40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nmar_0349 on replicon NC_010085
Organism: Nitrosopumilus maritimus SCM1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010085  Nmar_0349  like-Sm ribonucleoprotein core  100 
 
 		 80 aa  159  1e-38  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0232  small nuclear ribonucleoprotein  40 
 
 		 71 aa  62.4  0.000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.317695  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0421  like-Sm ribonucleoprotein, core  34.29 
 
 		 73 aa  59.7  0.00000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2251  like-Sm ribonucleoprotein, core  39.44 
 
 		 75 aa  58.9  0.00000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.133876 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3500  small nuclear ribonucleoprotein  40.85 
 
 		 72 aa  58.9  0.00000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0690135  normal  0.488094 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0221  like-Sm ribonucleoprotein core  40 
 
 		 78 aa  57.8  0.00000005  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1529  like-Sm ribonucleoprotein core  39.19 
 
 		 79 aa  57.4  0.00000007  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0290  like-Sm ribonucleoprotein core  49.09 
 
 		 71 aa  57  0.00000008  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3059  like-Sm ribonucleoprotein, core  38.89 
 
 		 80 aa  56.2  0.0000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1814  Like-Sm ribonucleoprotein core  36.62 
 
 		 76 aa  56.2  0.0000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0396  Like-Sm ribonucleoprotein core  38.89 
 
 		 75 aa  53.9  0.0000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0297604 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0041  like-Sm ribonucleoprotein, core  36.36 
 
 		 80 aa  51.6  0.000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.444041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0149  hypothetical protein  37.04 
 
 		 75 aa  51.2  0.000005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  decreased coverage  0.00289239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2141  LSM family small nuclear ribonucleoprotein  38.71 
 
 		 80 aa  50.8  0.000006  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0093  like-Sm ribonucleoprotein, core  36.67 
 
 		 76 aa  50.4  0.000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0038  like-Sm ribonucleoprotein core  35.06 
 
 		 80 aa  50.4  0.000008  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.00385043 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2181  small nuclear ribonucleoprotein  40 
 
 		 72 aa  50.1  0.000009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0470  like-Sm ribonucleoprotein core  46.43 
 
 		 72 aa  50.1  0.00001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.31317  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1081  like-Sm ribonucleoprotein, core  35.06 
 
 		 80 aa  49.7  0.00001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.555399  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0398  like-Sm ribonucleoprotein core  46.43 
 
 		 72 aa  48.9  0.00002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1521  like-Sm ribonucleoprotein core  46.43 
 
 		 72 aa  48.9  0.00002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0711074  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0437  like-Sm ribonucleoprotein, core  46.43 
 
 		 72 aa  48.9  0.00002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0230  like-Sm ribonucleoprotein, core  33.33 
 
 		 75 aa  48.5  0.00003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.299461  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0086  like-Sm ribonucleoprotein core  36.62 
 
 		 81 aa  45.1  0.0003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.514735 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0653  Like-Sm ribonucleoprotein core  32.81 
 
 		 72 aa  45.1  0.0003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1391  Like-Sm ribonucleoprotein core  36.36 
 
 		 75 aa  45.4  0.0003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.219632  n/a   
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_29422  predicted protein  35.44 
 
 		 87 aa  44.7  0.0005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  hitchhiker  0.00200613 
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_27053  predicted protein  32.79 
 
 		 72 aa  44.7  0.0005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0249018  hitchhiker  0.000208851 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0230  like-Sm ribonucleoprotein, core  36.36 
 
 		 87 aa  43.9  0.0006  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.00778138 
 
 
-
 
NC_006684  CNB03050  pre-mRNA splicing factor, putative  35.94 
 
 		 111 aa  43.9  0.0008  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.03026  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_54497  predicted protein  39.13 
 
 		 147 aa  43.1  0.001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.142266  normal  0.642668 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1181  Like-Sm ribonucleoprotein core  35.94 
 
 		 87 aa  43.5  0.001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  decreased coverage  0.00764274  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1974  like-Sm ribonucleoprotein core  33.85 
 
 		 86 aa  42.4  0.002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.470211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0866  like-Sm ribonucleoprotein core  34.38 
 
 		 86 aa  42  0.003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0692  like-Sm ribonucleoprotein, core  32.31 
 
 		 86 aa  42  0.003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.22559 
 
 
-
 
NC_006679  CNJ03360  hypothetical protein  28.81 
 
 		 71 aa  42  0.003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.389414  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06735  small nuclear ribonucleoprotein SmE, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G05980)  39.13 
 
 		 94 aa  40.8  0.006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.182783 
 
 
-
 
NC_006686  CND03220  mRNA processing-related protein, putative  41.07 
 
 		 87 aa  40.8  0.006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_20588  predicted protein  36.84 
 
 		 87 aa  40.8  0.006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.961827  n/a   
 
 
-
 
NC_006683  CNN01500  u6 snRNA-associated sm-like protein lsm6, putative  36.36 
 
 		 88 aa  40  0.01  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.919907  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>