More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_0334 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  610  9.999999999999999e-175  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  62.03 
 
 		 311 aa  382  1e-105  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2835  LysR family transcriptional regulator  62.5 
 
 		 309 aa  364  1e-99  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3039  rubisco operon transcriptional regulator  57.62 
 
 		 318 aa  358  4e-98  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.670925  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  57.82 
 
 		 316 aa  352  2.9999999999999997e-96  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  61.22 
 
 		 326 aa  346  3e-94  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  56.46 
 
 		 318 aa  337  1.9999999999999998e-91  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2639  transcriptional regulator  57.09 
 
 		 302 aa  327  1.0000000000000001e-88  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  52.56 
 
 		 301 aa  313  1.9999999999999998e-84  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  52.56 
 
 		 303 aa  313  1.9999999999999998e-84  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1096  transcriptional regulator, LysR family  54.11 
 
 		 300 aa  311  1e-83  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.816594  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  52.88 
 
 		 311 aa  310  2e-83  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4044  LysR family transcriptional regulator  51.86 
 
 		 326 aa  301  1e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2930  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 320 aa  297  1e-79  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4331  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 310 aa  296  4e-79  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  49.49 
 
 		 305 aa  294  1e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  46.82 
 
 		 309 aa  284  1.0000000000000001e-75  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  46.82 
 
 		 309 aa  284  1.0000000000000001e-75  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4657  LysR family transcriptional regulator  48.46 
 
 		 312 aa  283  2.0000000000000002e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.659873  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1310  ndhF3 operon transcriptional regulator  46.26 
 
 		 323 aa  281  1e-74  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6028  transcriptional regulator, LysR family  49.15 
 
 		 315 aa  280  1e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.276744 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4697  LysR family transcriptional regulator  48.12 
 
 		 314 aa  280  3e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.168024  normal  0.0438452 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5931  LysR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 307 aa  279  5e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145733  normal  0.0470213 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4365  LysR family transcriptional regulator  48.81 
 
 		 316 aa  279  5e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000557933  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  50.7 
 
 		 302 aa  278  6e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2263  LysR family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 315 aa  278  9e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2790  LysR family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 309 aa  272  5.000000000000001e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.491071  normal  0.0474339 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  47.44 
 
 		 316 aa  270  2e-71  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  46.78 
 
 		 316 aa  270  2.9999999999999997e-71  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2423  LysR family transcriptional regulator  45.55 
 
 		 320 aa  260  3e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.757155  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1502  LysR family transcriptional regulator  47.74 
 
 		 293 aa  259  3e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00504776  normal  0.0231273 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4477  transcriptional regulator, LysR family  46.08 
 
 		 315 aa  256  2e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.631102  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2625  transcriptional regulator  42.91 
 
 		 313 aa  256  3e-67  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.172216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2401  LysR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 315 aa  256  4e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.38508  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3312  transcriptional regulator, LysR family  44.14 
 
 		 301 aa  254  9e-67  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.782402 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1091  transcriptional regulator, LysR family  42.42 
 
 		 300 aa  253  2.0000000000000002e-66  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  45.73 
 
 		 314 aa  252  6e-66  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0873  transcriptional regulator, LysR family  47.3 
 
 		 325 aa  250  2e-65  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.164971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3638  LysR family transcriptional regulator  44.52 
 
 		 316 aa  249  4e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000174199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1692  rubisco operon transcriptional regulator  44.48 
 
 		 332 aa  246  4e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.250885  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1390  transcriptional regulator, LysR family  44.48 
 
 		 308 aa  245  4.9999999999999997e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0852  LysR family transcriptional regulator  42 
 
 		 317 aa  242  7e-63  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  46.26 
 
 		 314 aa  241  9e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6474  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 327 aa  240  2e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.254118 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2022  LysR family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 309 aa  236  3e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0620122  normal  0.0797415 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0634  transcriptional regulator, LysR family  43.43 
 
 		 310 aa  234  9e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0213  transcriptional regulator, LysR family  44.79 
 
