118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_1111 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_1111  hypothetical protein  100 
 
 		 328 aa  653    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39770  putative regulatory protein  32.13 
 
 		 515 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1003  PucR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 516 aa  70.5  0.00000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.481265  normal  0.280145 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0907  transcriptional regulator, PucR family  37.5 
 
 		 486 aa  65.9  0.0000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0637  purine catabolism PurC domain-containing protein  25.85 
 
 		 486 aa  62.8  0.000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0531  transcriptional regulator, PucR family  25.93 
 
 		 512 aa  60.1  0.00000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2125  CdaR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 553 aa  57.8  0.0000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1626  transcriptional regulator, CdaR  26.87 
 
 		 413 aa  57.4  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1957  putative transcriptional regulator, PucR family  47.54 
 
 		 485 aa  57.8  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.665292  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1876  putative transcriptional regulator, PucR family  33.33 
 
 		 487 aa  57.4  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6696  putative transcriptional regulator, PucR family  35 
 
 		 410 aa  56.2  0.0000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.944538  normal  0.225314 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1019  transcriptional regulator, CdaR  31.36 
 
 		 371 aa  54.7  0.000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3970  putative transcriptional regulator, PucR family  39.56 
 
 		 406 aa  55.1  0.000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00695384  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0761  putative transcriptional regulator, PucR family  37.86 
 
 		 400 aa  54.3  0.000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1640  putative transcriptional regulator  39.81 
 
 		 488 aa  53.5  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0265  putative carbohydrate diacid regulator  39.81 
 
 		 483 aa  53.5  0.000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.18471  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1333  transcriptional regulator, PucR family  34.62 
 
 		 558 aa  53.1  0.000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0203  carbohydrate diacid regulator  46.97 
 
 		 402 aa  53.1  0.000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0851  putative carbohydrate diacid regulator  26.87 
 
 		 353 aa  53.1  0.000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0175  carbohydrate diacid regulator  39.81 
 
 		 488 aa  53.1  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0495  transcriptional regulator, PucR family  39.44 
 
 		 492 aa  53.1  0.000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.579171  normal  0.289183 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1411  transcriptional regulator, putative  31.25 
 
 		 371 aa  53.1  0.000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1451  putative carbohydrate diacid regulator  31.25 
 
 		 371 aa  53.1  0.000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0844  putative carbohydrate diacid regulator  26.87 
 
 		 353 aa  52.8  0.000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.171192  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3995  putative carbohydrate diacid regulator  32.14 
 
 		 371 aa  52.8  0.000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.859873 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1213  transcriptional regulator, CdaR  31.25 
 
 		 371 aa  52.8  0.000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0207  transcriptional regulator  40.79 
 
 		 558 aa  52.4  0.00001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000326759  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1211  transcriptional regulator  30.36 
 
 		 371 aa  51.6  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1189  carbohydrate diacid regulator  30.36 
 
 		 371 aa  51.6  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1310  transcriptional regulator  30.36 
 
 		 371 aa  51.6  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1387  putative carbohydrate diacid regulator  30.36 
 
 		 371 aa  51.6  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1035  PucR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 502 aa  51.6  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0689331 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1382  transcriptional regulator, CdaR  43.33 
 
 		 400 aa  50.8  0.00003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5017  transcriptional regulator, PucR family  33.78 
 
 		 510 aa  50.8  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.147211 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1795  helix-turn-helix, Fis-type  41.86 
 
 		 519 aa  50.4  0.00004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2347  transcriptional regulator, CdaR  38.1 
 
 		 408 aa  50.4  0.00004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00870953  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3284  purine catabolism PurC-like protein  31.75 
 
 		 502 aa  50.1  0.00005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0796347  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3346  purine catabolism PurC domain-containing protein  31.75 
 
 		 492 aa  50.1  0.00005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.728632  normal  0.0930873 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1323  transcriptional regulator, CdaR  31.01 
 
 		 554 aa  50.4  0.00005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3295  purine catabolism PurC domain-containing protein  31.75 
 
 		 492 aa  50.1  0.00006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.159277 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7076  PucR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 421 aa  50.1  0.00006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1349  putative carbohydrate diacid regulator  31.19 
 
 		 371 aa  50.1  0.00006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1467  putative PucR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 408 aa  49.7  0.00006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1191  carbohydrate diacid regulator  29.46 
 
 		 371 aa  49.7  0.00007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11458  hypothetical protein  33.33 
 
 		 422 aa  49.7  0.00007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0377349 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2073  transcriptional regulator, PucR family  33.33 
 
 		 517 aa  49.3  0.00008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  40 
 
 		 525 aa  49.3  0.00009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3662  transcriptional regulator, PucR family  39.44 
 
 		 481 aa  48.9  0.0001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0446387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2412  hypothetical protein  32.43 
 
 		 386 aa  48.9  0.0001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3096  purine catabolism PurC domain-containing protein  23.75 
 
 		 480 aa  48.9  0.0001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.578802  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2531  hypothetical protein  43.24 
 
