197 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_0273 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_0273  2'-5' RNA ligase  100 
 
 
188 aa  368  1e-101  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0111  2'-5' RNA ligase  41.15 
 
 
190 aa  119  3e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0826  2'-5' RNA ligase  41.88 
 
 
187 aa  115  5e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8886  2'-5' RNA ligase  43.92 
 
 
190 aa  109  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.979447  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3287  2'-5' RNA ligase  43.55 
 
 
184 aa  104  8e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.246816 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0243  2',5' RNA ligase  40.74 
 
 
182 aa  104  8e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.938124  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4176  2'-5' RNA ligase  38.25 
 
 
196 aa  85.5  4e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.15981  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0408  2'-5' RNA ligase  30.15 
 
 
189 aa  84.7  6e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8791  2'-5' RNA ligase  33.7 
 
 
215 aa  82  0.000000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.825967 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0369  2'-5' RNA ligase  31.22 
 
 
187 aa  79  0.00000000000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.863227  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1320  2'-5' RNA ligase  36.24 
 
 
216 aa  79  0.00000000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.167347  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17160  2'-5' RNA ligase  34.58 
 
 
196 aa  78.6  0.00000000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0177806  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5848  2'-5' RNA ligase  34.41 
 
 
176 aa  78.2  0.00000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2139  2',5' RNA ligase  38.24 
 
 
190 aa  76.6  0.0000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207746  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1659  2'-5' RNA ligase  32.65 
 
 
192 aa  75.1  0.0000000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000321406  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2011  2'-5' RNA ligase  25.53 
 
 
194 aa  74.7  0.0000000000008  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3716  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 
200 aa  74.7  0.0000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.784361  hitchhiker  0.00258994 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4995  2'-5' RNA ligase  32.54 
 
 
178 aa  74.3  0.0000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0571  2'-5' RNA ligase  30.6 
 
 
187 aa  73.2  0.000000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.223285  hitchhiker  0.00111432 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1785  2'-5' RNA ligase  30.56 
 
 
180 aa  72.8  0.000000000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0420  2'-5' RNA ligase  37.5 
 
 
192 aa  72  0.000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.451277 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0821  2'-5' RNA ligase  35.45 
 
 
188 aa  71.6  0.000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  37.04 
 
 
184 aa  70.9  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1628  2'-5' RNA ligase  32.14 
 
 
222 aa  70.1  0.00000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.709746 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2026  2'-5' RNA ligase  34.12 
 
 
189 aa  70.1  0.00000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0972486  normal  0.0903404 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1561  2'-5' RNA ligase  33.56 
 
 
186 aa  69.7  0.00000000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0674  2'-5' RNA ligase  34.57 
 
 
177 aa  69.7  0.00000000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4534  2'-5' RNA ligase  25.65 
 
 
181 aa  69.3  0.00000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0959  2'-5' RNA ligase  26.04 
 
 
187 aa  68.6  0.00000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000732376  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1790  2'-5' RNA ligase  29.79 
 
 
182 aa  68.2  0.00000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1257  2'-5' RNA ligase  33.04 
 
 
193 aa  68.2  0.00000000007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000034969  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0937  2'-5' RNA ligase  26.56 
 
 
187 aa  68.2  0.00000000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195897  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1238  2'-5' RNA ligase  30.99 
 
 
186 aa  67.8  0.00000000009  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2055  2'-5' RNA ligase  30.53 
 
 
184 aa  67.8  0.0000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.180735  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1234  2 -5 RNA ligase  25.26 
 
 
193 aa  67.4  0.0000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00152481  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3539  2'-5' RNA ligase  32.31 
 
 
201 aa  67  0.0000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.146255 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1736  2'-5' RNA ligase  29.69 
 
 
186 aa  66.6  0.0000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.556008 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7219  2'-5' RNA ligase  34.22 
 
 
224 aa  66.6  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.179856  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0285  2'-5' RNA ligase  28.24 
 
 
182 aa  65.9  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000353357  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1456  2'-5' RNA ligase family protein  29.29 
 
 
193 aa  64.7  0.0000000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000758334  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1825  2'-5' RNA ligase  30.85 
 
 
187 aa  64.3  0.0000000009  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1781  2'-5' RNA ligase  29.22 
 
 
180 aa  64.3  0.000000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11900  2'-5' RNA ligase  26.47 
 
 
189 aa  63.9  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  5.56695e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3349  2'-5' RNA ligase  30.82 
 
 
199 aa  63.9  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0503  2'-5' RNA ligase  30.15 
 
 
183 aa  63.9  0.000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000000682832  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3366  2'-5' RNA ligase  26.63 
 
 
184 aa  63.9  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0461  2'-5' RNA ligase  34.2 
 
 
195 aa  63.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4815  putative 2'-5' RNA ligase family protein  25.26 
 
 
181 aa  63.5  0.000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.797227  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3055  2',5' RNA ligase  34.04 
 
 
180 aa  63.2  0.000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1117  2'-5' RNA ligase  33.82 
 
 
181 aa  63.5  0.000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1636  2'-5' RNA ligase  28.79 
 
