More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3419 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_0924  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  95 
 
 
380 aa  755  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.215223  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0856  ornithine decarboxylase  88.42 
 
 
380 aa  706  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.310254 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4837  ornithine decarboxylase  90.26 
 
 
380 aa  717  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1349  ornithine decarboxylase  92.63 
 
 
380 aa  712  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.758302  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0938  Ornithine decarboxylase  88.95 
 
 
380 aa  708  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4547  ornithine decarboxylase  89.21 
 
 
380 aa  715  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.727864  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3419  ornithine decarboxylase  100 
 
 
380 aa  783  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.268803  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2715  ornithine decarboxylase  74.93 
 
 
377 aa  588  1e-167  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1080  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  74.21 
 
 
376 aa  584  1e-166  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.143277 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4245  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  74.41 
 
 
377 aa  587  1e-166  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1649  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  73.71 
 
 
388 aa  583  1e-165  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.648031  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0092  ornithine/DAP/arginine decarboxylase family decarboxylase 2  74.41 
 
 
377 aa  580  1e-164  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0100  ornithine/DAP/arginine decarboxylase family decarboxylase 2  74.41 
 
 
377 aa  580  1e-164  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.938006  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0446  ornithine decarboxylase  73.97 
 
 
390 aa  577  1e-163  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0877313 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1157  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  73.42 
 
 
376 aa  572  1e-162  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0214354 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2006  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  72.66 
 
 
388 aa  572  1e-162  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.447532  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2045  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  72.58 
 
 
388 aa  572  1e-162  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.151029  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2320  Ornithine decarboxylase  72.85 
 
 
388 aa  573  1e-162  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.724632  normal  0.55371 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3689  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  72.3 
 
 
377 aa  570  1e-161  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.192406  normal  0.735507 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4655  ornithine decarboxylase  71.91 
 
 
388 aa  566  1e-160  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.203932 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3390  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  72.03 
 
 
377 aa  567  1e-160  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.151925 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2140  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  70.53 
 
 
376 aa  563  1e-159  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3806  ornithine decarboxylase  72.03 
 
 
377 aa  561  1e-159  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.16357  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2772  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  72.56 
 
 
377 aa  548  1e-155  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1090  pyridoxal-dependent decarboxylase  67.28 
 
 
377 aa  531  1e-150  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.41465  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3234  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  62.5 
 
 
433 aa  478  1e-134  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.17502  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2057  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  52.11 
 
 
376 aa  404  1e-111  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0410  ornithine decarboxylase  51.98 
 
 
391 aa  397  1e-109  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0077  ornithine decarboxylase  51.32 
 
 
391 aa  396  1e-109  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1693  ornithine decarboxylase  53.54 
 
 
421 aa  397  1e-109  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0801  ornithine decarboxylase  50.67 
 
 
387 aa  395  1e-109  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.430321  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12320  Ornithine decarboxylase  50.4 
 
 
387 aa  394  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5135  ornithine decarboxylase  50.4 
 
 
387 aa  391  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.157248  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58630  ornithine decarboxylase  50.13 
 
 
387 aa  390  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2175  ornithine decarboxylase  51.89 
 
 
388 aa  390  1e-107  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.174065 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4247  ornithine decarboxylase  51.1 
 
 
387 aa  385  1e-106  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3392  ornithine decarboxylase  50 
 
 
391 aa  387  1e-106  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  2.6968e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0445  ornithine decarboxylase  49.21 
 
 
391 aa  385  1e-106  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00713541  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3405  diaminopimelate decarboxylase  49.47 
 
 
391 aa  384  1e-105  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3682  ornithine decarboxylase  48.95 
 
 
391 aa  383  1e-105  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00110632  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0801  ornithine decarboxylase  50.55 
 
 
387 aa  383  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.748721 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3075  diaminopimelate decarboxylase  49.34 
 
 
391 aa  382  1e-105  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000605202  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3507  ornithine decarboxylase  49.21 
 
 
391 aa  385  1e-105  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00021864  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0576  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  48.4 
 
 
392 aa  382  1e-105  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0489  Diaminopimelate decarboxylase  48.42 
 
 
391 aa  380  1e-104  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000118387  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4572  pyridoxal-dependent decarboxylase, pyridoxal binding domain protein  50.83 
 
 
359 aa  379  1e-104  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0541  diaminopimelate decarboxylase  48.42 
 
 
391 aa  380  1e-104  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0699456  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4136  decarboxylase, pyridoxal-dependent  48.68 
 
 
391 aa  381  1e-104  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3854  diaminopimelate decarboxylase  48.42 
 
