39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_R0031 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_R0031  tRNA-Cys  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.392405  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0027    94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.583398  normal  0.0425769 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0027  tRNA-Cys  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.925736  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0038  tRNA-Cys  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0042  tRNA-Cys  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.217311  normal  0.0105918 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA45  tRNA-Cys  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0044  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.373232 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0033  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0980795  normal  0.992488 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0054  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.762647 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0025  tRNA-Cys  88.06 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0023  tRNA-Cys  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0021  tRNA-Cys  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0937687 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0021  tRNA-Cys  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0020  tRNA-Cys  89.09 
 
 		 71 bp  61.9  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0037  tRNA-Cys  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0007  tRNA-Cys  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0068  tRNA-Cys  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.080231  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0063  tRNA-Cys  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0032  tRNA-Cys  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0454547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0034  tRNA-Cys  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0075  tRNA-Cys  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0077  tRNA-Cys  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.183947 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0077  tRNA-Cys  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.50271  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4584  tRNA-Cys  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0072  tRNA-Cys  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0582  tRNA-Cys  85.14 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0032  tRNA-Cys  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.392433  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt05  tRNA-Cys  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.238613  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0015  tRNA-Cys  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0022  tRNA-Cys  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0186532 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6040  tRNA-Cys  87.27 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt53  tRNA-Cys  94.29 
 
 		 71 bp  54  0.000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000393172 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0039  tRNA-Cys  87.27 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.00215479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0030  tRNA-Cys  87.27 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0034  tRNA-Cys  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000000528755  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna22  tRNA-Cys  88 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0017  tRNA-Cys  85.45 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.899409 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0535  tRNA-Cys  93.33 
 
 		 71 bp  44.1  0.004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0001  tRNA-Cys  82.43 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.536129 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>