274 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3973 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_3973  amidohydrolase  100 
 
 
409 aa  840  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2318  amidohydrolase  36.43 
 
 
428 aa  229  8e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.246502  normal  0.0431533 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0434  putative secreted hydrolase  32.43 
 
 
430 aa  224  2e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3982  amidohydrolase  34.71 
 
 
445 aa  223  6e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0533  amidohydrolase  35.41 
 
 
444 aa  223  7e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.200592  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1967  amidohydrolase  34.81 
 
 
405 aa  220  3e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0915842 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2093  amidohydrolase  33.51 
 
 
431 aa  214  3e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.885062  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1826  Pro-Hyp dipeptidase  34.09 
 
 
426 aa  213  4e-54  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04041  Xaa-Pro dipeptidase family enzyme  36.98 
 
 
430 aa  211  2e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1062  amidohydrolase  32.77 
 
 
426 aa  209  5e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.574986 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2719  amidohydrolase  36.45 
 
 
440 aa  209  1e-52  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0681  amidohydrolase  35.29 
 
 
432 aa  205  1e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.312549  normal  0.59002 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2368  amidohydrolase  33.42 
 
 
441 aa  205  1e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2115  amidohydrolase  34.24 
 
 
426 aa  200  4e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2825  amidohydrolase  35.12 
 
 
433 aa  197  2e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.886429  normal  0.061566 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2377  amidohydrolase  34.91 
 
 
421 aa  196  6e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.134161  normal  0.652305 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0935  amidohydrolase  33.17 
 
 
428 aa  192  1e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.755972  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2992  amidohydrolase  36.41 
 
 
433 aa  190  4e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0913  amidohydrolase  34.47 
 
 
438 aa  188  1e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.887966  normal  0.946432 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2224  amidohydrolase  33.99 
 
 
459 aa  188  2e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.331693  normal  0.75215 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2823  amidohydrolase  31.84 
 
 
422 aa  187  2e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.750141  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4215  amidohydrolase  33.25 
 
 
412 aa  186  6e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.33185  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4277  amidohydrolase  31.14 
 
 
431 aa  184  2e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13368  Xaa-Pro dipeptidase family enzyme  32.04 
 
 
426 aa  184  2e-45  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.256749  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1408  amidohydrolase  33.5 
 
 
402 aa  182  7e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.321357  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3741  amidohydrolase  33.41 
 
 
444 aa  181  2e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0626  amidohydrolase  33.33 
 
 
433 aa  181  2e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.151482 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2354  amidohydrolase  31.34 
 
 
420 aa  180  5e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3237  amidohydrolase  33 
 
 
404 aa  180  5e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.136124  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3749  amidohydrolase  32.58 
 
 
408 aa  179  7e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.468026  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3822  amidohydrolase  32.58 
 
 
408 aa  179  7e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.28333  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3761  amidohydrolase  32.58 
 
 
408 aa  179  7e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.225154  normal  0.880819 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2334  amidohydrolase  34.48 
 
 
455 aa  179  7e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.202717 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1348  putative Xaa-Pro dipeptidase  36.64 
 
 
434 aa  179  8e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3782  amidohydrolase  31.1 
 
 
413 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0062486  decreased coverage  0.00131434 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4292  amidohydrolase  33.5 
 
 
402 aa  177  3e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.756284 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4304  amidohydrolase  33.65 
 
 
470 aa  177  4e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3741  amidohydrolase  30.86 
 
 
413 aa  176  6e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0189588 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1413  amidohydrolase  33.17 
 
 
423 aa  176  6e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2437  amidohydrolase  31.49 
 
 
411 aa  173  4e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.885711 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4994  amidohydrolase  31.42 
 
 
413 aa  172  8e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.939807 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0087  amidohydrolase  31.2 
 
 
423 aa  172  9e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0161193  normal  0.19517 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0801  amidohydrolase  33.01 
 
 
437 aa  172  1e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2529  amidohydrolase  33.41 
 
 
419 aa  172  1e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.403539  normal  0.929586 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2978  amidohydrolase  31.43 
 
 
429 aa  170  4e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2711  amidohydrolase  30.17 
 
 
400 aa  170  5e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.959959  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2801  prolidase, putative  32.3 
 
 
419 aa  169  1e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00617614  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0479  amidohydrolase  32.64 
 
 
401 aa  167  2e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4855  amidohydrolase  32.17 
 
