More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_0379 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_0379  LacI family transcription regulator  100 
 
 
342 aa  674    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.676966  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4997  transcriptional regulator, LacI family  51.51 
 
 
372 aa  298  7e-80  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.385337 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2892  transcriptional regulator, LacI family  49.55 
 
 
340 aa  293  4e-78  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.207309  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4680  LacI family transcription regulator  48.67 
 
 
336 aa  291  1e-77  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0406203  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6224  HTH-type transcriptional repressor PurR  47.09 
 
 
348 aa  278  1e-73  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.348111 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4084  HTH-type transcriptional repressor PurR  48.66 
 
 
346 aa  277  2e-73  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.932111  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4705  transcriptional regulator, LacI family  45.01 
 
 
359 aa  272  5.000000000000001e-72  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.102612  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1860  transcriptional regulator, LacI family  47.18 
 
 
338 aa  269  4e-71  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0241  transcriptional regulator, LacI family  48.49 
 
 
348 aa  263  3e-69  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.268594  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0495  transcriptional regulator, LacI family  45.21 
 
 
335 aa  263  4e-69  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.448967  normal  0.778992 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0219  LacI family transcription regulator  44.81 
 
 
351 aa  257  3e-67  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0748  transcriptional regulator, LacI family  46.63 
 
 
346 aa  254  1.0000000000000001e-66  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0494571  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0371  transcriptional regulator, LacI family  43.2 
 
 
339 aa  250  3e-65  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.802173 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0870  LacI family transcription regulator  44.44 
 
 
328 aa  247  2e-64  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06900  transcriptional regulator, LacI family  43.98 
 
 
339 aa  244  1.9999999999999999e-63  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4716  transcriptional regulator, LacI family  45.35 
 
 
346 aa  243  3e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11590  transcriptional regulator  43.36 
 
 
362 aa  241  1e-62  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.042152 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1925  LacI family transcription regulator  43.2 
 
 
358 aa  241  1e-62  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.149363  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2947  regulatory protein LacI  45.61 
 
 
359 aa  237  3e-61  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.407921  normal  0.301474 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3275  transcriptional regulator, LacI family  43.37 
 
 
333 aa  231  2e-59  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.183529  hitchhiker  0.00604574 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2577  transcriptional regulator, LacI family  44.91 
 
 
346 aa  228  1e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.215831  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0400  transcriptional regulator, LacI family  43.6 
 
 
346 aa  223  3e-57  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04300  transcriptional regulator, LacI family  43.66 
 
 
352 aa  222  8e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3042  transcriptional regulator, LacI family  40.48 
 
 
359 aa  221  1.9999999999999999e-56  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0276  transcriptional regulator, LacI family  40.8 
 
 
342 aa  218  1e-55  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01060  transcriptional regulator  41.57 
 
 
340 aa  216  4e-55  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0887305  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29490  transcriptional regulator  41.86 
 
 
340 aa  214  1.9999999999999998e-54  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1918  LacI family transcription regulator  38.46 
 
 
368 aa  211  1e-53  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.04786  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2732  lac repressor  40.91 
 
 
357 aa  206  6e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.02392  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1262  lac repressor  39.51 
 
 
357 aa  202  6e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000349798  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0100  transcriptional regulator, LacI family  40 
 
 
348 aa  202  8e-51  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0658146  normal  0.053402 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1769  lac repressor  38.02 
 
 
358 aa  201  9.999999999999999e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.044739  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1363  lac repressor  37.95 
 
 
358 aa  202  9.999999999999999e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.269161  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0930  LacI family response repressor  36.5 
 
 
328 aa  192  6e-48  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.562853  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  37.01 
 
 
368 aa  189  7e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0916  transcriptional regulator, LacI family  43.28 
 
 
345 aa  185  1.0000000000000001e-45  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.684035  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0418  lac repressor  36.75 
 
 
360 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000822114  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00299  lac repressor  36.75 
 
 
360 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000126874  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_10002  Lactose operon repressor  36.75 
 
 
360 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000792391  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3261  transcriptional regulator, LacI family  36.75 
 
 
363 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000862656  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00303  hypothetical protein  36.75 
 
 
360 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000170376  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06590  transcriptional regulator, LacI family  39.82 
 
