More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nmar_0087 on replicon NC_010085
Organism: Nitrosopumilus maritimus SCM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010085  Nmar_0087  RecA/RadA recombinase-like protein  100 
 
 
217 aa  434  1e-121  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.439691 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0430  DNA repair and recombination protein RadA  35.71 
 
 
324 aa  92.8  4e-18  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_33041  predicted protein  27.62 
 
 
343 aa  91.3  1e-17  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.0526282 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0926  DNA repair and recombination protein RadB  27.27 
 
 
221 aa  87.4  1e-16  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2081  DNA repair and recombination protein RadA  32.14 
 
 
332 aa  87  2e-16  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1039  DNA repair and recombination protein RadB  29.19 
 
 
243 aa  86.3  3e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0713  DNA repair and recombination protein RadA  33.33 
 
 
330 aa  86.3  3e-16  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.33185 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1953  DNA repair and recombination protein RadA  33.33 
 
 
330 aa  86.3  3e-16  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1226  DNA repair and recombination protein RadA  34.32 
 
 
324 aa  85.9  4e-16  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2310  DNA repair and recombination protein RadA  32.74 
 
 
333 aa  85.1  6e-16  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.469487  hitchhiker  0.00856648 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0885  DNA repair and recombination protein RadA  32.4 
 
 
322 aa  85.1  8e-16  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2033  DNA repair and recombination protein RadA  30.73 
 
 
325 aa  85.1  8e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.507845  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01237  UvsC protein [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:P78579]  31.55 
 
 
348 aa  83.2  3e-15  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.523208  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1017  DNA repair and recombination protein RadA  34.52 
 
 
358 aa  81.3  1e-14  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.103289  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0009  DNA repair and recombination protein RadA  30.77 
 
 
324 aa  79.3  4e-14  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.416037  normal  0.130845 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2338  DNA repair and recombination protein RadA  29.05 
 
 
325 aa  76.6  3e-13  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.901889  normal  0.0155582 
 
 
-
 
NC_006682  CNM01780  meiotic recombination-related protein, putative  28.16 
 
 
323 aa  76.6  3e-13  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.51774  n/a   
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_54533  Rad51 DNA recombination/repair protein  27.98 
 
 
350 aa  74.3  1e-12  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.724719  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2940  DNA repair and recombination protein RadA  26.97 
 
 
407 aa  74.3  1e-12  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00873973  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1118  DNA repair and recombination protein RadA  33.93 
 
 
358 aa  73.9  2e-12  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2099  DNA repair and recombination protein RadA  28.49 
 
 
325 aa  71.2  1e-11  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1386  DNA repair and recombination protein RadA  29.17 
 
 
388 aa  71.2  1e-11  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2123  DNA repair and recombination protein RadB  30.77 
 
 
225 aa  70.5  2e-11  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0637  DNA repair and recombination protein RadA  26.78 
 
 
329 aa  69.7  3e-11  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1918  DNA repair and recombination protein RadA  28.09 
 
 
324 aa  67.8  1e-10  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0537  DNA repair and recombination protein RadA  28.49 
 
 
322 aa  68.2  1e-10  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0040  DNA repair and recombination protein RadA  27.37 
 
 
327 aa  67.8  1e-10  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09092  meiotic recombination protein (Dmc1), putative (AFU_orthologue; AFUA_7G02200)  27.75 
 
 
658 aa  67  2e-10  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.515485  normal 
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_17346  predicted protein  24.62 
 
 
358 aa  66.6  3e-10  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.908819  normal  0.780808 
 
 
-
 
NC_006670  CNA06990  recombinase, putative  28.49 
 
 
365 aa  66.2  4e-10  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.108784  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0743  Rad51-like  27.57 
 
 
250 aa  65.1  8e-10  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0491  DNA repair and recombination protein RadB  28.14 
 
 
227 aa  63.9  2e-09  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0907  DNA repair and recombination protein RadB  27.33 
 
 
227 aa  63.5  2e-09  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0368  DNA repair and recombination protein RadA  26.11 
 
 
322 aa  62.8  4e-09  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0285  DNA repair and recombination protein RadB  35.04 
 
 
213 aa  62.4  5e-09  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.652849  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1273  DNA repair and recombination protein RadA  24.38 
 
 
348 aa  62  6e-09  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1450  DNA repair and recombination protein RadA  26.11 
 
 
322 aa  62  7e-09  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0942903  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0982  DNA repair and recombination protein RadA  25.7 
 
 
322 aa  62  7e-09  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0469  DNA repair and recombination protein RadA  26.11 
 
 
322 aa  61.6  8e-09  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2453  ATPase  28.3 
 
 
234 aa  61.6  1e-08  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.695737 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2159  DNA repair and recombination protein RadB  27.89 
 
 
224 aa  60.8  1e-08  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1831  DNA repair and recombination protein RadA  24.37 
 
 
343 aa  60.8  1e-08  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1023  Rad51-like  28.74 
 
 
315 aa  61.2  1e-08  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.973197  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1272  hypothetical protein  31.9 
 
 
224 aa  61.2  1e-08  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.998309 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2624  DNA repair and recombination protein RadA  24.37 
 
 
343 aa  60.5  2e-08  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.387482 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2158  DNA repair and recombination protein RadB  24.69 
 
 
235 aa  60.5  2e-08  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_17626  predicted protein  23.68 
 
 
358 aa  60.5  2e-08  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0870528  hitchhiker  0.00372316 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1786  DNA repair and recombination protein RadB  24.05 
 
