188 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3147 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3147  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  100 
 
 		 206 aa  413  1e-114  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0657581  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2527  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  85.92 
 
 		 206 aa  348  3e-95  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.442194 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1729  putative outer membrane protein precursor  74.6 
 
 		 206 aa  291  4e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.259515 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0900  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  72.92 
 
 		 207 aa  287  7e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.801875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1178  outer membrane protein  69.47 
 
 		 207 aa  266  2e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.557551  normal  0.0838188 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1363  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  69.47 
 
 		 207 aa  265  5e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.76499  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1282  putative outer membrane protein  69.66 
 
 		 207 aa  255  4e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.494917  normal  0.183567 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2343  porin  45.05 
 
 		 207 aa  143  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0423  outer membrane protein, 31 kDa  38.08 
 
 		 240 aa  124  1e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.91759  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2341  porin  43.48 
 
 		 236 aa  122  3e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.608955  normal  0.297853 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0239  putative outer membrane protein  41.06 
 
 		 452 aa  121  6e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0366  outer membrane protein Omp31  37.66 
 
 		 240 aa  121  6e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.658451  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1622  outer membrane protein Omp31  34.5 
 
 		 261 aa  120  1.9999999999999998e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0748  putative outer membrane protein  40.8 
 
 		 447 aa  115  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.272117 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  37.17 
 
 		 254 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4312  porin  33.77 
 
 		 228 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0873  porin  37.38 
 
 		 449 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0140955  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0119  outer membrane protein, putative  37.57 
 
 		 228 aa  106  3e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.109473  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0116  putative outer membrane protein  37.57 
 
 		 228 aa  106  3e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0188  outer membrane protein  35.74 
 
 		 453 aa  103  1e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0566764  normal  0.419379 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0890  porin  35.92 
 
 		 255 aa  104  1e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4615  outer membrane protein  37.32 
 
 		 449 aa  104  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2294  porin  37.08 
 
 		 250 aa  103  2e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  35.55 
 
 		 225 aa  102  3e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0108  porin  34.82 
 
 		 244 aa  101  6e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.0665959 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0795  putative outer membrane protein  37.88 
 
 		 454 aa  101  9e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.755835 
 
 
-
 
NC_004310  BR0971  outer membrane protein, putative  33 
 
 		 236 aa  101  1e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3142  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  39.88 
 
 		 240 aa  100  2e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4378  putative outer-membrane protein, putative secreted protein  42.29 
 
 		 212 aa  100  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71482  normal  0.0231919 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2467  porin  35.21 
 
 		 250 aa  99  4e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0722012 
 
 
-
 
NC_004310  BR0118  outer membrane protein, putative  34.38 
 
 		 230 aa  98.2  7e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.350872  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0115  putative outer membrane protein  34.38 
 
 		 230 aa  98.2  7e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1234  porin  35.29 
 
 		 211 aa  97.8  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.248035  hitchhiker  0.0000166827 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1088  porin  35.78 
 
 		 211 aa  97.8  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000040892 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0888  porin  33.33 
 
 		 239 aa  97.8  1e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164958 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  32.81 
 
 		 258 aa  96.3  3e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  35 
 
 		 255 aa  95.5  4e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2468  porin  35.8 
 
 		 248 aa  95.5  5e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.750857  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0475  porin  32.26 
 
 		 283 aa  95.5  5e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0556645  normal  0.835122 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0133  porin  33.68 
 
 		 229 aa  94  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.679493  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6698  porin  34.96 
 
 		 246 aa  92.8  3e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1941  outer membrane protein  32.67 
 
 		 254 aa  92  5e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  40.91 
 
 		 710 aa  91.7  8e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1561  outer membrane protein  32.35 
 
 		 212 aa  90.5  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0429  putative 31 kDa outer-membrane immunogenic protein precursor  38.2 
 
 		 219 aa  89.7  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.22814  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2587  porin  31.55 
 
 		 213 aa  89.4  3e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5028  porin  32.33 
 
 		 274 aa  88.6  6e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.654238  normal  0.049005 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2342  porin  34.85 
 
 		 232 aa  88.6  6e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0701  outer-membrane protein Omp25  31.55 
 
 		 213 aa  88.2  8e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4568  porin  32.33 
 
 		 274 aa  88.2  8e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170806  normal  0.117161 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1973  OmpA-like transmembrane region  36.09 
 
 		 216 aa  88.2  8e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2567  hypothetical protein  34.54 
 
 		 234 aa  87.8  1e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1908  hypothetical protein  32.39 
 
