More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_0035 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_0035  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 
230 aa  462  1e-129  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4108  transcriptional regulator, GntR family  43.28 
 
 
227 aa  168  6e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.724357  normal  0.672697 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3794  transcriptional regulator, GntR family  40.58 
 
 
261 aa  148  8e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.436096  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  36.5 
 
 
251 aa  115  4e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  36.15 
 
 
233 aa  115  7e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  36.45 
 
 
229 aa  115  8e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  30.19 
 
 
226 aa  113  2e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0150  transcriptional regulator, GntR family  33.83 
 
 
209 aa  112  4e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.80263  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2016  GntR family transcriptional regulator  35.15 
 
 
230 aa  112  5e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0125173 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4064  GntR family transcriptional regulator  36.87 
 
 
227 aa  112  5e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.916339  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  36 
 
 
237 aa  109  4e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
225 aa  107  1e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3577  GntR family transcriptional regulator  35.12 
 
 
236 aa  107  1e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  2.18035e-05  normal  0.39883 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3719  GntR family transcriptional regulator  35.58 
 
 
232 aa  107  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.329499  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0644  GntR family transcriptional regulator  37.56 
 
 
244 aa  107  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412108  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2798  GntR family transcriptional regulator  39.18 
 
 
233 aa  107  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.297778 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 
223 aa  102  3e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  29.95 
 
 
228 aa  102  4e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  37.17 
 
 
224 aa  100  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4345  GntR family transcriptional regulator  37.76 
 
 
242 aa  100  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3926  transcriptional regulator, GntR family  33.66 
 
 
224 aa  100  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173644  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3629  GntR family transcriptional regulator  34.2 
 
 
246 aa  100  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  33.01 
 
 
232 aa  99.8  3e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3197  GntR family transcriptional regulator  31.92 
 
 
242 aa  99.8  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3082  GntR family transcriptional regulator  31.92 
 
 
241 aa  100  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0349212 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  34.9 
 
 
239 aa  99.8  4e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
233 aa  99.8  4e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  36.08 
 
 
240 aa  99.8  4e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  34.65 
 
 
230 aa  99.4  4e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0572  transcriptional regulator, GntR family  34.74 
 
 
216 aa  98.2  8e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.666259  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5947  GntR family transcriptional regulator  30.26 
 
 
218 aa  98.6  8e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.386506  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0614  transcriptional regulator, GntR family  35.26 
 
 
216 aa  98.2  8e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22125  normal  0.431633 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2945  transcriptional regulator, GntR family  40.51 
 
 
233 aa  98.2  9e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000364354  hitchhiker  0.000119928 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0834  transcriptional regulator, GntR family  32.8 
 
 
247 aa  97.8  1e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5875  GntR family transcriptional regulator  35.45 
 
 
229 aa  97.8  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0584  transcriptional regulator, GntR family  36.46 
 
 
231 aa  96.7  2e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.525368  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  30.3 
 
 
235 aa  97.1  2e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  26.9 
 
 
215 aa  96.7  2e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  33.65 
 
 
231 aa  97.1  2e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  1.18605e-05  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2111  GntR family transcriptional regulator  36.17 
 
 
225 aa  96.7  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.277645  normal  0.0294068 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  29.44 
 
 
234 aa  96.7  3e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  31.68 
 
 
239 aa  96.7  3e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1112  GntR family transcriptional regulator  35.83 
 
 
221 aa  96.3  4e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3571  hypothetical protein  33.85 
 
 
230 aa  95.9  4e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.792294 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  35.27 
 
 
233 aa  96.3  4e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28010  transcriptional regulator, GntR family  35.26 
 
 
219 aa  95.5  5e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0384037  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3148  GntR family transcriptional regulator  31 
 
 
250 aa  95.9  5e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.275687  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  30.1 
 
 
229 aa  95.5  5e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2332  transcriptional regulator, GntR family  33.16 
 
 
246 aa  95.9  5e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.738063 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  29.7 
 
 
230 aa  95.5  6e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1425  GntR family transcriptional regulator  35.11 
 
 
221 aa  95.5  6e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.195614 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  34.59 
 
 
248 aa  95.1  7e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
245 aa  95.1  8e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  2.05206e-06  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0081  transcriptional regulator, GntR family  33.86 
 
