More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3773 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_3773  amino acid/peptide transporter  100 
 
 
471 aa  949    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01330  hypothetical protein  40.91 
 
 
462 aa  323  3e-87  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004134  di-/tripeptide transporter  40.91 
 
 
462 aa  321  9.999999999999999e-87  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4613  amino acid/peptide transporter  42.24 
 
 
445 aa  317  4e-85  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.196943  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1845  amino acid/peptide transporter  40.79 
 
 
504 aa  300  3e-80  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.241988 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0825  di-/tripeptide transporter  39.01 
 
 
451 aa  291  2e-77  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1505  amino acid/peptide transporter  37.07 
 
 
444 aa  289  9e-77  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000267924 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2266  amino acid/peptide transporter  38.9 
 
 
490 aa  288  2e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000291592  hitchhiker  0.00874925 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1357  amino acid/peptide transporter  39.06 
 
 
489 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000317071  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1373  amino acid/peptide transporter  38.69 
 
 
489 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000302128  hitchhiker  0.00000791426 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1313  amino acid/peptide transporter  38.9 
 
 
489 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000607679  normal  0.565693 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1380  amino acid/peptide transporter  38.9 
 
 
489 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00016017  normal  0.180173 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3647  peptide/proton symporter family protein  38.72 
 
 
479 aa  280  3e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1468  amino acid/peptide transporter  37.11 
 
 
501 aa  279  9e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00129299  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3037  amino acid/peptide transporter  37.11 
 
 
501 aa  279  9e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000164206  normal  0.191533 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0669  proton/peptide symporter family protein  36.78 
 
 
461 aa  279  1e-73  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.3578e-43 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2905  amino acid/peptide transporter  38.49 
 
 
500 aa  278  2e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000347826  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1649  amino acid/peptide transporter  38.28 
 
 
490 aa  277  2e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000051541  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2895  amino acid/peptide transporter  36.9 
 
 
501 aa  278  2e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000544318  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0954  amino acid/peptide transporter  36.84 
 
 
527 aa  278  2e-73  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.935259  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0655  proton/peptide symporter family protein  35.73 
 
 
461 aa  276  5e-73  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.000000039773  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0599  peptide symporter family protein  35.73 
 
 
461 aa  276  5e-73  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000279304  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0689  proton/peptide symporter family protein  35.73 
 
 
461 aa  276  5e-73  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.000000000179263  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0757  proton/peptide symporter family protein  35.73 
 
 
461 aa  275  9e-73  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000369558  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0600  peptide symporter family protein  35.52 
 
 
461 aa  275  1.0000000000000001e-72  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000822499  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0744  proton/peptide symporter family protein  35.52 
 
 
461 aa  275  2.0000000000000002e-72  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000387987 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0817  proton/peptide symporter family protein  36.02 
 
 
461 aa  275  2.0000000000000002e-72  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000167379  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0721  proton/peptide symporter family protein  36.02 
 
 
461 aa  274  2.0000000000000002e-72  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000879332  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4615  proton/peptide symporter family protein  36.02 
 
 
461 aa  274  3e-72  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000740471  normal  0.0901188 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1393  amino acid/peptide transporter  37.07 
 
 
501 aa  273  4.0000000000000004e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.825614  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0604  amino acid/peptide transporter  35.73 
 
 
461 aa  273  4.0000000000000004e-72  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.00000192962  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0531  amino acid/peptide transporter  35.22 
 
 
463 aa  273  7e-72  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0236293  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1397  amino acid/peptide transporter  40.05 
 
 
489 aa  272  8.000000000000001e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000128075  normal  0.33376 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2545  amino acid/peptide transporter  38.99 
 
 
501 aa  271  2e-71  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3034  alkaline phosphatase  37.69 
 
 
491 aa  271  2e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.513893  hitchhiker  0.00921345 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0682  proton/peptide symporter family protein  36.25 
 
 
461 aa  269  1e-70  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00298567  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0463  hypothetical protein  35.96 
 
 
446 aa  267  2e-70  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0457  hypothetical protein  35.96 
 
 
446 aa  267  2e-70  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0523  amino acid/peptide transporter  38 
 
 
463 aa  268  2e-70  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0562889  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0651  proton/peptide symporter family protein  36.4 
 
 
461 aa  267  2.9999999999999995e-70  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000984184  n/a   
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_50811  POT family transporter: dipeptide/tripeptide:proton  35.84 
 
 
449 aa  264  2e-69  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.030888 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1927  amino acid/peptide transporter  37.02 
 
 
464 aa  264  3e-69  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0528  amino acid/peptide transporter  35.44 
 
 
449 aa  262  1e-68  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000146171  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0524  POT family peptide transport protein  34.47 
 
 
449 aa  261  2e-68  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  2.2191900000000004e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0524  POT family peptide transport protein  34.47 
 
 
449 aa  261  2e-68  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000299815  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4686  peptide transport protein, POT family  35.02 
 
 
449 aa  258  2e-67  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000138038  hitchhiker  8.70422e-24 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0834  amino acid/peptide transporter  34.14 
 
 
499 aa  257  3e-67  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000422142 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0510  permease  37.79 
 
 
463 aa  257  3e-67  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0920  amino acid/peptide transporter  35.87 
 
