117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_0446 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007484  Noc_0446  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 		 434 aa  897    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000807768  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5244  restriction modification system DNA specificity domain  38.57 
 
 		 422 aa  271  1e-71  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  34.3 
 
 		 427 aa  214  1.9999999999999998e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.47299 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  36.36 
 
 		 417 aa  214  1.9999999999999998e-54  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  34.77 
 
 		 411 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2009  restriction modification system DNA specificity domain  31.89 
 
 		 423 aa  186  1.0000000000000001e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.999718  normal  0.91224 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2378  type I restriction-modification system, S subunit  38.28 
 
 		 383 aa  183  6e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3951  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.36 
 
 		 406 aa  182  1e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1216  restriction modification system DNA specificity subunit  41.58 
 
 		 427 aa  171  3e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3537  putative type I restriction-modification system, S subunit  29.93 
 
 		 419 aa  168  2e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0448  restriction modification system DNA specificity domain  31.7 
 
 		 435 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000159098 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3717  restriction modification system DNA specificity subunit  33.18 
 
 		 427 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2621  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.25 
 
 		 400 aa  163  5.0000000000000005e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3549  restriction modification system DNA specificity subunit  34.98 
 
 		 296 aa  160  3e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.348533  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0429  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.59 
 
 		 404 aa  157  3e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1087  restriction modification system DNA specificity subunit  30.19 
 
 		 437 aa  143  6e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0762586  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2673  restriction modification system DNA specificity subunit  32.5 
 
 		 415 aa  135  9.999999999999999e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.574489 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2852  restriction endonuclease S subunits-like protein  28.25 
 
 		 412 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0584008 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0272  type I restriction endonuclease S subunit  53.06 
 
 		 126 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3267  restriction modification system DNA specificity subunit  34.07 
 
 		 557 aa  112  9e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0920403  decreased coverage  0.00535253 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3673  restriction modification system DNA specificity subunit  23.19 
 
 		 410 aa  110  6e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0750  restriction endonuclease S subunit  26 
 
 		 387 aa  103  5e-21  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1311  restriction modification system DNA specificity subunit  34.08 
 
 		 578 aa  93.2  8e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01116  hypothetical protein  24.59 
 
 		 400 aa  90.9  4e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4880  putative type I restriction-modification system S subunit  33.54 
 
 		 571 aa  90.5  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.960431 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4083  restriction modification system DNA specificity subunit  24.48 
 
 		 409 aa  88.2  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  24.51 
 
 		 435 aa  85.1  0.000000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2722  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.54 
 
 		 385 aa  83.6  0.000000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  26.5 
 
 		 439 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  25.36 
 
 		 420 aa  81.6  0.00000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000962716  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0640  restriction modification system DNA specificity subunit  32.22 
 
 		 447 aa  82  0.00000000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4163  restriction modification system DNA specificity subunit  23.06 
 
 		 405 aa  79.7  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.864984  normal  0.0584456 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1859  restriction modification system DNA specificity subunit  26.83 
 
 		 409 aa  78.2  0.0000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.777891  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1894  restriction modification system DNA specificity subunit  26.83 
 
 		 409 aa  78.2  0.0000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.850685  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1960  restriction endonuclease S subunit  27.59 
 
 		 413 aa  77.8  0.0000000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.323459  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0416  type I restriction-modification system S subunit  26.79 
 
 		 457 aa  75.1  0.000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0531711 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2724  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.14 
 
 		 409 aa  73.9  0.000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2423  restriction modification system DNA specificity subunit  24.74 
 
 		 426 aa  72.8  0.00000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.57431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4462  restriction modification system DNA specificity subunit  21.67 
 
 		 349 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  24.03 
 
 		 438 aa  68.2  0.0000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1536  hypothetical protein  22.71 
 
 		 380 aa  68.2  0.0000000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00344436  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1914  restriction modification system DNA specificity domain  27.92 
 
 		 386 aa  67.4  0.0000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381757 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  23.92 
 
 		 425 aa  66.2  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3953  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.52 
 
 		 413 aa  65.5  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1890  type I restriction-modification system, S subunit  27.87 
 
 		 416 aa  64.3  0.000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.47 
 
 		 388 aa  64.3  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  26.81 
 
 		 417 aa  63.9  0.000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0615  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 		 417 aa  62.4  0.00000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0545068  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  25.57 
 
