More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_0006 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013522  Taci_0130  DNA gyrase, B subunit  51.03 
 
 
636 aa  640  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.95821  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0005  DNA gyrase subunit B  53.82 
 
 
644 aa  712  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.375435  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0007  DNA gyrase, B subunit  61.38 
 
 
670 aa  790  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0006  DNA gyrase, B subunit  49.71 
 
 
650 aa  654  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  2.73734e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0005  DNA gyrase, B subunit  51.95 
 
 
637 aa  648  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0006  DNA gyrase, B subunit  51.24 
 
 
648 aa  678  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  4.66462e-07  hitchhiker  9.32752e-07 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0006  DNA gyrase, B subunit  48.68 
 
 
647 aa  671  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2729  DNA gyrase, B subunit  52.05 
 
 
641 aa  671  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.739794  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0005  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  49.78 
 
 
633 aa  674  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0005  DNA gyrase, B subunit  61.05 
 
 
686 aa  846  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.217672  normal  0.192252 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0006  DNA gyrase subunit B  61.01 
 
 
675 aa  827  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0005  DNA gyrase, B subunit  60.7 
 
 
685 aa  813  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0995  DNA gyrase, B subunit  50.95 
 
 
645 aa  636  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00060  DNA gyrase subunit B  63.68 
 
 
683 aa  848  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0007  DNA gyrase, B subunit  52.28 
 
 
634 aa  671  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  3.28066e-10  unclonable  1.30354e-08 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0132  DNA gyrase, B subunit  49.56 
 
 
637 aa  653  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.312038  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0006  DNA gyrase subunit B  61.83 
 
 
679 aa  758  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.216936  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1044  DNA gyrase, B subunit  47.75 
 
 
675 aa  638  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.248456 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0006  DNA gyrase, B subunit  62.76 
 
 
649 aa  823  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0419  DNA gyrase subunit B  52.72 
 
 
632 aa  685  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2717  DNA gyrase, B subunit  50.96 
 
 
649 aa  696  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0006  DNA gyrase subunit B  63.69 
 
 
685 aa  807  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00100  DNA gyrase subunit B  61.49 
 
 
711 aa  763  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0005  DNA gyrase subunit B  71.66 
 
 
666 aa  919  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0006  DNA gyrase subunit B  61 
 
 
661 aa  810  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.925878  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00050  DNA gyrase subunit B  59.02 
 
 
720 aa  808  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0006  DNA gyrase subunit B  100 
 
 
711 aa  1453  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.685499  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0005  DNA gyrase, B subunit  52.2 
 
 
647 aa  652  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0014  DNA gyrase subunit B  61.01 
 
 
675 aa  827  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.772791  normal  0.14054 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0006  DNA gyrase subunit B  61.16 
 
 
675 aa  816  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.313096 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0006  DNA gyrase, B subunit  62.85 
 
 
657 aa  822  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0640432  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0862  DNA gyrase, B subunit  49.06 
 
 
652 aa  637  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00557988 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00060  DNA gyrase subunit B  61.44 
 
 
654 aa  811  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0159442  normal  0.243862 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0006  DNA gyrase subunit B  61.01 
 
 
675 aa  827  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0596209 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0008  DNA gyrase, B subunit  60.88 
 
 
719 aa  788  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.107754  hitchhiker  0.00597045 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0005  DNA gyrase, B subunit  50.95 
 
 
633 aa  652  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0822  DNA gyrase subunit B  61.82 
 
 
675 aa  828  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.795596  normal  0.437658 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00050  DNA gyrase subunit B  51.73 
 
 
645 aa  679  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0377504  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0006  DNA gyrase, B subunit  52.39 
 
 
638 aa  654  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.014329  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00060  DNA gyrase subunit B  63.54 
 
 
701 aa  815  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00050  DNA gyrase subunit B  51.24 
 
 
648 aa  660  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000300089  hitchhiker  0.00265407 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0006  DNA gyrase subunit B  60.75 
 
 
696 aa  825  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.248414  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1393  DNA gyrase, B subunit  51.76 
 
 
628 aa  689  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2376  DNA gyrase subunit B  50 
 
 
641 aa  645  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0051  DNA gyrase, B subunit  51.84 
 
 
640 aa  664  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0005  DNA gyrase, B subunit  51.53 
 
 
635 aa  653  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0006  DNA gyrase subunit B  62.76 
 
 
661 aa  795  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.60604  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0006  DNA gyrase, B subunit  60.99 
 
 
686 aa  791  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00629788 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0005  DNA gyrase, B subunit  52.42 
 
 
644 aa  680  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00336478  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0306  DNA gyrase, B subunit  50.95 
 
 
643 aa  673  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.337431  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1547  DNA gyrase, B subunit  50.51 
 
 
635 aa  641  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00189026  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0006  DNA gyrase subunit B  63.17 
 
