96 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nmul_A1531 on replicon NC_007614
Organism: Nitrosospira multiformis ATCC 25196



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007614  Nmul_A1531  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
189 aa  377  1e-104  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  2.56618e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2020  putative phage repressor  31 
 
 
233 aa  58.2  6e-08  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0868068  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3616  putative phage repressor  31 
 
 
233 aa  57.4  1e-07  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0874136  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0767  putative phage repressor  31 
 
 
233 aa  57.4  1e-07  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.420477  normal  0.277646 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01539  prophage CP-9330 DicA-like protein  46.3 
 
 
135 aa  53.5  2e-06  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0413815  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01531  hypothetical protein  46.3 
 
 
135 aa  53.5  2e-06  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0356913  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1965  putative phage repressor  39.13 
 
 
263 aa  53.1  3e-06  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.526038  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3268  transciptional regulator  34.48 
 
 
229 aa  50.4  2e-05  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  9.53974e-12  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2073  transcriptional regulator, XRE family  36.23 
 
 
135 aa  49.3  4e-05  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0932046  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2058  transcriptional repressor DicA  36.23 
 
 
135 aa  49.3  4e-05  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.211333  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0768  putative phage repressor  31.68 
 
 
240 aa  48.1  8e-05  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.194498  hitchhiker  0.000185751 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4635  putative phage repressor  32.86 
 
 
214 aa  47.8  9e-05  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.671239 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2252  transcriptional repressor DicA  37.5 
 
 
131 aa  47.8  9e-05  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  2.18001e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0740  putative phage repressor  30.69 
 
 
240 aa  47.8  9e-05  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0289  P22 repressor protein c2  39.66 
 
 
216 aa  47.4  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_10021  Repressor protein C2  39.66 
 
 
216 aa  47.4  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3495  putative phage repressor  34.48 
 
 
229 aa  47.8  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  5.8003e-08  unclonable  8.89639e-06 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3371  putative phage repressor  34.48 
 
 
229 aa  47.8  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  1.19805e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0062  hypothetical protein  38.1 
 
 
394 aa  47.8  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0382  P22 repressor protein c2  39.66 
 
 
216 aa  47.4  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.103014  hitchhiker  6.07321e-13 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5367  transcriptional regulator, XRE family  48.78 
 
 
119 aa  47.8  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.216549 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1909  XRE family transcriptional regulator  30.26 
 
 
123 aa  47  0.0002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4446  putative phage repressor  40 
 
 
209 aa  46.6  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2086  helix-turn-helix domain protein  33.8 
 
 
327 aa  47  0.0002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0272363  normal  0.126806 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2471  putative prophage repressor  39.13 
 
 
216 aa  46.2  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.894795  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3208  transcriptional regulator, XRE family  33.93 
 
 
141 aa  46.2  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0278  XRE family transcriptional regulator  36.49 
 
 
128 aa  45.8  0.0004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  6.72654e-05  normal  0.646275 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1628  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 
133 aa  45.8  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6504  transcriptional regulator, XRE family  40.62 
 
 
152 aa  45.4  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2054  hypothetical protein  37.5 
 
 
255 aa  45.1  0.0006  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.000229491  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2959  transcriptional regulator, XRE family  33.93 
 
 
141 aa  45.1  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.676432  normal  0.753241 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6091  transcriptional regulator, XRE family  39.29 
 
 
152 aa  45.1  0.0007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1458  transcriptional regulator, XRE family  41.07 
 
 
114 aa  44.7  0.0009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4531  helix-turn-helix domain-containing protein  30.5 
 
 
174 aa  44.7  0.0009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0637  XRE family transcriptional regulator  35.59 
 
 
115 aa  44.7  0.0009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  1.52617e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3038  XRE family transcriptional regulator  37.29 
 
 
140 aa  44.7  0.0009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0575  XRE family transcriptional regulator  35.59 
 
 
115 aa  44.7  0.0009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  1.42648e-12  normal  0.969931 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1274  transcriptional regulator, XRE family  36.71 
 
 
152 aa  43.9  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.222413  normal  0.176639 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1020  transcriptional regulator, XRE family  40.74 
 
 
103 aa  43.9  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2505  XRE family transcriptional regulator  39.22 
 
 
128 aa  43.9  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25890  predicted transcriptional regulator  30.85 
 
 
272 aa  44.3  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  39.71 
 
 
255 aa  44.3  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  1.93278e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0278  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
145 aa  43.9  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4388  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 
355 aa  44.3  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2806  putative transcriptional regulatory protein  35.94 
 
 
131 aa  43.9  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2271  transcriptional regulator, XRE family  41.07 
 
 
141 aa  44.3  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.571583 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5021  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 
147 aa  43.5  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.621734  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2518  protein of unknown function DUF955  30.99 
 
