136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_0213 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_3495  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  56.51 
 
 		 728 aa  696    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.471615  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0213  superfamily I DNA and RNA helicases  100 
 
 		 717 aa  1412    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3352  superfamily I DNA and RNA helicase  74.02 
 
 		 715 aa  1043    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5180  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  74.58 
 
 		 715 aa  1045    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00292486 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4154  superfamily I DNA and RNA helicase  71.93 
 
 		 742 aa  1034    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.534763  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0457  superfamily I DNA and RNA helicase  65.36 
 
 		 710 aa  767    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1826  superfamily I DNA and RNA helicase  75 
 
 		 716 aa  1032    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.200376  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13570  DNA/RNA helicase, superfamily I  60.52 
 
 		 764 aa  845    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.176836 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2903  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  70.37 
 
 		 732 aa  907    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0195315  hitchhiker  0.0000337224 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5052  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  38.98 
 
 		 733 aa  342  2e-92  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.540758  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3796  putative helicase  37.53 
 
 		 735 aa  332  2e-89  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2598  putative helicase  37.45 
 
 		 734 aa  318  2e-85  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.75582 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5266  putative helicase  38.19 
 
 		 724 aa  316  9e-85  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5355  putative helicase  38.19 
 
 		 724 aa  316  9e-85  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5645  putative helicase  38.76 
 
 		 724 aa  316  9e-85  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.577217  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1311  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  37.59 
 
 		 748 aa  316  9.999999999999999e-85  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1059  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  35.96 
 
 		 732 aa  308  2.0000000000000002e-82  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.394879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3607  ATP-dependent DNA helicase  35.85 
 
 		 759 aa  307  4.0000000000000004e-82  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0408041 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0108  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  37.04 
 
 		 804 aa  306  9.000000000000001e-82  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22980  DNA/RNA helicase, superfamily I  35.72 
 
 		 741 aa  306  1.0000000000000001e-81  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.51647  normal  0.435822 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1510  ATP-dependent DNA helicase  35.38 
 
 		 742 aa  302  1e-80  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000268127 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1511  ATP-dependent DNA helicase  34.95 
 
 		 742 aa  294  4e-78  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0171  superfamily I DNA and RNA helicase  34.42 
 
 		 759 aa  294  4e-78  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0576  DNA or RNA helicase, Superfamily I family protein  33.29 
 
 		 758 aa  293  8e-78  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0841204 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16000  DNA/RNA helicase, superfamily I  35.65 
 
 		 813 aa  293  9e-78  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1552  hypothetical protein  36.83 
 
 		 754 aa  292  1e-77  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0457555  normal  0.0469841 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3817  hypothetical protein  37.42 
 
 		 765 aa  291  2e-77  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5043  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  36.79 
 
 		 685 aa  291  3e-77  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5818  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  35.12 
 
 		 766 aa  291  4e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.814611 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1438  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  37.26 
 
 		 767 aa  290  4e-77  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0481652  normal  0.535977 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1592  hypothetical protein  36.2 
 
 		 776 aa  289  1e-76  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.430325  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2150  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  35.57 
 
 		 746 aa  285  2.0000000000000002e-75  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.491919 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1262  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  35.42 
 
 		 757 aa  283  1e-74  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.188499  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0032  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  34.67 
 
 		 786 aa  280  4e-74  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2428  ATP-dependent DNA helicase  36.78 
 
 		 726 aa  277  4e-73  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0523427  normal  0.292743 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14320  DNA/RNA helicase, superfamily I  36.68 
 
 		 758 aa  271  4e-71  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.00598075  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7576  hypothetical protein  33.33 
 
 		 795 aa  268  2e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2425  hypothetical protein  34.67 
 
 		 771 aa  266  8.999999999999999e-70  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.548064  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2857  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  32.8 
 
 		 788 aa  263  6.999999999999999e-69  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1575  UvrD/REP helicase  39.43 
 
 		 750 aa  261  3e-68  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0191582 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10650  DNA/RNA helicase, superfamily I  32.57 
 
 		 747 aa  256  1.0000000000000001e-66  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.85506  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0952  putative helicase  37.8 
 
 		 829 aa  255  2.0000000000000002e-66  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.249866 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5784  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  32.65 
 
 		 691 aa  253  1e-65  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5583  putative helicase  33.8 
 
 		 874 aa  236  1.0000000000000001e-60  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3630  hypothetical protein  33.7 
 
 		 705 aa  216  1.9999999999999998e-54  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000100418 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3388  hypothetical protein  33.97 
 
 		 706 aa  213  9e-54  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.667328 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3297  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  30.55 
 
 		 659 aa  210  6e-53  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.925836 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8908  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  29.12 
 
 		 672 aa  206  1e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1829  ATP-dependent DNA helicase  29.52 
 
 		 706 aa  181  5.999999999999999e-44  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0962  hypothetical protein  31.56 
 
 		 703 aa  174  5e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.916066  normal  0.251911 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09430  DNA/RNA helicase, superfamily I  31.44 
 
 		 705 aa  172  2e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.260549 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4189  hypothetical protein  44.44 
 