 
436 aa  257  4e-67  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.00000000308736  unclonable  5.10372e-19 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0580  proton/peptide symporter family protein  34.86 
 
 
452 aa  256  5e-67  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00403619  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0614  proton/peptide symporter family protein  34.86 
 
 
452 aa  256  5e-67  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000352854  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0922  amino acid/peptide transporter  33.4 
 
 
477 aa  255  1.0000000000000001e-66  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000322625  unclonable  8.27442e-19 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04805  proton/peptide symporter family protein  33.21 
 
 
533 aa  251  2e-65  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1737  amino acid/peptide transporter  31.33 
 
 
497 aa  247  3e-64  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.824621  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3596  amino acid/peptide transporter  34.12 
 
 
501 aa  243  3.9999999999999997e-63  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.161382  normal  0.0248648 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0834  amino acid/peptide transporter  37.5 
 
 
432 aa  239  5.999999999999999e-62  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.655453  normal  0.033682 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0734  di-/tripeptide transporter  32.72 
 
 
497 aa  235  1.0000000000000001e-60  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0279102  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0093  di-tripeptide ABC transporter  32.9 
 
 
497 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.569603  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0742  proton/peptide symporter family protein  34.86 
 
 
395 aa  233  5e-60  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000114111  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1444  proton/peptide symporter family protein  34.07 
 
 
490 aa  233  6e-60  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000293034  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1058  amino acid/peptide transporter  34.77 
 
 
467 aa  232  1e-59  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0183593  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0955  amino acid/peptide transporter  33.54 
 
 
510 aa  229  1e-58  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.334898  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2849  amino acid/peptide transporter  31.14 
 
 
498 aa  228  2e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3244  amino acid/peptide transporter  34.41 
 
 
495 aa  227  4e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.950565  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2868  amino acid/peptide transporter  29.48 
 
 
495 aa  226  7e-58  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00750801  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1074  di-tripeptide ABC transporter membrane protein  32.91 
 
 
510 aa  225  1e-57  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3303  amino acid/peptide transporter  31.22 
 
 
516 aa  224  3e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4484  amino acid/peptide transporter  32.07 
 
 
516 aa  223  8e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0470977  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0757  di-/tripeptide transporter  30.2 
 
 
517 aa  220  3.9999999999999997e-56  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.548363  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0134  amino acid/peptide transporter  31.81 
 
 
489 aa  220  5e-56  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1345  di-/tripeptide transporter  30.17 
 
 
516 aa  216  9.999999999999999e-55  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0750  amino acid/peptide transporter  29.94 
 
 
501 aa  215  1.9999999999999998e-54  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.603499  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0767  amino acid/peptide transporter  29.94 
 
 
501 aa  215  1.9999999999999998e-54  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2556  amino acid/peptide transporter  31.42 
 
 
484 aa  212  9e-54  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.109155  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0984  dipeptide/tripeptide permease  31.26 
 
 
483 aa  211  2e-53  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.00152732  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2904  amino acid/peptide transporter  29.39 
 
 
497 aa  209  9e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00155043 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17650  amino acid/peptide transporter (peptide:H symporter)  30.55 
 
 
511 aa  209  9e-53  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4252  amino acid/peptide transporter  30.16 
 
 
486 aa  207  2e-52  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3369  proton/peptide symporter family protein  30.17 
 
 
544 aa  205  1e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.31641  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3194.1  peptide transporter  39.35 
 
 
324 aa  204  3e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0521  dipeptide/tripeptide permease  28.85 
 
 
498 aa  204  3e-51  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  0.000000000167951  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3744  amino acid/peptide transporter  32.75 
 
 
499 aa  204  3e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.971567 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1105  alkaline phosphatase  29.59 
 
 
544 aa  199  6e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.377732 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1572  di-/tripeptide transporter  28.66 
 
 
492 aa  198  1.0000000000000001e-49  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.827276  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0615  proton/peptide symporter family protein  28.45 
 
 
492 aa  197  3e-49  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03062  putative proton-dependent peptide transporter  32.39 
 
 
483 aa  194  2e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000506345  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0277  amino acid/peptide transporter  29.56 
 
 
499 aa  192  1e-47  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000259644  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1421  amino acid/peptide transporter  29.14 
 
 
494 aa  191  2.9999999999999997e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0392  di-tripeptide transporter, putative  29.61 
 
 
501 aa  187  3e-46  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1088  amino acid/peptide transporter  42.92 
 
 
584 aa  181  2e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0945  amino acid/peptide transporter  40.98 
 
 
534 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.985856  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2795  amino acid/peptide transporter  40 
 
 
539 aa  179  9e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.274379  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1585  amino acid/peptide transporter  40 
 
 
539 aa  179  9e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1555  amino acid/peptide transporter  40 
 
 
539 aa  179  9e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1551  amino acid/peptide transporter  40 
 
 
539 aa  179  1e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3766  amino acid/peptide transporter  29.52 
 
 
482 aa  176  9.999999999999999e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000840749  normal  0.111557 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0623  amino acid/peptide transporter  26.98 
 
 
495 aa  171  3e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000100169  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3942  amino acid/peptide transporter  43.81 
 
 
496 aa  168  2e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0547773  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3861  amino acid/peptide transporter  28.7 
 
 
485 aa  166  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4371  amino acid/peptide transporter  28.7 
 
 
485 aa  166  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.113976  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>