147 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4559 on replicon NC_007961
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007961  Nham_4559  conjugal transfer protein TrbI  100 
 
 		 433 aa  877    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9257  conjugal transfer protein TrbI  66.21 
 
 		 437 aa  558  1e-158  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0531878  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8323  conjugal transfer protein TrbI  63.62 
 
 		 437 aa  548  1e-155  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.294198  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5386  conjugal transfer protein TrbI  57.83 
 
 		 430 aa  516  1.0000000000000001e-145  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0420791 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5492  conjugal transfer protein TrbI  60.14 
 
 		 426 aa  496  1e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9647  conjugal transfer protein TrbI  52.37 
 
 		 445 aa  414  1e-114  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000862164  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4698  conjugation TrbI family protein  43.4 
 
 		 431 aa  220  3e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4267  conjugal transfer protein TrbI  48.07 
 
 		 472 aa  220  3.9999999999999997e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.119587  hitchhiker  0.00641799 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6509  conjugal transfer protein TrbI  47.64 
 
 		 473 aa  218  1e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6628  conjugal transfer protein TrbI  47.64 
 
 		 473 aa  218  1e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0054  conjugal transfer protein TrbI  31.1 
 
 		 459 aa  217  2.9999999999999998e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1667  conjugation TrbI family protein  34.47 
 
 		 439 aa  211  2e-53  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2232  conjugal transfer protein TrbI  31.81 
 
 		 466 aa  207  3e-52  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2343  conjugation TrbI family protein  46.08 
 
 		 410 aa  207  4e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3532  conjugation TrbI-like protein  44.65 
 
 		 411 aa  202  9e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.404539 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3892  conjugation TrbI-like protein  43.89 
 
 		 400 aa  200  3e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.562266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1508  conjugal transfer protein trbI  40.31 
 
 		 392 aa  200  3.9999999999999996e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187408  normal  0.430522 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2355  conjugation TrbI family protein  41.11 
 
 		 428 aa  194  2e-48  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1711  conjugation TrbI family protein  43.75 
 
 		 428 aa  193  4e-48  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000031555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0860  conjugation TrbI-like protein  43.56 
 
 		 402 aa  191  2e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.194892 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7449  putative conjugal transfer protein trbI  42.15 
 
 		 335 aa  191  2.9999999999999997e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.838533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3095  conjugation TrbI family protein  39.93 
 
 		 421 aa  188  1e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3860  conjugation TrbI-like protein  42.47 
 
 		 388 aa  188  2e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.757301  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2091  conjugation TrbI-like protein  43.72 
 
 		 402 aa  187  3e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.561013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2995  conjugation TrbI family protein  41.74 
 
 		 418 aa  187  3e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.674957 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3991  conjugation TrbI family protein  39.08 
 
 		 414 aa  185  1.0000000000000001e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0367583  normal  0.111143 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2833  conjugation TrbI family protein  42.79 
 
 		 400 aa  182  8.000000000000001e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2315  conjugation TrbI-like protein  38.08 
 
 		 396 aa  182  1e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00715823  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1291  conjugation TrbI family protein  39.06 
 
 		 426 aa  182  1e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1485  conjugation TrbI family protein  41.44 
 
 		 402 aa  181  2e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1904  conjugation TrbI family protein  38.98 
 
 		 424 aa  181  2e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.1694  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1350  conjugation TrbI-like protein  39.84 
 
 		 423 aa  180  4e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000274304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3373  putative conjugal transfer protein trbI  38.57 
 
 		 400 aa  180  4.999999999999999e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7750  putative conjugal transfer protein trbI  42.25 
 
 		 399 aa  180  4.999999999999999e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.911232  normal  0.149579 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3221  conjugation TrbI family protein  40.44 
 
 		 375 aa  180  5.999999999999999e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0332063  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1559  conjugation TrbI-like protein  39.68 
 
 		 422 aa  178  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0740  conjugation TrbI family protein  41.67 
 
 		 401 aa  179  1e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0147  conjugation TrbI family protein  42.03 
 
 		 391 aa  178  2e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0075  conjugal transfer protein TrbI  46.24 
 
 		 190 aa  178  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.766506  normal  0.509225 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2887  conjugation TrbI family protein  40.74 
 
 		 401 aa  177  2e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.174381 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1185  conjugation TrbI family protein  37.65 
 
 		 394 aa  177  4e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3550  conjugation TrbI family protein  37.65 
 
 		 394 aa  177  4e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3836  conjugation TrbI family protein  39.73 
 
 		 411 aa  177  4e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0604  conjugation TrbI family protein  41.2 
 
 		 415 aa  176  7e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3203  conjugation TrbI family protein  42.51 
 
 		 388 aa  176  8e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.71331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2511  conjugation TrbI family protein  33.72 
 
 		 490 aa  175  9.999999999999999e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.26137  normal  0.383909 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1843  conjugation TrbI family protein  39.46 
 
 		 431 aa  175  9.999999999999999e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.851946  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0500  conjugation TrbI-like protein  42.03 
 
 		 399 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.167407  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1148  conjugation TrbI family protein  39.91 
 
