More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4375 on replicon NC_007960
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007960  Nham_4375  Crp/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 		 268 aa  558  1e-158  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4055  transcriptional regulator FixK  72.02 
 
 		 229 aa  325  6e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2786  transcriptional regulator FixK  71.1 
 
 		 229 aa  322  3e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0460697  normal  0.11454 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1361  transcriptional regulator FixK  72.64 
 
 		 229 aa  317  1e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0646149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1340  transcriptional regulator FixK  71.1 
 
 		 229 aa  308  5.9999999999999995e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.324269  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4729  transcriptional regulator FixK  69.27 
 
 		 230 aa  306  3e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1036  transcriptional regulator FixK  68.69 
 
 		 231 aa  289  3e-77  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1951  transcriptional regulator FixK  67.44 
 
 		 231 aa  287  1e-76  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0870  transcriptional regulator FixK  64.57 
 
 		 227 aa  237  2e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3505  regulatory protein Crp  54.55 
 
 		 229 aa  211  7e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.021842  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3812  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  54.55 
 
 		 229 aa  211  1e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0408  Crp/FNR family transcriptional regulator  61.31 
 
 		 230 aa  203  3e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5386  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  56.73 
 
 		 230 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.662421  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6107  Crp/FNR family transcriptional regulator  57.31 
 
 		 227 aa  188  7e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0266042 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6927  Crp/FNR family transcriptional regulator  57.74 
 
 		 227 aa  185  6e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.422372 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4871  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  53.98 
 
 		 228 aa  178  9e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3889  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  54.76 
 
 		 229 aa  177  2e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.128439 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3266  cyclic nucleotide-binding  52.63 
 
 		 220 aa  176  3e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00116153 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2975  Crp/FNR family transcriptional regulator  49.44 
 
 		 220 aa  168  1e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.169439  normal  0.307783 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1746  CRP/FNR family transcriptional regulator  50 
 
 		 236 aa  165  5.9999999999999996e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.753218  normal  0.546792 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0629  transcriptional regulator FixK  43.72 
 
 		 215 aa  163  2.0000000000000002e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.595222  normal  0.236212 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2581  Crp/FNR family transcriptional regulator  51.23 
 
 		 222 aa  157  2e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3277  Crp/FNR family transcriptional regulator  50.6 
 
 		 226 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2457  Crp/FNR family transcriptional regulator  45.03 
 
 		 204 aa  152  8e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.325923  normal  0.600278 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1823  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  42.86 
 
 		 234 aa  151  8.999999999999999e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0333657 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0192  CRP family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 230 aa  148  7e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6270  transcriptional regulator FixK  43.5 
 
 		 211 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.967473  normal  0.128199 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2158  Crp/FNR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 208 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.198273  normal  0.103025 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2220  transcriptional regulator FixK  48.45 
 
 		 224 aa  145  6e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.552775  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0422  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.96 
 
 		 246 aa  127  3e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5746  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 237 aa  123  3e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.765257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5184  transcriptional regulator FixK  39.5 
 
 		 211 aa  123  4e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.639909 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  41.76 
 
 		 242 aa  122  7e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.191538  hitchhiker  0.00387918 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4713  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.86 
 
 		 239 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.557049  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1357  Crp/Fnr family transcriptional regulator  38.86 
 
 		 239 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0946  Crp/FNR family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 253 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.336903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3322  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 262 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0702622  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1377  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.29 
 
 		 239 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1357  cyclic nucleotide-binding  38.79 
 
 		 250 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.395788 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4039  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 239 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.70749  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1557  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.58 
 
 		 250 aa  112  6e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00717235  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5030  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  43.42 
 
 		 238 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3926  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  43.42 
 
 		 238 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6132  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 245 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0884478  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0654  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 248 aa  106  4e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0647  nitrogen fixation regulation protein fixk  37.95 
 
 		 251 aa  105  1e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.774151  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1302  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.74 
 
 		 254 aa  104  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0109091  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1464  transcriptional activator Anr  34.68 
 
 		 244 aa  103  4e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1984  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  44.67 
 
 		 250 aa  101  1e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.312779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2634  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 249 aa  100  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1811  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 244 aa  100  3e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19910  Fnr-like negative transcriptional regulator of CydAB  34.66 
 
 		 244 aa  99.8  4e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0576  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 235 aa  97.8  1e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.670039  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1742  CRP/FNR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 242 aa  98.2  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.275504  normal  0.265558 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1991  transcriptional activator Anr  33.71 
 
 		 244 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.695719  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2615  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 244 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00240538  normal  0.855877 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1631  CRP/FNR family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 310 aa  96.7  4e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1170  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 274 aa  96.3  4e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3425  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  33.15 
 
 		 244 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0533041 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1273  cAMP-binding protein  31.61 
 
 		 243 aa  96.3  5e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3214  CRP/FNR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 230 aa  95.9  6e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.939046  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6164  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.54 
 
 		 247 aa  95.9  6e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.257657  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4265  transcriptional regulator Anr  38.06 
 
 		 244 aa  95.5  8e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.880812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1603  CRP/FNR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 244 aa  95.5  8e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.138297 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1356  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 		 256 aa  95.5  8e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.0588975 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3830  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 244 aa  95.5  8e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.525453 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3583  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 244 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7766  nitrogen fixation regulation protein fixK  31.82 
 
 		 235 aa  95.1  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.701843  normal  0.257497 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2233  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 253 aa  94.7  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0375344  normal  0.791743 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0931  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  30.86 
 
 		 249 aa  94.4  2e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.896198 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02295  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  32.92 
 
 		 248 aa  94  3e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2699  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 232 aa  93.6  3e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.276502  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1045  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  32.92 
 
 		 250 aa  92.8  5e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.18077  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3788  transcriptional regulator Anr  36.13 
 
 		 244 aa  92.8  5e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.620164  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003475  fumarate and nitrate reduction regulatory protein  32.92 
 
 		 248 aa  92.8  5e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.292896  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44490  transcriptional regulator Anr  36.13 
 
 		 244 aa  92.8  5e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.793348 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1752  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.39 
 
 		 250 aa  92.8  6e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.103124 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1987  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  31.93 
 
 		 239 aa  91.7  1e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1773  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 263 aa  91.3  1e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2581  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 231 aa  92  1e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.658135  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4294  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 272 aa  91.3  1e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1993  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  30.29 
 
 		 249 aa  90.9  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.238952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0749  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 242 aa  90.5  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.887641  normal  0.079497 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2582  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  32.92 
 
 		 254 aa  90.1  3e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1843  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  32.3 
 
 		 250 aa  90.1  4e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0177159  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2026  transcriptional activator Crp family  32.18 
 
 		 241 aa  89.4  5e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1945  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 242 aa  89.4  5e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0212  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.71 
 
 		 254 aa  89  7e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1944  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  32.3 
 
 		 250 aa  88.6  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.755264  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0460  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 256 aa  88.6  1e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3927  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 242 aa  88.2  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.729399  hitchhiker  0.00211875 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1571  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  32.3 
 
 		 250 aa  88.6  1e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.75505  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2293  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  32.3 
 
 		 250 aa  88.6  1e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1833  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  32.3 
 
 		 250 aa  88.6  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0031  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 251 aa  87.8  2e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1464  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 251 aa  87.8  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.855917  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4644  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 232 aa  87.4  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.739127  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0037  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 251 aa  87.8  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.284481  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5122  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 248 aa  87.8  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5737  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 248 aa  87.8  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.188641 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>