More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_2618 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008705  Mkms_3675  AMP-dependent synthetase and ligase  55.57 
 
 
602 aa  649  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.438737  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1594  AMP-dependent synthetase and ligase  56.13 
 
 
617 aa  693  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.129447  normal  0.216287 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2618  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
610 aa  1230  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1894  AMP-dependent synthetase and ligase  54.86 
 
 
613 aa  675  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.391707  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3602  AMP-dependent synthetase and ligase  55.57 
 
 
602 aa  649  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0482312  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3607  AMP-dependent synthetase and ligase  55.74 
 
 
602 aa  650  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.12071  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3196  AMP-dependent synthetase and ligase  54.92 
 
 
622 aa  653  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  55 
 
 
649 aa  647  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3514  AMP-dependent synthetase and ligase  52.88 
 
 
612 aa  626  1e-178  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0925  AMP-dependent synthetase and ligase  54.74 
 
 
606 aa  623  1e-177  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0981  AMP-dependent synthetase and ligase  54.24 
 
 
606 aa  621  1e-176  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0984  AMP-dependent synthetase and ligase  53.74 
 
 
606 aa  615  1e-175  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.423354  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0968  AMP-dependent synthetase and ligase  53.12 
 
 
607 aa  602  1e-171  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.114084  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  41.95 
 
 
605 aa  460  1e-128  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1524  AMP-dependent synthetase and ligase  42.28 
 
 
604 aa  446  1e-124  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1619  AMP-dependent synthetase and ligase  42.11 
 
 
604 aa  445  1e-123  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0702243  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2345  AMP-dependent synthetase and ligase  41.95 
 
 
604 aa  444  1e-123  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0314  AMP-dependent synthetase and ligase  36.49 
 
 
597 aa  407  1e-112  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  4.90287e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3503  AMP-dependent synthetase and ligase  36.67 
 
 
618 aa  387  1e-106  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129901  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4936  AMP-dependent synthetase and ligase  36.67 
 
 
626 aa  385  1e-105  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.457065  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  36.89 
 
 
603 aa  385  1e-105  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  9.42642e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3729  AMP-dependent synthetase and ligase  36.58 
 
 
594 aa  385  1e-105  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4099  AMP-dependent synthetase and ligase  37.96 
 
 
623 aa  382  1e-104  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.16111  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2093  AMP-dependent synthetase and ligase  38.14 
 
 
603 aa  373  1e-102  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.90316e-12 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0626  AMP-dependent synthetase and ligase  38.37 
 
 
633 aa  372  1e-101  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2060  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.86 
 
 
601 aa  364  2e-99  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2125  AMP-dependent synthetase and ligase  36.77 
 
 
603 aa  363  4e-99  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00466238  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24290  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  39.12 
 
 
599 aa  363  5e-99  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.954614  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1398  AMP-dependent synthetase and ligase  39.11 
 
 
602 aa  361  2e-98  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0962  AMP-dependent synthetase and ligase  36.62 
 
 
604 aa  360  6e-98  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.182465  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3006  AMP-dependent synthetase and ligase  34.43 
 
 
607 aa  359  8e-98  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2594  AMP-dependent synthetase and ligase  37.71 
 
 
608 aa  358  1e-97  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  34.86 
 
 
607 aa  358  1e-97  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1122  AMP-dependent synthetase and ligase  37.82 
 
 
606 aa  355  1e-96  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2696  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.08 
 
 
597 aa  355  1e-96  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3330  AMP-dependent synthetase and ligase  37.92 
 
 
616 aa  355  2e-96  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2003  AMP-dependent synthetase and ligase  36.89 
 
 
606 aa  354  2e-96  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0649106  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  34.67 
 
 
610 aa  353  4e-96  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  36.15 
 
 
633 aa  353  6e-96  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1820  AMP-dependent synthetase and ligase  37.42 
 
 
604 aa  352  1e-95  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.591607 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3113  AMP-dependent synthetase and ligase  38.74 
 
 
600 aa  352  1e-95  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13790  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  37.31 
 
 
611 aa  350  4e-95  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0545474  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1442  AMP-dependent synthetase and ligase  38.1 
 
 
603 aa  349  1e-94  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.526185  normal  0.152333 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2070  AMP-dependent synthetase and ligase  38.46 
 
 
600 aa  348  2e-94  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.432369  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0747  AMP-dependent synthetase and ligase  36.36 
 
 
602 aa  347  3e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4728  AMP-dependent synthetase and ligase  34.75 
 
 
592 aa  347  3e-94  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.710201  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15760  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  37.1 
 
 
606 aa  347  4e-94  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.120658  normal  0.270208 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0972  long-chain fatty-acid-CoA ligase  34.33 
 
 
610 aa  347  4e-94  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1388  AMP-dependent synthetase and ligase  36.21 
 
 
602 aa  346  7e-94  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00824  hypothetical protein  34.75 
 
 
602 aa  345  2e-93  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0061  AMP-dependent synthetase and ligase  36.28 
 
 
598 aa  345  2e-93  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.783683  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3277  AMP-dependent synthetase and ligase  37.23 
 
 
599 aa  344  3e-93  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2750  putative AMP-binding enzyme  36.92 
 
