More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_3904 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_3904  50S ribosomal protein L4P  100 
 
 		 259 aa  516  1.0000000000000001e-145  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0628  ribosomal protein L4/L1e  76 
 
 		 232 aa  310  2e-83  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6048  50S ribosomal protein L4  66.06 
 
 		 247 aa  304  9.000000000000001e-82  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.239817 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3142  ribosomal protein L4/L1e  71.15 
 
 		 221 aa  299  4e-80  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.083105  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2658  ribosomal protein L4/L1e  73.2 
 
 		 228 aa  297  1e-79  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4320  ribosomal protein L4/L1e  73.4 
 
 		 204 aa  294  9e-79  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29730  LSU ribosomal protein L4P  69.57 
 
 		 234 aa  292  3e-78  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.379343 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0932  ribosomal protein L4/L1e  68.84 
 
 		 217 aa  288  5.0000000000000004e-77  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.106023  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0583  50S ribosomal protein L4  69.79 
 
 		 245 aa  286  2e-76  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20860  LSU ribosomal protein L4P  67.98 
 
 		 223 aa  283  2.0000000000000002e-75  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.699759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3922  ribosomal protein L4/L1e  66.67 
 
 		 216 aa  283  3.0000000000000004e-75  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0563  50S ribosomal protein L4/L1e  67.86 
 
 		 216 aa  280  1e-74  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2974  50S ribosomal protein L4P  70.37 
 
 		 205 aa  278  6e-74  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.601617  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1014  50S ribosomal protein L4  68.78 
 
 		 219 aa  278  8e-74  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1031  50S ribosomal protein L4  68.78 
 
 		 219 aa  278  8e-74  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.658773 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1041  50S ribosomal protein L4  68.78 
 
 		 219 aa  278  8e-74  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1087  50S ribosomal protein L4  67.19 
 
 		 215 aa  277  1e-73  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.10489 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0307  50S ribosomal protein L4P  69.11 
 
 		 220 aa  277  1e-73  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00224676 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2686  ribosomal protein L4/L1e  69.84 
 
 		 206 aa  275  4e-73  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.751145 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4314  ribosomal protein L4/L1e  67.19 
 
 		 216 aa  275  5e-73  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0116181 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17150  LSU ribosomal protein L4P  68.39 
 
 		 211 aa  275  7e-73  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03990  LSU ribosomal protein L4P  67 
 
 		 228 aa  274  9e-73  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4506  ribosomal protein L4/L1e  63.29 
 
 		 292 aa  274  1.0000000000000001e-72  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0689  ribosomal protein L4/L1e  65.84 
 
 		 234 aa  271  8.000000000000001e-72  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.443511 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1124  ribosomal protein L4/L1e  67.54 
 
 		 248 aa  268  8.999999999999999e-71  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10716  50S ribosomal protein L4  66.49 
 
 		 223 aa  268  8.999999999999999e-71  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.311364 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1306  50S ribosomal protein L4  61.5 
 
 		 219 aa  266  2e-70  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.265076  normal  0.163333 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5048  50S ribosomal protein L4  63.08 
 
 		 218 aa  262  3e-69  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.5122  normal  0.277146 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3434  ribosomal protein L4/L1e  66.49 
 
 		 217 aa  263  3e-69  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2645  50S ribosomal protein L4  61.58 
 
 		 222 aa  260  1e-68  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.264538  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3757  ribosomal protein L4/L1e  69.15 
 
 		 221 aa  254  8e-67  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.221063  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23800  50S ribosomal protein L4  65.02 
 
 		 312 aa  254  1.0000000000000001e-66  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5125  ribosomal protein L4/L1e  64.74 
 
 		 223 aa  253  2.0000000000000002e-66  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0588  ribosomal protein L4/L1e  66.34 
 
 		 228 aa  250  1e-65  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.290054  normal  0.451966 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1186  50S ribosomal protein L4/L1e  63.27 
 
 		 217 aa  248  6e-65  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.107255 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6613  ribosomal protein L4/L1e  65.43 
 
 		 231 aa  247  1e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1708  50S ribosomal protein L4  62.18 
 
 		 218 aa  230  2e-59  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00274066  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0256  ribosomal protein L4/L1 family protein  59.07 
 
 		 221 aa  225  5.0000000000000005e-58  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0399  ribosomal protein L4/L1e  52.26 
 
 		 214 aa  182  3e-45  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0963  ribosomal protein L4/L1e  51.05 
 
 		 207 aa  177  2e-43  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000403747  hitchhiker  0.0000000000267396 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16230  ribosomal protein L4  47.37 
 
 		 207 aa  176  5e-43  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.308573  decreased coverage  0.0000000146284 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0868  50S ribosomal protein L4  45.45 
 
 		 206 aa  170  3e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000685593  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0108  50S ribosomal protein L4  44.15 
 
 		 207 aa  167  1e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0112  50S ribosomal protein L4  44.39 
 
 		 207 aa  166  4e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000123482  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0111  50S ribosomal protein L4  43.39 
 
 		 207 aa  164  9e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000572324  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0132  50S ribosomal protein L4  43.39 
 
 		 207 aa  164  9e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000136863  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0111  50S ribosomal protein L4  43.39 
 
 		 207 aa  164  9e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000900585  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0107  50S ribosomal protein L4  43.39 
 
 		 207 aa  164  9e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  2.56557e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0105  50S ribosomal protein L4  43.39 
 
 		 207 aa  164  9e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000256275  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0142  50S ribosomal protein L4  43.39 
 
