150 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4502 on replicon NC_007960
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007960  Nham_4502  ATPase  100 
 
 
734 aa  1492    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.466398  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6933  ATPase  53.43 
 
 
781 aa  793    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0939  ATPase  56.55 
 
 
810 aa  343  4e-93  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.77127  unclonable  0.0000328299 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0829  ATPase  53.75 
 
 
609 aa  336  7.999999999999999e-91  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0846  ATPase  53.75 
 
 
609 aa  336  7.999999999999999e-91  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.982991  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1359  ATPase  60.99 
 
 
655 aa  287  5e-76  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00119024 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04212  5-methylcytosine-specific restriction enzyme McrBC, subunit McrB  40.83 
 
 
459 aa  241  5e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04176  hypothetical protein  40.83 
 
 
459 aa  241  5e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3651  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  40 
 
 
465 aa  240  6.999999999999999e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1282  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  41.41 
 
 
421 aa  235  2.0000000000000002e-60  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000106487  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3754  ATPase  44.1 
 
 
805 aa  229  1e-58  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.433643  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1214  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  41.08 
 
 
732 aa  226  9e-58  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.581782 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1328  GTPase subunit of restriction endonuclease-like protein  26.66 
 
 
796 aa  171  5e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3299  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  37.09 
 
 
729 aa  161  4e-38  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05450  GTPase subunit of restriction endonuclease  38.13 
 
 
853 aa  161  4e-38  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0805  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  34.19 
 
 
502 aa  161  5e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00614825  hitchhiker  0.000290238 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1704  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  39.52 
 
 
754 aa  161  5e-38  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0975  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  38.13 
 
 
743 aa  159  2e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0514038 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2840  AAA_5 ATPase associated with various cellular activities  35.23 
 
 
741 aa  157  5.0000000000000005e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.241934 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1385  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  35.88 
 
 
683 aa  154  4e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0862  ATPase  36.01 
 
 
743 aa  154  4e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.445688  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2403  GTPase subunit of restriction endonuclease-like protein  37.89 
 
 
822 aa  155  4e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.110421 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7822  GTPase subunit of restriction endonuclease-like protein  37.54 
 
 
698 aa  151  4e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3198  ATPase  36 
 
 
700 aa  151  5e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0922607  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1010  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  34.45 
 
 
765 aa  151  5e-35  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00000291313  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0028  GTPase subunit of restriction endonuclease-like  25.07 
 
 
751 aa  148  3e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2864  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  40 
 
 
568 aa  147  6e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.528271  normal  0.79325 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6961  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  38.29 
 
 
626 aa  147  1e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00535787  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2660  GTPase subunit of restriction endonuclease-like  37.46 
 
 
678 aa  145  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.928505  normal  0.814528 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3271  hypothetical protein  32.74 
 
 
705 aa  143  9.999999999999999e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0401117  normal  0.182114 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4769  ATPase  36.82 
 
 
899 aa  142  1.9999999999999998e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal  0.361924 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0992  McrB domain-containing protein  35.84 
 
 
587 aa  142  3e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0192465  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3583  ATPase  35.66 
 
 
539 aa  140  1e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4510  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  37.28 
 
 
530 aa  136  9.999999999999999e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.842895  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0025  ATPase  34.07 
 
 
629 aa  134  5e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0880  conserved hypothetical protein, putative ATPase, AAA family  31.8 
 
 
638 aa  133  1.0000000000000001e-29  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0193575  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1973  ATPase  37.21 
 
 
450 aa  127  7e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0978731  normal  0.372719 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0951  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  28.13 
 
 
590 aa  125  3e-27  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3331  ATPase  35.37 
 
 
685 aa  124  4e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4532  ATPase  35.37 
 
 
691 aa  124  5e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.228072  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1298  ATPase  33.72 
 
 
999 aa  123  9.999999999999999e-27  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  decreased coverage  0.00022527  normal  0.161034 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0784  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  39.67 
 
 
398 aa  123  9.999999999999999e-27  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0134  McrBC restriction endonuclease system, McrB subunit, putative  39.66 
 
 
662 aa  121  4.9999999999999996e-26  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.805752  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0174  McrBC restriction endonuclease system, McrB subunit, putative  40.23 
 
 
603 aa  120  9e-26  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3725  ATPas  37.56 
 
 
517 aa  117  8.999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3670  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  36.8 
 
 
685 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2235  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  33.33 
 
 
585 aa  115  4.0000000000000004e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.89284  hitchhiker  0.0000945382 
 
 
-
 
NC_002950  PG0971  McrBC restriction endonuclease system, McrB subunit, putative  37.07 
 
 
571 aa  114  7.000000000000001e-24  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.361616 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2668  ATPase  38.04 
 
 
303 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00285802  normal  0.904781 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1980  GTPase subunit of restriction endonuclease-like protein  43.14 
 