 
391 aa  381  1e-104  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  7.39123e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3110  ornithine decarboxylase  52.69 
 
 
390 aa  380  1e-104  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4314  ornithine decarboxylase  50 
 
 
387 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0146694 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0486  diaminopimelate decarboxylase  48.42 
 
 
391 aa  381  1e-104  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  6.02971e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0465  diaminopimelate decarboxylase  48.42 
 
 
391 aa  381  1e-104  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  1.04832e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0908  ornithine decarboxylase  49.45 
 
 
387 aa  378  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0226551 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0894  ornithine decarboxylase  49.45 
 
 
387 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.199626 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0801  ornithine decarboxylase  50.14 
 
 
389 aa  377  1e-103  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5654  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  50 
 
 
397 aa  377  1e-103  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2177  ornithine decarboxylase  48.28 
 
 
390 aa  377  1e-103  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.024937  normal  0.209204 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0864  ornithine decarboxylase  49.45 
 
 
371 aa  378  1e-103  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0390948  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1375  ornithine decarboxylase  52.82 
 
 
398 aa  374  1e-102  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.291612  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0037  ornithine decarboxylase  48.68 
 
 
391 aa  364  1e-99  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0029  ornithine decarboxylase  48.68 
 
 
391 aa  362  5e-99  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24620  ornithine decarboxylase  48.68 
 
 
389 aa  360  2e-98  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1109  pyridoxal-dependent family decarboxylase  47.81 
 
 
389 aa  359  5e-98  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2180  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  49.87 
 
 
376 aa  358  9e-98  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0693915  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1416  ornithine decarboxylase  47.54 
 
 
392 aa  357  2e-97  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0531  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  42.41 
 
 
390 aa  306  6e-82  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.077204  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0684  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  44.51 
 
 
393 aa  305  8e-82  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0924  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  45.73 
 
 
388 aa  303  4e-81  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  3.24435e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0946  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  45.45 
 
 
388 aa  302  6e-81  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000933718  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1333  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  45.4 
 
 
386 aa  300  2e-80  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000335599  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5043  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  45.45 
 
 
403 aa  290  3e-77  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1510  Ornithine decarboxylase  36.52 
 
 
400 aa  243  4e-63  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  1.5857e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3803  Ornithine decarboxylase  35.47 
 
 
392 aa  206  7e-52  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.390604  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1964  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.24 
 
 
391 aa  205  1e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0879  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.24 
 
 
379 aa  181  3e-44  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03846  ornithine decarboxylase (Eurofung)  32.46 
 
 
434 aa  166  6e-40  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  2.12473e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0693  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.27 
 
 
379 aa  165  2e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1046  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.87 
 
 
397 aa  156  4e-37  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.627883  normal  0.114267 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2447  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.91 
 
 
404 aa  157  4e-37  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0274  ornithine decarboxylase  32.31 
 
 
398 aa  152  1e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  8.05907e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1847  diaminopimelate decarboxylase  31.52 
 
 
418 aa  148  1e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0258  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.14 
 
 
420 aa  144  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.135065 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0858  diaminopimelate decarboxylase  32.09 
 
 
415 aa  144  3e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.168666  n/a   
 
 
-
 
NC_009046  PICST_90612  ornithine decarboxylase  28.28 
 
 
458 aa  141  2e-32  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.253647  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0377  ornithine decarboxylase  32.46 
 
 
417 aa  141  2e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.412388  normal  0.928081 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4218  diaminopimelate decarboxylase  31.54 
 
 
427 aa  140  3e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15741  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2321  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.33 
 
 
387 aa  140  4e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.671563  normal  0.250047 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  31.27 
 
 
427 aa  139  6e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4193  diaminopimelate decarboxylase  31.03 
 
 
427 aa  139  7e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2895  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.44 
 
 
382 aa  139  8e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000922142 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0314  diaminopimelate decarboxylase  29.95 
 
 
417 aa  137  2e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0238  diaminopimelate decarboxylase  30.52 
 
 
414 aa  137  2e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.24058  normal 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12642  ornithine decarboxylase 2  28.24 
 
 
390 aa  136  5e-31  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0209  diaminopimelate decarboxylase  32.34 
 
 
415 aa  136  6e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0840  putative decarboxylase, pyridoxal-dependent  32.66 
 
 
396 aa  135  1e-30  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0494  diaminopimelate decarboxylase  29.08 
 
 
416 aa  134  4e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0267  diaminopimelate decarboxylase  30.71 
 
 
415 aa  133  5e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1240  diaminopimelate decarboxylase  28.86 
 
 
420 aa  133  5e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  30.5 
 
 
422 aa  132  8e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>