More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_3028 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009656  PSPA7_6047  type I restriction-modification system subunit R  68.09 
 
 		 788 aa  1147    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.494965  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1416  EcoEI R domain protein  60.38 
 
 		 800 aa  999    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4740  type I restriction-modification system, R subunit  66.88 
 
 		 787 aa  1127    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00141278 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3086  Type I site-specific deoxyribonuclease  57.85 
 
 		 813 aa  951    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.461628  normal  0.442211 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0785  EcoEI R domain-containing protein  45.71 
 
 		 791 aa  669    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.519017  normal  0.352411 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0832  EcoEI R domain protein  59.8 
 
 		 784 aa  950    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.916446  normal  0.633032 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1134  EcoEI R domain-containing protein  67.92 
 
 		 780 aa  1063    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.122502  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1309  EcoEI R domain-containing protein  60.05 
 
 		 824 aa  989    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4882  type I restriction enzyme EcoEI R protein  59.85 
 
 		 809 aa  986    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0270  DEAD/DEAH box helicase  43.51 
 
 		 790 aa  647    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.113163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1255  DEAD/DEAH box helicase  59.15 
 
 		 811 aa  1020    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1475  type I restriction-modification system, R subunit  50.69 
 
 		 761 aa  801    Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3273  hypothetical protein  64.07 
 
 		 776 aa  1063    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.246841 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3225  EcoEI R domain-containing protein  56.27 
 
 		 815 aa  955    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.376811  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3028  hypothetical protein  100 
 
 		 796 aa  1650    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.194288  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2499  DEAD/DEAH box helicase-like  88.58 
 
 		 793 aa  1477    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0539678  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0503  EcoEI R domain-containing protein  58.15 
 
 		 824 aa  982    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000156579  normal  0.0688429 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3535  hypothetical protein  55.91 
 
 		 815 aa  946    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.115476  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1018  type III restriction enzyme, res subunit  47.56 
 
 		 769 aa  740    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1234  type III restriction enzyme, res subunit  57.16 
 
 		 829 aa  973    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1976  EcoEI R domain-containing protein  57.99 
 
 		 825 aa  971    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.411939  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02070  type I restriction enzyme EcoAI R protein  65.58 
 
 		 793 aa  1087    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0683  type I restriction-modification system, R subunit  59.8 
 
 		 784 aa  950    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2867  EcoEI R domain-containing protein  59.25 
 
 		 821 aa  998    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1193  EcoEI R domain protein  59.88 
 
 		 827 aa  1007    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.325861  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4614  EcoEI R domain-containing protein  67.71 
 
 		 790 aa  1111    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000837819 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2618  EcoEI R domain-containing protein  60.77 
 
 		 817 aa  1016    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0707543 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0824  EcoEI R domain-containing protein  58.29 
 
 		 783 aa  953    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0352  EcoEI R domain-containing protein  86.42 
 
 		 791 aa  1457    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20230  EcoEI R domain protein  58.17 
 
 		 770 aa  931    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.601124  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1895  EcoEI R domain-containing protein  58.88 
 
 		 780 aa  947    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0749811  hitchhiker  0.00699891 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5861  type III restriction enzyme domain protein  60.52 
 
 		 810 aa  1000    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1283  EcoEI R domain-containing protein  57.04 
 
 		 765 aa  951    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04062  type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit  43.26 
 
 		 796 aa  625  1e-177  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4457  EcoEI R domain protein  36.23 
 
 		 771 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1537  type III restriction protein res subunit  33.54 
 
 		 776 aa  394  1e-108  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0344  type I restriction-modification system, R subunit  34.46 
 
 		 770 aa  395  1e-108  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.00000108762  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1575  type I restriction-modification system, R subunit  33.17 
 
 		 760 aa  395  1e-108  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3568  type III restriction protein res subunit  33.09 
 
 		 802 aa  395  1e-108  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.427174  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0226  type III restriction protein res subunit  33.13 
 
 		 760 aa  391  1e-107  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1637  Type I site-specific deoxyribonuclease  34.38 
 
 		 804 aa  387  1e-106  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.000133951  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2656  EcoEI R domain protein  33.21 
 
 		 811 aa  387  1e-106  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5278  type III restriction protein res subunit  31.11 
 
 		 899 aa  377  1e-103  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0731  type III restriction enzyme, res subunit  30.77 
 
 		 899 aa  374  1e-102  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0616  Type I site-specific deoxyribonuclease  31.95 
 
 		 783 aa  372  1e-101  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0810  DEAD/DEAH box helicase-like  33.88 
 
 		 797 aa  363  5.0000000000000005e-99  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.135985  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0150  type III restriction enzyme, res subunit  31.52 
 
 		 860 aa  361  2e-98  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2990  EcoEI R domain protein  36.81 
 
 		 875 aa  334  5e-90  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2892  type III restriction protein res subunit  33.57 
 
 		 583 aa  313  1e-83  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1258  type III restriction protein res subunit  30.36 
 