 		 207 aa  164  9e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000690155  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0123  50S ribosomal protein L4  43.39 
 
 		 207 aa  164  9e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.21989e-61 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0111  50S ribosomal protein L4  43.39 
 
 		 207 aa  164  9e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000163463  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5194  50S ribosomal protein L4  43.39 
 
 		 207 aa  164  9e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000834057  unclonable  1.98377e-25 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2317  50S ribosomal protein L4  44.79 
 
 		 207 aa  164  1.0000000000000001e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000134967  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2276  50S ribosomal protein L4  44.79 
 
 		 207 aa  164  1.0000000000000001e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000009811  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1830  50S ribosomal protein L4  43.75 
 
 		 207 aa  164  2.0000000000000002e-39  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0478396  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0106  50S ribosomal protein L4  42.86 
 
 		 207 aa  163  3e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000544936  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1160  ribosomal protein L4/L1e  44.5 
 
 		 208 aa  162  3e-39  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000738717  hitchhiker  0.000000590673 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0105  50S ribosomal protein L4  42.33 
 
 		 207 aa  160  2e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000104823  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10010  LSU ribosomal protein L4P  47.12 
 
 		 207 aa  159  5e-38  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.0000045126  hitchhiker  0.00000000148432 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1183  ribosomal protein L4/L1e  43.59 
 
 		 208 aa  157  1e-37  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000000599505  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2710  ribosomal protein L4/L1e  45.26 
 
 		 206 aa  157  2e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000254915  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4025  ribosomal protein L4/L1e  46.93 
 
 		 221 aa  156  4e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000717748 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01180  ribosomal protein L4/L1e  43.62 
 
 		 209 aa  155  6e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000715314  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1347  50S ribosomal protein L4  44.92 
 
 		 206 aa  154  1e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2422  50S ribosomal protein L4  45.11 
 
 		 208 aa  154  1e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00578828  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1184  ribosomal protein L4/L1e  45.56 
 
 		 223 aa  154  2e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1523  ribosomal protein L4/L1e  44.21 
 
 		 207 aa  154  2e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.790483  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0716  ribosomal protein L4/L1e  41.29 
 
 		 223 aa  153  2e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0193  ribosomal protein L4/L1e  44.02 
 
 		 214 aa  153  2.9999999999999998e-36  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4916  ribosomal protein L4/L1e  45.41 
 
 		 209 aa  152  4e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.1186  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0059  50S ribosomal protein L4  42.78 
 
 		 207 aa  152  5e-36  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0599605  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0287  50S ribosomal protein L4  42.25 
 
 		 206 aa  151  8.999999999999999e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0371511  hitchhiker  0.00627174 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0197  50S ribosomal protein L4  40.8 
 
 		 207 aa  151  1e-35  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00203095  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2064  50S ribosomal protein L4  43.41 
 
 		 206 aa  150  2e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.00000000000384651  normal  0.231159 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0195  LSU ribosomal protein L4P  41.18 
 
 		 207 aa  150  2e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00135777  normal  0.0747506 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0292  50S ribosomal protein L4  43.32 
 
 		 205 aa  150  2e-35  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000472593  unclonable  1.9716100000000001e-28 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1616  ribosomal protein L4/L1e  43.46 
 
 		 212 aa  149  3e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3666  50S ribosomal protein L4  44.07 
 
 		 206 aa  148  8e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000305367  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2713  50S ribosomal protein L4  42.16 
 
 		 204 aa  147  1.0000000000000001e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0423  50S ribosomal protein L4  41.94 
 
 		 207 aa  147  1.0000000000000001e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000203712  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2459  50S ribosomal protein L4P  42.25 
 
 		 207 aa  147  2.0000000000000003e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0863955 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2904  50S ribosomal protein L4  40.96 
 
 		 208 aa  146  3e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000879055  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0759  50S ribosomal protein L4  40.44 
 
 		 207 aa  146  4.0000000000000006e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000566858  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2398  50S ribosomal protein L4  41.62 
 
 		 204 aa  146  4.0000000000000006e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000730975  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1744  50S ribosomal protein L4  39.59 
 
 		 208 aa  144  1e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000318286  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1906  50S ribosomal protein L4  41.71 
 
 		 207 aa  144  1e-33  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000335339  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0692  50S ribosomal protein L4  44.19 
 
 		 210 aa  144  2e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000477042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1764  50S ribosomal protein L4  41.49 
 
 		 206 aa  144  2e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00135584  normal  0.669415 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0226  ribosomal protein L4/L1e  42.25 
 
 		 207 aa  143  3e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16771  50S ribosomal protein L4  45.4 
 
 		 211 aa  143  3e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0427  50S ribosomal protein L4  40.21 
 
 		 200 aa  143  3e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000154423  decreased coverage  0.00000614317 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0702  50S ribosomal protein L4  41.85 
 
 		 206 aa  142  4e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000569503  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0375  50S ribosomal protein L4  47.7 
 
 		 211 aa  142  4e-33  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17391  50S ribosomal protein L4  45.71 
 
 		 210 aa  141  8e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0290  ribosomal protein L4/L1e  40.21 
 
 		 208 aa  141  9e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00437959  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2401  50S ribosomal protein L4  39.9 
 
 		 208 aa  141  9.999999999999999e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000036372  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0080  50S ribosomal protein L4  39.79 
 
 		 206 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.186923 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2019  50S ribosomal protein L4  43.48 
 
 		 206 aa  141  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17481  50S ribosomal protein L4  44.57 
 
 		 210 aa  140  1.9999999999999998e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.533381  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>