More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nmar_0347 on replicon NC_010085
Organism: Nitrosopumilus maritimus SCM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
BN001306  ANIA_09120  DNA-directed RNA polymerase Fragment (EC 2.7.7.6) [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q9UV95]  35.22 
 
 
1252 aa  755    Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.596222  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00321  DNA-directed RNA polymerase III, beta subunit, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G02460)  35.66 
 
 
1225 aa  700    Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0578929  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1204  DNA-directed RNA polymerase subunit B  49.69 
 
 
1124 aa  1133    Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.074104  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_13673  predicted protein  38.57 
 
 
1174 aa  807    Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.320085  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND03540  DNA-dependent RNA polymerase II RPB140, putative  35.23 
 
 
1193 aa  721    Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.85133  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI00420  DNA-directed RNA polymerase, putative  33.69 
 
 
1129 aa  644    Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3693  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  49.09 
 
 
604 aa  636    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.256816 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0449  DNA-directed RNA polymerase subunit B  46.33 
 
 
1131 aa  1021    Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  unclonable  0.00000490732  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2321  DNA-directed RNA polymerase subunit B  46.2 
 
 
1127 aa  1017    Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.388752  hitchhiker  0.000074653 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_39835  predicted protein  35.97 
 
 
1146 aa  719    Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.695228  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0790  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  49.35 
 
 
611 aa  640    Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_11441  predicted protein  36.74 
 
 
1212 aa  758    Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.41683  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_54289  predicted protein  34.5 
 
 
1211 aa  668    Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2091  DNA-directed RNA polymerase subunit B  46.93 
 
 
1127 aa  1029    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1091  DNA-directed RNA polymerase subunit B  44.7 
 
 
1201 aa  962    Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00610767  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0028  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  49.51 
 
 
604 aa  637    Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.274287  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0286  DNA-directed RNA polymerase subunit B  49.11 
 
 
1130 aa  1117    Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0347  DNA-directed RNA polymerase subunit B  100 
 
 
1115 aa  2301    Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0033  DNA-directed RNA polymerase subunit B  50.13 
 
 
1124 aa  1157    Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.0000339757  normal  0.0488457 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0703  DNA-directed RNA polymerase subunit B  45.93 
 
 
1127 aa  1021    Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.347908  decreased coverage  0.0027158 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1963  DNA-directed RNA polymerase subunit B  45.66 
 
 
1127 aa  1013    Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_34146  DNA-dependent RNA polymerase II  37.05 
 
 
1232 aa  777    Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.19062  normal 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_87381  DNA-directed RNA polymerase III  36.38 
 
 
1155 aa  702    Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.200295  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2160  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  49.5 
 
 
604 aa  635  1e-180  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0554265  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0672  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  48.77 
 
 
611 aa  633  1e-180  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1311  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  48.29 
 
 
611 aa  635  1e-180  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0216  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  48.45 
 
 
611 aa  634  1e-180  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0607  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  48.29 
 
 
611 aa  632  1e-179  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1933  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  49.83 
 
 
604 aa  632  1e-179  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0514  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  48.85 
 
 
608 aa  623  1e-177  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0783  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  48.68 
 
 
608 aa  619  1e-176  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0299  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  48.18 
 
 
604 aa  616  1e-175  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0352  DNA-directed RNA polymerase subunit B  48.11 
 
 
609 aa  617  1e-175  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0313  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  48.18 
 
 
604 aa  616  1e-175  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2151  DNA-directed RNA polymerase subunit B  48.26 
 
 
609 aa  612  1e-173  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0051  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  48.18 
 
 
606 aa  608  9.999999999999999e-173  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.620898 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0106  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  47.7 
 
 
609 aa  598  1e-169  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.49863  normal  0.536815 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1162  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  45.17 
 
 
637 aa  598  1e-169  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.595392 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1178  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  48.27 
 
 
604 aa  595  1e-168  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000367699  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1312  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  45.51 
 
 
499 aa  427  1e-118  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1179  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  47.38 
 
 
542 aa  429  1e-118  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0671  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  45.73 
 
 
499 aa  427  1e-118  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0217  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  45.31 
 
 
499 aa  427  1e-118  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.408076  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0606  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  45.31 
 
 
499 aa  426  1e-117  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2150  RNA polymerase beta subunit  45.55 
 
 
526 aa  419  9.999999999999999e-116  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0351  RNA polymerase beta subunit  45.6 
 
 
524 aa  416  1e-114  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0027  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  45.42 
 
 
496 aa  415  1e-114  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.483388  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0515  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  44.4 
 
