More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_3280 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_3280  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  100 
 
 
295 aa  584  1e-166  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1178  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  68.06 
 
 
287 aa  380  1e-104  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.437814  hitchhiker  0.0000509999 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1288  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  68.55 
 
 
287 aa  376  1e-103  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0117449  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5962  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  66.08 
 
 
291 aa  374  1e-102  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4028  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  63.14 
 
 
292 aa  353  2e-96  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7994  DNA-formamidopyrimidine glycosylase  64.81 
 
 
288 aa  350  2e-95  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.658863  normal  0.37052 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5289  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  63.7 
 
 
280 aa  347  1e-94  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8016  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  61.3 
 
 
290 aa  347  1e-94  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3600  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  58.33 
 
 
323 aa  346  3e-94  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0213  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  65.03 
 
 
284 aa  345  4e-94  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09500  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  64.01 
 
 
287 aa  343  2.9999999999999997e-93  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.796001  normal  0.248417 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1140  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  62.46 
 
 
291 aa  341  9e-93  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.182904  normal  0.0110455 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0652  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  62.5 
 
 
296 aa  337  1.9999999999999998e-91  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3432  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  62.25 
 
 
297 aa  336  2.9999999999999997e-91  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.421971  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1930  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  58.8 
 
 
296 aa  330  2e-89  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.20568  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1996  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  58.47 
 
 
296 aa  329  3e-89  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0991717  normal  0.409314 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1950  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  58.47 
 
 
296 aa  329  3e-89  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2779  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  61.22 
 
 
294 aa  326  3e-88  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.60461  normal  0.185547 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1573  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  60.07 
 
 
284 aa  325  4.0000000000000003e-88  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0779267 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1884  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  60.49 
 
 
285 aa  323  1e-87  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0177136  normal  0.0421989 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4191  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  58.39 
 
 
282 aa  318  6e-86  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1377  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  56.21 
 
 
308 aa  315  8e-85  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0231315  normal  0.123863 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2172  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  56.57 
 
 
293 aa  314  9.999999999999999e-85  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2238  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  55.59 
 
 
323 aa  310  2e-83  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000837179 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2073  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  55.33 
 
 
295 aa  310  2e-83  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.309894  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1568  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  56.01 
 
 
286 aa  307  1.0000000000000001e-82  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0325759  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2500  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  53.85 
 
 
326 aa  306  4.0000000000000004e-82  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12939  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  55.78 
 
 
289 aa  301  1e-80  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.598328  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10870  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase /Formamidopyrimidine-DNA glycosylase  57.39 
 
 
297 aa  292  4e-78  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.122631  normal  0.207614 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1610  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  57.86 
 
 
310 aa  291  8e-78  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.754321  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2292  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  56.73 
 
 
324 aa  291  9e-78  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0207185  hitchhiker  0.000725922 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11300  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase /Formamidopyrimidine-DNA glycosylase  56.72 
 
 
309 aa  281  6.000000000000001e-75  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0357152 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2272  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  51.65 
 
 
339 aa  277  1e-73  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08910  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase /Formamidopyrimidine-DNA glycosylase  54.45 
 
 
305 aa  277  1e-73  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1665  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  53.97 
 
 
309 aa  277  1e-73  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.359541  normal  0.0131622 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18350  formamidopyrimidine-DNA glycosylase Fpg  50.32 
 
 
313 aa  247  2e-64  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1194  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  43.86 
 
 
273 aa  197  1.0000000000000001e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2416  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  40.21 
 
 
275 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.0238736 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0319  DNA-formamidopyrimidine glycosylase  41.99 
 
 
271 aa  196  4.0000000000000005e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.877297  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3072  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  42.45 
 
 
271 aa  194  1e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1323  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  40.14 
 
 
282 aa  187  3e-46  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1598  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  39.51 
 
 
277 aa  185  7e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.234596  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0788  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  40.43 
 
 
274 aa  185  8e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3749  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  40.21 
 
 
270 aa  185  9e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1420  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  34.41 
 
