166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_0097 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_0097  regulator of polyketide synthase expression-like  100 
 
 
524 aa  994  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0431  putative PucR family transcriptional regulator  40.38 
 
 
514 aa  266  6e-70  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.517464  normal  0.914585 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22850  hypothetical protein  29.76 
 
 
495 aa  109  2e-22  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.450672 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4118  putative transcriptional regulator, PucR family  30.13 
 
 
498 aa  85.5  2e-15  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.244504  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2205  putative transcriptional regulator, PucR family  30.14 
 
 
505 aa  83.2  1e-14  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0290612  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3370  putative transcriptional regulator, PucR family  33.59 
 
 
460 aa  78.2  3e-13  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00329007  normal  0.365111 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2943  putative PucR family transcriptional regulator  39.29 
 
 
468 aa  76.6  9e-13  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4043  putative transcriptional regulator, PucR family  37.78 
 
 
504 aa  69.7  1e-10  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0389127  decreased coverage  0.00142198 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0143  transcriptional regulator, CdaR  30.87 
 
 
388 aa  66.2  2e-09  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4574  transcriptional regulator, CdaR  31.76 
 
 
407 aa  65.9  2e-09  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.325044  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2125  CdaR family transcriptional regulator  28.1 
 
 
553 aa  62.8  2e-08  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4823  CdaR family transcriptional regulator  27.55 
 
 
563 aa  61.6  3e-08  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0207  transcriptional regulator  35.71 
 
 
558 aa  61.6  3e-08  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  3.26759e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0948  transcriptional regulator, CdaR  31.62 
 
 
436 aa  61.6  3e-08  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.640596  normal  0.171254 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0645  transcriptional regulator, CdaR  45.45 
 
 
383 aa  58.5  3e-07  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.867737 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0865  DNA-binding protein  31.79 
 
 
410 aa  57.8  4e-07  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1832  putative purine catabolism transcriptional regulator  31.79 
 
 
410 aa  57.8  4e-07  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00249141  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0602  DNA-binding protein  31.79 
 
 
410 aa  57.8  4e-07  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.386136  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5594  PucR family transcriptional regulator  32.63 
 
 
410 aa  57.8  5e-07  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1119  putative purine catabolism transcriptional regulator  31.79 
 
 
410 aa  57.8  5e-07  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1033  putative purine catabolism transcriptional regulator  31.79 
 
 
410 aa  57.8  5e-07  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2334  DNA-binding protein  31.79 
 
 
410 aa  57.8  5e-07  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  33.11 
 
 
525 aa  57.4  7e-07  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4831  CdaR family transcriptional regulator  33.82 
 
 
305 aa  56.6  1e-06  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal  0.558318 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  33.61 
 
 
518 aa  55.8  2e-06  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1801  transcriptional regulator, PucR family  28.68 
 
 
562 aa  55.8  2e-06  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1109  putative transcriptional regulator, PucR family  36.92 
 
 
515 aa  55.1  3e-06  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3511  putative transcriptional regulator, PucR family  27.68 
 
 
411 aa  55.1  3e-06  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  33.09 
 
 
525 aa  55.1  3e-06  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2232  PucR family transcriptional regulator  30.52 
 
 
537 aa  55.1  3e-06  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.129404 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3341  transcriptional regulator, CdaR  41.33 
 
 
442 aa  55.1  3e-06  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00355427  normal  0.121682 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1640  DNA-binding protein  31.21 
 
 
410 aa  54.7  4e-06  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0331425  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4407  putative GAF sensor protein  35.85 
 
 
562 aa  54.7  4e-06  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.543064  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3051  hypothetical protein  40.58 
 
 
740 aa  54.3  5e-06  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0691  helix-turn-helix, Fis-type  33.65 
 
 
486 aa  54.3  5e-06  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.819144  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3926  putative transcriptional regulator, PucR family  45.59 
 
 
399 aa  54.3  5e-06  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00603602 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6547  CdaR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
413 aa  54.3  5e-06  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.362364 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2569  putative transcriptional regulator, PucR family  34.42 
 
 
501 aa  53.9  7e-06  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0873115  normal  0.990739 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0057  putative regulatory protein  42.5 
 
 
535 aa  53.9  8e-06  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0293617  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2017  CdaR family transcriptional regulator  30.82 
 
 
564 aa  53.1  1e-05  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.294249  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1512  transcriptional regulator CdaR  45.76 
 
 
375 aa  53.1  1e-05  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.428477  normal  0.947433 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0087  CdaR family transcriptional regulator  46.05 
 
 
383 aa  53.1  1e-05  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.39788  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3379  putative transcriptional regulator, PucR family  35.94 
 
 
412 aa  52.8  1e-05  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.670117  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1382  transcriptional regulator, CdaR  34.38 
 
 
400 aa  53.1  1e-05  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1241  PucR family transcriptional regulator  33.13 
 
 
552 aa  52.8  2e-05  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0259232 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1388  transcriptional regulator, CdaR  31.69 
 
 
493 aa  52  3e-05  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2216  transcriptional regulator, PucR family  28.37 
 
 
542 aa  51.6  3e-05  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2940  transcriptional regulator, CdaR  30.07 
 
