More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nmul_A2057 on replicon NC_007614
Organism: Nitrosospira multiformis ATCC 25196



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02937  RNA polymerase sigma factor  58.62 
 
 		 613 aa  692    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00570536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0633  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  58.46 
 
 		 613 aa  689    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000780039  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3473  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.01 
 
 		 631 aa  704    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0442977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1406  RpoD family RNA polymerase sigma factor  64.44 
 
 		 781 aa  776    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1072  RpoD family RNA polymerase sigma factor  59.77 
 
 		 612 aa  686    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.321598  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0387  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.28 
 
 		 616 aa  676    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.00859546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1041  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  59.97 
 
 		 612 aa  690    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.28445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2058  RpoD family RNA polymerase sigma factor  62.78 
 
 		 635 aa  763    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.704789  normal  0.0381419 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2994  RNA polymerase sigma-70 factor  54.5 
 
 		 599 aa  652    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4028  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.95 
 
 		 615 aa  682    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.8019  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2215  RNA polymerase sigma factor RpoD  66.72 
 
 		 755 aa  847    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0623  RNA polymerase sigma factor RpoD  55.14 
 
 		 623 aa  647    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4334  RNA polymerase sigma-70 factor  57.74 
 
 		 616 aa  688    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0996  RpoD family RNA polymerase sigma factor  59.54 
 
 		 616 aa  681    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0289616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1604  RpoD family RNA polymerase sigma factor  62.68 
 
 		 736 aa  756    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.362235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0634  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.83 
 
 		 612 aa  687    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0230181  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1284  RNA polymerase sigma-70 factor  58.59 
 
 		 616 aa  682    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0537  RNA polymerase sigma-70 factor  57.95 
 
 		 616 aa  678    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0373  RNA polymerase sigma factor RpoD  66.41 
 
 		 680 aa  850    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1101  RpoD family RNA polymerase sigma factor  58.64 
 
 		 602 aa  677    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.248126  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1713  RNA polymerase sigma factor RpoD  66.41 
 
 		 680 aa  850    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.089433  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0339  RNA polymerase sigma factor RpoD  66.41 
 
 		 680 aa  850    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2310  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  55.52 
 
 		 621 aa  652    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2283  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  55.52 
 
 		 621 aa  652    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.95 
 
 		 616 aa  680    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0526  RNA polymerase sigma factor RpoD  73.37 
 
 		 657 aa  900    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00848  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.77 
 
 		 620 aa  669    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6013  sigma-70 region 1.2  54.15 
 
 		 624 aa  696    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0888  RNA polymerase sigma factor RpoD  68.17 
 
 		 783 aa  849    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1750  sigma-70 region 1.2  56.06 
 
 		 653 aa  717    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.746191  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3248  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.62 
 
 		 613 aa  692    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0316286  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2388  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  69.65 
 
 		 656 aa  877    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.415567 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4813  RNA polymerase sigma factor RpoD  68.63 
 
 		 804 aa  859    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0833  RNA polymerase sigma factor RpoD  65.1 
 
 		 800 aa  855    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0045  hypothetical protein  56.32 
 
 		 602 aa  677    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.250484  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0703  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.98 
 
 		 623 aa  647    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5149  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.95 
 
 		 615 aa  673    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5045  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  63.43 
 
 		 808 aa  778    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.420321  normal  0.303158 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1104  RpoD family RNA polymerase sigma factor  60.2 
 
 		 616 aa  691    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0640269  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7094  sigma 70 (RpoD)  55.25 
 
 		 677 aa  731    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.678093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2204  RNA polymerase sigma factor RpoD  67.51 
 
 		 808 aa  852    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3783  RNA polymerase sigma factor RpoD  67.57 
 
 		 805 aa  848    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3641  RNA polymerase sigma factor RpoD  68.2 
 
 		 683 aa  854    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3941  RNA polymerase sigma factor RpoD  65.71 
 
 		 685 aa  849    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2491  putative RNA polymerase sigma(sigma-70) factor transcription regulator protein  63.86 
 
 		 746 aa  766    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.046137  normal  0.87444 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2384  RNA polymerase sigma factor RpoD  65.1 
 
 		 736 aa  855    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  100 
 
 		 707 aa  1439    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2562  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  62.81 
 
 		 754 aa  756    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0018126 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2525  RNA polymerase sigma factor RpoD  65.1 
 
 		 736 aa  853    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.96 
 
 		 800 aa  856    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0632  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.62 
 
