111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nmar_1113 on replicon NC_010085
Organism: Nitrosopumilus maritimus SCM1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010085  Nmar_1113  hypothetical protein  100 
 
 
321 aa  669    Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.704257 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0057  putative mRNA 3'-end processing factor  30.07 
 
 
330 aa  135  8e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.251824 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0055  putative mRNA 3'-end processing factor  28.95 
 
 
330 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0072  putative mRNA 3'-end processing factor  28.94 
 
 
330 aa  125  8.000000000000001e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0060  putative mRNA 3'-end processing factor  28.62 
 
 
330 aa  125  9e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1754  RNA procession exonuclease-like protein  30.19 
 
 
351 aa  120  3.9999999999999996e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  26.18 
 
 
1017 aa  115  1.0000000000000001e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2561  putative mRNA 3-end processing factor  25.69 
 
 
332 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0973  putative mRNA 3-end processing factor  27.79 
 
 
314 aa  109  8.000000000000001e-23  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.289039 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0621  beta-lactamase domain-containing protein  27.3 
 
 
317 aa  105  1e-21  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3978  RNA procession exonuclease-like protein  26.92 
 
 
371 aa  104  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.107304  normal  0.652273 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02275  hypothetical protein  28.16 
 
 
347 aa  103  5e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0289  putative mRNA 3-end processing factor  29.33 
 
 
337 aa  102  1e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.640549 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1582  RNA procession exonuclease-like protein  24.77 
 
 
332 aa  102  1e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3523  RNA procession exonuclease  27.73 
 
 
349 aa  101  2e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1313  beta-lactamase domain-containing protein  25.23 
 
 
315 aa  101  2e-20  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.143027  normal  0.259963 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2916  mRNA 3'-end processing factor  25.98 
 
 
362 aa  100  3e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00669  RNA procession exonuclease-like protein  26.89 
 
 
338 aa  100  3e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3043  putative mRNA 3-end processing factor  25.23 
 
 
346 aa  99.4  7e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0285628  normal  0.582199 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1135  RNA procession exonuclease-like protein  27.25 
 
 
338 aa  99.4  8e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775803  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0310  putative mRNA 3-end processing factor  27.98 
 
 
366 aa  97.8  2e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.169646 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0734  hypothetical protein  27.41 
 
 
328 aa  97.4  3e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.536853  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6856  hypothetical protein  25.62 
 
 
340 aa  96.7  4e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.166328 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4134  hypothetical protein  25.78 
 
 
348 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2959  mRNA 3'-end processing factor  24.54 
 
 
332 aa  95.1  1e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.624115  hitchhiker  0.0000489273 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3335  RNA procession exonuclease  26.77 
 
 
383 aa  95.1  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1883  putative mRNA 3-end processing factor  26.15 
 
 
327 aa  94.7  2e-18  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.115808  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1540  putative mRNA 3-end processing factor  25.6 
 
 
345 aa  94.4  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0305  putative mRNA 3-end processing factor  27.57 
 
 
366 aa  94.7  2e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3872  hypothetical protein  26.09 
 
 
348 aa  94  3e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2665  putative mRNA 3-end processing factor  25.23 
 
 
335 aa  94  3e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.14848 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0374  putative mRNA 3-end processing factor  27.16 
 
 
371 aa  94  3e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1146  RNA procession exonuclease-like protein  25 
 
 
338 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.39024 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1212  hypothetical protein  26.15 
 
 
344 aa  93.6  5e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.766488 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0788  putative mRNA 3-end processing factor  27.44 
 
 
317 aa  92.8  7e-18  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4306  RNA procession exonuclease-like protein  25 
 
 
338 aa  92.8  7e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07841  RNA processing exonuclease  26.48 
 
 
328 aa  92.4  9e-18  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.160717  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4860  putative mRNA 3-end processing factor  25.62 
 
 
375 aa  92.4  9e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1042  exonuclease  23.71 
 
 
328 aa  92  1e-17  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.251284  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2196  RNA procession exonuclease-like protein  26.15 
 
 
335 aa  92  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.260801  hitchhiker  0.00381998 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1106  RNA processing exonuclease  26.04 
 
 
338 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.599734 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1043  putative mRNA 3-end processing factor  25.47 
 
 
319 aa  90.9  3e-17  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0008566 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3560  putative mRNA 3-end processing factor  25.53 
 
 
352 aa  90.5  3e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.146642  normal  0.26456 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08581  RNA processing exonuclease  27.08 
 
 
330 aa  90.1  4e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0814782  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07841  beta-lactamase fold exonuclease  26.48 
 
 
328 aa  90.5  4e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.110589  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1612  RNA procession exonuclease-like protein  27.06 
 
 
354 aa  90.5  4e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3431  putative mRNA 3-end processing factor  25.15 
 
 
352 aa  90.1  4e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.194998  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3236  putative mRNA 3-end processing factor  25.38 
 
 
352 aa  89.7  6e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1460  exonuclease involved in mRNA processing  23.85 
 
