More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3106 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_3106  pyrroline-5-carboxylate reductase  100 
 
 
278 aa  539  9.999999999999999e-153  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2514  pyrroline-5-carboxylate reductase  85.56 
 
 
301 aa  450  1e-125  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.332545 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4171  pyrroline-5-carboxylate reductase  73.02 
 
 
281 aa  388  1e-107  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.539807 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1406  pyrroline-5-carboxylate reductase  73.68 
 
 
266 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.257606 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4850  pyrroline-5-carboxylate reductase  74.35 
 
 
277 aa  378  1e-104  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1743  pyrroline-5-carboxylate reductase  73.88 
 
 
273 aa  374  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.126409 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3882  pyrroline-5-carboxylate reductase  71.58 
 
 
281 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2538  pyrroline-5-carboxylate reductase  60.58 
 
 
278 aa  272  4.0000000000000004e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4024  pyrroline-5-carboxylate reductase  59.09 
 
 
276 aa  267  1e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324563  normal  0.363297 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4063  pyrroline-5-carboxylate reductase  58.57 
 
 
277 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.903054  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3769  pyrroline-5-carboxylate reductase  57.5 
 
 
277 aa  263  3e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.477016  normal  0.790636 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3168  pyrroline-5-carboxylate reductase  52.96 
 
 
273 aa  254  1.0000000000000001e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.624032  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2249  pyrroline-5-carboxylate reductase  54.48 
 
 
274 aa  248  6e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1362  pyrroline-5-carboxylate reductase  58.18 
 
 
272 aa  246  4e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.65645  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2265  pyrroline-5-carboxylate reductase  55.2 
 
 
293 aa  243  3.9999999999999997e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.739581 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1258  pyrroline-5-carboxylate reductase  54.89 
 
 
276 aa  241  9e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00981476 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3281  pyrroline-5-carboxylate reductase  53.36 
 
 
274 aa  239  5e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3018  pyrroline-5-carboxylate reductase  53.01 
 
 
275 aa  233  3e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2755  pyrroline-5-carboxylate reductase  53.76 
 
 
275 aa  229  3e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4946  pyrroline-5-carboxylate reductase  57.55 
 
 
277 aa  224  9e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.891745  hitchhiker  0.000000908822 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1138  pyrroline-5-carboxylate reductase  53.49 
 
 
273 aa  221  7e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00268881 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0881  pyrroline-5-carboxylate reductase  57.14 
 
 
277 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.120962  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0623  pyrroline-5-carboxylate reductase  52.83 
 
 
271 aa  220  1.9999999999999999e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.648438 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3009  pyrroline-5-carboxylate reductase  52.83 
 
 
273 aa  208  9e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.575876  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1323  pyrroline-5-carboxylate reductase  53.21 
 
 
273 aa  207  2e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.709486  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3328  pyrroline-5-carboxylate reductase  48.53 
 
 
269 aa  206  4e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.639937 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3364  pyrroline-5-carboxylate reductase  52.53 
 
 
255 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2645  pyrroline-5-carboxylate reductase  53.96 
 
 
273 aa  201  9.999999999999999e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0151  pyrroline-5-carboxylate reductase  45.52 
 
 
269 aa  192  3e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.779735  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4871  pyrroline-5-carboxylate reductase  46.27 
 
 
268 aa  192  7e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.552368 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3963  pyrroline-5-carboxylate reductase  46.15 
 
 
280 aa  189  4e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.93073  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0782  pyrroline-5-carboxylate reductase  45.26 
 
 
271 aa  184  1.0000000000000001e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0732  pyrroline-5-carboxylate reductase  45.26 
 
 
271 aa  184  1.0000000000000001e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1097  pyrroline-5-carboxylate reductase  45.15 
 
 
273 aa  182  6e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.616972  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1785  pyrroline-5-carboxylate reductase  38.95 
 
 
289 aa  179  2.9999999999999997e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0764  pyrroline-5-carboxylate reductase  50 
 
 
280 aa  177  2e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.253499 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1502  pyrroline-5-carboxylate reductase  40.52 
 
 
289 aa  174  9.999999999999999e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.829406 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2198  pyrroline-5-carboxylate reductase  51.89 
 
 
267 aa  173  2.9999999999999996e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00651972  normal  0.884064 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2704  pyrroline-5-carboxylate reductase  52.9 
 
 
270 aa  172  3.9999999999999995e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5320  pyrroline-5-carboxylate reductase  41.35 
 
 
272 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0340  pyrroline-5-carboxylate reductase  45.42 
 
 
275 aa  172  5e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0601  pyrroline-5-carboxylate reductase  42.7 
 
 
280 aa  171  7.999999999999999e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5474  pyrroline-5-carboxylate reductase  43.53 
 
 
273 aa  170  2e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2920  pyrroline-5-carboxylate reductase  44.32 
 
 
275 aa  169  4e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.495585  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0390  pyrroline-5-carboxylate reductase  40.75 
 
 
272 aa  169  6e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.446242 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3885  pyrroline-5-carboxylate reductase  43.45 
 
 
270 aa  168  8e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0846425  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4968  pyrroline-5-carboxylate reductase  39.77 
 
 
272 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5095  pyrroline-5-carboxylate reductase  39.77 
 
 
272 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.364055  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0370  pyrroline-5-carboxylate reductase  40.91 
 
 
272 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2947  pyrroline-5-carboxylate reductase  42.32 
 