 
611 aa  344  3e-93  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3973  AMP-dependent synthetase and ligase  36.21 
 
 
597 aa  344  3e-93  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1856  AMP-dependent synthetase and ligase  35.7 
 
 
622 aa  344  3e-93  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2606  AMP-dependent synthetase and ligase  31.09 
 
 
592 aa  344  4e-93  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.254378  normal  0.619309 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3732  AMP-dependent synthetase and ligase  35.27 
 
 
590 aa  343  5e-93  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001650  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.19 
 
 
602 aa  343  7e-93  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3131  AMP-dependent synthetase and ligase  35.61 
 
 
599 aa  342  9e-93  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3606  AMP-dependent synthetase and ligase  36.49 
 
 
601 aa  342  1e-92  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0075  AMP-dependent synthetase and ligase  35.63 
 
 
601 aa  340  3e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1031  long-chain fatty-acid-CoA ligase  37.36 
 
 
598 aa  340  4e-92  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0077  AMP-dependent synthetase and ligase  35.63 
 
 
601 aa  340  5e-92  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3509  AMP-dependent synthetase and ligase  37.35 
 
 
599 aa  340  6e-92  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.889293  normal  0.0246515 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1391  AMP-dependent synthetase and ligase  34.22 
 
 
610 aa  340  6e-92  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1374  AMP-dependent synthetase and ligase  34.94 
 
 
590 aa  340  6e-92  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1487  AMP-dependent synthetase and ligase  33.39 
 
 
610 aa  339  9e-92  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4274  AMP-dependent synthetase and ligase  35.63 
 
 
601 aa  338  1e-91  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0080  AMP-dependent synthetase and ligase  35.63 
 
 
601 aa  338  1e-91  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0633  AMP-dependent synthetase and ligase  37.56 
 
 
601 aa  338  2e-91  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.178096  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1299  AMP-dependent synthetase and ligase  35.09 
 
 
609 aa  337  4e-91  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1901  AMP-dependent synthetase and ligase  37.19 
 
 
606 aa  336  6e-91  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.122495  hitchhiker  3.27223e-05 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4869  AMP-dependent synthetase and ligase  36.13 
 
 
600 aa  336  6e-91  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.424656  normal  0.600956 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1114  AMP-dependent synthetase and ligase  36.19 
 
 
596 aa  336  8e-91  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06190  probable long chain fatty-acid CoA ligase  35.79 
 
 
592 aa  335  1e-90  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3794  AMP-dependent synthetase and ligase  34.81 
 
 
601 aa  335  2e-90  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1953  AMP-dependent synthetase and ligase  36.83 
 
 
613 aa  335  2e-90  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.163962 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0595  AMP-dependent synthetase and ligase  35.83 
 
 
601 aa  335  2e-90  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2081  AMP-dependent synthetase and ligase  33.56 
 
 
598 aa  335  2e-90  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.39737  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1383  AMP-dependent synthetase and ligase  36.23 
 
 
602 aa  335  2e-90  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.321435  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1135  long-chain fatty-acid-CoA ligase  33.77 
 
 
610 aa  334  2e-90  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.420204  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3046  AMP-dependent synthetase and ligase  35.64 
 
 
607 aa  334  3e-90  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  38.6 
 
 
592 aa  334  3e-90  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0976  AMP-dependent synthetase and ligase  36.68 
 
 
615 aa  334  3e-90  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00986526  normal  0.875047 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1304  AMP-dependent synthetase and ligase  37.12 
 
 
591 aa  333  4e-90  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3595  long-chain-fatty-acid--CoA ligase (acyl-CoA synthetase)  33.33 
 
 
587 aa  333  4e-90  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3549  AMP-dependent synthetase and ligase  36.03 
 
 
602 aa  333  6e-90  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.821705  normal  0.444689 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3344  AMP-dependent synthetase and ligase  35.69 
 
 
597 aa  333  8e-90  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.260522  normal  0.185703 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3282  AMP-dependent synthetase and ligase  35.69 
 
 
597 aa  333  8e-90  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3241  AMP-dependent synthetase and ligase  36.86 
 
 
599 aa  332  9e-90  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00258779  normal  0.0467048 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4459  AMP-dependent synthetase and ligase  35.14 
 
 
598 aa  332  9e-90  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.704147 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3097  AMP-dependent synthetase and ligase  36.52 
 
 
599 aa  332  1e-89  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.658552  normal  0.476459 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3293  AMP-dependent synthetase and ligase  35.69 
 
 
597 aa  332  1e-89  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.236935 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2411  AMP-dependent synthetase and ligase  37.92 
 
 
612 aa  332  1e-89  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.183417  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1988  AMP-dependent synthetase and ligase  36.9 
 
 
595 aa  332  1e-89  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.627511  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2424  AMP-dependent synthetase and ligase  34.55 
 
 
649 aa  331  2e-89  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24920  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  36.61 
 
 
599 aa  330  3e-89  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.485954 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2680  AMP-dependent synthetase and ligase  35.85 
 
 
601 aa  331  3e-89  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.487535  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0812  AMP-binding enzyme  35.91 
 
 
679 aa  330  4e-89  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2962  AMP-dependent synthetase and ligase  37.16 
 
 
601 aa  330  4e-89  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.746636  normal  0.609279 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>