More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_1288 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007484  Noc_1288  universal stress protein UspA  100 
 
 		 310 aa  632  1e-180  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2623  putative universal stress protein  37.18 
 
 		 308 aa  201  9.999999999999999e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2951  universal stress protein UspA  36.96 
 
 		 318 aa  196  5.000000000000001e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.70353  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1391  universal stress protein, UspA  34.14 
 
 		 327 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2095  UspA domain-containing protein  31.94 
 
 		 320 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0566  hypothetical protein  31.55 
 
 		 311 aa  157  3e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2765  UspA domain-containing protein  33.23 
 
 		 318 aa  156  3e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1119  hypothetical protein  32.91 
 
 		 313 aa  151  2e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2285  hypothetical protein  32.16 
 
 		 323 aa  150  3e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2355  universal stress protein UspE  28.66 
 
 		 310 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0929  UspA domain protein  32.06 
 
 		 326 aa  145  7.0000000000000006e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000419  universal stress protein family 1  32.28 
 
 		 311 aa  145  7.0000000000000006e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1615  UspA domain protein  31.13 
 
 		 315 aa  144  2e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1842  universal stress protein UspE  30.35 
 
 		 309 aa  143  3e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000992679  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2015  universal stress protein UspE  27.36 
 
 		 310 aa  143  4e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000455059 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1960  universal stress protein UspE  27.36 
 
 		 310 aa  143  4e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00778314 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2116  universal stress protein UspE  27.36 
 
 		 310 aa  143  4e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.673331  normal  0.0394292 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03146  Universal stress protein, UspA  30.63 
 
 		 315 aa  141  9.999999999999999e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.747468  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1950  universal stress protein UspE  28.04 
 
 		 310 aa  139  7e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1863  universal stress protein UspE  28.53 
 
 		 319 aa  138  1e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.809514  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2065  universal stress protein UspE  28.08 
 
 		 311 aa  138  1e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2019  universal stress protein UspE  28.71 
 
 		 309 aa  138  1e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.865134  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1800  universal stress protein UspE  29.65 
 
 		 310 aa  137  2e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.846071  normal  0.320472 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2449  hypothetical protein  30.6 
 
 		 312 aa  137  3.0000000000000003e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2223  universal stress protein UspE  28.53 
 
 		 310 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0502569  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0834  UspA domain protein  27.36 
 
 		 315 aa  135  6.0000000000000005e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.652975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0930  universal stress protein UspE  27.67 
 
 		 311 aa  135  6.0000000000000005e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.92756 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02064  universal stress protein UspE  29.21 
 
 		 307 aa  135  6.0000000000000005e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00593148  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2271  UspA domain-containing protein  31.23 
 
 		 313 aa  135  7.000000000000001e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2080  universal stress protein UspE  29.3 
 
 		 323 aa  135  8e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.108307  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2211  universal stress protein UspE  27.85 
 
 		 310 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00209938  normal  0.266977 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2306  hypothetical protein  30.6 
 
 		 312 aa  135  9.999999999999999e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2106  universal stress protein UspE  27.73 
 
 		 316 aa  135  9.999999999999999e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.107549  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2210  universal stress protein UspE  27.85 
 
 		 310 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000689351  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4496  universal stress protein UspE  27.85 
 
 		 310 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2223  universal stress protein UspE  27.85 
 
 		 310 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000145957  normal  0.12873 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2161  universal stress protein UspE  27.85 
 
 		 310 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0882327  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1994  universal stress protein UspE  28.71 
 
 		 310 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.436901  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2399  universal stress protein UspE  27.36 
 
 		 316 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1851  universal stress protein UspE  27.94 
 
 		 316 aa  133  3.9999999999999996e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.749942 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01310  stress-induced protein  27.71 
 
 		 316 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2312  UspA domain protein  27.71 
 
 		 316 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.172993  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01320  hypothetical protein  27.71 
 
 		 316 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1672  universal stress protein UspE  27.04 
 
 		 315 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0632813 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2292  universal stress protein UspE  27.71 
 
 		 316 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1789  universal stress protein UspE  27.71 
 
 		 316 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1449  universal stress protein UspE  27.71 
 
 		 316 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1980  universal stress protein UspE  27.71 
 
 		 316 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.420697 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1490  universal stress protein UspE  27.04 
 
