More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nmul_A0025 on replicon NC_007614
Organism: Nitrosospira multiformis ATCC 25196



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007614  Nmul_A0025  TraR/DksA family transcriptional regulator  100 
 
 
131 aa  268  2e-71  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.795475  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1557  hypothetical protein  42.64 
 
 
132 aa  117  6e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.406104  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2311  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  43.51 
 
 
131 aa  110  7.000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3077  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  41.98 
 
 
131 aa  106  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2024  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  41.98 
 
 
131 aa  106  1e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.812974  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3205  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  41.98 
 
 
131 aa  106  1e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1419  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  41.98 
 
 
131 aa  106  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.597542  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1334  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  41.98 
 
 
131 aa  106  1e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3299  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.4 
 
 
130 aa  100  6e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.322172  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1799  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.3 
 
 
130 aa  100  6e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.392784 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4148  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.4 
 
 
130 aa  100  6e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0078373  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4218  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.4 
 
 
130 aa  100  6e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.419171  normal  0.270154 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2675  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.69 
 
 
132 aa  100  7e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.242775  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1047  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  43.12 
 
 
117 aa  98.2  3e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2314  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  45.36 
 
 
105 aa  96.3  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2010  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  40.68 
 
 
135 aa  95.1  3e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4387  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.84 
 
 
256 aa  95.1  3e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4116  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.96 
 
 
130 aa  92  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3641  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.96 
 
 
130 aa  92  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0693  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.75 
 
 
130 aa  68.6  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0100  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.21 
 
 
130 aa  68.2  0.00000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1727  dnaK suppressor, putative  36.21 
 
 
130 aa  67.8  0.00000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0447582  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0780  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
147 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00166659  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1290  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.03 
 
 
130 aa  64.3  0.0000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1023  DnaK suppressor protein  32.23 
 
 
136 aa  63.9  0.0000000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0685  RNA polymerase-binding transcription factor  33.06 
 
 
151 aa  63.5  0.0000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0013378  normal  0.581791 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00144  DNA-binding transcriptional regulator of rRNA transcription, DnaK suppressor protein  33.06 
 
 
151 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000255742  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3457  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.06 
 
 
151 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000224053  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0220  RNA polymerase-binding transcription factor  33.06 
 
 
151 aa  63.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000337551  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0202  RNA polymerase-binding transcription factor  33.06 
 
 
151 aa  63.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.210967  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2286  hypothetical protein  31.62 
 
 
143 aa  63.5  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2259  hypothetical protein  31.62 
 
 
143 aa  63.5  0.000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0154  RNA polymerase-binding transcription factor  33.06 
 
 
151 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0031107  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3514  RNA polymerase-binding transcription factor  33.06 
 
 
151 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000935377  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0148  RNA polymerase-binding transcription factor  33.06 
 
 
151 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000273463  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0203  RNA polymerase-binding transcription factor  33.06 
 
 
151 aa  63.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.292031  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3129  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.63 
 
 
147 aa  63.2  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000056681  normal  0.0353439 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0214  RNA polymerase-binding transcription factor  33.06 
 
 
151 aa  63.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.748319  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0156  RNA polymerase-binding transcription factor  33.06 
 
 
151 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000187582  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00143  hypothetical protein  33.06 
 
 
151 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000224196  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0149  RNA polymerase-binding transcription factor  33.06 
 
 
151 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000131318  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0218  RNA polymerase-binding transcription factor  33.06 
 
 
151 aa  63.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.236664  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0136  RNA polymerase-binding transcription factor  33.06 
 
 
151 aa  63.2  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000300013  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0874  DnaK suppressor protein  32.46 
 
 
147 aa  62.8  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3487  dnaK suppressor protein, putative  35.71 
 
 
134 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.623059  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3262  dnaK suppressor protein, putative  35.71 
 
 
134 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.96 
 
 
115 aa  62.4  0.000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0884  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.46 
 
 
147 aa  62.8  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000326518  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0872  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.46 
 
 
147 aa  62.8  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000169398  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0849  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.46 
 
 
147 aa  62.8  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000107681  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0730  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.46 
 
 
147 aa  62.8  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000697807  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3292  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.46 
 