 		 412 aa  174  2.9999999999999996e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2653  conjugation TrbI family protein  39.11 
 
 		 423 aa  174  2.9999999999999996e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.382892  normal  0.720932 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0429  conjugation TrbI family protein  39.83 
 
 		 424 aa  174  3.9999999999999995e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.082954  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2575  conjugal transfer TrbI transmembrane protein  39.41 
 
 		 425 aa  173  5e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3697  conjugation TrbI family protein  39.66 
 
 		 425 aa  172  9e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1475  conjugation TrbI family protein  40.1 
 
 		 373 aa  171  2e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2902  conjugation TrbI family protein  37.88 
 
 		 420 aa  171  2e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.629829  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2690  conjugation TrbI family protein  42.33 
 
 		 422 aa  171  2e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00708765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1325  conjugation TrbI family protein  39.06 
 
 		 427 aa  171  2e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00353837  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30850  TrbI-like protein  39.41 
 
 		 423 aa  170  3e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000000167509  unclonable  5.51965e-22 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3497  conjugation TrbI family protein  38.98 
 
 		 423 aa  171  3e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4203  conjugation TrbI family protein  38.63 
 
 		 439 aa  170  4e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.139872  normal  0.82202 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0690  conjugation TrbI family protein  39.27 
 
 		 383 aa  169  6e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2605  conjugation TrbI-like protein  41.75 
 
 		 430 aa  169  7e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2013  conjugation TrbI family protein  40 
 
 		 427 aa  169  7e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5214  conjugation TrbI family protein  41.28 
 
 		 408 aa  168  1e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3700  conjugation TrbI family protein  39.44 
 
 		 405 aa  168  2e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2359  conjugation TrbI family protein  37.77 
 
 		 427 aa  168  2e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.412444 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1004  conjugation TrbI family protein  43.75 
 
 		 386 aa  167  2.9999999999999998e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5367  conjugation TrbI family protein  38.59 
 
 		 418 aa  167  2.9999999999999998e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.196515  normal  0.456411 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0170  conjugation TrbI family protein  40.41 
 
 		 395 aa  166  9e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.238278  normal  0.267939 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0309  conjugation TrbI-like protein  44.81 
 
 		 398 aa  166  1.0000000000000001e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2035  conjugation TrbI family protein  41.03 
 
 		 399 aa  164  4.0000000000000004e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0958  conjugation TrbI family protein  42 
 
 		 397 aa  156  7e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2477  conjugation TrbI-like protein  35.43 
 
 		 393 aa  153  5e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.260778  normal  0.292469 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1395  conjugation TrbI family protein  44.39 
 
 		 486 aa  151  3e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0259  conjugation TrbI family protein  43.88 
 
 		 469 aa  149  1.0000000000000001e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.089272  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2276  conjugation TrbI family protein  38.24 
 
 		 384 aa  147  4.0000000000000006e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.125244  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1186  conjugation TrbI family protein  35.44 
 
 		 465 aa  145  2e-33  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0735  conjugation TrbI family protein  40.5 
 
 		 379 aa  143  6e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.997406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6398  conjugation TrbI family protein  40.41 
 
 		 403 aa  138  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0895  conjugation TrbI family protein  35.18 
 
 		 467 aa  137  4e-31  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1528  conjugation TrbI family protein  38.1 
 
 		 403 aa  132  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5193  conjugation TrbI family protein  38.1 
 
 		 403 aa  132  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.261515  normal  1 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2826  conjugation TrbI family protein  37.84 
 
 		 446 aa  130  5.0000000000000004e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5237  conjugation TrbI-like protein  38.54 
 
 		 483 aa  130  7.000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5455  conjugation TrbI-like protein  32.89 
 
 		 422 aa  128  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0206751 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4171  conjugation TrbI-like protein  38.1 
 
 		 406 aa  127  5e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4556  conjugation TrbI family protein  36.32 
 
 		 410 aa  126  8.000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.451217  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6299  conjugation TrbI-like protein  38.02 
 
 		 414 aa  125  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.627257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9812  type IV secretion protein AvhB10  36.84 
 
 		 402 aa  125  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5007  conjugation TrbI family protein  34.34 
 
 		 447 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.14472  normal  0.964803 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5412  conjugation TrbI family protein  34.34 
 
 		 447 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.525455  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0741  type IV secretion system protein VirB10  33.63 
 
 		 457 aa  110  6e-23  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.177823  n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5021  conjugation TrbI family protein  34.69 
 
 		 450 aa  109  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.553821  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0160  hypothetical protein  32.82 
 
 		 363 aa  106  7e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4438  conjugation TrbI-like protein  31.02 
 
 		 445 aa  105  2e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0178  hypothetical protein  30.93 
 
 		 363 aa  104  4e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6213  conjugation TrbI family protein  29.68 
 
 		 444 aa  103  8e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.190231 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4756  conjugation TrbI family protein  29.47 
 
 		 444 aa  99  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.745717 
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a018  conjugal transfer protein TrbI/VirB10  25.69 
 
 		 391 aa  99  2e-19  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3647  conjugation TrbI family protein  31.5 
 
 		 459 aa  98.6  2e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0441061 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>