144 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4656 on replicon NC_007961
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_2221  helicase, C-terminal  37.69 
 
 
1669 aa  866    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.332048 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2546  helicase, C-terminal  37.25 
 
 
1669 aa  866    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.26749 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9162  helicase SNF2 family  78.8 
 
 
1697 aa  2704    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4540  helicase domain protein  34.69 
 
 
1606 aa  750    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4295  helicase-like  34 
 
 
1726 aa  788    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4914  helicase  33.92 
 
 
1706 aa  735    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4476  helicase-like  73.46 
 
 
1703 aa  2521    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4656  N-6 DNA methylase  100 
 
 
1700 aa  3440    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4316  methyltransferase type 11  84.5 
 
 
1516 aa  2620    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4173  helicase domain-containing protein  34.37 
 
 
1575 aa  751    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a002  DNA methylase/helicase  31.17 
 
 
1934 aa  680    Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0978124  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4301  helicase, C-terminal  32.44 
 
 
1649 aa  752    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.182147 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1578  helicase domain-containing protein  37.9 
 
 
1642 aa  898    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.149983 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3177  helicase domain protein  34.02 
 
 
2077 aa  903    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0010  cpp14  31.61 
 
 
1932 aa  703    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0437256  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8083  helicase  76.11 
 
 
1211 aa  1781    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0239915  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0264  hypothetical protein  85.01 
 
 
1748 aa  2910    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4742  N-6 DNA methylase  75.84 
 
 
1702 aa  2615    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4893  DEAD-like helicase  87 
 
 
1417 aa  2444    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4973  helicase domain-containing protein  80.73 
 
 
1697 aa  2735    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.664795 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3732  helicase domain-containing protein  55.71 
 
 
1693 aa  1803    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.253895  normal  0.261793 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9541  helicase SNF2 family  78.11 
 
 
1701 aa  2652    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.398827  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1824  helicase domain protein  33.85 
 
 
2098 aa  773    Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5280  methyltransferase type 11  33.54 
 
 
1594 aa  614  9.999999999999999e-175  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  hitchhiker  0.00107926  unclonable  0.0024977 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8079  helicase SNF2 family  69.66 
 
 
470 aa  600  1e-170  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.48311  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4747  helicase domain-containing protein  35.14 
 
 
1925 aa  598  1e-169  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.099466  normal 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6722  Methyltransferase type 11  29.45 
 
 
1674 aa  540  9.999999999999999e-153  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0160  Cpp14  26.76 
 
 
2117 aa  531  1e-149  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.296407  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1280  SNF2 family protein  29.71 
 
 
2274 aa  499  1e-139  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.459246  n/a   
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4933  helicase domain protein  32.63 
 
 
1956 aa  457  1.0000000000000001e-126  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2730  helicase domain protein  32.45 
 
 
1722 aa  442  9.999999999999999e-123  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.52816  normal  0.452434 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4259  helicase domain-containing protein  29.2 
 
 
2570 aa  440  1e-121  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5796  helicase domain-containing protein  34.99 
 
 
976 aa  433  1e-119  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.00607211  hitchhiker  2.23463e-19 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0870  SNF2-related protein  32.56 
 
 
2005 aa  409  1.0000000000000001e-112  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6184  helicase domain protein  59.36 
 
 
284 aa  321  7e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0111751 
 
 
-
 
NC_002950  PG1500  hypothetical protein  30.93 
 
 
763 aa  232  4e-59  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00538454 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4314  adenine-specific DNA methylase-like protein  72.68 
 
 
246 aa  232  5e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.1972  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4475  helicase domain-containing protein  30.3 
 
 
761 aa  229  3e-58  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0387  putative DNA methylase  27.05 
 
 
766 aa  188  8e-46  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0847  hypothetical protein  26.06 
 
 
526 aa  131  1.0000000000000001e-28  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000203105 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7033  hypothetical protein  55.67 
 
 
97 aa  98.6  9e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3075  DEAD-like helicase  26.14 
 
 
1328 aa  93.6  3e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0796  hypothetical protein  29.7 
 
 
339 aa  87.8  0.000000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1466  SNF2 family helicase  22.1 
 
 
1379 aa  83.2  0.00000000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.942792  normal  0.0166873 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2349  hypothetical protein  28.75 
 
 
341 aa  83.2  0.00000000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0743518  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1570  hypothetical protein  28.33 
 
 
341 aa  81.6  0.0000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.447914  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3018  helicase domain-containing protein  31.91 
 
 
678 aa  77.4  0.000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1468  adenine-specific DNA methylase  30.39 
 
 
254 aa  69.3  0.0000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00771536 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5797  methyltransferase type 11  34.85 
 
 
577 aa  68.6  0.000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.295406  hitchhiker  4.23938e-17 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5353  helicase domain protein  37.93 
 
 
894 aa  65.5  0.000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.157102 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4142  N-6 DNA methylase  25.21 
 