 
605 aa  113  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.221935  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1239  hypothetical protein  39.78 
 
 
687 aa  111  5e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.793158  hitchhiker  0.00100345 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0152  putative McrBC restriction endonuclease system, McrB subunit  39.64 
 
 
598 aa  110  1e-22  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.264336  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7438  GTPase subunit of restriction endonuclease-like  35.24 
 
 
696 aa  109  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1653  hypothetical protein  40.24 
 
 
517 aa  108  3e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0379372  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2031  GTPase subunit of restriction endonuclease-like protein  42.66 
 
 
481 aa  107  7e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0504678  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2910  ATPase  38.55 
 
 
900 aa  107  1e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0004  hypothetical protein  36.23 
 
 
845 aa  105  2e-21  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  decreased coverage  0.00169415  unclonable  0.0000000310884 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3503  AAA_5 ATPase  30 
 
 
666 aa  105  4e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.414068  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3469  hypothetical protein  31.46 
 
 
851 aa  104  7e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0603195  normal  0.212909 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0226  endonuclease  33.49 
 
 
498 aa  103  1e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4620  ATPase  38.24 
 
 
862 aa  103  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00433872  decreased coverage  0.0000000142009 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0252  ATPase  32.39 
 
 
498 aa  102  2e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.712243  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3308  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  37.57 
 
 
723 aa  98.2  5e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.506634 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4335  R1.LlaJI  29.88 
 
 
352 aa  98.2  5e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0970612  hitchhiker  0.000000213908 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1590  AAA_5 ATPase  37.08 
 
 
834 aa  96.7  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.85228  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1909  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  32.82 
 
 
795 aa  96.7  2e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0822  polysulfide reductase chain C (sulfur reductase chain C)  29.63 
 
 
412 aa  95.1  5e-18  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000697352  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0536  ATPase family associated with various cellular activities (AAA)  26.13 
 
 
653 aa  94.4  7e-18  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000638897 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4727  GTPase subunit of restriction endonuclease-like protein  36.72 
 
 
722 aa  92.8  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.162949  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3008  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  30.26 
 
 
449 aa  88.2  5e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00506367 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1009  type II restriction-modification system restriction subunit  27.84 
 
 
513 aa  84.7  0.000000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.61014e-61 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0817  ATPase  27.6 
 
 
513 aa  83.2  0.00000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.11951  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1562  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  25.91 
 
 
603 aa  80.9  0.00000000000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3015  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  32.22 
 
 
530 aa  80.1  0.0000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.197881 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0958  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  29.26 
 
 
651 aa  73.6  0.00000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000872782  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0231  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  31.02 
 
 
510 aa  72.8  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0293694 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2266  ATPase  28.83 
 
 
803 aa  71.2  0.00000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3352  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  30 
 
 
748 aa  70.9  0.00000000008  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0873  hypothetical protein  25.37 
 
 
847 aa  65.1  0.000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.373833  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0927  hypothetical protein  25.37 
 
 
843 aa  65.1  0.000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0379  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  28.98 
 
 
410 aa  65.1  0.000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1096  hypothetical protein  28.86 
 
 
844 aa  63.9  0.000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0970  ATPase, AAA family  24.53 
 
 
844 aa  63.9  0.00000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1053  ATPase  34.43 
 
 
523 aa  62.4  0.00000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.603764 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5205  AAA ATPase  29.67 
 
 
371 aa  61.6  0.00000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1016  5-methylcytosine-specific restriction related enzyme  25.58 
 
 
792 aa  60.1  0.0000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0015  putative 5-methylcytosine-specific restriction enzyme B  23.68 
 
 
597 aa  60.1  0.0000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1826  ATPase  24.64 
 
 
583 aa  60.5  0.0000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0788  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  22.86 
 
 
668 aa  60.5  0.0000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00130676 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3197  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  26.7 
 
 
542 aa  59.3  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.046131  normal  0.40537 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2172  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  23.46 
 
 
559 aa  58.9  0.0000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3183  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  26.37 
 
 
606 aa  58.9  0.0000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0045  GTPase subunit of restriction endonuclease-like protein  27.18 
 
 
578 aa  57.8  0.0000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.207513 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0700  ATPase  23.41 
 
 
714 aa  57.8  0.0000007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1597  ATPase  23.41 
 
 
714 aa  57.8  0.0000007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0251124  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3884  ATPase  27.72 
 
 
391 aa  57.4  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000147668  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2511  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  28.88 
 
 
385 aa  56.6  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0434152  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1858  ATPase  31.64 
 
 
524 aa  56.6  0.000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.365948 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4197  ATPase  24.5 
 
 
578 aa  56.6  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.558563  normal  0.0514875 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1291  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  25.12 
 
 
559 aa  54.7  0.000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.902776  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>