More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_3177 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014165  Tbis_1068  guanosine pentaphosphate synthetase I/polyribonucleotide nucleotidyltransferase  73.01 
 
 
773 aa  1066    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.63376  normal  0.0171355 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12796  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  71.29 
 
 
752 aa  1057    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2164  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  72.81 
 
 
759 aa  1087    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00328934  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2132  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  73.57 
 
 
773 aa  1112    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3583  guanosine pentaphosphate synthetase I/polyribonucleotide nucleotidyltransferase  73.02 
 
 
770 aa  1087    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1439  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  74.66 
 
 
752 aa  1084    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000130923 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2478  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  74.05 
 
 
744 aa  1097    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0963383  normal  0.320365 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14690  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  72.05 
 
 
823 aa  1075    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.423913  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0784  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  72.32 
 
 
767 aa  1089    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1339  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  72.5 
 
 
786 aa  1051    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.133995  hitchhiker  0.000450974 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5112  guanosine pentaphosphate synthetase I/polyribonucleotide nucleotidyltransferase  68.46 
 
 
825 aa  1007    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.191033  normal  0.121153 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0213  guanosine pentaphosphate synthetase I/polyribonucleotide nucleotidyltransferase  65.63 
 
 
926 aa  988    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10380  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  69.73 
 
 
753 aa  1031    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0265534  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2083  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  73.36 
 
 
759 aa  1057    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.408201  normal  0.158604 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3324  guanosine pentaphosphate synthetase I/polyribonucleotide nucleotidyltransferase  71.78 
 
 
775 aa  1063    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.109983  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2221  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  73.8 
 
 
750 aa  1060    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000781302  normal  0.116464 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07100  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  70.91 
 
 
753 aa  1052    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0664507  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1738  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  72.64 
 
 
750 aa  1075    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1518  guanosine pentaphosphate synthetase I/polyribonucleotide nucleotidyltransferase  73.02 
 
 
744 aa  1089    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.734214  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1466  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  75.89 
 
 
746 aa  1094    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.859477  normal  0.095353 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5823  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  74.93 
 
 
747 aa  1100    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.410349  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3555  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  72.1 
 
 
729 aa  1052    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.50127 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0643  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  57.37 
 
 
792 aa  754    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1381  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  72.07 
 
 
785 aa  1050    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.491374  normal  0.832187 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7876  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  76.61 
 
 
737 aa  1139    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.017282 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3954  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  76.8 
 
 
762 aa  1128    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0796905  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0035  guanosine pentaphosphate synthetase I/polyribonucleotide nucleotidyltransferase  72.25 
 
 
791 aa  1053    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1025  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  74.18 
 
 
735 aa  1103    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1189  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  72.02 
 
 
729 aa  1041    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.266903 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4023  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  72.16 
 
 
756 aa  1051    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.688268  normal  0.0248792 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2100  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  73.36 
 
 
759 aa  1057    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0644051  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23380  guanosine pentaphosphate synthetase I/polynucleotide phosphorylase  73.37 
 
 
735 aa  1058    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0262857 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1664  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  66.16 
 
 
913 aa  988    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.123997  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09250  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  72.06 
 
 
842 aa  1102    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1434  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  74.38 
 
 
746 aa  1097    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.153931  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1508  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  75 
 
 
782 aa  1066    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.604737  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1217  guanosine pentaphosphate synthetase I/polyribonucleotide nucleotidyltransferase  73.9 
 
 
744 aa  1048    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.118879  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3177  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  100 
 
 
742 aa  1498    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2146  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  73.36 
 
 
759 aa  1057    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0744177 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2350  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  72.78 
 
 
754 aa  1040    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.78802  decreased coverage  0.00350864 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1418  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.53 
 
 
686 aa  609  1e-173  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00293848  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1639  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.58 
 
 
700 aa  592  1e-168  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07900  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  45.21 
 
 
705 aa  587  1e-166  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1442  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  48.15 
 
 
735 aa  586  1e-166  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0071  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.39 
 
 
714 aa  586  1e-166  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000128899  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3180  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  45.03 
 
 
746 aa  588  1e-166  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.846647 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2522  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.29 
 
 
755 aa  584  1.0000000000000001e-165  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0418  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.51 
 
 
700 aa  581  1e-164  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1258  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.51 
 
