More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3507 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3507  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  100 
 
 		 345 aa  676    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.381977  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2711  tRNA(Ile)-lysidine synthase  78.27 
 
 		 371 aa  513  1e-144  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.658001  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4744  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  66.86 
 
 		 346 aa  434  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.925373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1316  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  64.04 
 
 		 346 aa  377  1e-103  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6875  tRNA(Ile)-lysidine synthase  63.53 
 
 		 358 aa  372  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.487527  normal  0.0484276 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4142  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  65.41 
 
 		 347 aa  362  4e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1817  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  64.72 
 
 		 346 aa  339  4e-92  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19753  normal  0.581265 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3082  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  50.71 
 
 		 368 aa  285  7e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5490  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.73 
 
 		 339 aa  192  9e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4334  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  46.48 
 
 		 345 aa  191  2e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.114566 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3637  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.96 
 
 		 400 aa  169  5e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.845838  normal  0.200954 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0779  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.92 
 
 		 377 aa  162  1e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0526339 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1114  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.41 
 
 		 417 aa  160  3e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0822323  normal  0.384948 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2125  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.49 
 
 		 443 aa  159  6e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.378443  normal  0.301003 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0282  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.73 
 
 		 344 aa  157  3e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.271533  normal  0.0151148 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4841  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.77 
 
 		 342 aa  151  2e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0339142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0978  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  38.29 
 
 		 422 aa  150  4e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0172584  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2362  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  42.86 
 
 		 430 aa  149  6e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.54755  normal  0.628106 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0666  cell cycle protein  44.3 
 
 		 412 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2319  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.3 
 
 		 412 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.074868  normal  0.706957 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5309  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.82 
 
 		 347 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1097  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.99 
 
 		 434 aa  142  7e-33  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3168  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.36 
 
 		 446 aa  142  8e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0565  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.87 
 
 		 412 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0689  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.8 
 
 		 409 aa  141  1.9999999999999998e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.544883  normal  0.119595 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0878  cell cycle protein MesJ  32.27 
 
 		 433 aa  138  1e-31  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1254  cell cycle protein MesJ, putative  33.7 
 
 		 431 aa  136  5e-31  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5387  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  48.17 
 
 		 342 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1097  PP-loop protein  46.86 
 
 		 462 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.873661  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1692  hypothetical protein  42.86 
 
 		 448 aa  130  3e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1222  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.07 
 
 		 456 aa  130  3e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.633545  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1636  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.86 
 
 		 448 aa  130  3e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3626  hypothetical protein  42.16 
 
 		 454 aa  126  4.0000000000000003e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0712602  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3492  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.08 
 
 		 491 aa  124  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0309662  normal  0.10805 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0094  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.38 
 
 		 454 aa  122  8e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2413  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40 
 
 		 450 aa  122  9.999999999999999e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0077  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  42.11 
 
 		 326 aa  116  6.9999999999999995e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3197  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.37 
 
 		 492 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.508884  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1618  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.81 
 
 		 524 aa  114  2.0000000000000002e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0950801 
 
 
-
 
NC_002620  TC0228  MesJ/Ycf62 family protein  34.63 
 
 		 321 aa  112  7.000000000000001e-24  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.131932  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1464  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.12 
 
 		 464 aa  110  4.0000000000000004e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.727377  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1179  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.12 
 
 		 464 aa  110  4.0000000000000004e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.34468  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0061  hypothetical protein  33.48 
 
 		 476 aa  107  2e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.625972  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0074  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.48 
 
 		 476 aa  107  2e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0125987  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.08 
 
 		 476 aa  107  2e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0441  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.71 
 
 		 321 aa  107  3e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.226465  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0058  cell cycle protein  33.48 
 
 		 476 aa  107  4e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1467  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.33 
 
 		 338 aa  106  5e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0235653 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0079  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.84 
 
 		 509 aa  106  5e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1360  PP-loop  35.84 
 
 		 445 aa  106  6e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0083  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.1 
 
 		 481 aa  106  6e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.24629  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0437  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.3 
 
 		 349 aa  106  7e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000203685  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1572  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.48 
 
 		 462 aa  105  9e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.685949  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0071  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.04 
 
 		 476 aa  105  1e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0062  hypothetical protein  33.04 
 
 		 476 aa  105  1e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0058  cell cycle protein  33.04 
 
 		 476 aa  105  1e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0062  hypothetical protein  33.04 
 
 		 476 aa  105  1e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.223025  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0068  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.49 
 
 		 480 aa  105  1e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.552857  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1608  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.6 
 
 		 427 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2624  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.31 
 
 		 453 aa  104  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_31371  predicted protein  32.16 
 
 		 484 aa  104  2e-21  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5246  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.6 
 
 		 476 aa  104  3e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.320432  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1846  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.95 
 
 		 388 aa  103  3e-21  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.16 
 
 		 476 aa  103  4e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0365  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.25 
 
 		 390 aa  103  6e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0070  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.6 
 
 		 476 aa  102  7e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.278443  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4065  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.39 
 
 		 426 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000422892 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3027  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.25 
 
 		 486 aa  102  1e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00722625  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4169  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.18 
 
 		 427 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.911807 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0104  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  38.26 
 
 		 455 aa  102  1e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.192858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1163  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.44 
 
 		 427 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.114234  normal  0.932043 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0831  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.39 
 
 		 344 aa  101  2e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.209005  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17280  hypothetical protein  37.97 
 
 		 442 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3087  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.64 
 
 		 325 aa  100  5e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  36.6 
 
 		 326 aa  100  5e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2187  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  38.18 
 
 		 444 aa  99.4  8e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.150034  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0996  cell cycle protein  38.21 
 
 		 458 aa  98.6  1e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000144135  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4748  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.37 
 
 		 333 aa  98.6  1e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000165031 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00560  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.69 
 
 		 468 aa  98.2  2e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0427403  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0934  cell-cycle protein  29.34 
 
 		 427 aa  98.2  2e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.504247  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.51 
 
 		 471 aa  98.2  2e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0862311  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1004  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.14 
 
 		 521 aa  98.2  2e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.925519  normal  0.368038 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2027  ketose-bisphosphate aldolase, class-II  37.31 
 
 		 357 aa  97.4  3e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.481135  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0266  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.64 
 
 		 464 aa  97.1  4e-19  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2735  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.69 
 
 		 459 aa  96.7  5e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000920326  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0294  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.14 
 
 		 433 aa  96.3  7e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.212762 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0275  tRNA(Ile)-lysidine synthetase, MesJ  31.41 
 
 		 431 aa  95.9  8e-19  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.538522 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0850  hypothetical protein  31.76 
 
 		 431 aa  95.1  1e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2640  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36 
 
 		 457 aa  95.1  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1594  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.51 
 
 		 457 aa  95.1  2e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1446  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.56 
 
 		 321 aa  94.7  2e-18  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2624  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.79 
 
 		 442 aa  94.7  2e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0825  hypothetical protein  31.22 
 
 		 431 aa  94.7  2e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1626  PP-loop family protein  30.56 
 
 		 321 aa  94  3e-18  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1598  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  42.57 
 
 		 284 aa  94.4  3e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.331107 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2662  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.36 
 
 		 474 aa  94.4  3e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0298541 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2255  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.05 
 
 		 470 aa  93.6  4e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000164425  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3547  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.2 
 
 		 427 aa  93.2  5e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.397659  normal  0.0756988 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0581  ATP/GTP hydrolase  31.66 
 
 		 330 aa  93.2  6e-18  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1786  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30 
 
 		 321 aa  93.2  6e-18  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>