More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3468 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_3468  cobalamin synthesis protein, P47K  100 
 
 
355 aa  728  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.246587  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0756  cobalamin synthesis protein, CobW  90.7 
 
 
353 aa  599  1e-170  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0929  cobalamin synthesis protein P47K  74.29 
 
 
349 aa  521  1e-147  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.363072  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1342  putative cobalamin synthesis protein/P47K family protein  73.95 
 
 
345 aa  520  1e-146  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.245031 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4831  cobalamin synthesis protein, P47K  75.28 
 
 
350 aa  516  1e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.293757  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4556  cobalamin synthesis protein, P47K  72.88 
 
 
347 aa  516  1e-145  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.107913  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3425  cobalamin synthesis protein, P47K  73.45 
 
 
361 aa  511  1e-144  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0953309  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0846  cobalamin synthesis protein, P47K  74.36 
 
 
353 aa  510  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.136084 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0917  cobalamin synthesis protein, CobW  72.03 
 
 
350 aa  507  1e-143  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.191872  normal  0.446046 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4710  cobalamin synthesis protein P47K  71.19 
 
 
355 aa  491  1e-138  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.149594 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3663  cobalamin synthesis protein P47K  71.15 
 
 
363 aa  486  1e-136  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.234992 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3021  cobalamin synthesis protein P47K  70.11 
 
 
358 aa  482  1e-135  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3685  cobalamin synthesis protein P47K  67.33 
 
 
335 aa  476  1e-133  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.444598  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2114  cobalamin synthesis protein P47K  66.48 
 
 
328 aa  471  1e-131  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.56186 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1731  cobalamin synthesis protein P47K  66.1 
 
 
329 aa  470  1e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.425021 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1778  cobalamin synthesis protein P47K  66.48 
 
 
328 aa  471  1e-131  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.468449  normal  0.647209 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4494  cobalamin synthesis protein P47K  64.79 
 
 
320 aa  456  1e-127  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0590812  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4562  cobalamin synthesis protein P47K  64.79 
 
 
320 aa  452  1e-126  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00110113 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2276  putative CobW protein involved in cobalamin synthesis  62.86 
 
 
326 aa  434  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0913619  normal  0.150937 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0929  low affinity zinc transport membrane protein  60.8 
 
 
343 aa  425  1e-118  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.426813  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2842  cobalamin synthesis protein, P47K  60.28 
 
 
354 aa  419  1e-116  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0987  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  60.22 
 
 
374 aa  416  1e-115  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.32175  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1373  cobalamin synthesis protein P47K  58.78 
 
 
393 aa  415  1e-115  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1304  cobalamin synthesis protein, P47K  59.15 
 
 
320 aa  417  1e-115  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.405141  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0196  cobalamin synthesis protein P47K  60.22 
 
 
364 aa  409  1e-113  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.174465  normal  0.775043 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3384  cobalamin synthesis protein P47K  56.79 
 
 
360 aa  405  1e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.162909  normal  0.200467 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2767  cobalamin synthesis protein P47K  59.66 
 
 
369 aa  401  1e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.469353  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3682  cobalamin synthesis protein P47K  55.98 
 
 
367 aa  395  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.296986 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0611  cobalamin synthesis protein P47K  57.26 
 
 
332 aa  397  1e-109  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.71741  normal  0.0611069 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3796  hypothetical protein  55.83 
 
 
365 aa  382  1e-105  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.213041  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1909  cobalamin synthesis protein P47K  54.37 
 
 
323 aa  379  1e-104  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0285  cobalamin synthesis protein/P47K  53.5 
 
 
323 aa  373  1e-102  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.980872  normal  0.42321 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3189  cobalamin synthesis protein P47K  53.95 
 
 
323 aa  369  1e-101  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0646926 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0862  cobalamin synthesis protein P47K  52.27 
 
 
323 aa  355  9e-97  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0888  cobalamin synthesis protein P47K  52.27 
 
 
323 aa  355  9e-97  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.908618 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5187  cobalamin synthesis protein P47K  50.99 
 
 
323 aa  352  4e-96  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.491695  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0947  putative CobW protein involved in cobalamin synthesis  45.63 
 
 
337 aa  314  2e-84  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0291  cobalamin synthesis protein P47K  46.35 
 
 
328 aa  310  3e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011699  PHATRDRAFT_41508  predicted protein  44.72 
 
 
394 aa  298  7e-80  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.328338  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4708  cobalamin synthesis protein P47K  44.03 
 
 
324 aa  298  8e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.455189  normal  0.404578 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1456  cobalamin synthesis protein P47K  44.17 
 
 
384 aa  289  6e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40657  predicted protein  42.94 
 
 
404 aa  287  3e-76  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.15891  normal  0.0463328 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1524  cobalamin synthesis protein P47K  42.46 
 
 
319 aa  283  2e-75  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2015  cobalamin synthesis protein, P47K  46.07 
 
 
353 aa  277  2e-73  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3429  cobalamin synthesis protein, P47K  42.7 
 
 
350 aa  277  2e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal  0.828912 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2023  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  41.53 
 
 
316 aa  277  2e-73  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0807  cobalamin synthesis protein, P47K  42.7 
 
 
359 aa  276  5e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.591841  normal  0.94341 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3286  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  41.24 
 
