More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2880 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_2880  thioredoxin reductase  100 
 
 
321 aa  657    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.805293  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2453  thioredoxin reductase  95.16 
 
 
321 aa  616  1e-175  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.62912 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3838  thioredoxin reductase  88.79 
 
 
321 aa  579  1e-164  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6803  thioredoxin reductase, FAD/NAD(P)-binding  87.1 
 
 
321 aa  568  1e-161  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.2043  normal  0.741138 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1453  thioredoxin reductase  85.67 
 
 
321 aa  570  1e-161  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.904503 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1512  thioredoxin reductase  85.67 
 
 
321 aa  564  1e-160  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.379406 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4609  thioredoxin reductase  84.11 
 
 
321 aa  556  1e-157  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0752942  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2753  thioredoxin reductase  76.04 
 
 
320 aa  478  1e-134  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2305  thioredoxin reductase  70.44 
 
 
334 aa  472  1e-132  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0781239 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0056  thioredoxin reductase  66.67 
 
 
326 aa  465  9.999999999999999e-131  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3793  thioredoxin reductase  68.22 
 
 
325 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.119595  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2812  thioredoxin reductase  66.88 
 
 
326 aa  462  1e-129  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1092  thioredoxin reductase  66.25 
 
 
324 aa  461  1e-129  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1221  thioredoxin reductase  66.25 
 
 
324 aa  460  9.999999999999999e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1026  thioredoxin reductase  65.33 
 
 
324 aa  456  1e-127  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.15779  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5827  thioredoxin reductase  70.03 
 
 
325 aa  454  1e-127  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0638947  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4304  thioredoxin reductase  70.79 
 
 
335 aa  453  1.0000000000000001e-126  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0563  thioredoxin reductase  67.74 
 
 
326 aa  445  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0552475  normal  0.0148693 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2721  thioredoxin reductase  66.77 
 
 
324 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.137171  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2112  thioredoxin reductase  65.62 
 
 
324 aa  446  1.0000000000000001e-124  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0949537  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2145  thioredoxin reductase  69.33 
 
 
314 aa  447  1.0000000000000001e-124  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.610006 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2441  thioredoxin reductase  68.51 
 
 
345 aa  443  1e-123  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0877885  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1576  thioredoxin reductase  67.52 
 
 
317 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3139  thioredoxin-disulfide reductase  65.31 
 
 
338 aa  439  9.999999999999999e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2982  thioredoxin reductase  65.23 
 
 
324 aa  438  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0371232 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0228  thioredoxin reductase  67.52 
 
 
312 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3338  thioredoxin reductase  64.31 
 
 
331 aa  436  1e-121  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1248  thioredoxin reductase  65 
 
 
324 aa  436  1e-121  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.335568  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0145  thioredoxin reductase  63.34 
 
 
321 aa  431  1e-120  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0256  thioredoxin reductase  64.54 
 
 
335 aa  428  1e-119  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.464072 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2654  thioredoxin reductase  66.67 
 
 
332 aa  427  1e-118  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0614  thioredoxin reductase  64.63 
 
 
313 aa  422  1e-117  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.305667  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1664  thioredoxin reductase  65.62 
 
 
324 aa  419  1e-116  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.28715  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1499  thioredoxin reductase  65.31 
 
 
324 aa  417  9.999999999999999e-116  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.770592  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2898  thioredoxin reductase  66.78 
 
 
314 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2343  thioredoxin reductase  62.06 
 
 
322 aa  411  1e-114  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2208  thioredoxin reductase  66.77 
 
 
338 aa  412  1e-114  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0981  thioredoxin-disulfide reductase  63.43 
 
 
317 aa  407  1.0000000000000001e-112  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.708131  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4027  thioredoxin reductase  60.13 
 
 
323 aa  407  1.0000000000000001e-112  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0414  thioredoxin reductase  60.19 
 
 
314 aa  401  1e-111  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0681074  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3203  thioredoxin reductase  62.66 
 
 
361 aa  402  1e-111  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.121454  normal  0.627549 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1450  thioredoxin-disulfide reductase  65 
 
 
324 aa  391  1e-107  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2006  thioredoxin reductase  58.36 
 
 
317 aa  372  1e-102  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1694  thioredoxin-disulfide reductase  57.1 
 
 
317 aa  368  1e-101  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0331  thioredoxin reductase  58.58 
 
 
321 aa  369  1e-101  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0735  thioredoxin-disulfide reductase  56.65 
 
 
318 aa  371  1e-101  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1731  thioredoxin reductase  55.84 
 
 
316 aa  362  3e-99  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1731  thioredoxin reductase  55.84 
 
 
316 aa  362  4e-99  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1753  thioredoxin reductase  56.47 
 
 
317 aa  362  5.0000000000000005e-99  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4094  thioredoxin reductase  55.95 
 
 
314 aa  361  9e-99  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.00339774  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0558  thioredoxin-disulfide reductase  57.19 
 
 
314 aa  360  1e-98  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4061  thioredoxin reductase  55.95 
 