 
272 aa  166  2.9999999999999998e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.810347  hitchhiker  0.0042807 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5145  pyrroline-5-carboxylate reductase  40.6 
 
 
272 aa  165  8e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9249  pyrroline-5-carboxylate reductase  46.1 
 
 
300 aa  165  9e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0562195  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1154  pyrroline-5-carboxylate reductase  41.86 
 
 
272 aa  164  1.0000000000000001e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1997  hypothetical protein  36.84 
 
 
262 aa  164  2.0000000000000002e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1992  hypothetical protein  40 
 
 
262 aa  164  2.0000000000000002e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5003  pyrroline-5-carboxylate reductase  42.21 
 
 
264 aa  162  6e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.102233  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0581  pyrroline-5-carboxylate reductase  40.15 
 
 
271 aa  161  9e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.948649  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3002  Delta 1-pyrroline-5-carboxylate reductase  40.07 
 
 
278 aa  161  1e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2518  pyrroline-5-carboxylate reductase  40 
 
 
271 aa  160  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.554672  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4151  pyrroline-5-carboxylate reductase  40.15 
 
 
273 aa  160  3e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0535  pyrroline-5-carboxylate reductase  37.87 
 
 
277 aa  159  4e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2901  pyrroline-5-carboxylate reductase  42.11 
 
 
270 aa  159  4e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000081741  unclonable  0.000000152537 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0929  pyrroline-5-carboxylate reductase  40.23 
 
 
273 aa  159  5e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.117445  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4472  pyrroline-5-carboxylate reductase  40.23 
 
 
268 aa  159  6e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.432942  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3093  pyrroline-5-carboxylate reductase  43.91 
 
 
273 aa  159  6e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0431736  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03070  pyrroline-5-carboxylate reductase  42.42 
 
 
272 aa  158  7e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0995956  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2802  pyrroline-5-carboxylate reductase  39.34 
 
 
278 aa  157  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0476  pyrroline-5-carboxylate reductase  39.77 
 
 
272 aa  157  3e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2417  pyrroline-5-carboxylate reductase  42.97 
 
 
271 aa  156  3e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_181  pyrroline-5-carboxylate reductase  38.11 
 
 
267 aa  156  3e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.136848  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0247  pyrroline-5-carboxylate reductase  38.38 
 
 
276 aa  155  5.0000000000000005e-37  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0642346  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2416  pyrroline-5-carboxylate reductase  46.64 
 
 
272 aa  155  6e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0677  pyrroline-5-carboxylate reductase  42.05 
 
 
260 aa  155  6e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5047  pyrroline-5-carboxylate reductase  39.39 
 
 
272 aa  154  1e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.518044  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0493  pyrroline-5-carboxylate reductase  40 
 
 
273 aa  154  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0716  pyrroline-5-carboxylate reductase  40.3 
 
 
271 aa  154  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.796831  normal  0.766779 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05150  pyrroline-5-carboxylate reductase  38.87 
 
 
273 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.59347  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2708  pyrroline-5-carboxylate reductase  41.29 
 
 
264 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.702325  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3982  pyrroline-5-carboxylate reductase  41.06 
 
 
271 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.401857 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0899  pyrroline-5-carboxylate reductase  41.26 
 
 
270 aa  152  4e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000196708 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1437  pyrroline-5-carboxylate reductase  39.34 
 
 
281 aa  152  5e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07387  Pyrroline-5-carboxylate reductase (EC 1.5.1.2) [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q96WX7]  37.59 
 
 
283 aa  152  8e-36  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2938  pyrroline-5-carboxylate reductase  39.16 
 
 
273 aa  151  1e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0548  pyrroline-5-carboxylate reductase  39.33 
 
 
269 aa  151  1e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3055  pyrroline-5-carboxylate reductase  38.83 
 
 
274 aa  150  2e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.145614  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1017  pyrroline-5-carboxylate reductase  38.77 
 
 
279 aa  150  3e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.275974  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2260  pyrroline-5-carboxylate reductase  40.6 
 
 
293 aa  149  4e-35  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.423593  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2167  pyrroline-5-carboxylate reductase  40.6 
 
 
284 aa  149  4e-35  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3564  pyrroline-5-carboxylate reductase  39.71 
 
 
271 aa  149  4e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000486618  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3656  pyrroline-5-carboxylate reductase  40.07 
 
 
270 aa  149  4e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.443187  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2656  pyrroline-5-carboxylate reductase  41.51 
 
 
270 aa  149  6e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0469003 
 
 
-
 
NC_002936  DET0193  pyrroline-5-carboxylate reductase  38.11 
 
 
267 aa  149  7e-35  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0327  pyrroline-5-carboxylate reductase  38.01 
 
 
279 aa  149  7e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00667686 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2189  pyrroline-5-carboxylate reductase  34.69 
 
 
274 aa  147  1.0000000000000001e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.334092  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1570  pyrroline-5-carboxylate reductase  40.07 
 
 
281 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1839  pyrroline-5-carboxylate reductase  38.66 
 
 
282 aa  147  2.0000000000000003e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0646  pyrroline-5-carboxylate reductase  41.13 
 
 
270 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0620  pyrroline-5-carboxylate reductase  41.13 
 
 
270 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1627  pyrroline-5-carboxylate reductase  40.75 
 
 
271 aa  146  4.0000000000000006e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00310738 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4421  pyrroline-5-carboxylate reductase  39.33 
 
 
271 aa  145  5e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  unclonable  0.00000164624  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>