224 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_2735 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_2735  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 104 aa  199  8e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5209  transcriptional regulator, XRE family  61.7 
 
 		 148 aa  98.6  3e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2037  transcriptional regulator, XRE family  57.83 
 
 		 154 aa  87  9e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00457383  normal  0.0572202 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25230  Helix-turn-helix protein  70.89 
 
 		 142 aa  86.7  1e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.129627  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2180  transcriptional regulator, XRE family  61.33 
 
 		 101 aa  84.3  5e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165219  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8637  putative transcriptional regulator, XRE family  51.33 
 
 		 118 aa  84.3  5e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0211  transcriptional regulator, XRE family  59.18 
 
 		 108 aa  82  0.000000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4260  transcriptional regulator, XRE family  53.57 
 
 		 119 aa  77.8  0.00000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.34478  normal  0.429613 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0221  transcriptional regulator, XRE family  52.81 
 
 		 115 aa  75.9  0.0000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2810  transcriptional regulator, XRE family  55.26 
 
 		 135 aa  74.7  0.0000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000143995  hitchhiker  0.0000258946 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1647  helix-turn-helix domain protein  58.97 
 
 		 118 aa  74.3  0.0000000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.230686  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4921  XRE family transcriptional regulator  55.81 
 
 		 260 aa  73.6  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.320603  hitchhiker  0.00542326 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2772  XRE family transcriptional regulator  57.89 
 
 		 250 aa  72.4  0.000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3701  transcriptional regulator, XRE family  64.79 
 
 		 140 aa  70.5  0.000000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.831068 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4898  transcriptional regulator, XRE family  57.53 
 
 		 127 aa  70.1  0.000000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.680756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0696  XRE family transcriptional regulator  56.41 
 
 		 228 aa  70.1  0.000000000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0643  XRE family transcriptional regulator  56.41 
 
 		 191 aa  69.3  0.00000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.605698  hitchhiker  0.00857355 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1777  helix-turn-helix domain protein  53.62 
 
 		 91 aa  68.9  0.00000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1480  transcriptional regulator, XRE family  48.24 
 
 		 116 aa  67.8  0.00000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1357  XRE family transcriptional regulator  53.62 
 
 		 150 aa  67  0.00000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.181997  hitchhiker  0.000155251 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3537  XRE family transcriptional regulator  54.17 
 
 		 103 aa  66.6  0.0000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.202101 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1208  XRE family transcriptional regulator  52.78 
 
 		 106 aa  66.2  0.0000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00990984  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1399  helix-turn-helix domain-containing protein  53.62 
 
 		 150 aa  66.6  0.0000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.277192 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12758  transcriptional regulator  51.22 
 
 		 112 aa  63.5  0.0000000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000234539  normal  0.119719 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10510  Helix-turn-helix protein  50.68 
 
 		 101 aa  62.8  0.000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07210  Helix-turn-helix protein  48.75 
 
 		 101 aa  63.5  0.000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.217016  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1487  helix-turn-helix domain protein  46.75 
 
 		 179 aa  62.4  0.000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.735589  normal  0.4627 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5797  helix-turn-helix domain protein  55.07 
 
 		 138 aa  62.4  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25140  Helix-turn-helix protein  52.05 
 
 		 158 aa  62.4  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2125  XRE family transcriptional regulator  49.33 
 
 		 104 aa  62.8  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2171  XRE family transcriptional regulator  49.33 
 
 		 104 aa  62.8  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.864046  normal  0.421103 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2112  XRE family transcriptional regulator  49.33 
 
 		 104 aa  62.8  0.000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0670515 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3937  helix-turn-helix domain protein  53.62 
 
 		 134 aa  62.4  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0798  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  49.32 
 
 		 119 aa  61.2  0.000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.529915  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2198  helix-turn-helix domain protein  54.69 
 
 		 116 aa  61.6  0.000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23240  Helix-turn-helix protein  46.75 
 
 		 109 aa  61.2  0.000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0729263  normal  0.0373097 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2397  XRE family transcriptional regulator  57.38 
 
 		 110 aa  60.5  0.000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00284023 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7081  transcriptional regulator, XRE family  53.12 
 
 		 245 aa  59.7  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.642165 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2455  transcriptional regulator, XRE family  44.16 
 
 		 104 aa  58.5  0.00000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3303  transcriptional regulator, XRE family  47.95 
 
 		 127 aa  58.9  0.00000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0158159  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17970  Helix-turn-helix protein  47.95 
 
 		 108 aa  58.5  0.00000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.162477  normal  0.719261 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3988  XRE family transcriptional regulator  55.93 
 
 		 104 aa  58.2  0.00000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.475712  normal  0.319411 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1037  transcriptional regulator, XRE family  46.75 
 