 		 613 aa  692    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0281134  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0658  RpoD family RNA polymerase sigma factor  58.4 
 
 		 618 aa  697    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.271928  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0718  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.85 
 
 		 617 aa  672    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4815  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.46 
 
 		 616 aa  665    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1698  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  61.16 
 
 		 678 aa  779    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1153  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  59.74 
 
 		 611 aa  690    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000483168  normal  0.0896301 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1221  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  58.39 
 
 		 627 aa  686    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.104356  normal  0.675776 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1558  sigma 70 (RpoD)  60.29 
 
 		 783 aa  738    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.990853  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0716  Fis family transcriptional regulator  58.35 
 
 		 613 aa  662    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000378476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1188  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  58.39 
 
 		 627 aa  686    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.438947  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2322  sigma 70 (RpoD)  71.09 
 
 		 644 aa  910    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000648058  hitchhiker  0.00289182 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3097  sigma 70 (RpoD)  62.52 
 
 		 784 aa  768    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.884131  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0337  sigma 70 (RpoD)  54.9 
 
 		 647 aa  682    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0958  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  58.72 
 
 		 616 aa  681    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000123062  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2569  sigma 70 (RpoD)  56.9 
 
 		 665 aa  715    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  0.000000000000108997  normal  0.136917 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2820  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.91 
 
 		 680 aa  850    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2834  RNA polymerase sigma factor RpoD-like protein  58.29 
 
 		 617 aa  680    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0916822  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6774  RNA polymerase sigma factor RpoD  68.81 
 
 		 681 aa  849    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.669833  normal  0.0681029 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0976  sigma 70 (RpoD)  57.38 
 
 		 614 aa  661    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.741163  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0421  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.28 
 
 		 616 aa  676    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0853887  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2420  RNA polymerase sigma factor RpoD  66.19 
 
 		 829 aa  846    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.814829  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2606  RNA polymerase sigma factor RpoD  67.93 
 
 		 855 aa  854    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10712  normal  0.319028 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0418  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.44 
 
 		 616 aa  678    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0616  RNA polymerase, sigma 70 factor  57.87 
 
 		 612 aa  671    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.840508  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3532  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.78 
 
 		 613 aa  693    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000451825  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3360  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.78 
 
 		 613 aa  693    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0343174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3690  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  54.68 
 
 		 664 aa  682    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.556111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0044  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.18 
 
 		 621 aa  672    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00416651  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4480  RNA polymerase sigma factor RpoD  68.04 
 
 		 805 aa  856    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.793179  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1038  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  57.72 
 
 		 613 aa  669    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0389354  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1416  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  61.2 
 
 		 900 aa  783    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.322339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1520  RNA polymerase sigma factor RpoD  65.1 
 
 		 736 aa  855    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4300  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.62 
 
 		 647 aa  687    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1235  RNA polymerase sigma factor RpoD  55.04 
 
 		 595 aa  638    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2908  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  58.92 
 
 		 619 aa  690    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.32821  normal  0.122569 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2990  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  58.92 
 
 		 619 aa  688    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0529376  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  58.48 
 
 		 598 aa  695    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2996  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  57.82 
 
 		 614 aa  677    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000465174  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3087  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  58.76 
 
 		 619 aa  687    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0259525  hitchhiker  0.0013173 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0553  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.83 
 
 		 612 aa  687    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000359129  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3257  RNA polymerase sigma factor RpoD  67.73 
 
 		 805 aa  850    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0133032  normal  0.0284743 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0823  RNA polymerase sigma-70 factor  59.97 
 
 		 620 aa  692    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0655826  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07520  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.52 
 
 		 617 aa  673    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0627024  normal  0.302038 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0310  RNA polymerase sigma-70 factor RpoD  55.99 
 
 		 617 aa  681    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.744549  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6584  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  56.04 
 
 		 665 aa  711    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.0000000125379  normal  0.0159529 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0303  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.66 
 
 		 612 aa  685    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000283425  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1144  RpoD family RNA polymerase sigma factor  58.39 
 
 		 627 aa  685    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0208725  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3138  RpoD family RNA polymerase sigma factor  63.81 
 
 		 797 aa  779    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.335068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3502  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.78 
 
 		 613 aa  693    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00613431  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3886  RNA polymerase sigma factor RpoD  68.04 
 
 		 805 aa  857    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.673998  normal  0.56553 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>