More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_0039 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_0047  Formyl-CoA transferase  96.92 
 
 
412 aa  770  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.386629  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0039  Formyl-CoA transferase  100 
 
 
406 aa  824  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.68 
 
 
419 aa  358  1e-97  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1038  Alpha-methylacyl-CoA racemase  44.9 
 
 
413 aa  349  4e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  3.37447e-05  normal  0.997405 
 
 
-
 
NC_006684  CNB03190  expressed protein  42.71 
 
 
450 aa  339  7e-92  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0170398  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0846  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.15 
 
 
415 aa  339  7e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3860  Formyl-CoA transferase  46.41 
 
 
396 aa  336  5e-91  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0478269 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.94 
 
 
388 aa  335  8e-91  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0558  Formyl-CoA transferase  45.94 
 
 
396 aa  334  1e-90  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0321  CaiB/BaiF family protein  46.33 
 
 
421 aa  334  1e-90  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0117662 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24920  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.09 
 
 
407 aa  334  1e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534139  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0281  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.12 
 
 
424 aa  332  8e-90  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0830  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.92 
 
 
406 aa  332  1e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0441069  normal  0.0516739 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.43 
 
 
407 aa  331  2e-89  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05820  hypothetical protein  43.18 
 
 
407 aa  328  1e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1329  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.76 
 
 
423 aa  326  4e-88  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.94269  normal  0.646992 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3187  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.11 
 
 
395 aa  326  5e-88  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0204  Alpha-methylacyl-CoA racemase  41.87 
 
 
435 aa  325  8e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491396  normal  0.983612 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.42 
 
 
415 aa  325  8e-88  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0849  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.68 
 
 
433 aa  325  8e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6435  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.68 
 
 
415 aa  325  1e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145178 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0244  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.85 
 
 
395 aa  324  2e-87  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6256  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.18 
 
 
406 aa  323  3e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.326861  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2006  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.09 
 
 
407 aa  323  3e-87  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0548  hypothetical protein  42.68 
 
 
407 aa  323  3e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1614  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.94 
 
 
406 aa  323  4e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.553519 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2771  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.65 
 
 
405 aa  322  8e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  41.22 
 
 
418 aa  321  1e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2914  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.13 
 
 
406 aa  319  7e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.508097  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3421  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.7 
 
 
416 aa  318  8e-86  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3330  formyl-CoA transferase  43.04 
 
 
411 aa  318  9e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5189  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.64 
 
 
406 aa  318  1e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0395978  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2980  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.42 
 
 
418 aa  318  1e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0159  CAIB/BAIF family protein  43.32 
 
 
406 aa  318  1e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  8.39359e-05  hitchhiker  9.73372e-05 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1907  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.68 
 
 
452 aa  318  1e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.323218 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1900  CAIB/BAIF family protein  45.36 
 
 
401 aa  317  2e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.894155  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1386  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.43 
 
 
406 aa  318  2e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.331191  normal  0.197084 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2825  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.94 
 
 
406 aa  317  2e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0265401 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5013  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.83 
 
 
406 aa  318  2e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0417063  normal  0.0551154 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5460  CAIB/BAIF family protein  43.67 
 
 
406 aa  317  2e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0019674  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1851  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.32 
 
 
404 aa  317  2e-85  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.990249  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4668  CAIB/BAIF family protein  42.19 
 
 
390 aa  317  3e-85  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0926  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.18 
 
 
406 aa  317  3e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1408  Formyl-CoA transferase  42.18 
 
 
406 aa  317  3e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1310  Alpha-methylacyl-CoA racemase  41.69 
 
 
406 aa  317  3e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4648  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.62 
 
 
406 aa  317  3e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.166918 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5625  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.35 
 
 
415 aa  316  4e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.344287  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.93 
 
 
407 aa  316  4e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  9.22953e-07  normal  0.414571 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04230  CAIB/BAIF family enzyme (AFU_orthologue; AFUA_1G06250)  42.36 
 
 
446 aa  315  7e-85  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0128507  normal  0.310252 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1285  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.93 
 
 
426 aa  315  7e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0178  Formyl-CoA transferase  42.82 
 