 
359 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3280  lac repressor  36.75 
 
 
363 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000820962  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00703  hypothetical protein  36.75 
 
 
360 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000122917  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0409  lac repressor  36.45 
 
 
363 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  3.9973e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3665  LacI family transcription regulator  35.63 
 
 
343 aa  184  2.0000000000000003e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0376  lac repressor  36.45 
 
 
360 aa  182  7e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000396722  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0369  lac repressor  36.45 
 
 
363 aa  181  1e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000375664  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2911  transcriptional regulator, LacI family  40.64 
 
 
342 aa  181  2e-44  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  38.6 
 
 
333 aa  181  2e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0927  lac repressor  38.02 
 
 
355 aa  176  6e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0196781  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  38.18 
 
 
332 aa  175  9e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1283  lac repressor  32.84 
 
 
357 aa  175  9.999999999999999e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  36.56 
 
 
353 aa  175  9.999999999999999e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  37.43 
 
 
353 aa  174  1.9999999999999998e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1021  LacI family response repressor  36.87 
 
 
371 aa  172  5.999999999999999e-42  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3358  lac repressor  32.73 
 
 
357 aa  172  7.999999999999999e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0976  lac repressor  32.73 
 
 
357 aa  172  7.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0922  lac repressor  32.73 
 
 
357 aa  172  9e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0512  LacI family transcription regulator  35.59 
 
 
336 aa  170  3e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  34.53 
 
 
343 aa  169  6e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  33.94 
 
 
329 aa  169  7e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  35.93 
 
 
348 aa  168  1e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  33.12 
 
 
333 aa  168  1e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.12 
 
 
333 aa  168  1e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3623  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.9 
 
 
335 aa  167  2e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.487296  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06936  hypothetical protein  33.23 
 
 
340 aa  166  5e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  31.16 
 
 
341 aa  165  9e-40  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  37.94 
 
 
339 aa  165  1.0000000000000001e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1400  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.08 
 
 
332 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.665266  normal  0.0917942 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.14 
 
 
336 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5673  transcriptional regulator, LacI family  39.52 
 
 
343 aa  164  3e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.227027  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2320  LacI family transcriptional regulator  37.5 
 
 
340 aa  162  5.0000000000000005e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.316441  normal  0.202359 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  35.12 
 
 
335 aa  162  6e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  34.69 
 
 
337 aa  162  8.000000000000001e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0008  transcriptional regulator, LacI family  34.51 
 
 
337 aa  162  8.000000000000001e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2790  LacI family transcription regulator  39.83 
 
 
348 aa  162  1e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  36.31 
 
 
337 aa  162  1e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1620  LacI family transcription regulator  38.69 
 
 
337 aa  161  2e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2858  LacI family transcription regulator  38.41 
 
 
343 aa  161  2e-38  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.640321  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2788  transcriptional regulator, LacI family  36.55 
 
 
339 aa  161  2e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  34.32 
 
 
337 aa  160  3e-38  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  37.61 
 
 
342 aa  160  4e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3312  LacI family transcription regulator  35.17 
 
 
336 aa  159  5e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  35.28 
 
 
334 aa  159  5e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  36.83 
 
 
349 aa  159  7e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2013  lac repressor  33.63 
 
 
356 aa  159  1e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.735803 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04075  galactose operon repressor  33.33 
 
 
333 aa  159  1e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1559  alanine racemase  32.63 
 
 
333 aa  158  1e-37  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000066632  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1314  transcriptional regulator, LacI family protein  34 
 
 
352 aa  157  2e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1561  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.08 
 
 
348 aa  158  2e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.63047 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.67 
 
 
342 aa  156  4e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4116  alanine racemase  37.32 
 
 
334 aa  156  4e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0838  LacI family transcriptional regulator  37.5 
 
 
331 aa  156  4e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.620074  normal  0.213955 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  34.81 
 
 
331 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  31.31 
 
 
333 aa  155  9e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  31.85 
 
 
386 aa  155  1e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  34.64 
 
 
333 aa  154  2e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  29.45 
 
 
336 aa  154  2e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6160  transcriptional regulator, LacI family  34.32 
 
 
340 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00050807 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>