 
733 aa  581  1e-164  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1707  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.88 
 
 
703 aa  580  1e-164  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3232  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  46.84 
 
 
761 aa  575  1.0000000000000001e-163  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.555601 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1450  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  45.98 
 
 
718 aa  576  1.0000000000000001e-163  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.103052  normal  0.272177 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1161  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.53 
 
 
712 aa  576  1.0000000000000001e-163  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000184021  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3670  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.38 
 
 
723 aa  577  1.0000000000000001e-163  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.443696  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0268  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  48.03 
 
 
714 aa  576  1.0000000000000001e-163  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00840028 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4382  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46 
 
 
712 aa  577  1.0000000000000001e-163  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.968521 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0841  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.49 
 
 
701 aa  572  1.0000000000000001e-162  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2448  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.24 
 
 
715 aa  572  1.0000000000000001e-162  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.257146  normal  0.977179 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0175  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46 
 
 
714 aa  574  1.0000000000000001e-162  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3192  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  46.62 
 
 
715 aa  572  1.0000000000000001e-162  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.002791  normal  0.0369352 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2704  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.95 
 
 
722 aa  572  1.0000000000000001e-162  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0597018  normal  0.0425513 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1696  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.98 
 
 
699 aa  572  1.0000000000000001e-162  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00000649299  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10960  polyribonucleotide nucleotidyltransferase (polynucleotide phosphorylase)  46.84 
 
 
743 aa  572  1.0000000000000001e-162  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000522629  unclonable  0.00000000397306 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0906  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.06 
 
 
703 aa  573  1.0000000000000001e-162  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.80141  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3446  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.8 
 
 
714 aa  572  1.0000000000000001e-162  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0178  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.09 
 
 
712 aa  572  1.0000000000000001e-162  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2459  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.68 
 
 
710 aa  573  1.0000000000000001e-162  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00423347  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0436  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.48 
 
 
722 aa  572  1e-161  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3607  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.35 
 
 
711 aa  570  1e-161  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0028  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.76 
 
 
718 aa  570  1e-161  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.171141 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1628  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  45.43 
 
 
741 aa  570  1e-161  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000106447 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1334  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.93 
 
 
698 aa  571  1e-161  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.799065  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1360  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.93 
 
 
698 aa  571  1e-161  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0605  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.9 
 
 
718 aa  570  1e-161  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0227  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.37 
 
 
722 aa  571  1e-161  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.133448  normal  0.547858 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1007  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.76 
 
 
693 aa  570  1e-161  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0328519  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3880  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.92 
 
 
777 aa  569  1e-161  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4507  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.69 
 
 
745 aa  568  1e-161  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.398327 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3461  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.61 
 
 
706 aa  570  1e-161  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5457  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.62 
 
 
701 aa  569  1e-161  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0743  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.55 
 
 
713 aa  568  1e-161  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.10381  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0541  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  46.07 
 
 
711 aa  567  1e-160  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3604  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.9 
 
 
725 aa  566  1e-160  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0558589  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3845  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.49 
 
 
712 aa  565  1e-160  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2207  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.26 
 
 
705 aa  565  1e-160  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4483  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.07 
 
 
711 aa  567  1e-160  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3356  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.07 
 
 
711 aa  567  1e-160  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1056  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.32 
 
 
747 aa  568  1e-160  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000737281  hitchhiker  0.00038852 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0788  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  45.22 
 
 
732 aa  567  1e-160  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000677019  normal  0.144869 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002613  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  45.59 
 
 
711 aa  568  1e-160  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3460  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.07 
 
 
711 aa  566  1e-160  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.234004 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3935  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.66 
 
 
715 aa  568  1e-160  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138516  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0939  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.81 
 
 
739 aa  568  1e-160  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.57478  normal  0.652932 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3854  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.63 
 
 
712 aa  567  1e-160  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000107333  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0534  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.07 
 
 
711 aa  567  1e-160  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000544711 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0559  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  45.84 
 
 
692 aa  567  1e-160  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.745175 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62710  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.62 
 
 
701 aa  567  1e-160  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.14789  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02982  hypothetical protein  45.23 
 
 
734 aa  567  1e-160  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0825  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.72 
 
 
698 aa  565  1e-160  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0159879 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1950  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.11 
 
 
740 aa  566  1e-160  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.139447  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>