 
652 aa  772  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0007  DNA gyrase, B subunit  61.99 
 
 
648 aa  798  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  6.47413e-07 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0010  DNA gyrase, B subunit  60.61 
 
 
680 aa  791  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0015  DNA gyrase, B subunit  48.6 
 
 
644 aa  635  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  unclonable  1.55334e-06 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0006  DNA gyrase B subunit  62.52 
 
 
656 aa  826  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.381905 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2748  DNA gyrase, B subunit  48.41 
 
 
637 aa  654  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000339515  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2271  DNA gyrase, B subunit  51.84 
 
 
644 aa  675  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0009  DNA gyrase subunit B  54.33 
 
 
633 aa  692  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  6.95632e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0006  DNA gyrase, B subunit  63.72 
 
 
698 aa  809  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1432  DNA gyrase subunit B  57.69 
 
 
696 aa  752  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0009  DNA gyrase, B subunit  61.08 
 
 
688 aa  794  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0006  DNA gyrase, B subunit  63.05 
 
 
645 aa  813  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0161215 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3685  DNA gyrase, B subunit  49.05 
 
 
636 aa  644  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.50658  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0007  DNA gyrase subunit B  50.15 
 
 
640 aa  670  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.630363  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0041  DNA gyrase, B subunit  56.24 
 
 
691 aa  746  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0007  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  61.31 
 
 
647 aa  798  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0006  DNA gyrase subunit B  61.31 
 
 
647 aa  794  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.195447  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2805  DNA gyrase subunit B  50.88 
 
 
633 aa  652  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.035041  hitchhiker  0.00161489 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0006  DNA gyrase, B subunit  50.22 
 
 
642 aa  647  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.965796  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0006  DNA gyrase, B subunit  63.89 
 
 
681 aa  839  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00060  DNA gyrase, B subunit  50.22 
 
 
642 aa  637  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10005  DNA gyrase subunit B  60.15 
 
 
714 aa  800  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0006  DNA gyrase subunit B  61.81 
 
 
695 aa  840  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  6.1906e-14 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0015  DNA gyrase, B subunit  48.32 
 
 
644 aa  632  1e-180  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000401037  normal  0.862842 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11740  DNA gyrase, B subunit  47.73 
 
 
637 aa  634  1e-180  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00171708  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1413  DNA gyrase subunit B  47.21 
 
 
652 aa  629  1e-179  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.805897  normal  0.136461 
 
 
-
 
NC_002950  PG1702  DNA gyrase, B subunit  48.34 
 
 
654 aa  630  1e-179  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.118209 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1048  DNA gyrase, B subunit  48.38 
 
 
665 aa  626  1e-178  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.903378  normal  0.436385 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0403  DNA gyrase, B subunit  47.88 
 
 
659 aa  627  1e-178  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4986  DNA gyrase, B subunit  49.93 
 
 
651 aa  627  1e-178  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.639656  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0006  DNA gyrase subunit B  50.58 
 
 
638 aa  627  1e-178  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0004  DNA gyrase, B subunit  49.12 
 
 
642 aa  627  1e-178  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0002  DNA gyrase, B subunit  50 
 
 
638 aa  625  1e-178  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0006  DNA gyrase subunit B  50.73 
 
 
638 aa  628  1e-178  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2549  DNA gyrase, B subunit  51.85 
 
 
643 aa  627  1e-178  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0004  DNA gyrase subunit B  49.12 
 
 
642 aa  624  1e-177  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0005  DNA gyrase, B subunit  52.05 
 
 
636 aa  624  1e-177  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0007  DNA gyrase, B subunit  49.05 
 
 
642 aa  624  1e-177  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000235506  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_4  DNA gyrase, B subunit  48.68 
 
 
642 aa  620  1e-176  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1109  hypothetical protein  48.53 
 
 
651 aa  619  1e-176  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.432981 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0005  DNA gyrase, B subunit  51.46 
 
 
642 aa  619  1e-176  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2254  DNA gyrase, B subunit  47.57 
 
 
646 aa  621  1e-176  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0005  DNA gyrase, B subunit  51.85 
 
 
640 aa  617  1e-175  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0005  DNA gyrase subunit B  50.73 
 
 
649 aa  616  1e-175  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0005  DNA gyrase subunit B  51.61 
 
 
640 aa  617  1e-175  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00215329  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1634  DNA gyrase, B subunit  45.61 
 
 
708 aa  616  1e-175  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  decreased coverage  5.82851e-06  hitchhiker  0.000898108 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0005  DNA gyrase subunit B  50.51 
 
 
640 aa  618  1e-175  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.204678  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0005  DNA gyrase subunit B  50.37 
 
 
640 aa  616  1e-175  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0005  DNA gyrase, B subunit  51.85 
 
 
640 aa  617  1e-175  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>