135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_0030 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_0030  major facilitator transporter  100 
 
 
402 aa  755  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.63894  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5945  major facilitator superfamily MFS_1  38.52 
 
 
363 aa  196  6e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.309927  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2414  major facilitator transporter  40.99 
 
 
394 aa  182  1e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.173973  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3788  major facilitator superfamily MFS_1  36.49 
 
 
438 aa  152  1e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.64327  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4479  major facilitator transporter  33.42 
 
 
419 aa  118  2e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1140  major facilitator superfamily MFS_1  33.16 
 
 
391 aa  94  4e-18  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.239081  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2965  major facilitator superfamily MFS_1  26.9 
 
 
392 aa  75.1  2e-12  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4176  major facilitator transporter  28.21 
 
 
425 aa  68.2  3e-10  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0966  major facilitator transporter  26.98 
 
 
412 aa  65.5  1e-09  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.582345  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3183  major facilitator superfamily MFS_1  27.7 
 
 
380 aa  62  2e-08  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.15273  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1093  major facilitator superfamily MFS_1  26.06 
 
 
406 aa  57.4  4e-07  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0159699 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0189  major facilitator superfamily MFS_1  27.34 
 
 
415 aa  57.4  4e-07  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6606  major facilitator superfamily MFS_1  28.57 
 
 
552 aa  57.4  5e-07  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3166  major facilitator superfamily MFS_1  26.95 
 
 
406 aa  56.6  7e-07  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7622  major facilitator transporter  31.74 
 
 
439 aa  55.8  1e-06  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.388014  normal  0.362364 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2812  major facilitator superfamily MFS_1  25.85 
 
 
427 aa  54.7  3e-06  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6607  major facilitator transporter  32.28 
 
 
439 aa  54.7  3e-06  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.806643  normal  0.758649 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5760  major facilitator transporter  32.28 
 
 
439 aa  54.3  4e-06  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6125  major facilitator transporter  32.28 
 
 
439 aa  54.3  4e-06  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.444392 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2393  major facilitator transporter  32.65 
 
 
481 aa  54.3  4e-06  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.74684  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02580  arabinose efflux permease family protein  28.78 
 
 
476 aa  53.9  4e-06  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5039  major facilitator transporter  28.57 
 
 
410 aa  53.1  9e-06  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.582294  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03124  transmembrane efflux transmembrane protein  31.91 
 
 
467 aa  52.4  1e-05  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5472  major facilitator transporter  30.98 
 
 
437 aa  51.6  2e-05  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2162  major facilitator transporter  22.42 
 
 
370 aa  52.4  2e-05  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  hitchhiker  0.000505649 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4592  major facilitator transporter  30.56 
 
 
440 aa  51.6  2e-05  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.947939 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0005  major facilitator superfamily MFS_1  31.21 
 
 
396 aa  51.2  3e-05  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2516  major facilitator transporter  28.49 
 
 
354 aa  51.2  3e-05  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.128628  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0005  major facilitator superfamily MFS_1  32.31 
 
 
396 aa  51.6  3e-05  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0541  major facilitator transporter  24.36 
 
 
444 aa  50.8  4e-05  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.24945  hitchhiker  1.21127e-05 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6100  major facilitator superfamily MFS_1  28.65 
 
 
482 aa  50.8  4e-05  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1344  major facilitator transporter  32.08 
 
 
439 aa  50.8  4e-05  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2726  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  33.96 
 
 
500 aa  50.4  5e-05  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1135  major facilitator transporter  26.44 
 
 
407 aa  50.4  6e-05  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.579458  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0005  major facilitator superfamily MFS_1  32.43 
 
 
394 aa  50.1  7e-05  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.32076  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1384  major facilitator transporter  31.87 
 
 
439 aa  50.1  7e-05  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0502  major facilitator transporter  24.46 
 
 
387 aa  50.1  7e-05  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1432  major facilitator superfamily MFS_1  26.72 
 
 
390 aa  49.3  0.0001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2392  major facilitator transporter  29.56 
 
 
450 aa  49.3  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2757  major facilitator superfamily MFS_1  29.2 
 
 
409 aa  49.3  0.0001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.444506 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2166  major facilitator superfamily MFS_1  27.89 
 
 
485 aa  48.1  0.0002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0144549  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4707  MFS family transporter  28.49 
 
 
415 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.759386  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1115  major facilitator superfamily MFS_1  27.56 
 
 
393 aa  48.9  0.0002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.948444  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6829  major facilitator superfamily MFS_1  26.95 
 
 
454 aa  48.5  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53780  MFS family transporter  28.49 
 
 
415 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.033353  normal  0.109422 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3686  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  30.95 
 
 
546 aa  48.5  0.0002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.455316 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2763  major facilitator superfamily MFS_1  25.15 
 
 
374 aa  47.8  0.0003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.640372  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0978  major facilitator superfamily MFS_1  26.11 
 
 
447 aa  48.1  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2468  putative transport protein  28.68 
 