 
328 aa  89.4  7e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.562175  normal  0.133127 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01738  mRNA 3'-end processing factor  24.54 
 
 
340 aa  89  1e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3896  hypothetical protein  26.06 
 
 
368 aa  87.8  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170406  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0067  putative mRNA 3-end processing factor  25.33 
 
 
357 aa  87.8  2e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0629  putative mRNA 3-end processing factor  25 
 
 
365 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  decreased coverage  0.00579405 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0260  putative mRNA 3-end processing factor  24.77 
 
 
344 aa  87.4  3e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00946134 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3692  putative mRNA 3-end processing factor  24.55 
 
 
351 aa  87  4e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1072  putative mRNA 3-end processing factor  24.47 
 
 
344 aa  87  4e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0686869 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0799  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  25.16 
 
 
348 aa  85.5  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187593  normal  0.0112138 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5293  putative exonuclease involved in mRNA processing  25.23 
 
 
382 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0913  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  26.14 
 
 
336 aa  84.7  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.228952 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0031  putative mRNA 3-end processing factor  24.44 
 
 
334 aa  84  0.000000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.321442  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0801  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  25.71 
 
 
336 aa  83.2  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.157265 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0150  exonuclease of the beta-lactamase fold involved in RNA processing-like protein  25.83 
 
 
355 aa  82.8  0.000000000000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1314  putative exonuclease involved in mRNA processing  25 
 
 
383 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0772701  normal  0.174474 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0794  putative mRNA 3-end processing factor  25.5 
 
 
349 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.682803 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0411  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  25.44 
 
 
329 aa  82  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.894409 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2803  putative mRNA 3-end processing factor  24.71 
 
 
338 aa  82.4  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.196277 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0552  hypothetical protein  25.3 
 
 
347 aa  81.6  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6008  hypothetical protein  24.48 
 
 
337 aa  81.3  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0871  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  25.25 
 
 
348 aa  80.1  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0130781  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2414  hypothetical protein  23.51 
 
 
383 aa  80.1  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1077  putative mRNA 3-end processing factor  23.51 
 
 
383 aa  80.1  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4896  putative mRNA 3-end processing factor  24.17 
 
 
335 aa  80.1  0.00000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2587  hypothetical protein  23.28 
 
 
342 aa  79.7  0.00000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00136385 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1519  hypothetical protein  24.54 
 
 
340 aa  79.3  0.00000000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.244581 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4616  putative mRNA 3-end processing factor  24.51 
 
 
351 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0461  hypothetical protein  25.41 
 
 
390 aa  77.4  0.0000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4043  putative mRNA 3-end processing factor  22.75 
 
 
337 aa  77  0.0000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0750  putative mRNA 3-end processing factor  24.18 
 
 
356 aa  74.3  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1471  putative mRNA 3-end processing factor  22.12 
 
 
348 aa  73.6  0.000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4681  putative exonuclease involved in mRNA processing  23.12 
 
 
350 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.388572  normal  0.0823984 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1568  RNA procession exonuclease-like protein  22.74 
 
 
358 aa  72.4  0.000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.359999 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1169  conserved hypothetical protein  24.59 
 
 
328 aa  69.7  0.00000000006  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.561924  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0149  RNA procession exonuclease-like protein  23 
 
 
327 aa  67.8  0.0000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.0104249 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1406  RNA procession exonuclease-like protein  23.31 
 
 
313 aa  65.1  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0847473 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1047  beta-lactamase domain-containing protein  27.32 
 
 
426 aa  56.2  0.0000008  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1292  beta-lactamase domain-containing protein  23.29 
 
 
422 aa  54.7  0.000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.358627  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0197  beta-lactamase domain-containing protein  25.85 
 
 
422 aa  54.3  0.000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.904798  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_40815  predicted protein  27.04 
 
 
182 aa  53.9  0.000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0533421  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0626  beta-lactamase domain-containing protein  22.83 
 
 
422 aa  52.4  0.000009  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0882  beta-lactamase domain-containing protein  26.39 
 
 
635 aa  51.6  0.00002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.28665  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1572  beta-lactamase domain-containing protein  26.39 
 
 
635 aa  50.8  0.00003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.342192  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2687  beta-lactamase domain protein  22.93 
 
 
591 aa  50.1  0.00005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0019  beta-lactamase-like protein  31.82 
 
 
813 aa  50.1  0.00006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1883  beta-lactamase domain protein  26.62 
 
 
456 aa  49.7  0.00007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1721  beta-lactamase domain-containing protein  25.69 
 
 
635 aa  49.3  0.00008  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.959276 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0190  beta-lactamase domain-containing protein  25.69 
 
 
635 aa  49.3  0.00008  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1727  beta-lactamase domain-containing protein  20.6 
 
 
646 aa  48.9  0.0001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0637994 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0930  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  23.74 
 
 
410 aa  47.8  0.0002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2308  hypothetical protein  24.59 
 
 
339 aa  47  0.0004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.146289  normal  0.484856 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0122  KH-domain/beta-lactamase-domain protein  23.31 
 
 
647 aa  46.2  0.0007  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>