More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_0988 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_0468  UvrD/REP helicase  43.59 
 
 		 1134 aa  758    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0988  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 1146 aa  2313    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.181635  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1708  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  47.31 
 
 		 1118 aa  914    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1375  UvrD/REP helicase family protein  41.79 
 
 		 1110 aa  845    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.134048  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1697  UvrD/REP helicase  38.34 
 
 		 1182 aa  687    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0723  UvrD/REP helicase  47.94 
 
 		 1196 aa  963    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2005  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  36.32 
 
 		 1155 aa  656    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1751  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  42 
 
 		 1129 aa  709    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.910924 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3622  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  41.43 
 
 		 1135 aa  744    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.750566 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0973  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  43.21 
 
 		 1155 aa  828    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.117254 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1315  ATP-dependent nuclease subunit A  41.79 
 
 		 1110 aa  845    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1975  UvrD/REP helicase  47.12 
 
 		 1132 aa  919    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.109081  normal  0.151355 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1775  hypothetical protein  35.31 
 
 		 1076 aa  594  1e-168  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1776  hypothetical protein  35.25 
 
 		 1076 aa  590  1e-167  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1741  UvrD/REP helicase  30.36 
 
 		 1162 aa  307  7e-82  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.616964  hitchhiker  0.00243499 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1126  UvrD/REP helicase  26.25 
 
 		 1173 aa  146  3e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.443367 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1157  hypothetical protein  26.65 
 
 		 1061 aa  144  7e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1190  hypothetical protein  29.5 
 
 		 1177 aa  144  9.999999999999999e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3434  UvrD/REP helicase  26 
 
 		 1187 aa  143  1.9999999999999998e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1498  UvrD/REP helicase  26.13 
 
 		 1080 aa  142  3e-32  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2131  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V subunit A  26.61 
 
 		 1187 aa  142  3e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.564437  normal  0.516906 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2114  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  26.27 
 
 		 1197 aa  142  4.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2124  UvrD/REP helicase  26.81 
 
 		 1147 aa  141  6e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1034  UvrD/REP helicase  28.75 
 
 		 1173 aa  140  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0891257  normal  0.693052 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0138  double-strand break repair helicase AddA  25.64 
 
 		 1156 aa  134  1.0000000000000001e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.727377 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4853  double-strand break repair helicase AddA  24.6 
 
 		 1157 aa  133  2.0000000000000002e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.744046  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4066  UvrD/REP helicase  24.97 
 
 		 1120 aa  132  4.0000000000000003e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.160711 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0090  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  26.3 
 
 		 1156 aa  132  4.0000000000000003e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195606  normal  0.386807 
 
 
-
 
NC_002978  WD0359  UvrD/Rep/AddA family helicase  23.36 
 
 		 1089 aa  129  3e-28  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0077  double-strand break repair helicase AddA  25.28 
 
 		 1161 aa  129  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.458203  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3581  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  26.33 
 
 		 1177 aa  127  1e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3242  double-strand break repair helicase AddA  25.64 
 
 		 1189 aa  126  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0058  UvrD/REP helicase  25.68 
 
 		 1162 aa  127  2e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.106754  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2175  double-strand break repair helicase AddA  25.51 
 
 		 1164 aa  125  7e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.997727 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1412  double-strand break repair helicase AddA  26 
 
 		 1151 aa  122  3e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0085  ATP-dependent DNA helicase UvrD  22.36 
 
 		 1139 aa  121  7e-26  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0202  UvrD/REP helicase  24.96 
 
 		 1159 aa  120  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1286  UvrD/REP helicase  23.48 
 
 		 1074 aa  119  3e-25  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0641  UvrD/REP helicase  23.82 
 
 		 1173 aa  119  3.9999999999999997e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0566745  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2103  UvrD/Rep family helicase  25.52 
 
 		 1180 aa  117  1.0000000000000001e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.664576  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2951  UvrD-like DNA helicase, C terminal  26.55 
 
 		 1119 aa  116  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0785704  normal  0.12863 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2020  double-strand break repair helicase AddA  25.46 
 
 		 1180 aa  115  4.0000000000000004e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.411715  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1220  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.78 
 
 		 1240 aa  110  1e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2076  UvrD/REP helicase  25.83 
 
 		 1240 aa  110  1e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.692604  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0648  UvrD/REP helicase  27.31 
 
 		 1140 aa  110  2e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.464664  normal  0.326348 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0817  double-strand break repair helicase AddA  24.34 
 
 		 1180 aa  110  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1295  double-strand break repair helicase AddA  26.42 
 
 		 1185 aa  110  2e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1041  recombination helicase AddA  25.97 
 
 		 1241 aa  108  6e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.552246  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4954  double-strand break repair helicase AddA  25.48 
 
 		 1147 aa  106  2e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.218744 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2846  UvrD/REP helicase  24.16 
 
 		 1121 aa  106  2e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.347056 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0178  UvrD-like DNA helicase, C terminal  27.07 
 