 
195 aa  62.8  0.000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2912  2'-5' RNA ligase  32.17 
 
 
179 aa  62.8  0.000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0508  2'-5' RNA ligase  38.92 
 
 
192 aa  62.4  0.000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.170013  hitchhiker  0.00665931 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2113  2'-5' RNA ligase  32.97 
 
 
168 aa  62  0.000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0440288  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1484  2'-5' RNA ligase  25.55 
 
 
173 aa  62  0.000000005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2404  2'-5' RNA ligase  30.32 
 
 
192 aa  61.6  0.000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1078  2',5' RNA ligase  32.2 
 
 
185 aa  61.6  0.000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3617  2'-5' RNA ligase  31.87 
 
 
189 aa  61.2  0.000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000624511  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0107  2'-5' RNA ligase  28.57 
 
 
184 aa  61.2  0.000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1327  2'-5' RNA ligase  27.51 
 
 
171 aa  61.2  0.000000008  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.243857  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0088  2'-5' RNA ligase  28.57 
 
 
184 aa  61.2  0.000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000385137 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  35.19 
 
 
186 aa  61.2  0.000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0814  2',5' RNA ligase  31.72 
 
 
204 aa  60.8  0.00000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0429947  hitchhiker  0.00104301 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3072  2'-5' RNA ligase  29.85 
 
 
195 aa  60.8  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0172  2'-5' RNA ligase  25.17 
 
 
182 aa  60.8  0.00000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4176  2'-5' RNA ligase  30.48 
 
 
195 aa  60.5  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0620865  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4845  2'-5' RNA ligase  24.6 
 
 
181 aa  60.5  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3530  2',5' RNA ligase  32.59 
 
 
184 aa  59.7  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0804998  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4838  putative 2'-5' RNA ligase family protein  24.23 
 
 
181 aa  60.1  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1768  2'-5' RNA ligase  25.14 
 
 
182 aa  60.1  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000411765  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19240  2'-5' RNA ligase  31.87 
 
 
174 aa  60.1  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0390929 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0850  2'-5' RNA ligase  30.77 
 
 
177 aa  60.1  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.275669 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0746  2'-5' RNA ligase  35.25 
 
 
170 aa  59.3  0.00000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.836735  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1462  2'-5' RNA ligase  24.46 
 
 
194 aa  59.3  0.00000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.982086  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2529  2'-5' RNA ligase  30.88 
 
 
190 aa  59.3  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1741  2'-5' RNA ligase  30.51 
 
 
187 aa  59.3  0.00000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  decreased coverage  0.000285675 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1881  2'-5' RNA ligase  35.53 
 
 
183 aa  59.3  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14670  2'-5' RNA ligase  33.51 
 
 
176 aa  59.3  0.00000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.346276  normal  0.71286 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1390  2'-5' RNA ligase  27.17 
 
 
183 aa  59.3  0.00000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3730  2'-5' RNA ligase  30.6 
 
 
197 aa  58.9  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651671  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0280  2'-5' RNA ligase  22.83 
 
 
174 aa  58.9  0.00000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1634  2'-5' RNA ligase  25.74 
 
 
174 aa  58.9  0.00000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.108546  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4053  2'-5' RNA ligase  30.6 
 
 
197 aa  58.9  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2754  2'-5' RNA ligase  28.03 
 
 
184 aa  58.2  0.00000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3336  2'-5' RNA ligase  29.95 
 
 
191 aa  57.8  0.00000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00058753  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3466  2'-5' RNA ligase  29.95 
 
 
191 aa  57.8  0.00000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0421  putative 2'-5' RNA ligase family protein  24.19 
 
 
181 aa  57.8  0.00000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1002  2'-5' RNA ligase  29.95 
 
 
191 aa  57.8  0.00000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.018778  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0035  2',5' RNA ligase, putative  29.85 
 
 
179 aa  57  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0261  2'-5' RNA ligase  30.37 
 
 
179 aa  57.4  0.0000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00684061  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1290  2'-5' RNA ligase  24.46 
 
 
190 aa  57.4  0.0000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.189928  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1962  2'-5' RNA ligase  26.92 
 
 
186 aa  57  0.0000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000287299  normal  0.896193 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0231  2'-5' RNA ligase  28.78 
 
 
185 aa  57  0.0000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1002  2'-5' RNA ligase  26.19 
 
 
176 aa  57  0.0000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000523375  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1266  2'-5' RNA ligase  27 
 
 
193 aa  56.6  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0332104  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0973  2'-5' RNA ligase  27.51 
 
 
194 aa  56.2  0.0000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.15722  hitchhiker  0.0000262624 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0080  2'-5' RNA ligase  23.16 
 
 
202 aa  56.2  0.0000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.91428  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0994  2'-5' RNA ligase  24.26 
 
 
174 aa  55.8  0.0000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.657287  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2556  hypothetical protein  27.27 
 
 
187 aa  55.8  0.0000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2724  2'-5' RNA ligase  30.86 
 
 
190 aa  55.8  0.0000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>