More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_0004 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_0004  recombination protein F  100 
 
 
420 aa  811  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0005  Recombinational DNA repair ATPase (RecF pathway)- like protein  57.89 
 
 
390 aa  427  1e-118  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518698  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0004  DNA replication and repair protein RecF  55.37 
 
 
381 aa  419  1e-116  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321306  normal  0.933031 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  56.56 
 
 
377 aa  416  1e-115  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0004  DNA replication and repair protein RecF  56.88 
 
 
401 aa  400  1e-110  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0234523  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0004  DNA replication and repair protein RecF  58.08 
 
 
379 aa  398  1e-110  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0004  DNA replication and repair protein RecF  54.57 
 
 
397 aa  395  1e-109  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0004  recombination protein F  56.87 
 
 
377 aa  396  1e-109  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0533102  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0004  recombination protein F  53.68 
 
 
371 aa  392  1e-108  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00656338  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0005  recombination protein F  56.09 
 
 
377 aa  383  1e-105  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000288317  hitchhiker  0.00404548 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0004  recombination protein F  56.8 
 
 
376 aa  383  1e-105  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.366352  unclonable  1.75389e-08 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00040  DNA replication and repair protein RecF  50.87 
 
 
414 aa  383  1e-105  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0004  recombination protein F  52.15 
 
 
399 aa  379  1e-104  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000897119  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00040  recombination protein F  52.68 
 
 
390 aa  380  1e-104  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  3.32989e-05  normal  0.373412 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0004  DNA replication and repair protein RecF  51.91 
 
 
378 aa  380  1e-104  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.332828  normal  0.294433 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0004  DNA replication and repair protein RecF  53.52 
 
 
380 aa  377  1e-103  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0004  DNA replication and repair protein RecF  51.99 
 
 
399 aa  373  1e-102  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0004  recombination protein F  48.99 
 
 
402 aa  365  1e-100  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.15476e-13 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00040  DNA replication and repair protein RecF  52.87 
 
 
390 aa  362  9e-99  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0004  DNA replication and repair protein RecF  53.44 
 
 
391 aa  361  1e-98  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00428915 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0005  DNA replication and repair protein RecF  50.12 
 
 
401 aa  360  2e-98  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0004  recombination protein F  51.82 
 
 
380 aa  359  4e-98  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0716162 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0004  recombination protein F  49.88 
 
 
386 aa  359  6e-98  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.187663 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0824  recombination protein F  50 
 
 
389 aa  359  6e-98  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0012  recombination protein F  51.58 
 
 
380 aa  358  1e-97  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.121144 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0004  recombination protein F  51.58 
 
 
380 aa  358  1e-97  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0004  recombination protein F  47.87 
 
 
401 aa  357  2e-97  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.582462  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10003  recombination protein F  49.76 
 
 
385 aa  340  2e-92  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0003  DNA replication and repair protein RecF  44.82 
 
 
415 aa  324  2e-87  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  9.51254e-07  normal  0.107465 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00030  DNA replication and repair protein RecF  45.48 
 
 
414 aa  314  2e-84  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0950556  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0003  recombination protein F  46.67 
 
 
371 aa  314  2e-84  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0003  DNA replication and repair protein RecF  45.32 
 
 
397 aa  313  5e-84  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0004  DNA replication and repair protein RecF  49.33 
 
 
485 aa  300  3e-80  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00030  DNA replication and repair protein RecF  45.95 
 
 
404 aa  289  5e-77  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0004  DNA replication and repair protein RecF  52.33 
 
 
457 aa  227  3e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.470302 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0004  DNA replication and repair protein RecF  65.22 
 
 
398 aa  209  7e-53  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0043  DNA replication and repair protein RecF  27.94 
 
 
433 aa  193  5e-48  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1434  recombinational DNA repair ATPase  33.77 
 
 
395 aa  192  6e-48  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1772  DNA replication and repair protein RecF  31.06 
 