 		 99 aa  57.8  0.00000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1457  XRE family transcriptional regulator  44.16 
 
 		 116 aa  57.4  0.00000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00956808  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1459  transcriptional regulator, XRE family  44.16 
 
 		 119 aa  57  0.00000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000265254 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1238  transcriptional regulator, XRE family  46.67 
 
 		 114 aa  56.2  0.0000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1148  XRE family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 99 aa  56.2  0.0000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.406355  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0282  Xre family transcriptional regulator  44.68 
 
 		 169 aa  56.6  0.0000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00774991  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2176  putative transcriptional regulator, XRE family  46.58 
 
 		 119 aa  55.8  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1539  transcriptional regulator, XRE family  45.33 
 
 		 120 aa  55.1  0.0000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.12851  normal  0.11889 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1098  XRE family transcriptional regulator  46.58 
 
 		 122 aa  54.7  0.0000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.380138  normal  0.0621931 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2325  helix-turn-helix domain-containing protein  44.93 
 
 		 89 aa  52.4  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.665096  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5143  putative transcriptional regulator, XRE family  46.77 
 
 		 192 aa  51.2  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0117731  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0949  putative transcriptional regulator, XRE family  43.64 
 
 		 175 aa  50.8  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.596696  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8227  transcriptional regulator, XRE family  48.08 
 
 		 165 aa  49.7  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.556785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  58.82 
 
 		 252 aa  49.7  0.00001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0336  XRE family transcriptional regulator  50.91 
 
 		 140 aa  50.1  0.00001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.000000000838003  normal  0.0169736 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1000  transcriptional regulator, XRE family  44.29 
 
 		 504 aa  49.7  0.00001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1448  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 117 aa  48.9  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.458013 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0025  transcriptional regulator, XRE family  48.08 
 
 		 183 aa  48.9  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.401315  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0654  transcriptional regulator, XRE family  49.32 
 
 		 118 aa  48.9  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.213362  normal  0.631068 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4719  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 156 aa  49.7  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0488  XRE family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 145 aa  49.3  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.578439  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2248  transcriptional regulator, XRE family  39.19 
 
 		 505 aa  49.3  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.99928  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4622  transcriptional regulator, XRE family  48.15 
 
 		 170 aa  48.9  0.00003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.759922  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5130  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  41.1 
 
 		 188 aa  48.1  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.87177  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7019  putative transcriptional regulator, XRE family  43.75 
 
 		 109 aa  48.1  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0999583 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2021  transcriptional regulator, XRE family  33.77 
 
 		 500 aa  48.1  0.00004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17240  predicted transcriptional regulator  43.55 
 
 		 242 aa  48.1  0.00004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.928492 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1702  transcriptional regulator, XRE family  42.62 
 
 		 218 aa  48.1  0.00004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2636  transcriptional regulator, XRE family  32.47 
 
 		 496 aa  47.8  0.00005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 190 aa  47.4  0.00006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 192 aa  47.4  0.00006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 192 aa  47.4  0.00006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 219 aa  47.8  0.00006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 192 aa  47.4  0.00006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 193 aa  47.4  0.00007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4259  helix-turn-helix domain-containing protein  47.3 
 
 		 153 aa  47.4  0.00007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0867385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6157  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 277 aa  47  0.00009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.540338  normal  0.674007 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 192 aa  47  0.00009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 189 aa  47  0.00009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 192 aa  47  0.00009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4439  transcriptional regulator, XRE family  46.3 
 
 		 190 aa  47  0.00009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  45.45 
 
 		 236 aa  46.2  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0840  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 162 aa  46.6  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  46.3 
 
 		 128 aa  46.2  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4004  transcriptional regulator, XRE family  37.29 
 
 		 181 aa  46.2  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0663  transcriptional regulator, XRE family  40.35 
 
 		 145 aa  46.6  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10482  transcriptional regulator  44.23 
 
 		 140 aa  46.6  0.0001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 227 aa  45.4  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0379  XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 191 aa  45.8  0.0002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0164716 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  45.45 
 
 		 236 aa  46.2  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1224  transcriptional regulator, XRE family  37.04 
 
 		 94 aa  45.4  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000350167  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4522  transcriptional regulator, XRE family  38.1 
 
 		 188 aa  46.2  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0681879  normal  0.0291061 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0460  XRE family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 325 aa  46.2  0.0002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.321413 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0067  XRE family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 233 aa  46.2  0.0002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4917  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 184 aa  45.8  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0101  XRE family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 182 aa  46.2  0.0002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0310115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0316  XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 191 aa  45.8  0.0002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3301  XRE family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 234 aa  45.8  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>