72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3828 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3828  hypothetical protein  100 
 
 		 604 aa  1226    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.220846  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1241  hypothetical protein  44.52 
 
 		 610 aa  448  1.0000000000000001e-124  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.625082  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1516  ATP-dependent endonuclease family protein  24.12 
 
 		 586 aa  146  9e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.749e-16 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4162  ATP-dependent endonuclease family protein  28.05 
 
 		 600 aa  144  3e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.138387  normal  0.169092 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2759  ATP-dependent OLD family endonuclease  28.67 
 
 		 608 aa  124  4e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0545  ATP-dependent OLD family endonuclease  27.17 
 
 		 615 aa  123  7e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3047  ATP-dependent endonuclease family protein  26.21 
 
 		 598 aa  121  3.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.300622  normal  0.13978 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0673  ATP-dependent endonuclease family protein  26.42 
 
 		 619 aa  121  3.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.924756 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3056  ATP-dependent endonuclease family protein  26.11 
 
 		 598 aa  120  7e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3185  ATP-dependent endonuclease family protein  26.01 
 
 		 641 aa  115  2.0000000000000002e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.196277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2459  hypothetical protein  26.09 
 
 		 606 aa  104  4e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.707067  normal  0.551867 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3363  hypothetical protein  23.95 
 
 		 607 aa  74.3  0.000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.194578  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1844  ATP-dependent OLD family endonuclease  24.31 
 
 		 640 aa  71.2  0.00000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0753  ATP-dependent OLD family endonuclease  23.62 
 
 		 594 aa  67  0.0000000009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.362493  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1604  hypothetical protein  22.82 
 
 		 685 aa  66.6  0.000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0794  ATP-dependent OLD family endonuclease  25.06 
 
 		 647 aa  64.7  0.000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2727  ATP-dependent OLD family endonuclease  22.63 
 
 		 607 aa  62  0.00000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0681  overcoming lysogenization defect protein  21.4 
 
 		 696 aa  57.4  0.0000007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5488  putative nucleoside triphosphate hydrolase domain-containing protein  23.47 
 
 		 598 aa  56.2  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3087  ATP-dependent OLD family endonuclease  30.51 
 
 		 605 aa  55.8  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4153  SMC domain-containing protein  21.66 
 
 		 574 aa  54.3  0.000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0910063 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4083  ATP-dependent OLD family endonuclease  52.17 
 
 		 566 aa  52.4  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.186045  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0801  SMC domain protein  20 
 
 		 564 aa  52  0.00003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.779455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0201  ATP-dependent endonuclease of the OLD family protein  22.38 
 
 		 558 aa  51.6  0.00004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1781  ABC transporter ATP-binding protein  21.01 
 
 		 416 aa  51.2  0.00006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.690073  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1883  SMC protein-like protein  32.98 
 
 		 688 aa  50.1  0.0001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0137  hypothetical protein  17.69 
 
 		 666 aa  50.1  0.0001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1302  ATP-dependent OLD family endonuclease  40.35 
 
 		 634 aa  49.7  0.0002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.314426  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0626  SMC domain protein  47.92 
 
 		 439 aa  48.5  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3140  ATP-dependent endonuclease, OLD family protein  30 
 
 		 681 aa  48.5  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.239895  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3711  SMC domain protein  43.48 
 
 		 653 aa  48.9  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1709  SMC domain protein  33.78 
 
 		 584 aa  48.9  0.0003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  decreased coverage  0.000133048  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0630  hypothetical protein  38.33 
 
 		 513 aa  48.5  0.0004  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6476  ATP-dependent endonuclease, OLD family  42.62 
 
 		 762 aa  48.1  0.0005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2954  putative exonuclease  20.5 
 
 		 659 aa  48.1  0.0005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0165  hypothetical protein  36.14 
 
 		 595 aa  48.1  0.0005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.820724 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2704  hypothetical protein  22.76 
 
 		 581 aa  47.8  0.0007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00140481  normal  0.0421451 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0676  hypothetical protein  23.17 
 
 		 712 aa  47.4  0.0008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.54535 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4276  Fis family transcriptional regulator  40 
 
 		 645 aa  47  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.237058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4418  ATP-dependent OLD family endonuclease  21.08 
 
 		 639 aa  47  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2572  hypothetical protein  21.73 
 
 		 650 aa  46.6  0.001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00339016  normal  0.0605496 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1915  ATP-dependent endonuclease of the OLD family- like protein  32.65 
 
 		 529 aa  46.6  0.001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2559  hypothetical protein  36.51 
 
 		 645 aa  45.8  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.251758 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3193  plasmid-related protein  20.54 
 
 		 674 aa  45.8  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0945381 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1869  hypothetical protein  25.93 
 
 		 569 aa  45.8  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.620953  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3383  hypothetical protein  25.93 
 
 		 569 aa  45.8  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00406594 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2683  hypothetical protein  44.9 
 
 		 478 aa  45.8  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.497582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0885  hypothetical protein  23.2 
 
 		 670 aa  45.8  0.002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0242137  hitchhiker  0.00462841 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3224  ATP-dependent OLD family endonuclease  50 
 
 		 615 aa  45.4  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0196  ATPase  35.94 
 
 		 666 aa  45.4  0.003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0477  hypothetical protein  34.43 
 
 		 543 aa  45.4  0.003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000481423  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1087  ATP-dependent OLD family endonuclease  27.18 
 
 		 616 aa  45.4  0.003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.14427  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0499  SMC domain-containing protein  41.86 
 
 		 349 aa  45.1  0.004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0000698714 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3272  OLD family-like ATP-dependent endonuclease  36.73 
 
 		 758 aa  45.1  0.004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0949  hypothetical protein  30.95 
 
 		 603 aa  45.1  0.004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3501  ATP-dependent endonuclease of the OLD family-like protein  34.94 
 
 		 582 aa  45.1  0.004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2377  hypothetical protein  40.98 
 
 		 581 aa  44.7  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.169203  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0294  ATP-dependent endonuclease, OLD family  36.92 
 
 		 773 aa  44.7  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0724498 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4173  SMC domain-containing protein  45.24 
 
 		 583 aa  44.7  0.005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3013  hypothetical protein  26.79 
 
 		 520 aa  44.7  0.005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.364148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0870  ATP-dependent OLD family endonuclease  33.33 
 
 		 591 aa  44.7  0.006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3445  hypothetical protein  33.72 
 
 		 628 aa  44.3  0.006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.919866  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3543  SMC protein-like  41.79 
 
 		 695 aa  44.3  0.006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.429688 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1102  hypothetical protein  42.55 
 
 		 411 aa  44.3  0.007  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.89522  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4711  ATP-dependent endonuclease of the OLD family- like protein  45.65 
 
 		 648 aa  44.3  0.007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2659  ATP-dependent OLD family endonuclease  25.89 
 
 		 548 aa  44.3  0.007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0191795  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2057  putative ATPase  44 
 
 		 341 aa  43.9  0.008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1497  ATP-dependent OLD family endonuclease  34 
 
 		 573 aa  43.9  0.008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1750  ATPase  39.13 
 
 		 515 aa  43.9  0.009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.52576  normal  0.584982 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2417  hypothetical protein  33.8 
 
 		 748 aa  43.9  0.009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.295746  n/a   
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_3009  SMC domain protein  41.82 
 
 		 514 aa  43.5  0.01  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0004  ATP binding protein  26.99 
 
 		 454 aa  43.5  0.01  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>