More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_0380 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_1861  ribulokinase  72.14 
 
 		 554 aa  774    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06940  L-ribulokinase  71.86 
 
 		 579 aa  775    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0379  ribulokinase  70.4 
 
 		 577 aa  790    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4715  ribulokinase  66.73 
 
 		 556 aa  683    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0749  L-ribulokinase  67.1 
 
 		 572 aa  689    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.135875  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0222  ribulokinase  70.48 
 
 		 585 aa  796    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0871  ribulokinase  68.58 
 
 		 564 aa  675    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2886  L-ribulokinase  67.9 
 
 		 556 aa  721    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.331814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0380  ribulokinase  100 
 
 		 567 aa  1136    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.526871  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3274  ribulokinase  71.14 
 
 		 598 aa  733    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.187785  normal  0.0296673 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6219  ribulokinase  69.5 
 
 		 551 aa  693    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2229  ribulokinase  52.92 
 
 		 556 aa  597  1e-169  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00201608  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3662  ribulokinase  53.75 
 
 		 562 aa  591  1e-167  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2899  ribulokinase  55.11 
 
 		 564 aa  572  1.0000000000000001e-162  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2735  ribulokinase  52.29 
 
 		 564 aa  529  1e-149  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1748  L-ribulokinase  42.96 
 
 		 570 aa  407  1.0000000000000001e-112  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0575  ribulokinase  36.48 
 
 		 546 aa  393  1e-108  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0589  ribulokinase  36.48 
 
 		 546 aa  393  1e-108  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0469  L-ribulokinase  43.53 
 
 		 562 aa  381  1e-104  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2057  carbohydrate kinase FGGY  42.88 
 
 		 517 aa  370  1e-101  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.795187 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1383  carbohydrate kinase FGGY  40.95 
 
 		 553 aa  337  1.9999999999999998e-91  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.396144  normal  0.796996 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1927  ribulokinase  34.27 
 
 		 536 aa  318  2e-85  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2398  ribulokinase  37.55 
 
 		 554 aa  291  2e-77  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1239  L-ribulokinase  38.38 
 
 		 544 aa  277  4e-73  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.711611  normal  0.13078 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2729  ribulokinase  34.53 
 
 		 557 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0860748  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1977  ribulokinase  36.13 
 
 		 557 aa  270  5.9999999999999995e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489271  normal  0.124359 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1997  ribulokinase  36.13 
 
 		 557 aa  269  8.999999999999999e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00226612  unclonable  0.0000285081 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0772  ribulokinase  37.27 
 
 		 555 aa  266  5.999999999999999e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000289465  normal  0.0721691 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2064  ribulokinase  35.77 
 
 		 557 aa  266  5.999999999999999e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000583792  hitchhiker  0.00000400193 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2138  ribulokinase  36.31 
 
 		 557 aa  266  5.999999999999999e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000886858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1119  ribulokinase  34.96 
 
 		 563 aa  261  2e-68  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3994  ribulokinase  35.73 
 
 		 547 aa  259  6e-68  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.026407  normal  0.515054 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2068  ribulokinase  35.58 
 
 		 557 aa  257  5e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000109649  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0107  ribulokinase  33.82 
 
 		 569 aa  251  3e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0110  ribulokinase  33.82 
 
 		 569 aa  250  6e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.407492 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0114  ribulokinase  33.82 
 
 		 569 aa  250  6e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.728567  normal  0.199883 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0114  ribulokinase  33.82 
 
 		 569 aa  250  6e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0109  ribulokinase  33.64 
 
 		 569 aa  248  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.526121 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0610  ribulokinase  33.64 
 
 		 569 aa  248  2e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.59168  normal  0.0130922 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00065  ribulokinase  33.39 
 
 		 566 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3594  ribulokinase  33.39 
 
 		 566 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.560965  unclonable  0.0000000207418 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0065  ribulokinase  33.46 
 
 		 566 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.268824  normal  0.306332 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00064  hypothetical protein  33.39 
 
 		 566 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0055  ribulokinase  33.21 
 
 		 566 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0067  ribulokinase  33.21 
 
 		 566 aa  244  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0068  ribulokinase  33.27 
 
 		 566 aa  243  7.999999999999999e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.876967  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0065  ribulokinase  33.03 
 
 		 566 aa  242  1e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.703841  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3536  L-ribulokinase  33.03 
 
 		 566 aa  242  2e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0322  ribulokinase  35.81 
 
 		 529 aa  239  8e-62  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.54265 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3201  ribulokinase  34.98 
 
 		 564 aa  239  1e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.995888 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2150  ribulokinase  34.38 
 
 		 561 aa  237  5.0000000000000005e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2328  ribulokinase  33.64 
 
