More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_0011 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_0011  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 
249 aa  475  1e-133  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2727  GntR family transcriptional regulator  65.55 
 
 
239 aa  284  1e-75  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.45563  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2771  GntR family transcriptional regulator  65.55 
 
 
239 aa  284  1e-75  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.908882  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2942  regulatory protein GntR, HTH  63.29 
 
 
240 aa  279  4e-74  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0684718  normal  0.415025 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2757  GntR family transcriptional regulator  65.55 
 
 
239 aa  262  4e-69  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.578268  normal  0.348506 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10597  GntR family transcriptional regulator  57.5 
 
 
240 aa  242  4e-63  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4488  regulatory protein GntR HTH  53.88 
 
 
252 aa  226  3e-58  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7456  regulatory protein GntR HTH  45.65 
 
 
237 aa  134  1e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0768739  normal  0.406938 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1196  regulatory protein GntR HTH  39.15 
 
 
228 aa  94.7  1e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.185208  hitchhiker  0.000709934 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0277  regulatory protein GntR HTH  44.76 
 
 
229 aa  82  8e-15  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.582636  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0357  regulatory protein GntR HTH  29.63 
 
 
235 aa  80.5  2e-14  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000241267  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2617  regulatory protein GntR HTH  30.5 
 
 
230 aa  78.6  9e-14  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  30.34 
 
 
233 aa  77.8  1e-13  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2928  transcriptional regulator  32.94 
 
 
249 aa  77.4  2e-13  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0871114  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1263  GntR domain protein  26.36 
 
 
229 aa  76.3  5e-13  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6769  regulatory protein GntR HTH  31.06 
 
 
261 aa  74.7  1e-12  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4648  transcriptional regulator NanR  31.31 
 
 
234 aa  70.5  2e-11  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.462339  normal  0.769273 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1972  putative pyruvate dehydrogenase complex repressor  32.24 
 
 
260 aa  70.9  2e-11  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0510687  normal  0.668194 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1991  transcriptional regulator PdhR  30.58 
 
 
256 aa  70.9  2e-11  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4763  transcriptional regulator NanR  30.81 
 
 
235 aa  70.1  3e-11  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.436481  normal  0.284781 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3488  fatty acid metabolism regulator  29.76 
 
 
237 aa  70.1  3e-11  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00186982  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0403  GntR family transcriptional regulator  28.81 
 
 
261 aa  70.1  4e-11  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1705  regulatory protein GntR HTH  36.73 
 
 
256 aa  69.7  4e-11  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0259893  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1767  GntR family transcriptional regulator  32.07 
 
 
255 aa  69.3  6e-11  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0216  GntR domain-containing protein  37.16 
 
 
235 aa  68.9  6e-11  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.613582 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10503  GntR family transcriptional regulator  29.38 
 
 
242 aa  68.9  7e-11  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000487705  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1321  regulatory protein GntR HTH  30.85 
 
 
240 aa  68.9  7e-11  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.57427e-29 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3349  regulatory protein GntR, HTH  29.54 
 
 
251 aa  68.6  8e-11  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  36.43 
 
 
249 aa  68.2  1e-10  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4274  GntR domain protein  29.26 
 
 
229 aa  68.6  1e-10  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.556367 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1490  fatty acid metabolism regulator  28.93 
 
 
279 aa  68.6  1e-10  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3584  GntR-like  35.33 
 
 
275 aa  68.2  1e-10  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63070  GntR family transcriptional regulator  28.33 
 
 
257 aa  67  2e-10  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.142439  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43060  GntR family transcriptional regulator  29.49 
 
 
258 aa  67.4  2e-10  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.145133  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2500  GntR domain protein  36.76 
 
 
248 aa  67.4  2e-10  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1661  fatty acid metabolism regulator  26.79 
 
 
236 aa  67.4  2e-10  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0855025  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0362  GntR domain-containing protein  29.74 
 
 
261 aa  67.4  2e-10  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3935  transcriptional regulator PdhR  29.07 
 
 
250 aa  67  3e-10  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.470057  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0177  GntR family transcriptional regulator  28.51 
 
 
270 aa  67  3e-10  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.285008  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3857  transcriptional regulator PdhR  29.07 
 
 
250 aa  67  3e-10  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  1.2948e-06 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4055  transcriptional regulator PdhR  29.07 
 
 
250 aa  67  3e-10  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0112662  normal  0.466854 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2904  GntR domain protein  30.85 
 
 
240 aa  66.6  3e-10  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111996  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01148  fatty acid metabolism regulator  30.54 
 
 
236 aa  67  3e-10  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0433911  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3432  transcriptional regulator PdhR  28.57 
 
 
250 aa  66.2  4e-10  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.517793  normal  0.595075 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3401  GntR domain-containing protein  28.81 
 
 
235 aa  66.2  4e-10  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0527  GntR domain-containing protein  33.1 
 
 
258 aa  66.6  4e-10  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.914747  normal  0.270736 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3914  transcriptional regulator PdhR  29.07 
 
 
250 aa  66.2  4e-10  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.517213  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0697  GntR domain-containing protein  34.01 
 
 
255 aa  66.6  4e-10  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.601248  hitchhiker  3.78938e-05 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5489  putative transcriptional regulator  28.33 
 
 
257 aa  66.2  4e-10  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4734  GntR family transcriptional regulator  34.01 
 
 
255 aa  66.2  4e-10  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.315584  hitchhiker  0.00963759 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2064  GntR domain-containing protein  23.81 
 
 
238 aa  65.9  5e-10  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  1.13894e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4435  GntR domain-containing protein  32.39 
 
 
229 aa  66.2  5e-10  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3725  transcriptional regulator NanR  29.75 
 