 
520 aa  411  1e-113  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0784  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  44.14 
 
 
521 aa  413  1e-113  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0791  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  43.03 
 
 
510 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3694  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  46.11 
 
 
531 aa  406  1e-111  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.507465 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0107  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  44.29 
 
 
521 aa  403  1e-111  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.397905  normal  0.532786 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0312  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  43.4 
 
 
513 aa  402  9.999999999999999e-111  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0298  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  43.4 
 
 
513 aa  402  9.999999999999999e-111  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.992089  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0050  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  42.86 
 
 
518 aa  398  1e-109  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.620898 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2159  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  42.74 
 
 
503 aa  394  1e-108  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.34527  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1163  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  41.78 
 
 
516 aa  394  1e-108  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.552918 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1934  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  42.03 
 
 
522 aa  387  1e-106  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006691  CNF04080  DNA-directed RNA polymerase i polypeptide 2, putative  27.54 
 
 
1193 aa  384  1e-105  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0866247  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03933  DNA-directed RNA polymerase I subunit beta (Rpa2), putative (AFU_orthologue; AFUA_6G08300)  27.77 
 
 
1231 aa  374  1e-102  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119522  DNA-directed RNA polymerase I polypeptide 2  29.15 
 
 
1145 aa  367  1e-100  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.050944  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_77977  DNA-directed RNA polymerase I  29.07 
 
 
1167 aa  367  1e-100  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.481222 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9235  predicted protein  27.63 
 
 
1147 aa  345  4e-93  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1532  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  26.32 
 
 
1126 aa  299  2e-79  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0244  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.34 
 
 
1217 aa  289  2e-76  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2707  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25 
 
 
1227 aa  283  9e-75  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.608751  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1265  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.38 
 
 
1229 aa  280  1e-73  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00716616 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0974  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  25.13 
 
 
1070 aa  278  3e-73  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.000799261  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1598  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  24.94 
 
 
1245 aa  277  8e-73  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0310456  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6057  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.77 
 
 
1141 aa  263  1e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.492439 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0636  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  29.47 
 
 
1152 aa  262  2e-68  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1138  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  24.89 
 
 
1168 aa  259  1e-67  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5097  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.08 
 
 
1174 aa  259  2e-67  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0605321 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0573  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.03 
 
 
1141 aa  258  3e-67  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6627  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.13 
 
 
1160 aa  258  4e-67  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.357912  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0753  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  25.8 
 
 
1170 aa  256  2.0000000000000002e-66  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0543  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.99 
 
 
1155 aa  256  2.0000000000000002e-66  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.174564  normal  0.14479 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2724  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  28.5 
 
 
1250 aa  256  2.0000000000000002e-66  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.280863  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1257  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.04 
 
 
1161 aa  254  5.000000000000001e-66  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.568598 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2654  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.74 
 
 
1155 aa  254  8.000000000000001e-66  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.679256  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0299  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.4 
 
 
1169 aa  254  9.000000000000001e-66  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.289387 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1079  DNA-directed RNA polymerase  25.98 
 
 
1155 aa  252  3e-65  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.715503  normal  0.276189 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_16761  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.38 
 
 
1097 aa  248  4e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1578  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.3 
 
 
1097 aa  248  4.9999999999999997e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.702205  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4325  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.13 
 
 
1143 aa  246  1.9999999999999999e-63  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.716075  normal  0.0767673 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0284  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  27.96 
 
 
1212 aa  246  1.9999999999999999e-63  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000140323 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf212  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  28.18 
 
 
1197 aa  245  3e-63  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1192  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  28.08 
 
 
1201 aa  243  2e-62  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0355  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  26.75 
 
 
1187 aa  240  1e-61  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2067  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.17 
 
 
1097 aa  238  4e-61  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.883429  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0804  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  34.06 
 
 
1228 aa  219  2e-55  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0442499  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01090  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  34.77 
 
 
1090 aa  214  7.999999999999999e-54  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000929297  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0414  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  34.06 
 
 
1115 aa  213  1e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0178041  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1825  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  29.77 
 
 
1202 aa  212  3e-53  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0186  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  34.45 
 
 
1174 aa  211  4e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.648806 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0160  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  35.27 
 
 
1191 aa  211  7e-53  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2719  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  35.18 
 
 
1176 aa  210  9e-53  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1375  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit/140 kD subunit  32.51 
 
 
1197 aa  210  1e-52  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0821  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  33.77 
 
 
1125 aa  209  2e-52  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.264809 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1958  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  34.01 
 
 
1173 aa  208  4e-52  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>