 
147 aa  62.8  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000329302  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3490  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.46 
 
 
147 aa  62.8  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000869556  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3985  RNA polymerase-binding transcription factor  32.48 
 
 
151 aa  62.4  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000239354  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3128  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.46 
 
 
147 aa  62.8  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000188351  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4306  DnaK suppressor protein  33.04 
 
 
148 aa  62  0.000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03545  putative DnaK suppressor protein  33.61 
 
 
152 aa  61.6  0.000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000789924  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3404  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.46 
 
 
147 aa  61.6  0.000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000437132  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0939  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.25 
 
 
118 aa  62  0.000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1171  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.2 
 
 
116 aa  62  0.000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0698  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.62 
 
 
147 aa  61.6  0.000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000370209  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1204  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.12 
 
 
134 aa  62  0.000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.418656  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.33 
 
 
126 aa  61.6  0.000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0534  zinc finger DksA/TraR C4-type  29.91 
 
 
119 aa  61.2  0.000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000781364  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3338  RNA polymerase-binding transcription factor  33.33 
 
 
151 aa  60.8  0.000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000258197  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0114  RNA polymerase-binding protein DksA  32.48 
 
 
147 aa  60.8  0.000000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000001721  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3798  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.58 
 
 
147 aa  60.8  0.000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000388201  hitchhiker  0.00000322165 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3468  RNA polymerase-binding transcription factor  33.33 
 
 
151 aa  60.8  0.000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312993  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2396  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.51 
 
 
130 aa  60.5  0.000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0818179  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1005  RNA polymerase-binding transcription factor  32.74 
 
 
182 aa  60.5  0.000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000132792  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3937  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.77 
 
 
149 aa  60.5  0.000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000139541  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0276  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.77 
 
 
143 aa  60.5  0.000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3899  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.58 
 
 
147 aa  60.1  0.000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000283088  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2088  C4 zinc finger domain-containing protein  33.33 
 
 
119 aa  60.5  0.000000009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000002511  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4563  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.89 
 
 
120 aa  60.1  0.000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.258431 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4430  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.89 
 
 
120 aa  60.1  0.000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0517  DnaK suppressor protein  30.97 
 
 
143 aa  59.7  0.00000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1632  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.36 
 
 
114 aa  60.1  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.727995  normal  0.338245 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3170  RNA polymerase-binding, DksA  31.58 
 
 
147 aa  60.1  0.00000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000043315  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0741  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.43 
 
 
147 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000053151 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2220  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  30.33 
 
 
134 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1511  hypothetical protein  36 
 
 
122 aa  58.9  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3327  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.4 
 
 
134 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1823  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.82 
 
 
130 aa  58.9  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00591197 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3519  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.33 
 
 
154 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.370686  normal  0.0696704 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0995  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.62 
 
 
144 aa  58.9  0.00000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1032  RNA polymerase-binding transcription factor  31.62 
 
 
151 aa  58.5  0.00000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0218805  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0584  RNA polymerase-binding dnaK suppressor protein DksA  30.09 
 
 
148 aa  58.5  0.00000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2819  RNA polymerase-binding transcription factor  31.62 
 
 
151 aa  58.2  0.00000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.02941  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2068  DnaK suppressor protein  31.93 
 
 
149 aa  58.2  0.00000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.0000191774  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1083  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.77 
 
 
120 aa  57.8  0.00000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.700451 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1844  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.51 
 
 
134 aa  57.8  0.00000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0449164  normal  0.0842967 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1063  DnaK suppressor protein  32.76 
 
 
127 aa  57.4  0.00000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00483953  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3276  transcriptional regulators, TraR/DksA family protein  32.08 
 
 
147 aa  57.4  0.00000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000078623  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0127  dnaK suppressor protein  30.09 
 
 
148 aa  57  0.00000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000295735  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1158  hypothetical protein  39.66 
 
 
124 aa  57  0.00000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0535  DnaK suppressor protein  27.19 
 
 
117 aa  57  0.00000009  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4693  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  33.33 
 
 
148 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000772708 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22970  RNA polymerase-binding DksA like protein  32 
 
 
134 aa  56.6  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0674  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.82 
 
 
146 aa  56.6  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>