 		 315 aa  233  2.0000000000000002e-60  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.402452  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1550  LysR, substrate-binding  42.86 
 
 		 319 aa  229  4e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0426  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 308 aa  228  8e-59  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2282  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 316 aa  226  2e-58  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1394  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 305 aa  224  1e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5397  LysR family transcriptional regulator  41.26 
 
 		 320 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.547943  normal  0.012277 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5126  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 320 aa  223  3e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.470567 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5348  LysR family transcriptional regulator  40.56 
 
 		 320 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041705 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5257  LysR family transcriptional regulator  40.56 
 
 		 320 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.85963 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6226  putative transcriptional regulator  41.64 
 
 		 316 aa  219  3e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5641  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 320 aa  220  3e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71750  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 311 aa  219  5e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 316 aa  219  6e-56  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0425  LysR family transcriptional regulator  40.73 
 
 		 314 aa  218  7e-56  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5512  transcriptional regulator, LysR family  40.21 
 
 		 311 aa  217  2e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6402  LysR family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 306 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.356896  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5950  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 323 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00309473 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2055  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 297 aa  216  5e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.66522  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1620  transcriptional regulator, LysR family  40.82 
 
 		 299 aa  215  7e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.93 
 
 		 316 aa  215  8e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2254  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 299 aa  214  9.999999999999999e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0160178  normal  0.585542 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1979  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 305 aa  214  1.9999999999999998e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.454337  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1245  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 313 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000547224  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2114  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 307 aa  214  1.9999999999999998e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.307366  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3919  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 313 aa  209  4e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3723  LysR family transcriptional regulator  42.18 
 
 		 322 aa  209  4e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.162461  hitchhiker  0.00150053 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2283  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 318 aa  209  7e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0424839  normal  0.0241191 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1743  transcriptional regulator, LysR family  41.45 
 
 		 322 aa  208  8e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1919  LysR family transcriptional regulator  43.68 
 
 		 318 aa  208  8e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.301552  normal  0.616957 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1326  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 322 aa  206  3e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.138103  normal  0.40975 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2414  LysR family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 309 aa  206  4e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.43455  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4480  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 320 aa  206  5e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.678379  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1508  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 307 aa  205  9e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000734154  hitchhiker  0.000350474 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3968  LysR family transcriptional regulator  40.36 
 
 		 322 aa  204  1e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.456128  normal  0.373765 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02040  transcriptional regulator, LysR family  40.61 
 
 		 315 aa  202  6e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.65232  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1190  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 		 308 aa  202  6e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0602294 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3033  transcriptional regulator, LysR family  38.51 
 
 		 325 aa  201  9e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0089298  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2781  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 329 aa  200  3e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2215  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 314 aa  199  3.9999999999999996e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.50368 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0318  transcriptional regulator, LysR family  39.08 
 
 		 318 aa  199  5e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.109451  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3755  LysR family transcriptional regulator  40.73 
 
 		 321 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0901244  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0918  transcriptional regulator, LysR family  39.2 
 
 		 329 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.714097 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  39.49 
 
 		 307 aa  196  4.0000000000000005e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3253  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 342 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.202061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3560  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 322 aa  194  1e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0436094  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0942  transcriptional regulator, LysR family  39.2 
 
 		 329 aa  195  1e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0995816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0978  LysR substrate-binding  39.2 
 
 		 329 aa  194  1e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0950289 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2695  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 312 aa  192  4e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.537624  normal  0.689503 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0444  HTH-type transcriptional regulator cbbR  36.77 
 
 		 332 aa  192  5e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0699694  normal  0.281971 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1554  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 324 aa  192  8e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1694  LysR family transcriptional regulator  39.49 
 
 		 309 aa  189  4e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.726812  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0138  ndhF3 operon transcriptional regulator  40.94 
 
 		 326 aa  189  4e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.184087  normal  0.45783 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4836  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 328 aa  189  5.999999999999999e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  41.88 
 
 		 290 aa  186  3e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>