 		 212 aa  86.7  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.807781  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2145  outer membrane protein  36.36 
 
 		 274 aa  85.1  6e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.225218  normal  0.619069 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3234  putative outer membrane protein  31.56 
 
 		 237 aa  85.1  7e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4826  OmpA-like transmembrane region  34.42 
 
 		 251 aa  84.7  9e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2199  putative outer membrane protein  33.78 
 
 		 237 aa  84.3  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4191  porin  33.09 
 
 		 277 aa  84.3  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.572189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0784  porin  32.56 
 
 		 212 aa  84.3  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.275504  normal  0.0786165 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4377  putative outer-membrane protein  37.89 
 
 		 245 aa  84  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.222597  normal  0.062323 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5409  porin  31.27 
 
 		 279 aa  82.4  0.000000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.801907  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5652  porin  34.38 
 
 		 207 aa  82.4  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.303382  normal  0.313957 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4374  putative outer-membrane protein  36.2 
 
 		 248 aa  80.9  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0950016 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4523  putative outer-membrane protein precursor  33.91 
 
 		 237 aa  81.3  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1247  hypothetical protein  30.93 
 
 		 212 aa  80.5  0.00000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.274349  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5086  porin  30.34 
 
 		 274 aa  80.1  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.62657  normal  0.99686 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0096  outer membrane protein, 31 kDa  29.33 
 
 		 237 aa  80.5  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3853  porin  33.63 
 
 		 240 aa  79  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3175  hypothetical protein  30 
 
 		 566 aa  79.3  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.424838  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0819  porin  35.33 
 
 		 204 aa  79.3  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0719605  normal  0.506038 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0841  putative outer membrane protein  34.18 
 
 		 242 aa  79  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.227029 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0692  outer-membrane protein Omp25  30.88 
 
 		 201 aa  78.6  0.00000000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3232  OmpA domain-containing protein  33 
 
 		 230 aa  78.6  0.00000000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000209958  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4247  porin  33.33 
 
 		 278 aa  78.2  0.00000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.740101  normal  0.319403 
 
 
-
 
NC_004310  BR1284  hypothetical protein  30.41 
 
 		 212 aa  77.4  0.0000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.40204  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2845  outer membrane autotransporter barrel  31.89 
 
 		 652 aa  77.4  0.0000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171202  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0513  porin  28.52 
 
 		 279 aa  77.4  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.263575  hitchhiker  0.00240622 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5167  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  35.68 
 
 		 236 aa  77  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165594  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0901  outer membrane autotransporter  31.43 
 
 		 638 aa  75.9  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2815  outer membrane insertion C-terminal signal  34.12 
 
 		 997 aa  75.5  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71405  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1238  outer membrane protein, 31 kDa  32.49 
 
 		 234 aa  75.5  0.0000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3292  porin  30.27 
 
 		 296 aa  75.5  0.0000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.11718 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0072  outer membrane immunogenic protein  29.31 
 
 		 225 aa  75.1  0.0000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  4.17135e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3103  OmpA-like transmembrane region  32.14 
 
 		 236 aa  75.5  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.309907  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0132  porin  32.93 
 
 		 229 aa  75.1  0.0000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  33.85 
 
 		 689 aa  74.7  0.0000000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3415  putative outer membrane protein of unknown function  30.23 
 
 		 680 aa  74.7  0.0000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154801  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2780  hypothetical protein  30.15 
 
 		 570 aa  74.3  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.531202  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  30.67 
 
 		 692 aa  74.3  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0278  OmpA-like transmembrane region  34.68 
 
 		 245 aa  73.6  0.000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.670906  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4777  porin  34.85 
 
 		 243 aa  73.9  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1415  porin  32.33 
 
 		 276 aa  73.2  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000118187 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2756  putative outer membrane protein  34.88 
 
 		 241 aa  72.8  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0733  outer membrane protein  35.44 
 
 		 209 aa  72  0.000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.130321  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0932  hypothetical protein  31.55 
 
 		 205 aa  72  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.544275  normal  0.834774 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5256  porin  31.34 
 
 		 287 aa  72.4  0.000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2756  putative outer membrane protein  32.76 
 
 		 247 aa  72  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0841875  normal  0.703235 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1292  porin  31.33 
 
 		 276 aa  71.6  0.000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1286  porin  31.02 
 
 		 288 aa  71.2  0.000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2714  outer membrane protein  33.18 
 
 		 243 aa  71.2  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155382  normal  0.61221 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>