 		 423 aa  48.5  0.0002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.755858 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  38.1 
 
 		 525 aa  48.1  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0753  hypothetical protein  28.04 
 
 		 399 aa  47.4  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0562185  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1045  transcriptional regulator, CdaR  29.55 
 
 		 350 aa  47.8  0.0003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00204704  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1241  PucR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 552 aa  47.4  0.0003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0259232 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4574  transcriptional regulator, CdaR  30.83 
 
 		 407 aa  47.4  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.325044  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3866  transcriptional regulator, PucR family  34.44 
 
 		 557 aa  47  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1423  transcriptional regulator, PucR family  39.53 
 
 		 456 aa  47  0.0004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.168591  normal  0.788034 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1489  transcriptional regulator, PucR family  39.33 
 
 		 504 aa  47.4  0.0004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0802599 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1388  transcriptional regulator, PucR family  36.36 
 
 		 543 aa  47.4  0.0004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00311345 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1722  transcriptional regulator, PucR family  41.07 
 
 		 502 aa  46.6  0.0006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3443  transcriptional regulator, CdaR  31.01 
 
 		 741 aa  46.6  0.0006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0087  CdaR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 383 aa  46.2  0.0007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.39788  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000884  sugar diacid utilization regulator SdaR  33.66 
 
 		 380 aa  46.6  0.0007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1388  transcriptional regulator, CdaR  26.76 
 
 		 493 aa  46.2  0.0007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0740  hypothetical protein  37.5 
 
 		 399 aa  46.2  0.0008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000706323  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0117  transcriptional regulator, CdaR  40 
 
 		 411 aa  46.2  0.0008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.646192  normal  0.0132298 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3032  putative transcriptional regulator, PucR family  33.81 
 
 		 399 aa  45.8  0.0009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.173584  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0602  DNA-binding protein  43.1 
 
 		 410 aa  45.4  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.386136  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2334  DNA-binding protein  43.1 
 
 		 410 aa  45.4  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1640  DNA-binding protein  43.1 
 
 		 410 aa  45.4  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0331425  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2802  Fis family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 384 aa  45.8  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1854  purine catabolism PurC domain-containing protein  31.18 
 
 		 501 aa  45.8  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.160669  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0865  DNA-binding protein  43.1 
 
 		 410 aa  45.4  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1119  putative purine catabolism transcriptional regulator  43.1 
 
 		 410 aa  45.4  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1033  putative purine catabolism transcriptional regulator  43.1 
 
 		 410 aa  45.4  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1832  putative purine catabolism transcriptional regulator  43.1 
 
 		 410 aa  45.4  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00249141  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03504  sugar diacide regulator  32.29 
 
 		 168 aa  45.4  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2339  transcriptional regulator, CdaR  37.66 
 
 		 409 aa  45.8  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.46045  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  37.5 
 
 		 518 aa  45.4  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2908  transcriptional regulator, CdaR  22.78 
 
 		 359 aa  45.8  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1802  transcriptional regulator, CdaR  21.28 
 
 		 364 aa  45.4  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000701672  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0764  putative transcriptional regulator, PucR family  34.68 
 
 		 311 aa  45.4  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.829875  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2535  transcriptional regulator, PucR family  36.62 
 
 		 505 aa  45.8  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.295371 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3217  transcriptional regulator, CdaR  36.99 
 
 		 431 aa  45.1  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0250091  normal  0.197749 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1274  putative transcriptional regulator, PucR family  36.94 
 
 		 420 aa  44.7  0.002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1394  transcriptional regulator, CdaR  52.54 
 
 		 393 aa  44.7  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.684667  hitchhiker  0.0014878 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06864  transcriptional regulator  34.85 
 
 		 376 aa  44.3  0.003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3284  putative transcriptional regulator, PucR family  36.36 
 
 		 447 aa  44.3  0.003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.946669  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2240  transcriptional regulator, PucR family  32.47 
 
 		 531 aa  44.3  0.003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0227847  normal  0.453495 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0948  transcriptional regulator, CdaR  43.14 
 
 		 436 aa  44.3  0.003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.640596  normal  0.171254 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2216  transcriptional regulator, PucR family  34.15 
 
 		 542 aa  44.3  0.003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0589  hypothetical protein  37.31 
 
 		 408 aa  43.9  0.004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2712  transcriptional regulator, CdaR  41.89 
 
 		 401 aa  43.9  0.004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.406741  hitchhiker  0.000611916 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1023  putative transcriptional regulator, PucR family  26.42 
 
 		 518 aa  43.9  0.004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0774134  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3161  putative transcriptional regulator, PucR family  45.45 
 
 		 414 aa  43.9  0.004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0100012  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4213  hypothetical protein  32.5 
 
 		 405 aa  43.5  0.005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2278  putative transcriptional regulator, PucR family  28.36 
 
 		 739 aa  43.1  0.006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6547  CdaR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 413 aa  43.1  0.007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.362364 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4484  putative transcriptional regulator, PucR family  47.06 
 
 		 365 aa  43.1  0.007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.402234  normal  0.125133 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>