 
276 aa  183  3e-45  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000197606  hitchhiker  0.0000000009572 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1864  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  41.64 
 
 
271 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00234848  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0997  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  39.57 
 
 
271 aa  182  6e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4717  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  36.07 
 
 
276 aa  181  1e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.816439  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2023  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  38.38 
 
 
281 aa  181  1e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.0000058867  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4696  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  35.71 
 
 
276 aa  181  1e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0105721  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4711  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  35.71 
 
 
276 aa  181  1e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0250584  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0542  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  35.71 
 
 
276 aa  181  1e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.149234  hitchhiker  0.000000000000030206 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4726  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  35.71 
 
 
271 aa  180  2e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4481  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  36.07 
 
 
276 aa  181  2e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4316  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  36.07 
 
 
276 aa  181  2e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.703186  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4327  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  36.07 
 
 
276 aa  181  2e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4701  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  36.07 
 
 
276 aa  181  2e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.00822e-32 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4830  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  36.07 
 
 
276 aa  181  2e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0261944  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04870  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  37.99 
 
 
274 aa  179  7e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000175141  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0399  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  34.77 
 
 
272 aa  179  7e-44  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4178  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  39.39 
 
 
293 aa  178  9e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.30748  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3690  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  36.43 
 
 
271 aa  178  1e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1584  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  41.94 
 
 
275 aa  177  1e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.364573  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4416  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  36.07 
 
 
276 aa  177  1e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.192339  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2469  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  36.92 
 
 
273 aa  176  3e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000327901  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3271  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  35.36 
 
 
276 aa  175  7e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00866988  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1271  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  39.36 
 
 
277 aa  173  1.9999999999999998e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0651657  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0319  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  41.26 
 
 
276 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4104  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  34.05 
 
 
271 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3836  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  41.2 
 
 
283 aa  173  2.9999999999999996e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.149309 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2672  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  36.27 
 
 
274 aa  172  5e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000821198  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2969  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / formamidopyrimidine-DNA glycosylase  42.55 
 
 
281 aa  172  5e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.158324  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3924  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  35.13 
 
 
271 aa  172  5e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.132547  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0599  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  34.77 
 
 
274 aa  172  5.999999999999999e-42  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5102  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  38.87 
 
 
277 aa  172  5.999999999999999e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2648  DNA-formamidopyrimidine glycosylase  37.41 
 
 
271 aa  172  6.999999999999999e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00588455  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0117  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  36.92 
 
 
271 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.481524 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3429  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  38.3 
 
 
278 aa  172  9e-42  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3623  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  39.21 
 
 
272 aa  171  1e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3886  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  34.77 
 
 
271 aa  171  1e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1921  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  34.64 
 
 
280 aa  171  2e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1946  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  39.78 
 
 
273 aa  170  2e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00657  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  36.17 
 
 
269 aa  170  3e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0616  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  34.05 
 
 
274 aa  169  3e-41  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0517  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  40 
 
 
275 aa  170  3e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.501091  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0346  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  40.83 
 
 
284 aa  169  4e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2378  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  40.93 
 
 
270 aa  169  7e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.067562 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2758  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  40.93 
 
 
270 aa  169  7e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3974  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  36.43 
 
 
271 aa  168  9e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.715653 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2649  formamidopyrimidine-DNA glycosylase / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  39.1 
 
 
277 aa  168  9e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.849612 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00058  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  37.01 
 
 
269 aa  167  1e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.170745  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4387  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  35.48 
 
 
269 aa  168  1e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00707476  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3029  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  38.19 
 
 
283 aa  168  1e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.255462 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0045  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  39.64 
 
 
270 aa  167  1e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.890377  normal  0.0669728 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001817  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  35.61 
 
 
269 aa  168  1e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000220306  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1404  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  38.87 
 
 
276 aa  167  2e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1489  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  34.16 
 
 
273 aa  167  2e-40  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0461196  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0162  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  37.28 
 
 
269 aa  167  2e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.433253  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0686  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  36.69 
 
 
279 aa  167  2e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.375563  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3881  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  36.07 
 
 
271 aa  167  2e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>