 
390 aa  47.8  0.0004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2715  major facilitator superfamily metabolite/H(+) symporter  26.35 
 
 
429 aa  47.4  0.0005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.618209 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6242  major facilitator superfamily MFS_1  29.32 
 
 
439 aa  47.4  0.0005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3499  major facilitator transporter  22.06 
 
 
442 aa  47.4  0.0005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1888  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  30.23 
 
 
505 aa  47.4  0.0005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.170605  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0005  major facilitator superfamily MFS_1  30 
 
 
394 aa  47.4  0.0005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.695547  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4171  major facilitator transporter  25.85 
 
 
426 aa  47  0.0006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00182156  normal  0.0631303 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0107  major facilitator superfamily MFS_1  28.03 
 
 
390 aa  47  0.0006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.781532  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0619  hypothetical protein  27.24 
 
 
408 aa  46.6  0.0008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0908  major facilitator superfamily MFS_1  23.97 
 
 
383 aa  46.6  0.0008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.260847  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1355  major facilitator superfamily MFS_1  29.21 
 
 
390 aa  46.6  0.0008  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2482  major facilitator transporter  32.99 
 
 
432 aa  46.6  0.0008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4508  amino acid/peptide transporter  30.11 
 
 
507 aa  46.6  0.0009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0182547  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2766  major facilitator transporter  31.06 
 
 
429 aa  45.8  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2783  major facilitator transporter  27.3 
 
 
409 aa  46.2  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.35447  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0382  amino acid/peptide transporter  29.55 
 
 
500 aa  45.8  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4349  EmrB/QacA family drug resistance transporter  29.45 
 
 
493 aa  45.8  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4082  major facilitator transporter  24.02 
 
 
439 aa  46.2  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2210  major facilitator transporter  30.19 
 
 
455 aa  46.2  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.937907 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2907  amino acid/peptide transporter  29.44 
 
 
500 aa  45.8  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.464233  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2030  major facilitator transporter  28.03 
 
 
474 aa  45.8  0.001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.275978  normal  0.565057 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3023  amino acid/peptide transporter  29.44 
 
 
500 aa  45.8  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1721  amino acid/peptide transporter  29.55 
 
 
500 aa  45.8  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.97984  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26870  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  27.61 
 
 
534 aa  46.2  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.287743  normal  0.830336 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2806  major facilitator superfamily MFS_1  21.97 
 
 
434 aa  45.8  0.001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1531  amino acid/peptide transporter  29.55 
 
 
500 aa  45.8  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3887  major facilitator transporter  33.01 
 
 
432 aa  46.2  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.84675  normal  0.218515 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2221  EmrB/QacA family drug resistance transporter  30.34 
 
 
609 aa  46.2  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.667625  normal  0.81194 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0348  amino acid/peptide transporter  29.55 
 
 
500 aa  45.8  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.781642  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03062  putative proton-dependent peptide transporter  26.44 
 
 
483 aa  46.2  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000506345  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2040  major facilitator family transporter  30.08 
 
 
431 aa  46.2  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1452  major facilitator transporter  28.91 
 
 
475 aa  45.8  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0859  major facilitator transporter  26.45 
 
 
366 aa  45.8  0.001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2819  major facilitator transporter  29.15 
 
 
408 aa  46.2  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.601855  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0588  major facilitator transporter  26.26 
 
 
384 aa  46.2  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0912003  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2580  major facilitator transporter  23.29 
 
 
398 aa  45.8  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0171602  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1845  major facilitator superfamily MFS_1  27.12 
 
 
404 aa  45.8  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3702  major facilitator transporter  27.67 
 
 
431 aa  46.2  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0165127  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3970  EmrB/QacA family drug resistance transporter  33.33 
 
 
646 aa  45.4  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1866  major facilitator transporter  25.99 
 
 
425 aa  45.4  0.002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.591814  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1368  major facilitator superfamily permease  21.95 
 
 
402 aa  45.4  0.002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3219  major facilitator superfamily transporter  31.31 
 
 
395 aa  45.4  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5194  Permeases of the major facilitator superfamily  26.75 
 
 
436 aa  45.1  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4647  major facilitator transporter  27.31 
 
 
405 aa  45.1  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1255  amino acid/peptide transporter  29.55 
 
 
551 aa  45.4  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1372  multidrug resistance protein B  23.21 
 
 
534 aa  45.4  0.002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.964869  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2221  amino acid/peptide transporter  29.8 
 
 
551 aa  45.4  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4044  EmrB/QacA family drug resistance transporter  33.33 
 
 
646 aa  45.4  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3984  EmrB/QacA family drug resistance transporter  33.33 
 
 
646 aa  45.4  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.086459  normal  0.10455 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4728  amino acid/peptide transporter  26.77 
 
 
506 aa  44.7  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0095  major facilitator superfamily MFS_1  24.28 
 
 
395 aa  44.7  0.003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3839  major facilitator superfamily transporter  28.87 
 
 
443 aa  44.7  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.993033  normal  0.150303 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>