 
237 aa  66.2  5e-10  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.235628  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4600  GntR domain-containing protein  34.01 
 
 
255 aa  65.9  6e-10  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.487729  normal  0.0576497 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1626  GntR family transcriptional regulator  25.23 
 
 
241 aa  65.9  6e-10  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  8.58772e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3068  transcriptional regulator NanR  43.28 
 
 
235 aa  65.9  6e-10  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0156  GntR family regulatory protein  28.05 
 
 
270 aa  65.9  6e-10  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  5.482e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0418  transcriptional regulator PdhR  29.52 
 
 
250 aa  65.9  7e-10  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2142  GntR domain protein  25.64 
 
 
238 aa  65.5  8e-10  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.530271  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3776  regulatory protein GntR HTH  29.6 
 
 
269 aa  64.7  1e-09  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0209412  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1244  GntR family transcriptional regulator  31.05 
 
 
231 aa  64.7  1e-09  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0423  transcriptional regulator PdhR  28.63 
 
 
250 aa  64.7  1e-09  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4353  GntR domain protein  29.24 
 
 
225 aa  64.7  1e-09  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.217237 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4735  GntR domain-containing protein  34.01 
 
 
255 aa  65.1  1e-09  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1924  fatty acid metabolism regulator  28.14 
 
 
240 aa  64.7  1e-09  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  8.76108e-09  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2068  GntR family transcriptional regulator  25.89 
 
 
238 aa  65.1  1e-09  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  9.11573e-09  hitchhiker  3.03995e-06 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0425  transcriptional regulator PdhR  28.63 
 
 
250 aa  64.7  1e-09  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113174  normal  0.0306695 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1175  GntR family transcriptional regulator  27.59 
 
 
248 aa  64.7  1e-09  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.621986  normal  0.19706 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02929  fatty acid metabolism regulator  28.93 
 
 
279 aa  65.1  1e-09  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0427  transcriptional regulator PdhR  28.63 
 
 
250 aa  64.7  1e-09  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.988139  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1981  GntR family transcriptional regulator  25.89 
 
 
238 aa  65.1  1e-09  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  3.58345e-09  normal  0.05165 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1205  GntR domain protein  35.59 
 
 
238 aa  65.1  1e-09  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0725034 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3600  transcriptional regulator PdhR  28.63 
 
 
250 aa  64.7  1e-09  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.988331  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1993  GntR family transcriptional regulator  25.89 
 
 
238 aa  65.1  1e-09  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  1.85576e-06  unclonable  2.07183e-05 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2748  fatty acid metabolism regulator  28.65 
 
 
239 aa  64.3  2e-09  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000401699  decreased coverage  3.63622e-05 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4331  GntR family transcriptional regulator  26.92 
 
 
214 aa  63.9  2e-09  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1815  fatty acid metabolism regulator  28.57 
 
 
238 aa  63.9  2e-09  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  1.26065e-07  normal  0.682144 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2507  fatty acid metabolism regulator  28.57 
 
 
238 aa  63.9  2e-09  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  4.37817e-08  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2885  fatty acid metabolism regulator  29.52 
 
 
240 aa  64.3  2e-09  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0754  GntR family transcriptional regulator  32.43 
 
 
255 aa  63.9  2e-09  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.393325  normal  0.323423 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3026  pyruvate dehydrogenase complex repressor  29.29 
 
 
255 aa  63.9  2e-09  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.509676  normal  0.414999 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1872  GntR family transcriptional regulator  30.25 
 
 
318 aa  64.3  2e-09  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.345922  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2087  fatty acid responsive transcription factor FadR domain protein  27.32 
 
 
233 aa  64.3  2e-09  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.30946e-19 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2283  GntR family transcriptional regulator  29.96 
 
 
255 aa  63.9  2e-09  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.666323  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1778  fatty acid metabolism regulator  28.57 
 
 
238 aa  64.3  2e-09  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  7.19025e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3007  GntR domain-containing protein  28.51 
 
 
270 aa  64.3  2e-09  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.012307  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5432  GntR domain protein  27.16 
 
 
248 aa  63.9  2e-09  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.622945  normal  0.658298 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1635  fatty acid metabolism regulator  27.44 
 
 
239 aa  63.9  2e-09  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  1.15144e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1522  GntR domain-containing protein  30.58 
 
 
245 aa  64.3  2e-09  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0133617  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1771  fatty acid metabolism regulator  28.57 
 
 
238 aa  63.9  2e-09  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  3.43571e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03226  transcriptional regulator of pyruvate dehydrogenase complex  27.71 
 
 
248 aa  63.5  3e-09  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.226211  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0563  GntR domain protein  30.43 
 
 
241 aa  63.2  3e-09  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4276  GntR family transcriptional regulator  29.11 
 
 
253 aa  63.2  3e-09  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0786169  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1568  fatty acid metabolism regulator  29.52 
 
 
241 aa  63.5  3e-09  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  5.21117e-09  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002979  transcriptional regulator for fatty acid degradation FadR GntR family  28.1 
 
 
279 aa  63.5  3e-09  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0318  transcriptional regulator PdhR  28.63 
 
 
250 aa  63.2  3e-09  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.405359 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03465  transcriptional regulator PdhR  30.13 
 
 
255 aa  63.5  3e-09  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2174  fatty acid metabolism regulator  30.23 
 
 
253 aa  63.2  4e-09  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  3.0216e-08  normal  0.0239474 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1683  fatty acid metabolism regulator  26.83 
 
 
238 aa  63.2  4e-09  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  3.33704e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4343  GntR family transcriptional regulator  26.92 
 
 
214 aa  63.2  4e-09  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>