 
405 aa  51.6  3e-05  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.837438  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2339  putative transcriptional regulator, PucR family  30.22 
 
 
705 aa  52  3e-05  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00013602  hitchhiker  0.000729233 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3278  PucR family transcriptional regulator  35.34 
 
 
405 aa  51.2  4e-05  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.698814  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3095  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.95 
 
 
385 aa  51.6  4e-05  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0761  putative transcriptional regulator, PucR family  38.66 
 
 
400 aa  51.2  5e-05  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2117  CdaR family transcriptional regulator  36.09 
 
 
379 aa  50.8  5e-05  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1182  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.33 
 
 
385 aa  51.2  5e-05  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5251  PucR family transcriptional regulator  39.56 
 
 
312 aa  50.8  6e-05  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.60944  normal  0.261771 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5712  putative transcriptional regulator, PucR family  27.51 
 
 
537 aa  50.4  8e-05  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.857659  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1861  CdaR family transcriptional regulator  26.19 
 
 
361 aa  50.4  8e-05  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0198483  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13710  sugar diacid utilization regulator  27.75 
 
 
393 aa  50.1  9e-05  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3098  transcriptional regulator, CdaR  33.33 
 
 
361 aa  50.1  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.102834  normal  0.987358 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2630  transcriptional regulator, PucR family  41.57 
 
 
528 aa  50.1  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0196857  normal  0.48093 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0174  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  30.15 
 
 
385 aa  49.7  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2815  hypothetical protein  38.46 
 
 
417 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.129951  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0388  purine catabolism PurC domain-containing protein  23.62 
 
 
379 aa  48.9  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000701457  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03504  sugar diacide regulator  38.71 
 
 
168 aa  48.9  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0879  hypothetical protein  43.86 
 
 
384 aa  48.1  0.0003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0278062  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6672  putative transcriptional regulator, PucR family  30.82 
 
 
520 aa  48.5  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0255343  normal  0.214426 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1182  transcriptional regulator, CdaR  25.64 
 
 
555 aa  48.5  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  2.61051e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1043  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  28.68 
 
 
385 aa  48.5  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2209  PucR family transcriptional regulator  41.94 
 
 
405 aa  48.5  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.75848 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1059  transcriptional regulator, CdaR  48.65 
 
 
514 aa  48.1  0.0004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.844441 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3866  transcriptional regulator, PucR family  34.55 
 
 
557 aa  48.1  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8514  putative transcriptional regulator, PucR family  48.28 
 
 
637 aa  47.8  0.0005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.484421  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2804  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  29.41 
 
 
385 aa  47.8  0.0005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7392  putative transcriptional regulator, PucR family  30.56 
 
 
362 aa  47.8  0.0005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5503  putative transcriptional regulator, PucR family  39.66 
 
 
600 aa  47.8  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00160149 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6808  putative transcriptional regulator, PucR family  36.92 
 
 
421 aa  47.8  0.0005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0175  carbohydrate diacid regulator  40 
 
 
488 aa  47.4  0.0006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0265  putative carbohydrate diacid regulator  40 
 
 
483 aa  47.4  0.0006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.18471  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3440  transcriptional regulator, CdaR  29.41 
 
 
385 aa  47.4  0.0006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0172  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  29.41 
 
 
385 aa  47.4  0.0006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1640  putative transcriptional regulator  40 
 
 
488 aa  47.4  0.0006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1394  CdaR family transcriptional regulator  32.8 
 
 
381 aa  47.4  0.0006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.104866  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3497  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  29.41 
 
 
385 aa  47.4  0.0006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0166  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  29.41 
 
 
385 aa  47.4  0.0007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1808  putative transcriptional regulator, PucR family  41.18 
 
 
397 aa  47.4  0.0007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.583872  normal  0.0100346 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00160  hypothetical protein  29.41 
 
 
385 aa  47.4  0.0007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4896  transcriptional regulator, CdaR  37.62 
 
 
616 aa  47.4  0.0007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00161  DNA-binding transcriptional activator  29.41 
 
 
385 aa  47.4  0.0007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0167  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  29.41 
 
 
376 aa  47  0.0008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4109  PucR family transcriptional regulator  44.07 
 
 
477 aa  47  0.0008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.222567  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4484  putative transcriptional regulator, PucR family  47.14 
 
 
365 aa  47  0.0009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.402234  normal  0.125133 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0203  carbohydrate diacid regulator  38.75 
 
 
402 aa  46.2  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0231  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  28.68 
 
 
385 aa  46.2  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.466297  normal  0.982671 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3480  regulator of polyketide synthase expression-like  41.79 
 
 
539 aa  46.6  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0233  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  28.68 
 
 
385 aa  46.2  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2578  transcriptional regulator, CdaR  43.48 
 
 
326 aa  46.6  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1869  transcriptional regulator, PucR family  31.97 
 
 
609 aa  46.6  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0247  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  28.68 
 
 
385 aa  46.2  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2073  transcriptional regulator, PucR family  39.44 
 
 
517 aa  46.2  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0495  transcriptional regulator, PucR family  32.03 
 
 
492 aa  46.6  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.579171  normal  0.289183 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>