 		 787 aa  293  7e-78  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.377183  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2088  EcoEI R domain protein  29.53 
 
 		 546 aa  187  5e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000340083 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0516  type I restriction-modification system R subunit (endonuclease)  30.94 
 
 		 1115 aa  173  1e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1025  type III restriction enzyme, res subunit  27.73 
 
 		 753 aa  171  7e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4932  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.89 
 
 		 1169 aa  165  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02066  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  26.93 
 
 		 1157 aa  164  5.0000000000000005e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0902  Type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit related helicase  29.03 
 
 		 1113 aa  164  6e-39  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.164801  hitchhiker  0.00000563993 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1432  type III restriction protein, res subunit  29.33 
 
 		 1108 aa  164  7e-39  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1672  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  26.39 
 
 		 1080 aa  164  8.000000000000001e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4243  type III restriction protein res subunit  27.06 
 
 		 933 aa  163  1e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4267  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  26.76 
 
 		 1188 aa  162  3e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1993  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  26.69 
 
 		 1082 aa  161  4e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000937848  normal  0.215415 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3537  type III restriction enzyme, res subunit  28.3 
 
 		 1130 aa  160  9e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.244688  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04216  endonuclease R  28 
 
 		 1170 aa  159  2e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0725  type III restriction protein res subunit  27.54 
 
 		 1005 aa  159  2e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.147192 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1171  type III restriction enzyme, res subunit  27.37 
 
 		 912 aa  158  4e-37  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.145829  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3671  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.4 
 
 		 1174 aa  158  4e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0803  type III restriction enzyme, res subunit  27.74 
 
 		 1137 aa  157  5.0000000000000005e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.874877  normal  0.710753 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3004  type III restriction protein res subunit  29.37 
 
 		 1129 aa  158  5.0000000000000005e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.385036  normal  0.0400425 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2096  type III restriction protein res subunit  26.55 
 
 		 889 aa  157  6e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0197  type III restriction protein res subunit  27.77 
 
 		 1125 aa  156  1e-36  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000621753 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1670  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.1 
 
 		 1169 aa  156  2e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.225795  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2422  type III restriction enzyme, res subunit  29.17 
 
 		 1119 aa  155  2.9999999999999998e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.567699  normal  0.274661 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1128  type III restriction enzyme, res subunit  27.5 
 
 		 932 aa  155  2.9999999999999998e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2724  type III restriction protein res subunit  27.87 
 
 		 936 aa  155  4e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1456  type III restriction protein res subunit  27.5 
 
 		 932 aa  155  4e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3601  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.21 
 
 		 1137 aa  152  2e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0840  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  28.67 
 
 		 1068 aa  151  5e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.473643  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1098  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  28.34 
 
 		 1124 aa  151  6e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3175  type III restriction protein res subunit  29.24 
 
 		 1115 aa  150  7e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1523  DEAD/DEAH box helicase-like  26.67 
 
 		 936 aa  150  8e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1030  type III restriction enzyme, res subunit  26.47 
 
 		 893 aa  150  1.0000000000000001e-34  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0182402  normal  0.455384 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0843  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  28.67 
 
 		 1068 aa  150  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.76009e-28 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2963  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.86 
 
 		 1167 aa  149  3e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2747  type I restriction-modification system, R subunit  28.81 
 
 		 934 aa  147  6e-34  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.504328  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1062  type III restriction enzyme, res subunit  27.81 
 
 		 1138 aa  146  1e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0388  type III restriction protein res subunit  27.57 
 
 		 907 aa  146  2e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000267171 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03609  Type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit and related helicase  28.33 
 
 		 1141 aa  142  1.9999999999999998e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4190  type III restriction protein res subunit  25.92 
 
 		 1233 aa  140  7e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1495  type III restriction enzyme, res subunit  27.38 
 
 		 931 aa  135  3e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0896  type III restriction enzyme, res subunit  26.7 
 
 		 845 aa  134  6e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0160  type III restriction enzyme, res subunit  27.55 
 
 		 1137 aa  134  7.999999999999999e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0444998  normal  0.740458 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1094  type III restriction enzyme, res subunit  25.87 
 
 		 945 aa  132  3e-29  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.5514  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3651  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  26.68 
 
 		 1126 aa  131  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.408969 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2026  type III restriction enzyme, res subunit  27.06 
 
 		 1138 aa  131  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000476841 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3202  type III restriction protein res subunit  26.13 
 
 		 1133 aa  131  6e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1034  type III restriction protein res subunit  27.39 
 
 		 1126 aa  129  1.0000000000000001e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0485696  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0129  type III restriction protein res subunit  27.27 
 
 		 846 aa  129  3e-28  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.042937  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3779  type III restriction enzyme, res subunit  26.26 
 
 		 803 aa  128  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3852  type III restriction enzyme, res subunit  26.26 
 
 		 803 aa  128  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.345387  normal  0.793201 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1238  hypothetical protein  28.74 
 
 		 1131 aa  127  8.000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>