 		 902 aa  171  4e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.060673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4482  hypothetical protein  27.82 
 
 		 680 aa  171  5e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0765  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  41.9 
 
 		 832 aa  171  6e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.360581  normal  0.192195 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1900  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  37.5 
 
 		 724 aa  168  4e-40  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0164  ATP-dependent DNA helicase  32.11 
 
 		 684 aa  167  5e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.532739 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4104  AAA ATPase  42.97 
 
 		 799 aa  166  1.0000000000000001e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.133628  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4077  hypothetical protein  28.27 
 
 		 695 aa  166  2.0000000000000002e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0451671 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21750  DNA/RNA helicase, superfamily I  34.11 
 
 		 695 aa  163  9e-39  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.114546 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4146  putative ATP-dependent DNA helicase  28.99 
 
 		 717 aa  158  4e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4871  hypothetical protein  29.88 
 
 		 666 aa  157  6e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4092  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  28.04 
 
 		 670 aa  157  7e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.445905  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1224  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  27.16 
 
 		 645 aa  156  1e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.188464 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4531  putative helicase protein  41.8 
 
 		 726 aa  156  1e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0489  hypothetical protein  28.09 
 
 		 692 aa  155  2e-36  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0388236 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2397  putative ATP/GTP binding protein  29.71 
 
 		 727 aa  154  5.9999999999999996e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.115029  normal  0.0547233 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8108  ATP-dependent DNA helicase  31.72 
 
 		 719 aa  148  3e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24030  DNA/RNA helicase, superfamily I  29.42 
 
 		 710 aa  144  7e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4508  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  41.18 
 
 		 693 aa  143  9.999999999999999e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7542  hypothetical protein  37 
 
 		 761 aa  135  3.9999999999999996e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.322202 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2694  hypothetical protein  39.11 
 
 		 679 aa  129  2.0000000000000002e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.129277 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2447  putative ATP-dependent DNA helicase  32.43 
 
 		 792 aa  126  1e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.250058  normal  0.190451 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05760  DNA/RNA helicase, superfamily I  43.48 
 
 		 755 aa  114  5e-24  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.594948 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0580  putative helicase  27.65 
 
 		 706 aa  113  1.0000000000000001e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.937698  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1990  UvrD/REP helicase  22.46 
 
 		 780 aa  113  1.0000000000000001e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.486278  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2679  Superfamily I DNA and RNA helicase  37.61 
 
 		 1048 aa  113  1.0000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.357877  normal  0.0252741 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0566  helicase, putative  27.33 
 
 		 706 aa  111  4.0000000000000004e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.712813  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1591  ATP-dependent DNA helicase UvrD  33.5 
 
 		 763 aa  110  1e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.68447  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1872  ATP-dependent DNA helicase UvrD  33.5 
 
 		 763 aa  109  2e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2268  ATP-dependent DNA helicase replicase  32.99 
 
 		 753 aa  105  2e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472116  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0895  superfamily I DNA helicase  30.85 
 
 		 755 aa  104  7e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.531504  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4227  helicase, UvrD/Rep family  27.61 
 
 		 778 aa  102  2e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00019989  hitchhiker  0.000557099 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1963  helicase  33.5 
 
 		 748 aa  102  3e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0951  ATP-dependent DNA helicase replicase  27.79 
 
 		 777 aa  100  7e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0973  UvrD/Rep family helicase  27.83 
 
 		 776 aa  100  8e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1040  UvrD/Rep family helicase  27.83 
 
 		 776 aa  100  8e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0961  ATP-dependent DNA helicase replicase  27.76 
 
 		 776 aa  99.8  1e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1075  helicase, UvrD/Rep family  27.32 
 
 		 777 aa  100  1e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00160  DNA/RNA helicase, superfamily I  32.29 
 
 		 706 aa  100  1e-19  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.805287 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2469  UvrD/Rep helicase family protein  28.24 
 
 		 691 aa  99.8  2e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00119782  normal  0.334322 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1118  helicase, UvrD/Rep family  28.06 
 
 		 776 aa  99.4  2e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0603205 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05840  DNA/RNA helicase, superfamily I  32.32 
 
 		 698 aa  99.4  2e-19  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0355773  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2623  uvrD/Rep helicase family protein  27.68 
 
 		 689 aa  98.6  3e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000508135  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2539  UvrD/Rep helicase family protein  27.68 
 
 		 689 aa  98.6  3e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000078955  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2814  uvrD/Rep helicase family protein  27.68 
 
 		 689 aa  98.6  3e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.0000000183326  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2861  uvrD/Rep helicase family protein  27.68 
 
 		 689 aa  99  3e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000106246  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2823  UvrD/Rep helicase family protein  28.24 
 
 		 691 aa  99  3e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.271387  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3423  superfamily I DNA helicase  30.29 
 
 		 760 aa  99  3e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000327842  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2615  UvrD/Rep helicase family protein  27.72 
 
 		 691 aa  98.2  4e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000204354  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1206  helicase, UvrD/Rep family  27.04 
 
 		 777 aa  98.2  4e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>