More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_0002 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_0002  DNA polymerase III subunit beta  100 
 
 
408 aa  805  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0002  DNA polymerase III subunit beta  58.12 
 
 
380 aa  428  1e-119  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  1.43991e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0002  DNA polymerase III subunit beta  56.52 
 
 
396 aa  428  1e-119  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0135269  normal  0.401999 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0002  DNA polymerase III, beta subunit  59.26 
 
 
375 aa  427  1e-118  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  6.84448e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00020  DNA polymerase III, beta subunit  57.07 
 
 
376 aa  423  1e-117  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0002  DNA polymerase III, beta subunit  58.16 
 
 
376 aa  423  1e-117  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0002  DNA polymerase III, beta subunit  59.21 
 
 
379 aa  419  1e-116  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.000269969  hitchhiker  0.00612818 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0002  DNA polymerase III, beta subunit  56.69 
 
 
377 aa  409  1e-113  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00020  DNA polymerase III, beta subunit  54.5 
 
 
374 aa  406  1e-112  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0002  DNA-directed DNA polymerase  56.96 
 
 
379 aa  407  1e-112  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000640008  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0002  DNA polymerase III, beta subunit  55.35 
 
 
378 aa  403  1e-111  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  53.95 
 
 
376 aa  400  1e-110  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  8.49521e-07  normal  0.168185 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  53.7 
 
 
374 aa  396  1e-109  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.5514e-14 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0002  DNA polymerase III, beta subunit  53.97 
 
 
374 aa  394  1e-108  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0002  DNA polymerase III subunit beta  57.37 
 
 
378 aa  394  1e-108  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0259305  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0002  DNA polymerase III, beta subunit  57.11 
 
 
383 aa  387  1e-106  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00435185 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0002  DNA polymerase III, beta subunit  55.94 
 
 
377 aa  384  1e-105  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  hitchhiker  0.00244113  unclonable  1.86271e-08 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  52.3 
 
 
388 aa  383  1e-105  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00020  DNA polymerase III, beta subunit  51.98 
 
 
378 aa  383  1e-105  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0003  DNA polymerase III, beta subunit  55.15 
 
 
377 aa  381  1e-104  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  3.16606e-10  hitchhiker  0.00386911 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0002  DNA polymerase III, beta subunit  52.07 
 
 
387 aa  377  1e-103  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0003  DNA polymerase III, beta subunit  51.26 
 
 
396 aa  375  1e-103  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00020  DNA polymerase III, beta subunit  51.32 
 
 
374 aa  375  1e-103  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.218776  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0003  DNA polymerase III, beta subunit  50.5 
 
 
402 aa  369  1e-101  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  1.38278e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0002  DNA polymerase III subunit beta  50.64 
 
 
398 aa  370  1e-101  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.298765  normal  0.252015 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  50.12 
 
 
408 aa  368  1e-100  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0002  DNA polymerase III subunit beta  49.49 
 
 
398 aa  368  1e-100  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0002  DNA polymerase III subunit beta  49.49 
 
 
398 aa  367  1e-100  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.042032 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0010  DNA polymerase III subunit beta  49.49 
 
 
398 aa  368  1e-100  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.716793  normal  0.123554 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10002  DNA polymerase III subunit beta  49.37 
 
 
402 aa  367  1e-100  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0003  DNA polymerase III, beta subunit  52.84 
 
 
386 aa  365  1e-99  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.301808 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0826  DNA polymerase III subunit beta  50.39 
 
 
398 aa  362  8e-99  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0002  DNA polymerase III, beta subunit  51.8 
 
 
386 aa  362  8e-99  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0086  DNA polymerase III subunit beta  50.39 
 
 
379 aa  361  1e-98  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0002  DNA polymerase III subunit beta  50.91 
 
 
378 aa  360  3e-98  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.065739  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9328  DNA-directed DNA polymerase  51.46 
 
 
365 aa  352  9e-96  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.608924  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0002  DNA polymerase III subunit beta  50.39 
 
 
380 aa  341  2e-92  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.000348637  normal  0.134322 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5295  DNA polymerase III, beta subunit  49.35 
 
 
384 aa  338  7e-92  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00020  DNA polymerase III subunit beta  49.87 
 
 
379 aa  329  5e-89  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  2.51098e-09  normal  0.535088 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0044  DNA polymerase III, beta subunit  40.48 
 
 
374 aa  301  1e-80  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1435  DNA polymerase III subunit beta  41.8 
 
 
374 aa  300  3e-80  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.674698  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3544  DNA polymerase III subunit beta  46.54 
 
 
364 aa  294  2e-78  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.908435  normal  0.835762 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5871  DNA polymerase III, beta subunit  40.59 
 
 
404 aa  253  5e-66  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.24159  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0738  DNA polymerase III beta subunit family protein  36.72 
 
