69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4488 on replicon NC_007960
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007960  Nham_4488  hypothetical protein  100 
 
 
424 aa  879    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.466121  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1986  hypothetical protein  69.93 
 
 
427 aa  628  1e-179  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7549  hypothetical protein  60.95 
 
 
420 aa  521  1e-146  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.826361  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5666  hypothetical protein  52.54 
 
 
406 aa  411  1e-114  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.171189  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1831  hypothetical protein  46.31 
 
 
432 aa  359  4e-98  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3124  hypothetical protein  38.44 
 
 
428 aa  261  2e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.850184  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3233  hypothetical protein  35.53 
 
 
407 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.394866  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37820  hypothetical protein  35.06 
 
 
407 aa  194  2e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00268347  normal  0.0937384 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0847  hypothetical protein  30.12 
 
 
345 aa  163  6e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2948  hypothetical protein  30.6 
 
 
345 aa  162  1e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3175  hypothetical protein  29.88 
 
 
345 aa  162  1e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0553  hypothetical protein  32.46 
 
 
523 aa  161  2e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.576668  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1004  hypothetical protein  30.26 
 
 
344 aa  160  3e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3359  hypothetical protein  30 
 
 
344 aa  160  5e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3711  hypothetical protein  29.41 
 
 
345 aa  160  6e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1016  hypothetical protein  29.76 
 
 
344 aa  158  2e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3273  hypothetical protein  29.18 
 
 
345 aa  158  2e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1595  hypothetical protein  33.09 
 
 
371 aa  157  3e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0220779 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0982  hypothetical protein  29.34 
 
 
344 aa  156  6e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1365  Protein of unknown function DUF2235  33.23 
 
 
341 aa  156  6e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.149808  normal  0.119646 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3072  hypothetical protein  33.42 
 
 
595 aa  154  2e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0996826 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3675  hypothetical protein  34.49 
 
 
337 aa  151  2e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.631226 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0955  hypothetical protein  34.44 
 
 
530 aa  152  2e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1654  hypothetical protein  32.42 
 
 
349 aa  150  5e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2435  hypothetical protein  34.71 
 
 
337 aa  150  5e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1132  hypothetical protein  36.45 
 
 
347 aa  149  8e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0894  hypothetical protein  31.8 
 
 
345 aa  146  5e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0887704  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2233  hypothetical protein  34.03 
 
 
566 aa  146  6e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0531954  hitchhiker  0.00189611 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1357  hypothetical protein  33.13 
 
 
349 aa  143  7e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.518592  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1208  Protein of unknown function DUF2235  32.24 
 
 
396 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_07939  conserved hypothetical protein  31.55 
 
 
411 aa  139  7.999999999999999e-32  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01725  conserved hypothetical protein  29.94 
 
 
456 aa  131  2.0000000000000002e-29  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5354  hypothetical protein  33.05 
 
 
831 aa  130  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00826917 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0870  hypothetical protein  27.65 
 
 
514 aa  131  3e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0826211  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1542  hypothetical protein  30.1 
 
 
474 aa  127  3e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.93985 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4814  hypothetical protein  31.07 
 
 
416 aa  126  6e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.856348  normal 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_05027  conserved hypothetical protein  32.81 
 
 
632 aa  122  9.999999999999999e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0071  hypothetical protein  28.87 
 
 
777 aa  122  9.999999999999999e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.303295  normal  0.035165 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1746  hypothetical protein  27.51 
 
 
721 aa  116  6.9999999999999995e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4409  hypothetical protein  36.49 
 
 
503 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2084  hypothetical protein  30.13 
 
 
357 aa  111  3e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1078  hypothetical protein  34.93 
 
 
514 aa  105  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0702  hypothetical protein  28.71 
 
 
367 aa  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1992  hypothetical protein  28.71 
 
 
393 aa  105  2e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3090  hypothetical protein  28.08 
 
 
367 aa  103  8e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.472406 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0079  hypothetical protein  31.65 
 
 
746 aa  102  1e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4091  hypothetical protein  33.78 
 
 
498 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8382  hypothetical protein  42.06 
 
 
520 aa  97.4  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1704  hypothetical protein  29.55 
 
 
361 aa  97.4  4e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.271153  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3459  hypothetical protein  25.65 
 
 
364 aa  92  2e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0941  hypothetical protein  27.83 
 
 
334 aa  88.2  3e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2320  hypothetical protein  25.48 
 
 
383 aa  83.6  0.000000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.246253 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_19384  predicted protein  24.79 
 
 
393 aa  82.8  0.000000000000009  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.250044 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0930  hypothetical protein  26.86 
 
 
336 aa  82  0.00000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2645  hypothetical protein  26.19 
 
 
539 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.380948 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5124  hypothetical protein  26.86 
 
 
342 aa  58.9  0.0000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0989  hypothetical protein  24.45 
 
 
791 aa  53.1  0.000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0209  hypothetical protein  23.51 
 
 
726 aa  51.6  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.16796  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0454  hypothetical protein  27.27 
 
 
733 aa  51.2  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0142365  normal  0.307672 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0937  hypothetical protein  30.33 
 
 
530 aa  49.3  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.229754  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2699  YD repeat protein  27.48 
 
 
1892 aa  48.9  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.499088  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1512  hypothetical protein  27.27 
 
 
768 aa  48.9  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.448816  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1529  hypothetical protein  31.86 
 
 
308 aa  47  0.0006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.118356  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2165  hypothetical protein  32.28 
 
 
462 aa  46.2  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3818  hypothetical protein  22.9 
 
 
675 aa  45.8  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1227  hypothetical protein  27.39 
 
 
335 aa  45.8  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.104509  normal  0.624953 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0807  hypothetical protein  30.28 
 
 
686 aa  45.1  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0358115  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04765  hypothetical protein  26.87 
 
 
802 aa  43.1  0.009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02034  hypothetical protein  24.01 
 
 
720 aa  43.1  0.009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>