 
403 aa  168  2e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.165345  normal  0.275978 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1238  amidohydrolase  33.33 
 
 
444 aa  166  5e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0871897  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3368  amidohydrolase  30.38 
 
 
414 aa  166  6e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.929128  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3308  amidohydrolase  31.01 
 
 
419 aa  165  1e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.692035  normal  0.417277 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0432  amidohydrolase  29.33 
 
 
421 aa  164  2e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0890  amidohydrolase  31.31 
 
 
412 aa  163  6e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.559583  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3715  amidohydrolase  30.24 
 
 
417 aa  162  8e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.355417  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3788  amidohydrolase  30.24 
 
 
417 aa  162  8e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.463322  normal  0.142834 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3728  amidohydrolase  30.24 
 
 
417 aa  162  8e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4188  amidohydrolase  30.95 
 
 
421 aa  161  2e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2089  amidohydrolase  31.34 
 
 
416 aa  160  3e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.608536  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3028  putative prolidase (Xaa-Pro dipeptidase)  29.81 
 
 
436 aa  159  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0496396  normal  0.0296694 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4565  amidohydrolase  32.35 
 
 
423 aa  158  1e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.244661  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2466  amidohydrolase  30.68 
 
 
424 aa  158  2e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.357249  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3036  amidohydrolase  33.42 
 
 
407 aa  156  8e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0436  amidohydrolase  30.7 
 
 
417 aa  154  2e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.753436  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2716  amidohydrolase  29.41 
 
 
407 aa  154  2e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0545  amidohydrolase  31.93 
 
 
415 aa  153  4e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.472075 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4622  amidohydrolase  30.29 
 
 
405 aa  153  6e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1130  amidohydrolase  31.03 
 
 
425 aa  150  5e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.524947  normal  0.474819 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1867  amidohydrolase  32.63 
 
 
480 aa  149  1e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.445197  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2362  amidohydrolase  30 
 
 
413 aa  149  1e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3137  amidohydrolase  28.92 
 
 
411 aa  149  1e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1717  amidohydrolase  30.92 
 
 
407 aa  148  2e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4194  amidohydrolase  30.75 
 
 
406 aa  146  8e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.268221  normal  0.0453774 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4503  amidohydrolase  30.91 
 
 
408 aa  143  6e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.327271  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2646  amidohydrolase  27.9 
 
 
407 aa  142  1e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3965  amidohydrolase  30.34 
 
 
411 aa  142  1e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2450  amidohydrolase  28.84 
 
 
478 aa  141  2e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1420  putative prolidase  31.23 
 
 
411 aa  141  2e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0151921  normal  0.142512 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3872  amidohydrolase  26.93 
 
 
419 aa  141  2e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1549  amidohydrolase  29.83 
 
 
413 aa  140  3e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.64121  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0333  amidohydrolase  27.67 
 
 
407 aa  139  8e-32  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06184  prolidase  27.38 
 
 
420 aa  139  1e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3838  amidohydrolase  30.02 
 
 
411 aa  139  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5232  amidohydrolase  29.77 
 
 
434 aa  137  3e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4676  amidohydrolase  30.56 
 
 
414 aa  137  3e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0192807  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1037  amidohydrolase  28.02 
 
 
405 aa  134  4e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.976155 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3650  amidohydrolase  30.2 
 
 
428 aa  134  4e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2646  amidohydrolase  30.05 
 
 
391 aa  132  1e-29  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5037  amidohydrolase  28.91 
 
 
432 aa  132  1e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2771  amidohydrolase  27.14 
 
 
413 aa  131  2e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5618  amidohydrolase  33.5 
 
 
422 aa  131  2e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.313113  normal  0.102085 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2193  hypothetical protein  26.35 
 
 
412 aa  131  2e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2756  amidohydrolase  31.99 
 
 
403 aa  130  3e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0215724  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5218  amidohydrolase  31.36 
 
 
393 aa  130  4e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.392557  normal  0.244754 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4208  amidohydrolase  27.55 
 
 
391 aa  130  4e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.309856  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2289  amidohydrolase  28.51 
 
 
456 aa  129  8e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0482  amidohydrolase  28.07 
 
 
426 aa  129  1e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1893  amidohydrolase  30.96 
 
 
409 aa  128  2e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.342109 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1913  amidohydrolase  30.96 
 
 
409 aa  128  2e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.406706  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1959  amidohydrolase  30.96 
 
 
409 aa  128  2e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>