 		 1106 aa  106  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.124424  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4148  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.98 
 
 		 1241 aa  106  3e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0671  recombination helicase AddA  25.47 
 
 		 1244 aa  105  5e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1193  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.98 
 
 		 1241 aa  105  5e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1039  ATP-dependent nuclease, subunit A  26.29 
 
 		 1241 aa  105  6e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1245  ATP-dependent nuclease, subunit A  26.29 
 
 		 1241 aa  104  8e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3578  UvrD/REP helicase  20.77 
 
 		 995 aa  104  8e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1041  ATP-dependent nuclease, subunit A  26.29 
 
 		 1241 aa  104  9e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1297  ATP-dependent nuclease, subunit A  26.29 
 
 		 1241 aa  104  1e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1061  ATP-dependent nuclease subunit A  26.29 
 
 		 1241 aa  104  1e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1142  ATP-dependent nuclease subunit A  26.29 
 
 		 1241 aa  104  1e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1527  UvrD/Rep family helicase  26.21 
 
 		 1106 aa  102  4e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.529663  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3984  UvrD/REP helicase  30.48 
 
 		 1111 aa  100  1e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1910  UvrD/REP helicase  26.77 
 
 		 907 aa  101  1e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4021  UvrD/REP helicase  30.24 
 
 		 1111 aa  100  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2832  recombination helicase AddA  25.81 
 
 		 1392 aa  100  2e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0860  recombination helicase AddA  27.29 
 
 		 1242 aa  100  2e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3423  recombination helicase AddA  25.75 
 
 		 1377 aa  99  4e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1610  double-strand break repair helicase AddA  27.78 
 
 		 1157 aa  97.8  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1455  UvrD-like DNA helicase, C terminal  26.51 
 
 		 1157 aa  97.4  1e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.719405  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1357  UvrD/REP helicase  27.86 
 
 		 1196 aa  97.8  1e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2794  UvrD-like DNA helicase domain-containing protein  26.23 
 
 		 1124 aa  97.1  2e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.370193 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3788  UvrD/REP helicase  25.54 
 
 		 755 aa  96.3  3e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3878  UvrD/REP helicase  29.52 
 
 		 1111 aa  96.3  3e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0489  double-strand break repair helicase AddA  27.82 
 
 		 1157 aa  94.7  9e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.127792  hitchhiker  0.00205602 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1805  UvrD/REP helicase  26.53 
 
 		 1184 aa  94  1e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1774  recombination helicase AddA  22 
 
 		 1248 aa  93.6  2e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0086  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  27.19 
 
 		 1183 aa  92.8  4e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3814  exonuclease V subunit beta  27.69 
 
 		 1183 aa  92.4  5e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.565336  normal  0.0108471 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0699  UvrD/REP helicase  24.54 
 
 		 1052 aa  92  6e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3438  double-strand break repair helicase AddA  27.07 
 
 		 1125 aa  92  6e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1997  UvrD/REP helicase  28.4 
 
 		 1110 aa  92  6e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469294  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1571  UvrD/REP helicase  29.48 
 
 		 1110 aa  89.7  3e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0387  ATP-dependent DNA helicase UvrD  20.78 
 
 		 860 aa  89.4  3e-16  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1276  UvrD-like DNA helicase, C terminal  27.14 
 
 		 1230 aa  89  5e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2325  UvrD/REP helicase  25.87 
 
 		 1087 aa  87.4  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.293004  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4135  UvrD/REP helicase  28.87 
 
 		 1143 aa  87.8  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.401536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2168  ATP-dependent DNA helicase Rep  24.34 
 
 		 794 aa  87.8  0.000000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.63993 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0209  UvrD/REP helicase  25.11 
 
 		 786 aa  87.8  0.000000000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000644419  normal  0.953058 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2985  UvrD/REP helicase  27.44 
 
 		 1131 aa  87  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.105436  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1357  double-strand break repair helicase AddA  25.66 
 
 		 1155 aa  87  0.000000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0523  UvrD/REP helicase  23.72 
 
 		 1121 aa  86.3  0.000000000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0203  UvrD-like DNA helicase, C terminal  24.74 
 
 		 1233 aa  86.3  0.000000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1509  UvrD/REP helicase  25.15 
 
 		 1073 aa  85.9  0.000000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.254062  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1681  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  23.2 
 
 		 1217 aa  85.1  0.000000000000007  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1554  ATP-dependent DNA helicase II  23 
 
 		 749 aa  84.7  0.000000000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0037  UvrD/REP helicase  25.82 
 
 		 1115 aa  84.3  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5412  UvrD/REP helicase  32.48 
 
 		 1117 aa  83.6  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0050  UvrD/REP helicase  25.5 
 
 		 1202 aa  83.6  0.00000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.253682 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11370  DNA/RNA helicase, superfamily I  26.92 
 
 		 1094 aa  83.6  0.00000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.976622  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>