 		 419 aa  62.8  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.84 
 
 		 413 aa  63.2  0.00000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3352  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  27.2 
 
 		 303 aa  62.4  0.00000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000513186  normal  0.0100815 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4394  restriction modification system DNA specificity subunit  27.03 
 
 		 414 aa  62  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.536192  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  23.7 
 
 		 428 aa  62  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0455  restriction modification system DNA specificity subunit  23.64 
 
 		 403 aa  62  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0467  restriction modification system DNA specificity subunit  23.64 
 
 		 403 aa  62  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  25.16 
 
 		 417 aa  60.5  0.00000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.96 
 
 		 423 aa  60.5  0.00000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05614  type I restriction-modification system S subunit  25.49 
 
 		 432 aa  59.7  0.00000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2272  type I restriction system specificity protein  28.86 
 
 		 399 aa  59.3  0.0000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1452  restriction modification system DNA specificity domain  24.64 
 
 		 392 aa  58.9  0.0000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0462219  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.4 
 
 		 442 aa  58.5  0.0000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  27.11 
 
 		 397 aa  58.2  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  30.08 
 
 		 397 aa  57.8  0.0000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  28.71 
 
 		 419 aa  56.2  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000406123 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0605  restriction modification system DNA specificity subunit  23.34 
 
 		 453 aa  56.2  0.000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  23.88 
 
 		 425 aa  55.8  0.000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2471  type I restriction-modification system S subunit  22.65 
 
 		 381 aa  55.5  0.000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.0091078  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0006  type I restriction-modification system, S subunit, EcoA family  25.08 
 
 		 435 aa  55.8  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1260  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 		 385 aa  55.5  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4260  hypothetical protein  32.17 
 
 		 287 aa  54.7  0.000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1411  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  28.57 
 
 		 382 aa  55.1  0.000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.202691  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1087  type I restriction-modification system, S subunit  19.55 
 
 		 422 aa  53.5  0.000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247708  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  23.97 
 
 		 426 aa  53.5  0.000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1842  restriction modification system DNA specificity subunit  38.46 
 
 		 391 aa  52.8  0.00001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  27.59 
 
 		 429 aa  52.4  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3443  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.88 
 
 		 445 aa  51.6  0.00003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.89 
 
 		 433 aa  50.8  0.00005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0403  restriction modification system DNA specificity subunit  22.6 
 
 		 402 aa  50.8  0.00005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  26.69 
 
 		 429 aa  50.1  0.00007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0249  restriction modification system DNA specificity subunit  20.44 
 
 		 393 aa  50.1  0.00008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  24.37 
 
 		 387 aa  49.7  0.00009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4622  Restriction endonuclease S subunits-like protein  23.21 
 
 		 411 aa  50.1  0.00009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.156513 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  27.21 
 
 		 456 aa  49.3  0.0001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1064  type I restriction-modification  23.58 
 
 		 453 aa  48.9  0.0002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000898872  normal  0.027841 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.05 
 
 		 477 aa  48.9  0.0002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0160  restriction modification system DNA specificity subunit  34.74 
 
 		 399 aa  48.5  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0836  type I restriction-modification system S subunit  25.97 
 
 		 416 aa  48.1  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.444813  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  22.19 
 
 		 392 aa  47.8  0.0004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  27.04 
 
 		 427 aa  47.8  0.0004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2364  restriction modification system DNA specificity subunit  27.34 
 
 		 413 aa  47.4  0.0005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.188022 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2346  restriction modification system DNA specificity subunit  28.67 
 
 		 392 aa  47.4  0.0005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104931  normal  0.0105772 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  23.9 
 
 		 433 aa  47.4  0.0005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0988  type I restriction-modification system, S subunit  50 
 
 		 401 aa  47.4  0.0006  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271922  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  27.5 
 
 		 422 aa  47  0.0006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  39.39 
 
 		 422 aa  47  0.0007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1105  restriction modification system DNA specificity subunit  25.9 
 
 		 225 aa  45.8  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  34.09 
 
 		 374 aa  46.6  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.87 
 
 		 457 aa  46.6  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2665  type I restriction-modification system specificity subunit  25.11 
 
 		 446 aa  45.1  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0650221  normal  0.332066 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  26.05 
 
 		 432 aa  45.4  0.002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>