 
503 aa  61.2  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1957  helicase domain-containing protein  27.64 
 
 
968 aa  60.5  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2648  helicase domain protein  33.61 
 
 
950 aa  59.3  0.0000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1544  helicase-like protein  26.46 
 
 
933 aa  58.9  0.0000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5420  helicase domain-containing protein  36.08 
 
 
1046 aa  58.5  0.0000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.795016 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0329  type I restriction-modification system methyltransferase subunit-like protein  32.91 
 
 
557 aa  57.4  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0461  helicase domain-containing protein  26.67 
 
 
986 aa  57.8  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.838477  unclonable  0.0000248811 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1826  hypothetical protein  23.77 
 
 
442 aa  56.2  0.000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1422  helicase domain protein  30.56 
 
 
958 aa  55.8  0.000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1301  helicase domain-containing protein  25.64 
 
 
958 aa  55.8  0.000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1514  methyltransferase small  33.33 
 
 
466 aa  54.7  0.00001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.271049  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0554  modification methyltransferase  31.82 
 
 
423 aa  55.1  0.00001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.359419  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0240  helicase domain-containing protein  30.3 
 
 
1116 aa  54.7  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.956133  hitchhiker  0.00192271 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1345  helicase domain protein  32.58 
 
 
953 aa  54.3  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1415  N-6 DNA methylase  23.78 
 
 
477 aa  53.9  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0877265  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1195  type II restriction-modification enzyme  29.49 
 
 
1343 aa  53.9  0.00003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0233  Type III restriction enzyme, res subunit  31.93 
 
 
900 aa  52.8  0.00005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.179652  decreased coverage  0.00064314 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1599  helicase domain protein  40 
 
 
889 aa  52.8  0.00005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0244124  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1282  N-6 DNA methylase  25 
 
 
481 aa  53.1  0.00005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0545  helicase-like  33.33 
 
 
910 aa  52.8  0.00006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2539  helicase domain-containing protein  27.54 
 
 
969 aa  52.8  0.00007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000371025  decreased coverage  0.000313651 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2172  helicase-like  33.01 
 
 
922 aa  52.4  0.00008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.338314  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0503  helicase domain-containing protein  30.28 
 
 
1147 aa  52.4  0.00008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0279  hypothetical protein  36.07 
 
 
285 aa  52  0.00009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.313315  normal  0.062823 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3226  N-6 DNA methylase  34.58 
 
 
481 aa  51.6  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3534  EcoEI R domain-containing protein  34.58 
 
 
481 aa  51.6  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0122101  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1271  helicase domain-containing protein  25.25 
 
 
1177 aa  51.2  0.0001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1352  helicase-like  31.34 
 
 
928 aa  50.8  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1835  hypothetical protein  27.22 
 
 
318 aa  50.8  0.0002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000176209  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1019  helicase domain protein  32.12 
 
 
1160 aa  50.8  0.0002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.180274  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2591  helicase domain protein  32.18 
 
 
957 aa  50.8  0.0002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000604323 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0012  helicase-like protein  30.4 
 
 
924 aa  50.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1706  helicase domain protein  32.05 
 
 
952 aa  50.4  0.0003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.703418  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1254  N-6 DNA methylase  32.71 
 
 
484 aa  49.7  0.0004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0713487  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1133  N-6 DNA methylase  27.18 
 
 
490 aa  50.1  0.0004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.813419  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2730  helicase domain-containing protein  30.85 
 
 
945 aa  49.7  0.0005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2324  helicase domain protein  30.7 
 
 
1095 aa  49.3  0.0006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1236  helicase domain-containing protein  33.33 
 
 
940 aa  49.3  0.0006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.546222  normal 
 
 
-
 
NC_011774  BCG9842_A0072  RecQ helicase, putative  31.09 
 
 
468 aa  49.3  0.0006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2016  helicase domain-containing protein  34.57 
 
 
948 aa  49.3  0.0007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.302427 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2027  N-6 DNA methylase  25.93 
 
 
513 aa  49.3  0.0007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000128967 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1016  N-6 DNA methylase  27.27 
 
 
485 aa  49.3  0.0007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3271  putative RNA methylase  25.87 
 
 
479 aa  48.9  0.0009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.11081  normal  0.0311183 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0811  helicase-like protein  32.71 
 
 
1201 aa  48.5  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3846  helicase domain-containing protein  23.96 
 
 
1058 aa  48.5  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.064852 
 
 
-
 
NC_011882  Cyan7425_5290  N-6 DNA methylase  27.04 
 
 
668 aa  48.9  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00180088  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7832  helicase domain protein  32.91 
 
 
941 aa  48.5  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0827  helicase domain-containing protein  32.71 
 
 
1201 aa  48.5  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0162  Methyltransferase type 11  27.34 
 
 
260 aa  48.5  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000119856  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4713  N-6 DNA methylase  24.54 
 
 
544 aa  48.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0950517  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>