 
316 aa  275  6e-73  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3457  cobalamin synthesis protein P47K  42.33 
 
 
322 aa  275  6e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1879  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  40.5 
 
 
319 aa  276  6e-73  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1883  cobalamin synthesis protein P47K  41.24 
 
 
316 aa  275  8e-73  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.327033  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6978  cobalamin synthesis protein P47K  40.91 
 
 
324 aa  275  1e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.227526  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1724  cobalamin synthesis protein P47K  63.03 
 
 
493 aa  274  1e-72  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.651527 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1833  cobalamin synthesis protein  40.5 
 
 
319 aa  275  1e-72  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1849  cobalamin synthesis protein  40.68 
 
 
316 aa  274  1e-72  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.443827  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3607  cobalamin synthesis protein P47K  45.3 
 
 
375 aa  274  2e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.734261  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1732  cobalamin synthesis protein P47K  43.26 
 
 
352 aa  273  3e-72  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11271  cobalamin synthesis protein/P47K  57.94 
 
 
452 aa  273  4e-72  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2056  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  40.68 
 
 
316 aa  273  4e-72  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2021  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  40.68 
 
 
316 aa  273  4e-72  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.53794  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2134  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  40.68 
 
 
316 aa  273  5e-72  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3439  cobalamin synthesis protein, P47K  42.25 
 
 
351 aa  272  7e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.745732  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2101  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  40.68 
 
 
316 aa  272  8e-72  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4377  hypothetical protein  41.1 
 
 
363 aa  271  1e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1044  cobalamin synthesis protein/P47K  57.87 
 
 
449 aa  271  1e-71  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.936945  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0904  cobalamin synthesis protein P47K  42.7 
 
 
349 aa  270  2e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11351  cobalamin synthesis protein/P47K  57.41 
 
 
449 aa  270  3e-71  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.593368  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3432  cobalamin synthesis protein/P47K  42.11 
 
 
347 aa  269  7e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.432548  normal  0.426246 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11351  cobalamin synthesis protein/P47K  56.94 
 
 
449 aa  268  7e-71  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0127  cobalamin synthesis protein P47K  43.96 
 
 
363 aa  268  1e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.150599 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0072  cobalamin synthesis protein P47K  41.67 
 
 
362 aa  266  3e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1037  G3E family GTPase  56.74 
 
 
460 aa  266  5e-70  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3078  cobalamin synthesis protein/P47K:cobalamin synthesis CobW, C-terminal  43.58 
 
 
360 aa  265  7e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.361866  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19071  cobalamin synthesis protein/P47K  57.28 
 
 
460 aa  265  8e-70  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_11161  cobalamin synthesis protein/P47K  57.28 
 
 
457 aa  264  2e-69  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.210673 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3386  hypothetical protein  42.42 
 
 
347 aa  264  2e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.414408 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4556  cobalamin synthesis protein, P47K  41.01 
 
 
356 aa  264  2e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1063  cobalamin synthesis protein, P47K  42.42 
 
 
352 aa  263  2e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.941707 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3703  cobalamin synthesis protein P47K  41.05 
 
 
362 aa  264  2e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.847645 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0163  cobalamin synthesis protein/P47K:cobalamin synthesis CobW, C-terminal  44.17 
 
 
357 aa  263  3e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3380  cobalamin synthesis protein P47K  43.33 
 
 
359 aa  263  4e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_15201  cobalamin synthesis protein/P47K  56.34 
 
 
460 aa  263  5e-69  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.527171  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0345  cobalamin synthesis protein P47K  41.37 
 
 
362 aa  261  1e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.593082 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3834  cobalamin synthesis protein P47K  40.95 
 
 
343 aa  261  1e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.739189 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_3375  predicted protein  42.49 
 
 
388 aa  260  2e-68  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2998  cobalamin synthesis protein P47K  43.38 
 
 
387 aa  259  5e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.249675 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7138  cobalamin synthesis protein P47K  42.38 
 
 
360 aa  258  1e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.775863  normal  0.480911 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3684  cobalamin synthesis protein, P47K  41.26 
 
 
369 aa  257  2e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3084  cobalamin synthesis protein P47K  42.7 
 
 
359 aa  257  3e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0517303 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2994  cobalamin synthesis protein P47K  40.65 
 
 
372 aa  256  3e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6439  cobalamin synthesis protein/P47K  42.7 
 
 
359 aa  256  4e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3135  cobalamin synthesis protein, P47K  42.42 
 
 
388 aa  255  7e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.470512  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0047  hypothetical protein  42.7 
 
 
362 aa  255  7e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_29990  predicted protein  39.56 
 
 
339 aa  255  7e-67  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.120572  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3089  cobalamin synthesis protein, P47K  42.46 
 
 
393 aa  254  1e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.356771  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3106  cobalamin synthesis protein P47K  42.22 
 
 
395 aa  254  2e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.405952 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5092  cobalamin synthesis protein P47K  41.76 
 
 
327 aa  253  3e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.2571  normal  0.304684 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2475  cobalamin synthesis protein, P47K  42.18 
 
 
393 aa  253  4e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.557967  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0634  cobalamin synthesis protein/P47K  43.73 
 
 
369 aa  247  2e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4002  cobalamin synthesis protein P47K  40 
 
 
346 aa  245  8e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.242709  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>