 		 315 aa  130  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0578551  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1786  universal stress protein UspE  27.04 
 
 		 315 aa  130  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.144508 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1545  universal stress protein UspE  27.39 
 
 		 316 aa  130  3e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1846  universal stress protein UspE  27.04 
 
 		 315 aa  130  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.717195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1784  universal stress protein UspE  27.04 
 
 		 315 aa  130  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.334213  normal  0.266242 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2220  universal stress protein UspE  27.76 
 
 		 310 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.875118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1943  universal stress protein UspE  27.56 
 
 		 318 aa  129  6e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.361169  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1832  universal stress protein UspE  27.56 
 
 		 318 aa  129  6e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2583  universal stress protein UspE  27.65 
 
 		 320 aa  128  1.0000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2416  universal stress protein UspE  27.94 
 
 		 310 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.268854  decreased coverage  0.000000187412 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1986  universal stress protein UspE  27.38 
 
 		 316 aa  125  9e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.652994  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3260  UspA domain-containing protein  28.76 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56220  hypothetical protein  29.18 
 
 		 304 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02294  universal stress protein UspE  28.35 
 
 		 315 aa  114  2.0000000000000002e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4897  hypothetical protein  28.05 
 
 		 304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0879  universal stress protein UspE  25.49 
 
 		 307 aa  113  3e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0349688  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1044  universal stress protein UspE  27.82 
 
 		 315 aa  113  5e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.106711  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003476  universal stress protein E  27.95 
 
 		 254 aa  112  1.0000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.181718  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2325  UspA domain protein  29.33 
 
 		 316 aa  106  4e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1572  universal stress protein UspE  27.57 
 
 		 314 aa  105  1e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.322555  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3340  universal stress protein  27.74 
 
 		 315 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2453  UspA domain-containing protein  27.96 
 
 		 296 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.740896 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3237  universal stress protein  26.64 
 
 		 296 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3296  universal stress protein  25.48 
 
 		 307 aa  95.9  8e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249085  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3432  UspA domain-containing protein  27.45 
 
 		 287 aa  94  3e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.85473  normal  0.743493 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3514  hypothetical protein  29.34 
 
 		 287 aa  94  3e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.306404  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41440  hypothetical protein  29.07 
 
 		 287 aa  92.8  6e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0629  UspA domain-containing protein  28.47 
 
 		 271 aa  92.8  7e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2576  UspA domain-containing protein  28.63 
 
 		 287 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.140838  hitchhiker  0.00089263 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3393  hypothetical protein  28.63 
 
 		 287 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1811  UspA domain-containing protein  25.49 
 
 		 287 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38400  universal stress protein family  28.81 
 
 		 310 aa  85.5  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25790  universal stress protein, UspA family  27.39 
 
 		 311 aa  85.1  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2187  universal stress protein  28.52 
 
 		 287 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3342  hypothetical protein  26.03 
 
 		 305 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.662627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3550  UspA domain-containing protein  27.73 
 
 		 287 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1258  universal stress protein UspA  26.53 
 
 		 320 aa  83.6  0.000000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3008  UspA domain-containing protein  27.45 
 
 		 298 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3480  UspA domain-containing protein  24.92 
 
 		 289 aa  81.3  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.420945 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0884  UspA domain-containing protein  23.31 
 
 		 294 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3031  UspA domain-containing protein  24.28 
 
 		 308 aa  79.7  0.00000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.497745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2155  UspA domain-containing protein  24.75 
 
 		 291 aa  79.3  0.00000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3858  hypothetical protein  23.08 
 
 		 297 aa  79.3  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2648  universal stress protein  24.42 
 
 		 309 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3170  hypothetical protein  24 
 
 		 294 aa  78.2  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2938  universal stress protein  25.74 
 
 		 297 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3969  universal stress protein UspA and related nucleotide-binding protein  70.83 
 
 		 53 aa  76.6  0.0000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2470  UspA domain-containing protein  27.83 
 
 		 308 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.595783  normal  0.514134 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3288  universal stress protein  26.89 
 
 		 308 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3347  hypothetical protein  26.87 
 
 		 307 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3831  UspA domain protein  25.75 
 
 		 300 aa  75.1  0.000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0656239  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2745  universal stress protein  25.98 
 
 		 298 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.712229  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>