 
371 aa  186  5e-46  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.21 
 
 
386 aa  183  6e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  29.47 
 
 
375 aa  182  7e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  36.93 
 
 
398 aa  182  9e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  29.47 
 
 
375 aa  181  2e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  29.47 
 
 
375 aa  180  4e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  29.22 
 
 
375 aa  180  5e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  1.04808e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  29.22 
 
 
375 aa  180  5e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  29.22 
 
 
375 aa  180  5e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  29.22 
 
 
375 aa  180  5e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  29.22 
 
 
375 aa  179  9e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  29.22 
 
 
375 aa  179  9e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  29.22 
 
 
375 aa  179  9e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  33.79 
 
 
392 aa  178  2e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  29.47 
 
 
375 aa  177  4e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.93 
 
 
360 aa  176  7e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  28.46 
 
 
369 aa  175  1e-42  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  26.01 
 
 
361 aa  173  5e-42  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  26.01 
 
 
361 aa  173  5e-42  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  28.97 
 
 
373 aa  173  5e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.55 
 
 
365 aa  172  8e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  25.76 
 
 
376 aa  172  1e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  28.89 
 
 
369 aa  171  2e-41  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0004  DNA replication and repair protein RecF  34.67 
 
 
371 aa  168  1e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.244423  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0004  recombination protein F  27.68 
 
 
374 aa  167  5e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  4.14234e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5273  recombination protein F  33.33 
 
 
384 aa  166  8e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0402761 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  28.72 
 
 
374 aa  166  1e-39  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3391  recombination protein F  33.67 
 
 
376 aa  162  7e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  26.48 
 
 
374 aa  162  1e-38  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0004  recombination protein F  29.34 
 
 
371 aa  162  1e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.106759  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  27.83 
 
 
364 aa  162  1e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  27.7 
 
 
366 aa  161  2e-38  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2214  DNA replication and repair protein RecF  34.93 
 
 
394 aa  161  2e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00444262 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  25.24 
 
 
362 aa  159  8e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.08 
 
 
373 aa  159  8e-38  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  30.9 
 
 
365 aa  158  1e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0004  recombination protein F  29.55 
 
 
372 aa  157  3e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  28.82 
 
 
374 aa  155  1e-36  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  26.45 
 
 
372 aa  155  1e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  27.48 
 
 
371 aa  155  1e-36  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.76 
 
 
382 aa  154  3e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.09 
 
 
369 aa  152  7e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.979634 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2238  recombination protein F  27.7 
 
 
359 aa  152  1e-35  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  30.45 
 
 
370 aa  152  1e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  3.69508e-07  hitchhiker  1.45417e-07 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2750  DNA replication and repair protein RecF  32 
 
 
387 aa  151  2e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.433504  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1725  recombination protein F  30.92 
 
 
390 aa  151  2e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0003  DNA replication and repair protein RecF  26.68 
 
 
370 aa  150  4e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.152297 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  25.69 
 
 
370 aa  149  1e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  25.69 
 
 
370 aa  149  1e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  31.07 
 
 
370 aa  147  2e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1094  recombination protein F  32.75 
 
 
380 aa  148  2e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1123  recombination protein F  32.75 
 
 
380 aa  148  2e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.633638 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  29.8 
 
 
365 aa  144  2e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2248  recombination protein F  32.58 
 
 
377 aa  145  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0003  recombination protein F  29.32 
 
 
368 aa  144  3e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00792918  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2250  recombination protein F  33.58 
 
 
387 aa  144  3e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.122677 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0003  DNA replication and repair protein RecF  27.43 
 
 
363 aa  141  2e-32  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09773  putative DNA replication and repair protein  25.96 
 
 
359 aa  140  6e-32  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.753312  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.32 
 
 
374 aa  139  8e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000920069  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1183  DNA replication and repair protein RecF  26.01 
 
 
373 aa  138  2e-31  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00164356  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0398  recF protein  26.68 
 
 
364 aa  138  2e-31  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3722  DNA replication and repair protein RecF  31.49 
 
 
385 aa  137  3e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000891221  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>