 
235 aa  59.3  4e-08  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.729381  normal  0.0464986 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0211  DNA repair and recombination protein RadA  23.86 
 
 
343 aa  58.5  7e-08  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_50387  predicted protein  22.22 
 
 
351 aa  58.5  8e-08  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.142215  normal  0.0213314 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1396  Fis family transcriptional regulator  27.71 
 
 
312 aa  58.5  8e-08  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.358472  normal  0.485282 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1633  Rad51 domain-containing protein  25.9 
 
 
307 aa  57.4  2e-07  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.11008  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0486  Rad51-like protein  27.27 
 
 
311 aa  56.2  3e-07  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.100378  normal 
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_40092  Rad51 DNA recombination/repair protein  27.97 
 
 
456 aa  56.6  3e-07  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_58642  predicted protein  40.26 
 
 
541 aa  56.6  3e-07  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  hitchhiker  0.00988886  normal  0.20524 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0988  DNA repair and recombination protein RadB  30.32 
 
 
216 aa  55.8  5e-07  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0377224  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0226  putative circadian clock protein, KaiC  41.67 
 
 
267 aa  55.5  6e-07  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.728159  normal  0.358869 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1328  putative circadian clock protein, KaiC  45 
 
 
271 aa  55.5  6e-07  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1490  DNA repair and recombination protein RadB  30.82 
 
 
213 aa  55.5  6e-07  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.695224  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1640  DNA repair and recombination protein RadB  28.57 
 
 
215 aa  55.1  7e-07  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.301627  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0710  hypothetical protein  34.94 
 
 
277 aa  53.5  2e-06  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  1.27893e-06 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06728  conserved hypothetical protein  31.43 
 
 
366 aa  53.9  2e-06  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2002  recombinase A  28.66 
 
 
345 aa  53.1  3e-06  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  1.77298e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0219  putative circadian clock protein, KaiC  41.67 
 
 
267 aa  53.1  3e-06  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0360  recA protein  25 
 
 
339 aa  53.5  3e-06  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000245068  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0284  recombinase A  32.2 
 
 
418 aa  52.8  4e-06  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0864352  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0274  DNA repair and recombination protein RadB  27.27 
 
 
215 aa  52  6e-06  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.944285  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2398  recA protein  29.17 
 
 
428 aa  51.6  9e-06  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  1.38659e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3181  putative circadian clock protein, KaiC  45.45 
 
 
494 aa  50.8  1e-05  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_17589  predicted protein  28.21 
 
 
288 aa  51.2  1e-05  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0328752  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0530  recA protein  41.94 
 
 
327 aa  50.8  1e-05  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3956  recA protein  31.36 
 
 
384 aa  50.4  2e-05  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.544899  normal  0.165355 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0886  recA protein  23.05 
 
 
356 aa  50.4  2e-05  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1525  recA protein  23.4 
 
 
353 aa  50.8  2e-05  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  2.45316e-08  unclonable  4.38442e-19 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1162  recA protein  39.68 
 
 
356 aa  50.8  2e-05  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.501327  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2819  recombinase A  35.29 
 
 
366 aa  50.1  2e-05  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.737949  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1185  DNA repair and recombination protein RadA  22.28 
 
 
349 aa  50.4  2e-05  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3351  recA protein  29.66 
 
 
373 aa  50.1  2e-05  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.166109  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3948  recA protein  30.51 
 
 
384 aa  50.4  2e-05  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4001  recA protein  29.66 
 
 
373 aa  50.1  2e-05  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.627229  normal  0.688491 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0260  DNA repair and recombination protein RadB  23.56 
 
 
224 aa  49.7  3e-05  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.92433 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1109  recombinase A  45.59 
 
 
357 aa  49.7  3e-05  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0355  recA protein  29.66 
 
 
367 aa  50.1  3e-05  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3295  recombinase A  35 
 
 
358 aa  50.1  3e-05  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.303399  normal  0.877549 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1643  recombinase A  26.38 
 
 
355 aa  49.3  4e-05  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.883064  decreased coverage  6.02005e-12 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0466  recombinase A  35 
 
 
353 aa  49.7  4e-05  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0887  recombinase A  45.59 
 
 
357 aa  49.3  4e-05  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0671  recombinase A  35.83 
 
 
358 aa  49.7  4e-05  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.180955 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2429  DNA repair and recombination protein RadB  24.18 
 
 
226 aa  48.9  5e-05  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_54137  Rad51 DNA recombination/repair protein  37.84 
 
 
363 aa  49.3  5e-05  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1658  recA protein  41.27 
 
 
377 aa  49.3  5e-05  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  2.06716e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0924  DNA recombination protein, RecA  33.61 
 
 
342 aa  48.9  6e-05  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1179  DNA repair protein RadA  29.27 
 
 
457 aa  48.9  6e-05  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.595072 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1479  DNA repair protein RadA  27.16 
 
 
457 aa  48.9  6e-05  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0327327  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2179  recA protein  29.92 
 
 
347 aa  48.9  6e-05  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.385059  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0663  recA protein  26.06 
 
 
346 aa  48.9  6e-05  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1787  recombinase A  30.77 
 
 
348 aa  48.5  7e-05  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.744188  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0527  recombinase A  34.17 
 
 
353 aa  48.5  7e-05  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000554316  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4685  recA protein  30.51 
 
 
377 aa  48.5  8e-05  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  unclonable  2.54393e-08  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0597  recombinase A  31.03 
 
 
356 aa  48.5  8e-05  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.408398  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>