 		 561 aa  236  8e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.717487  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2028  ribulokinase  33.88 
 
 		 566 aa  234  3e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1913  ribulokinase  33.09 
 
 		 563 aa  220  3.9999999999999997e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2244  ribulokinase  33.58 
 
 		 561 aa  218  2.9999999999999998e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000378483 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1886  ribulokinase  32.22 
 
 		 567 aa  211  3e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.123571  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2260  ribulokinase  32.03 
 
 		 567 aa  211  4e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2000  ribulokinase  32.22 
 
 		 567 aa  209  9e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1510  carbohydrate kinase FGGY  33.21 
 
 		 524 aa  196  1e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2684  carbohydrate kinase, FGGY  29.58 
 
 		 501 aa  170  7e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.849942 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0537  carbohydrate kinase FGGY  30.96 
 
 		 497 aa  169  1e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.132305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0456  FGGY-family pentulose kinase  33.57 
 
 		 547 aa  166  9e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.708838  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2495  FGGY-family pentulose kinase  31.73 
 
 		 543 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.578248  normal  0.427048 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0435  FGGY-family pentulose kinase  28.39 
 
 		 545 aa  159  1e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0368  pentulose kinase  28.39 
 
 		 545 aa  159  1e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2816  FGGY-family pentulose kinase  31.94 
 
 		 538 aa  159  1e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1227  pentulose kinase  28.39 
 
 		 545 aa  159  2e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.838114 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0847  FGGY-family pentulose kinase  29.96 
 
 		 543 aa  158  2e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0389776  normal  0.126532 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6255  FGGY-family pentulose kinase  30.58 
 
 		 545 aa  155  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.779113 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02649  L-ribulokinase AraB-like protein  32.06 
 
 		 542 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02610  hypothetical protein  32.06 
 
 		 526 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3921  FGGY-family pentulose kinase  31.26 
 
 		 528 aa  154  5e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2156  FGGY-family pentulose kinase  30.77 
 
 		 540 aa  152  1e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0314644  normal  1 
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_2596  predicted protein  30.33 
 
 		 482 aa  152  2e-35  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.283853  normal  0.0118319 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12881  predicted protein  29.11 
 
 		 438 aa  148  2.0000000000000003e-34  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0555  ribulokinase  29.68 
 
 		 544 aa  148  3e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3746  FGGY-family pentulose kinase  30.91 
 
 		 527 aa  148  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4697  FGGY-family pentulose kinase  28.24 
 
 		 545 aa  147  4.0000000000000006e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.921712  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0269  ribitol kinase  31.51 
 
 		 534 aa  147  5e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0244  ribitol kinase  31.51 
 
 		 534 aa  147  6e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3411  FGGY-family pentulose kinase  28.49 
 
 		 525 aa  146  1e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.110951  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3574  ribitol kinase  29.22 
 
 		 523 aa  141  3e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.197802  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1346  pentulose kinase  29.26 
 
 		 526 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.664914  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0833  carbohydrate kinase, FGGY  30.21 
 
 		 498 aa  140  4.999999999999999e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0632303  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0680  pentulose kinase  30.06 
 
 		 547 aa  138  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2196  carbohydrate kinase FGGY  28.97 
 
 		 510 aa  139  2e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1150  Xylulokinase  28.22 
 
 		 512 aa  137  4e-31  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.569433  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3440  FGGY-family pentulose kinase  29.53 
 
 		 544 aa  137  5e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.243574  normal  0.308227 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7374  ribitol kinase  29.55 
 
 		 544 aa  137  6.0000000000000005e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.444357  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3035  carbohydrate kinase FGGY  27.5 
 
 		 502 aa  135  9.999999999999999e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.976587 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3705  D-ribulokinase  29.17 
 
 		 544 aa  136  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3444  FGGY-family pentulose kinase  31.62 
 
 		 527 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1609  xylulokinase  25 
 
 		 506 aa  131  3e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2863  carbohydrate kinase, FGGY  28.46 
 
 		 505 aa  131  4.0000000000000003e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01568  conserved hypothetical protein  28.28 
 
 		 603 aa  129  1.0000000000000001e-28  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.677654  normal  0.0579254 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2086  carbohydrate kinase FGGY  31.27 
 
 		 506 aa  129  1.0000000000000001e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2179  xylulokinase  28.57 
 
 		 512 aa  127  7e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0154  xylulokinase  24.33 
 
 		 500 aa  126  1e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3784  FGGY-family pentulose kinase  29.44 
 
 		 529 aa  125  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0121132  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3051  Carbohydrate kinase, FGGY  27.02 
 
 		 505 aa  125  2e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>