 
378 aa  43.1  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.010681 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2141  helix-turn-helix domain protein  31.43 
 
 
82 aa  43.5  0.002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3373  DNA-binding protein  24.53 
 
 
374 aa  43.1  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.645168  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0134  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 
152 aa  43.1  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000191075  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1248  DNA-binding protein  31.58 
 
 
137 aa  43.1  0.002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.821781  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3127  DNA-binding protein  24.53 
 
 
374 aa  43.1  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.81107  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1390  transcriptional regulator  28.44 
 
 
252 aa  43.5  0.002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.163834  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2892  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 
166 aa  42.7  0.003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.203012 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4841  cupin 2 domain-containing protein  39.68 
 
 
202 aa  42.7  0.003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4494  putative phage repressor  31.25 
 
 
231 aa  42.7  0.003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2248  repressor protein C2  39.53 
 
 
236 aa  42.7  0.003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.24176e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12052  transcriptional regulator  30.83 
 
 
346 aa  42.7  0.003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.12403  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3044  putative phage repressor  38.03 
 
 
264 aa  42.7  0.003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1291  XRE family transcriptional regulator  30.7 
 
 
184 aa  42.7  0.003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0600797  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1730  transcriptional regulator, XRE family  46 
 
 
184 aa  42.7  0.003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1061  XRE family transcriptional regulator  34.48 
 
 
155 aa  42.7  0.003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.161431  normal  0.803902 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00074  DNA-binding protein  35.71 
 
 
101 aa  42.4  0.004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1627  transcriptional regulator, XRE family  37.04 
 
 
133 aa  42.7  0.004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0696983 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1232  XRE family transcriptional regulator  32.88 
 
 
126 aa  42.4  0.004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.236768  normal  0.265611 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0447  transcriptional regulator, XRE family  34.48 
 
 
139 aa  42.4  0.004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0008  XRE family transcriptional regulator  35.19 
 
 
107 aa  42.4  0.004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000363546  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0935  hypothetical protein  41.18 
 
 
143 aa  42.4  0.004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3113  transcriptional regulator  24.53 
 
 
374 aa  42.7  0.004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.694615  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3019  DNA-binding protein; transcriptional regulator  23.58 
 
 
374 aa  42.4  0.004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.28018  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0591  XRE family transcriptional regulator  29.58 
 
 
113 aa  42.4  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3326  DNA-binding protein  24.74 
 
 
374 aa  42  0.006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1953  helix-turn-helix domain-containing protein  35.19 
 
 
102 aa  42  0.006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0051  XRE family transcriptional regulator  30.51 
 
 
138 aa  41.6  0.006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4444  XRE family transcriptional regulator  31.31 
 
 
109 aa  41.6  0.006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2219  helix-turn-helix domain-containing protein  43.4 
 
 
146 aa  42  0.006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0641  transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 
806 aa  41.6  0.007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3347  DNA-binding protein  23.58 
 
 
374 aa  41.6  0.008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4068  XRE family transcriptional regulator  38.98 
 
 
432 aa  41.2  0.008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.231317 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2292  XRE family transcriptional regulator  32.08 
 
 
127 aa  41.2  0.008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.625502 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2296  XRE family transcriptional regulator  32.08 
 
 
127 aa  41.2  0.008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.488898  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2300  XRE family transcriptional regulator  32.08 
 
 
127 aa  41.2  0.008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1626  putative phage repressor  41.18 
 
 
244 aa  41.2  0.008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2304  XRE family transcriptional regulator  32.08 
 
 
127 aa  41.2  0.008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  35.48 
 
 
252 aa  41.6  0.008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1331  protein of unknown function DUF955  40.43 
 
 
401 aa  41.6  0.008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  unclonable  1.96734e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0857  transcriptional regulator, putative  38.46 
 
 
74 aa  41.2  0.009  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.97317e-06 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3349  DNA-binding protein  23.58 
 
 
374 aa  41.2  0.009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.166445  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0617  hypothetical protein  35.48 
 
 
71 aa  41.2  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.455371  hitchhiker  2.89495e-06 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6166  hypothetical protein  52.94 
 
 
64 aa  41.2  0.009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0540  XRE family transcriptional regulator  27.69 
 
 
120 aa  41.2  0.01  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0019  XRE family transcriptional regulator  31.03 
 
 
139 aa  41.2  0.01  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0558597 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1892  XRE family transcriptional regulator  27.69 
 
 
120 aa  41.2  0.01  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1815  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  40.3 
 
 
207 aa  41.2  0.01  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.50082  hitchhiker  0.00327746 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0675  XRE family transcriptional regulator  27.69 
 
 
120 aa  41.2  0.01  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00325967 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>