 
314 aa  360  2e-98  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0814  thioredoxin reductase  57.24 
 
 
311 aa  358  9e-98  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3225  thioredoxin reductase  55.84 
 
 
319 aa  357  9.999999999999999e-98  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00279715  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0545  thioredoxin reductase  56.31 
 
 
323 aa  357  1.9999999999999998e-97  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.192083  hitchhiker  0.00000399991 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2424  thioredoxin reductase  58.04 
 
 
320 aa  356  1.9999999999999998e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0375  thioredoxin-disulfide reductase  56.31 
 
 
323 aa  357  1.9999999999999998e-97  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1260  thioredoxin reductase  56.95 
 
 
311 aa  357  1.9999999999999998e-97  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1692  thioredoxin reductase 1  56.15 
 
 
314 aa  357  1.9999999999999998e-97  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.160177  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1151  thioredoxin reductase  55.3 
 
 
311 aa  355  3.9999999999999996e-97  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000793818  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2123  thioredoxin-disulfide reductase  56.78 
 
 
320 aa  355  5e-97  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.165856  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1991  thioredoxin-disulfide reductase  56.78 
 
 
320 aa  355  5e-97  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3078  thioredoxin-disulfide reductase  56.78 
 
 
320 aa  355  5e-97  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3045  thioredoxin-disulfide reductase  56.78 
 
 
320 aa  355  5e-97  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0789  thioredoxin-disulfide reductase  56.78 
 
 
320 aa  355  5e-97  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.133485  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2621  thioredoxin-disulfide reductase  56.78 
 
 
320 aa  355  5e-97  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.105399  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2991  thioredoxin-disulfide reductase  56.78 
 
 
320 aa  355  5e-97  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.520991  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0495  thioredoxin reductase  57.05 
 
 
320 aa  354  8.999999999999999e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.287434  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0935  thioredoxin reductase  57.05 
 
 
320 aa  354  8.999999999999999e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0974  thioredoxin reductase  57.05 
 
 
320 aa  354  8.999999999999999e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1560  thioredoxin-disulfide reductase  56.47 
 
 
320 aa  353  1e-96  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.212237  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1544  thioredoxin reductase  56.29 
 
 
311 aa  353  2e-96  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0846  thioredoxin reductase  57.1 
 
 
320 aa  353  2e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02606  thioredoxin reductase  57.05 
 
 
319 aa  353  2e-96  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0834  thioredoxin reductase  56.47 
 
 
346 aa  353  2e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3350  thioredoxin reductase  55.84 
 
 
318 aa  352  7e-96  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000709992  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1344  thioredoxin-disulfide reductase  53.94 
 
 
320 aa  350  1e-95  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1283  thioredoxin reductase  53.94 
 
 
320 aa  350  1e-95  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2028  thioredoxin reductase  54.69 
 
 
316 aa  350  2e-95  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000102058  hitchhiker  0.0000262597 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4077  thioredoxin reductase  56.47 
 
 
346 aa  350  2e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.880689  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2389  thioredoxin reductase  54.89 
 
 
316 aa  350  2e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0722352 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1985  thioredoxin reductase  56.15 
 
 
320 aa  349  3e-95  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.594025  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1717  thioredoxin reductase  55.84 
 
 
320 aa  349  4e-95  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0214207  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1713  thioredoxin reductase  54.86 
 
 
317 aa  349  4e-95  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000742143  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1681  thioredoxin reductase  56.29 
 
 
323 aa  348  6e-95  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.634211  normal  0.152153 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0097  thioredoxin reductase  54.43 
 
 
320 aa  348  7e-95  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.653318  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2262  thioredoxin reductase  57.1 
 
 
319 aa  348  1e-94  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0017275  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0248  thioredoxin reductase  55.8 
 
 
319 aa  347  2e-94  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30280  thioredoxin reductase 1  53.44 
 
 
316 aa  347  2e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1197  thioredoxin reductase  54.93 
 
 
311 aa  346  2e-94  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.711369  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1148  thioredoxin reductase  57.86 
 
 
317 aa  346  3e-94  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.604332  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2303  thioredoxin reductase  53.61 
 
 
317 aa  346  4e-94  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2687  thioredoxin reductase  54.94 
 
 
320 aa  346  4e-94  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.643501  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1611  thioredoxin reductase  54.94 
 
 
320 aa  346  4e-94  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000152855  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003744  thioredoxin reductase  56.15 
 
 
319 aa  345  4e-94  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.891826  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2598  thioredoxin-disulfide reductase  54.94 
 
 
320 aa  346  4e-94  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000212052  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0887  thioredoxin reductase  56.78 
 
 
320 aa  345  5e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2047  thioredoxin reductase  53.61 
 
 
317 aa  345  5e-94  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000827938  hitchhiker  0.00204856 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2591  thioredoxin reductase 1  53.44 
 
 
316 aa  345  6e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.542991  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2017  thioredoxin reductase  53.63 
 
 
317 aa  345  6e-94  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000213161  normal  0.0579886 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>