 
433 aa  231  1e-59  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.911699 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.02 
 
 
375 aa  173  6e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  4.18991e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00020  DNA polymerase III, beta subunit  26.58 
 
 
365 aa  164  2e-39  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.443906  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0003  DNA polymerase III, beta subunit  28.05 
 
 
366 aa  161  2e-38  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  5.53224e-06  hitchhiker  3.89013e-07 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.87 
 
 
369 aa  158  2e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0686  DNA polymerase III, beta subunit  28.03 
 
 
366 aa  155  2e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0347365  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0662  DNA polymerase III, beta subunit  27.76 
 
 
366 aa  154  2e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  3.26321e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0251  DNA polymerase III, beta subunit  33.24 
 
 
365 aa  149  7e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00020  DNA polymerase III, beta subunit  28.16 
 
 
365 aa  148  1e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000592113  decreased coverage  5.99685e-05 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.8 
 
 
366 aa  147  2e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.279408  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.8 
 
 
366 aa  147  2e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.316057  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2372  DNA polymerase III subunit beta  25.46 
 
 
366 aa  143  7e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.5 
 
 
369 aa  142  8e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.85 
 
 
367 aa  142  1e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  1.46926e-09  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0199  DNA polymerase III subunit beta  26.17 
 
 
374 aa  140  5e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  5.79402e-05  normal  0.0770055 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.98 
 
 
367 aa  139  7e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.150547  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0002  DNA polymerase III subunit beta  23.85 
 
 
379 aa  139  1e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.341639  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.85 
 
 
379 aa  139  1e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0132884  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.49 
 
 
381 aa  139  1e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000678483  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.13 
 
 
361 aa  138  1e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  3.20383e-06  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0815  DNA polymerase III, beta subunit  25.71 
 
 
375 aa  138  2e-31  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  unclonable  1.5774e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.85 
 
 
379 aa  138  2e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.478099 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.85 
 
 
379 aa  138  2e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00656712  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0002  DNA polymerase III subunit beta  23.85 
 
 
379 aa  137  3e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0872061  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3032  DNA polymerase III, beta subunit  27.08 
 
 
366 aa  136  6e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00020  DNA polymerase III, beta subunit  25.92 
 
 
367 aa  136  7e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0001  DNA polymerase III subunit beta  27.48 
 
 
390 aa  136  7e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.174171  normal  0.105878 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0002  DNA polymerase III subunit beta  23.85 
 
 
379 aa  136  8e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  8.20509e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.85 
 
 
379 aa  135  1e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0173994  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.23 
 
 
378 aa  135  2e-30  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000189832  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.12 
 
 
373 aa  134  2e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0861969  hitchhiker  9.29484e-07 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2082  DNA polymerase IF1 subunit beta  26.52 
 
 
382 aa  134  2e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0161872  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.45 
 
 
377 aa  134  4e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00213885  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.45 
 
 
377 aa  134  4e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0177596  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.55 
 
 
387 aa  133  6e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.273248  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.07 
 
 
365 aa  133  6e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.46 
 
 
374 aa  133  7e-30  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  3.74529e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.12 
 
 
370 aa  132  8e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2552  DNA polymerase III subunit beta  24.43 
 
 
377 aa  132  1e-29  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0587336  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.53 
 
 
365 aa  132  1e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1016  DNA polymerase III subunit beta  26.6 
 
 
393 aa  132  1e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.49 
 
 
365 aa  132  1e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  5.90568e-08  unclonable  5.12174e-12 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0001  DNA polymerase III subunit beta  28.5 
 
 
385 aa  132  1e-29  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.392011  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1045  DNA polymerase III subunit beta  26.6 
 
 
393 aa  132  1e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000409555  unclonable  2.81863e-09 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0993  DNA polymerase III, beta subunit  28.09 
 
 
376 aa  132  1e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.66 
 
 
367 aa  131  2e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.870835  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.71 
 
 
372 aa  131  2e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0618208  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.21 
 
 
381 aa  131  2e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0002  DNA polymerase III subunit beta  23.47 
 
 
381 aa  130  3e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  3.41772e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5318  DNA polymerase III subunit beta  23.47 
 
 
381 aa  130  3e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.00172021  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.35 
 
 
366 aa  131  3e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.039801  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.03 
 
 
366 aa  130  4e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00540998  normal  0.944506 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.71 
 
 
372 aa  130  5e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0340  DNA polymerase III subunit beta  28.61 
 
 
394 aa  130  5e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0002  DNA-directed DNA polymerase  25.46 
 
 
367 aa  130  6e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0347  DNA polymerase III subunit beta  27.89 
 
 
366 aa  129  7e-29  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.229839  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2720  DNA polymerase III, beta subunit  25.13 
 
 
372 aa  129  9e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.737243  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>