 
231 aa  94.4  1e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3094  transcriptional regulator, GntR family  32.57 
 
 
233 aa  94.7  1e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00936803  normal  0.247599 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  29.59 
 
 
229 aa  94.7  1e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0500  transcriptional regulator, GntR family  33.17 
 
 
240 aa  94.4  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.162166  normal  0.780963 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1652  transcriptional regulator, GntR family  34 
 
 
248 aa  94.7  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13154  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  30.37 
 
 
235 aa  94.7  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1922  GntR family transcriptional regulator  32.64 
 
 
245 aa  94.7  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.430018 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7256  transcriptional regulator, GntR family  35.75 
 
 
218 aa  93.6  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0660662  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  32.66 
 
 
262 aa  94.4  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0513  transcriptional regulator, GntR family  33.17 
 
 
238 aa  94  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332909  normal  0.319587 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3396  GntR family transcriptional regulator  32.02 
 
 
233 aa  93.2  3e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.296167  normal  0.56362 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
233 aa  93.2  3e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1304  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
234 aa  92.8  4e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0497792 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4654  GntR family transcriptional regulator  33.87 
 
 
238 aa  92.8  4e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.456786  normal  0.661063 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3595  GntR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
222 aa  92.8  4e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3199  GntR family transcriptional regulator  32.18 
 
 
222 aa  92.8  4e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.405937  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5667  transcriptional regulator, GntR family  30.89 
 
 
260 aa  92.4  5e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  31.46 
 
 
227 aa  92.4  5e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  26.9 
 
 
226 aa  92.4  5e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1281  GntR family transcriptional regulator  37.04 
 
 
249 aa  92  6e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1296  transcriptional regulator, GntR family  35.68 
 
 
233 aa  92  6e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.032312  normal  0.299541 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2514  GntR family transcriptional regulator  34.98 
 
 
234 aa  92  6e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  32.85 
 
 
228 aa  92.4  6e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1303  GntR family transcriptional regulator  31.44 
 
 
238 aa  92  6e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.153269  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3164  GntR family transcriptional regulator  30.52 
 
 
242 aa  92  7e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0161984 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3140  GntR family transcriptional regulator  30.05 
 
 
241 aa  91.7  8e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  1.17475e-07 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3144  GntR family transcriptional regulator  29.72 
 
 
242 aa  91.7  9e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2531  GntR family transcriptional regulator  29.72 
 
 
242 aa  91.7  9e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3766  GntR family transcriptional regulator  34.83 
 
 
234 aa  91.3  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3523  GntR family transcriptional regulator  35.41 
 
 
239 aa  90.9  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0140617  normal  0.356265 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
256 aa  91.3  1e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0040  GntR family transcriptional regulator  35.05 
 
 
227 aa  90.9  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4343  GntR family transcriptional regulator  33.16 
 
 
218 aa  91.3  1e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  33.51 
 
 
219 aa  91.3  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3183  Transcriptional regulators-like protein  38.98 
 
 
242 aa  90.9  1e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.138815  normal  0.149663 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  28.43 
 
 
231 aa  91.3  1e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  4.81506e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1929  GntR family transcriptional regulator  31.69 
 
 
249 aa  91.3  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3443  GntR family transcriptional regulator  29.05 
 
 
235 aa  90.9  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0659534  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  32.34 
 
 
223 aa  91.3  1e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  32.16 
 
 
262 aa  90.5  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4793  transcriptional regulator, GntR family  34.54 
 
 
244 aa  90.5  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00330899  hitchhiker  9.51338e-07 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3350  transcriptional regulator, GntR family  35.41 
 
 
234 aa  90.1  2e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.398966  normal  0.021988 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0073  GntR family transcriptional regulator  31.86 
 
 
232 aa  90.9  2e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  32.16 
 
 
262 aa  90.5  2e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5069  GntR family transcriptional regulator  36.88 
 
 
247 aa  90.1  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.046054  normal  0.249885 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6499  GntR family transcriptional regulator  30.52 
 
 
242 aa  90.1  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.348019  normal  0.174024 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5373  transcriptional regulator GntR family  35.16 
 
 
216 aa  90.1  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.693668  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>