L3  51.63 
 
 		 220 aa  208  6e-53  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000223614  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0107  50S ribosomal protein L3  52.24 
 
 		 213 aa  207  7e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1292  50S ribosomal protein L3  50.49 
 
 		 212 aa  207  8e-53  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.0000167398  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1831  50S ribosomal protein L3  50.7 
 
 		 220 aa  207  1e-52  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000207996  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2065  50S ribosomal protein L3  50.98 
 
 		 209 aa  207  1e-52  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.00000000000562685  normal  0.223373 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1185  50S ribosomal protein L3  50.48 
 
 		 210 aa  207  1e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2174  50S ribosomal protein L3  51.2 
 
 		 209 aa  207  1e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000029924  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2559  50S ribosomal protein L3  53.77 
 
 		 211 aa  206  2e-52  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.101168  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1745  50S ribosomal protein L3  50.48 
 
 		 210 aa  206  2e-52  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000981122  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3751  50S ribosomal protein L3  50.72 
 
 		 209 aa  205  4e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000163503  hitchhiker  0.0040389 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4544  50S ribosomal protein L3  51.2 
 
 		 209 aa  205  4e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000354089  hitchhiker  0.00195748 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0286  50S ribosomal protein L3  49.04 
 
 		 209 aa  205  5e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0410836  hitchhiker  0.00603059 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03171  50S ribosomal protein L3  51.2 
 
 		 209 aa  204  7e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00105587  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0393  ribosomal protein L3  51.2 
 
 		 209 aa  204  7e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000156822  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4643  50S ribosomal protein L3  51.2 
 
 		 209 aa  204  7e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000124545  normal  0.0362623 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3803  50S ribosomal protein L3  51.2 
 
 		 209 aa  204  7e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000338592  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3705  50S ribosomal protein L3  51.2 
 
 		 209 aa  204  7e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000030519  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0393  50S ribosomal protein L3  51.2 
 
 		 209 aa  204  7e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309233  hitchhiker  0.00746366 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3514  50S ribosomal protein L3  51.2 
 
 		 209 aa  204  7e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000214725  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03122  hypothetical protein  51.2 
 
 		 209 aa  204  7e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000891003  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3615  50S ribosomal protein L3  51.2 
 
 		 209 aa  204  7e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000666979  hitchhiker  0.00609107 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0960  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 		 214 aa  204  8e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067151  hitchhiker  0.000000166028 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05715  50S ribosomal protein L3  49.27 
 
 		 205 aa  204  8e-52  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.499117  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0758  50S ribosomal protein L3  48.8 
 
 		 212 aa  204  9e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000233446  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1147  50S ribosomal protein L3  48.53 
 
 		 205 aa  204  9e-52  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0000530687  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2277  50S ribosomal protein L3  50.7 
 
 		 220 aa  204  1e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>