More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_0387 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_0387  DNA polymerase III, delta prime subunit  100 
 
 
385 aa  766    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.210264  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0842  DNA polymerase III subunit delta'  53.23 
 
 
387 aa  350  2e-95  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0562145 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0716  DNA polymerase III subunit delta'  51.71 
 
 
380 aa  330  2e-89  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32580  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  51.32 
 
 
378 aa  329  5.0000000000000004e-89  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.571929  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4955  DNA-directed DNA polymerase  49.87 
 
 
390 aa  324  1e-87  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.405656  normal  0.601805 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9220  DNA-directed DNA polymerase  48.61 
 
 
393 aa  317  2e-85  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2782  DNA polymerase III subunit delta'  51.15 
 
 
390 aa  316  4e-85  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8400  DNA polymerase III subunit delta'  49.87 
 
 
395 aa  309  4e-83  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0490  DNA polymerase III subunit delta'  50 
 
 
392 aa  303  2.0000000000000002e-81  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.795068  hitchhiker  0.00546024 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4543  DNA polymerase III, delta prime subunit  51.02 
 
 
390 aa  304  2.0000000000000002e-81  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0610  DNA polymerase III, delta prime subunit  50.78 
 
 
386 aa  302  5.000000000000001e-81  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0430331  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0355  DNA polymerase III, delta prime subunit  49.87 
 
 
381 aa  302  7.000000000000001e-81  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0576  DNA polymerase III, delta prime subunit  49.34 
 
 
378 aa  299  4e-80  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00200303 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2193  DNA-directed DNA polymerase  45.41 
 
 
385 aa  298  1e-79  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3466  DNA polymerase III subunit delta'  47.24 
 
 
394 aa  297  2e-79  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.919298  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0743  DNA-directed DNA polymerase  45.66 
 
 
412 aa  285  7e-76  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4022  DNA polymerase III, delta prime subunit  49.03 
 
 
427 aa  274  2.0000000000000002e-72  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1396  DNA polymerase III subunit delta'  46.63 
 
 
404 aa  268  1e-70  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.305059 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0843  DNA polymerase III subunit delta'  44.04 
 
 
389 aa  268  1e-70  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4794  DNA polymerase III subunit delta'  43.48 
 
 
402 aa  266  5.999999999999999e-70  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.671879  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4880  DNA polymerase III subunit delta'  43.48 
 
 
402 aa  266  5.999999999999999e-70  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0679961 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35780  DNA polymerase III, delta prime subunit  44.16 
 
 
406 aa  265  8.999999999999999e-70  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.39309  normal  0.26878 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03680  DNA polymerase III, delta' subunit  47.35 
 
 
396 aa  265  1e-69  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0117112  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5180  DNA polymerase III subunit delta'  43.48 
 
 
402 aa  265  1e-69  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0809147 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24860  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  49.47 
 
 
394 aa  264  2e-69  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0294  DNA-directed DNA polymerase  46.52 
 
 
399 aa  263  4e-69  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.366047  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0578  DNA polymerase III, delta prime subunit  43.6 
 
 
431 aa  261  2e-68  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26180  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  43.5 
 
 
394 aa  258  1e-67  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0366865  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4403  DNA polymerase III, delta prime subunit  47.61 
 
 
424 aa  258  2e-67  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.424002  normal  0.0363552 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13673  DNA polymerase III subunit delta'  43.95 
 
 
401 aa  255  1.0000000000000001e-66  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0731009 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5394  DNA polymerase III subunit delta'  43.69 
 
 
407 aa  254  3e-66  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0307926 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4307  DNA polymerase III subunit delta'  44.31 
 
 
414 aa  253  4.0000000000000004e-66  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0307  DNA polymerase III subunit delta'  42.34 
 
 
418 aa  251  2e-65  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.783154  normal  0.213292 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3874  DNA polymerase III, delta prime subunit  43.7 
 
 
406 aa  249  4e-65  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0662  AAA ATPase  45.31 
 
 
385 aa  246  6.999999999999999e-64  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.300478  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1970  DNA polymerase III, delta prime subunit  45.57 
 
 
442 aa  233  3e-60  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1274  DNA polymerase III subunit delta'  37.85 
 
 
383 aa  231  2e-59  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1271  DNA polymerase III, delta' subunit family protein  34.18 
 
 
392 aa  173  3.9999999999999995e-42  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.130889 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2105  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.43 
 
 
329 aa  140  3.9999999999999997e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000107011  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.53 
 
 
358 aa  134  3e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3913  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.77 
 
 
330 aa  129  6e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0159  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.98 
 
 
322 aa  129  9.000000000000001e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1146  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.12 
 
