264 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_1804 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011886  Achl_1093  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  35.91 
 
 		 1074 aa  654    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2413  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  44.21 
 
 		 1022 aa  882    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.623106 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0838  type I restriction-modification system, R subunit  48.58 
 
 		 1210 aa  707    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2450  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR family  51.16 
 
 		 1042 aa  1010    Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1089  type I restriction-modification enzyme, R subunit, putative  56.19 
 
 		 1040 aa  1151    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.340753  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0874  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  41.61 
 
 		 1041 aa  807    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0288  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  37.69 
 
 		 1003 aa  716    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3082  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  38.05 
 
 		 1085 aa  654    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1804  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  100 
 
 		 1068 aa  2205    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1124  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  42.93 
 
 		 1084 aa  896    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2507  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  37.88 
 
 		 1068 aa  721    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.351896  normal  0.319546 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2740  type I restriction-modification system endonuclease  47.18 
 
 		 1051 aa  944    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17680  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  40.15 
 
 		 1035 aa  710    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2781  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  44.3 
 
 		 1042 aa  907    Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.759966 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0028  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  60.11 
 
 		 1046 aa  1275    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.77996  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0040  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  46.26 
 
 		 1032 aa  964    Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.126055  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4010  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  43.61 
 
 		 1067 aa  893    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  44.21 
 
 		 1022 aa  882    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0281  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  49.72 
 
 		 1028 aa  990    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000241298 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1944  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  55.35 
 
 		 1034 aa  1148    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.31477 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0222  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  55.89 
 
 		 1028 aa  1159    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1213  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  45.04 
 
 		 1074 aa  928    Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3142  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  43.71 
 
 		 1053 aa  878    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.311039  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3755  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  49.11 
 
 		 1029 aa  996    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0174443  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2012  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  47.41 
 
 		 1046 aa  928    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.599838  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1642  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  38.22 
 
 		 1003 aa  721    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1863  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  53.85 
 
 		 855 aa  925    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4470  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  60.77 
 
 		 1084 aa  1317    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.566129  normal  0.610404 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2912  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  55.89 
 
 		 1045 aa  1161    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0986  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  43.57 
 
 		 1040 aa  892    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4244  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  61.19 
 
 		 1084 aa  1328    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00104553 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0017  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  46.36 
 
 		 1032 aa  963    Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.13213  hitchhiker  0.00259353 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0289  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  68.49 
 
 		 1044 aa  1527    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1854  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  56.9 
 
 		 1026 aa  1199    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0037  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  36.97 
 
 		 1061 aa  671    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3386  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  83.35 
 
 		 1052 aa  1818    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2911  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  44.7 
 
 		 1079 aa  904    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2283  Type I site-specific deoxyribonuclease  46.04 
 
 		 1044 aa  926    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4782  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  55.57 
 
 		 1029 aa  1150    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7554  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  36.66 
 
 		 1072 aa  651    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3013  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  45.39 
 
 		 1070 aa  906    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.36517  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3131  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  47.47 
 
 		 1060 aa  955    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.789076  normal  0.0879634 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2251  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  44.2 
 
 		 1044 aa  862    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1534  type I restriction-modification enzyme, R subunit  41.38 
 
 		 1031 aa  823    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0146067  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0011  type I site-specific deoxyribonuclease  54.66 
 
 		 1061 aa  1164    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.386666 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2995  type I site-specific deoxyribonuclease  61.36 
 
 		 539 aa  649    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1105  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  35.21 
 
 		 1066 aa  627  1e-178  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.147445  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3906  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  34.12 
 
 		 1097 aa  618  1e-175  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1362  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.46 
 
 		 1060 aa  482  1e-134  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.21821 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0881  putative type I site specific deoxyribonuclease HsdR  30.57 
 
 		 1060 aa  467  9.999999999999999e-131  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0350782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2327  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.31 
 
 		 1046 aa  439  1e-121  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.279582  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0006  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32 
 
 		 1068 aa  435  1e-120  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4929  hypothetical protein  32.16 
 