 
406 aa  315  8e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  7.10796e-11  normal  0.705206 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0206  Formyl-CoA transferase  44.1 
 
 
393 aa  315  1e-84  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.640391 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2408  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.16 
 
 
418 aa  314  2e-84  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1321  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.68 
 
 
406 aa  314  2e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.680046  normal  0.169906 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.46 
 
 
418 aa  314  2e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  42.78 
 
 
396 aa  314  2e-84  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3791  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.71 
 
 
407 aa  313  3e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0796  putative transmembrane protein  43.52 
 
 
420 aa  313  3e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2908  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.74 
 
 
411 aa  313  4e-84  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.35571  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2154  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.17 
 
 
413 aa  313  5e-84  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.575353  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2211  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.17 
 
 
426 aa  312  6e-84  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.859864 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1422  CAIB/BAIF family protein  42.43 
 
 
568 aa  312  8e-84  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.498676  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0894  CAIB/BAIF family protein  42.43 
 
 
577 aa  312  8e-84  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.846716  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0176  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.58 
 
 
406 aa  312  8e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  2.47826e-10  normal  0.235552 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1814  CAIB/BAIF family protein  42.43 
 
 
544 aa  312  9e-84  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00543882  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0813  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.32 
 
 
406 aa  312  9e-84  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.279858  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4552  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.94 
 
 
406 aa  311  1e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0704  CAIB/BAIF family protein  42.43 
 
 
406 aa  311  1e-83  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.504433  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0456  CAIB/BAIF family protein  42.43 
 
 
406 aa  311  1e-83  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367298  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1635  CAIB/BAIF family protein  42.18 
 
 
406 aa  311  1e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0382163  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1658  CAIB/BAIF family protein  42.43 
 
 
406 aa  311  1e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0223  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.96 
 
 
415 aa  310  2e-83  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.16835 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5067  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.43 
 
 
406 aa  311  2e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  8.03065e-07  hitchhiker  0.00823437 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2662  CAIB/BAIF family protein  42.18 
 
 
406 aa  310  3e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  1.46578e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1069  CaiB/BaiF family protein  44.47 
 
 
411 aa  310  4e-83  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0224  CAIB/BAIF family protein  41.23 
 
 
413 aa  309  5e-83  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3426  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.88 
 
 
403 aa  309  5e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0253848 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0207  CAIB/BAIF family protein  41.23 
 
 
413 aa  309  5e-83  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5148  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.68 
 
 
407 aa  309  6e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.392977  normal  0.592286 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4069  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.1 
 
 
426 aa  308  8e-83  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1981  Formyl-CoA transferase  42.89 
 
 
425 aa  308  8e-83  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.5463  hitchhiker  0.00178281 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5111  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.12 
 
 
406 aa  307  2e-82  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.658987  normal  0.523719 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0442  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.82 
 
 
387 aa  306  3e-82  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0743  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.94 
 
 
406 aa  305  8e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.542273  normal  0.492598 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0118  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.82 
 
 
406 aa  305  1e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  4.40239e-07  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3546  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.32 
 
 
411 aa  303  2e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.906288  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0119  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.31 
 
 
413 aa  304  2e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.391223  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.68 
 
 
409 aa  303  3e-81  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0899  Formyl-CoA transferase  39.22 
 
 
427 aa  302  7e-81  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1328  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.55 
 
 
394 aa  302  8e-81  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7130  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.45 
 
 
434 aa  301  1e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2206  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.67 
 
 
415 aa  300  4e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0738352 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3771  Formyl-CoA transferase  39.68 
 
 
395 aa  298  1e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.531066  normal  0.292423 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0260  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.12 
 
 
392 aa  298  1e-79  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0702247 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1673  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.93 
 
 
406 aa  298  1e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147245  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6904  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.93 
 
 
413 aa  298  2e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.733868  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6415  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.16 
 
 
394 aa  297  2e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.835321 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2484  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.25 
 
 
407 aa  297  3e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0601081  normal  0.0181338 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2751  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.1 
 
 
416 aa  296  4e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31729 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0458  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.82 
 
 
429 aa  296  6e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>