 
383 aa  128  1.0000000000000001e-28  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.651472  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2254  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.2 
 
 
391 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0268836  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3206  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.74 
 
 
332 aa  126  6e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0037  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.45 
 
 
338 aa  125  2e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.418255  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17841  DNA polymerase, gamma and tau subunits  33.01 
 
 
578 aa  124  4e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2589  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.06 
 
 
344 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000288191 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1334  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.07 
 
 
421 aa  119  6e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.98 
 
 
331 aa  119  7.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.96 
 
 
335 aa  119  7.999999999999999e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0056  DNA polymerase III, delta prime subunit  26.91 
 
 
324 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.907797  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21271  DNA polymerase, gamma and tau subunits  27.46 
 
 
565 aa  118  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1256  DNA polymerase III, tau subunit  27.46 
 
 
565 aa  118  1.9999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.303373  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0038  DNA-directed DNA polymerase  27.91 
 
 
320 aa  118  1.9999999999999998e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1664  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.52 
 
 
327 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.988179  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0789  DNA-directed DNA polymerase  30.66 
 
 
326 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20360  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.32 
 
 
326 aa  116  5e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0277  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.19 
 
 
517 aa  117  5e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.433516  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1750  DNA polymerase III, tau subunit  37.11 
 
 
579 aa  116  6e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  decreased coverage  0.00401811  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2266  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.34 
 
 
312 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.727593  normal  0.54059 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  29.95 
 
 
321 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0058  DNA-directed DNA polymerase  37.5 
 
 
625 aa  115  1.0000000000000001e-24  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2319  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.74 
 
 
318 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.247884  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0512  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.5 
 
 
565 aa  115  1.0000000000000001e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0499  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.5 
 
 
565 aa  115  1.0000000000000001e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0810383  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00641  DNA polymerase, gamma and tau subunits  37.5 
 
 
604 aa  115  1.0000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0114  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  24.56 
 
 
568 aa  114  2.0000000000000002e-24  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1351  DNA-directed DNA polymerase  31.65 
 
 
365 aa  115  2.0000000000000002e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.916733  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  25.32 
 
 
562 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1367  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.98 
 
 
501 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0030  DNA-directed DNA polymerase  34.73 
 
 
499 aa  114  2.0000000000000002e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00564849  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0020  DNA polymerase III subunits gamma and tau  26.1 
 
 
562 aa  114  3e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.327732  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0791  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.44 
 
 
340 aa  114  3e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1360  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.74 
 
 
345 aa  114  3e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0026  DNA polymerase III subunits gamma and tau  25.84 
 
 
562 aa  114  3e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000589622  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0912  DNA polymerase III, tau subunit  38.22 
 
 
652 aa  114  3e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.850857 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0024  DNA polymerase III subunits gamma and tau  31.88 
 
 
562 aa  114  3e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00112319  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0021  DNA polymerase III subunits gamma and tau  25.32 
 
 
562 aa  114  4.0000000000000004e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0259778  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  25.32 
 
 
562 aa  114  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0496501  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09200  hypothetical protein  28.87 
 
 
382 aa  114  4.0000000000000004e-24  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.0621212 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0062  DNA polymerase III, tau subunit  38.12 
 
 
614 aa  114  4.0000000000000004e-24  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  25.32 
 
 
562 aa  114  4.0000000000000004e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0875141  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.48 
 
 
363 aa  114  4.0000000000000004e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5293  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.03 
 
 
724 aa  114  4.0000000000000004e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5294  DNA polymerase III subunits gamma and tau  31.88 
 
 
562 aa  113  5e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000435365  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0023  DNA polymerase III subunits gamma and tau  25.06 
 
 
562 aa  113  6e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20790  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.81 
 
 
588 aa  112  8.000000000000001e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000015496  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0126  DNA polymerase III, subunit gamma and tau  33.75 
 
 
801 aa  112  8.000000000000001e-24  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2444  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.04 
 
 
567 aa  112  9e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.453017  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.19 
 
 
363 aa  112  9e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0018  DNA polymerase III subunits gamma and tau  26.67 
 
 
562 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0804011  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0027  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.36 
 
 
589 aa  112  1.0000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000154817 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1175  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.89 
 
 
520 aa  112  1.0000000000000001e-23  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2135  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.26 
 
 
737 aa  112  1.0000000000000001e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18481  DNA polymerase, gamma and tau subunits  35.22 
 
 
595 aa  112  1.0000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.203757  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5665  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.02 
 
 
462 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0076  ATPase  25.79 
 
 
429 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.872704 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18481  DNA polymerase, gamma and tau subunits  35.85 
 
 
586 aa  111  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0015  DNA polymerase III subunit gamma/tau  32.92 
 
 
548 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.466533  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>