 		 1088 aa  434  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.511306  normal  0.806169 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1217  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.44 
 
 		 1065 aa  431  1e-119  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1308  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  31.53 
 
 		 1077 aa  428  1e-118  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.181512 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3502  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  30.23 
 
 		 1079 aa  417  9.999999999999999e-116  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.23995 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2239  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.4 
 
 		 1046 aa  414  1e-114  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2662  putative type I restriction enzyme R protein  29.9 
 
 		 1076 aa  395  1e-108  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.322424  normal  0.707209 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2596  type I restriction-modification system, R subunit  30.52 
 
 		 1059 aa  394  1e-108  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0024  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.94 
 
 		 1108 aa  390  1e-107  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.955051  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0032  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.94 
 
 		 1108 aa  390  1e-107  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0395746 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04460  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.07 
 
 		 1010 aa  389  1e-106  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0037  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.81 
 
 		 1022 aa  376  1e-102  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.18362  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2363  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.89 
 
 		 1067 aa  367  1e-100  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.267976 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4345  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  33.92 
 
 		 920 aa  365  3e-99  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0334  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.29 
 
 		 1075 aa  364  4e-99  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2909  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  29.32 
 
 		 1042 aa  359  1.9999999999999998e-97  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2793  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.88 
 
 		 1012 aa  358  1.9999999999999998e-97  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.81193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2392  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.22 
 
 		 1044 aa  357  7.999999999999999e-97  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0380  type I restriction-modification system, R subunit  30.25 
 
 		 1033 aa  348  3e-94  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3790  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.52 
 
 		 1053 aa  340  9e-92  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0842  type I restriction-modification enzyme, R subunit  29.72 
 
 		 967 aa  338  1.9999999999999998e-91  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.156677  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  29.72 
 
 		 967 aa  339  1.9999999999999998e-91  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0843  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  34.85 
 
 		 993 aa  325  3e-87  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1790  restriction enzyme  28.24 
 
 		 1072 aa  322  1.9999999999999998e-86  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.26 
 
 		 1067 aa  318  3e-85  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2923  R (restriction) subunit/helicase  35.43 
 
 		 984 aa  314  4.999999999999999e-84  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3424  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  35.75 
 
 		 984 aa  314  4.999999999999999e-84  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1070  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.52 
 
 		 1067 aa  310  8e-83  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.558069  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3150  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  33.98 
 
 		 1000 aa  310  1.0000000000000001e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3606  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  33.87 
 
 		 1000 aa  306  1.0000000000000001e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3172  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  33.66 
 
 		 995 aa  301  4e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000000957293 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1705  hypothetical protein  30.79 
 
 		 1421 aa  296  2e-78  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2256  type I restriction-modification system, R subunit  29.29 
 
 		 1061 aa  292  3e-77  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1898  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.35 
 
 		 981 aa  289  2e-76  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3142  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.14 
 
 		 1042 aa  288  4e-76  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.175068  normal  0.39911 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0099  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  27.37 
 
 		 1089 aa  283  1e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.26483  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1670  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  33.06 
 
 		 965 aa  280  8e-74  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000414451 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.3 
 
 		 1111 aa  280  1e-73  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0608  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.95 
 
 		 1006 aa  273  1e-71  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05615  type I site-specific deoxyribonuclease  26.51 
 
 		 1179 aa  273  1e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2461  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.25 
 
 		 1403 aa  271  5e-71  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1093  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.96 
 
 		 974 aa  267  5.999999999999999e-70  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0985  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  26.46 
 
 		 1023 aa  267  8e-70  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271239  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2687  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.1 
 
 		 979 aa  267  8e-70  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1807  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.81 
 
 		 982 aa  267  1e-69  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.71292 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4822  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.21 
 
 		 1020 aa  266  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.5346  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2927  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.82 
 
 		 1020 aa  265  4e-69  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3986  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.75 
 
 		 1020 aa  264  6e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0616  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.81 
 
 		 1024 aa  264  8.999999999999999e-69  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.945786  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>